ENZIMAS

O de la impaciencia de la vida...

Las enzimas son catalizadores propios de organismos vivos; pueden ser intra o extracelulares. Entonces, para comprender lo que es una enzima debemos comprender lo que es un catalizador. Un catalizador es una sustancia que aumenta la velocidad de una reaccin sin consumirse.

La velocidad de una reaccin depende, suponiendo una concentracin de reactivos constante, de la constante de velocidad (k). sta, a su vez, depende inversamente de la energa de activacin (DG) Esta energa de activacin depende del valor de G propio del estado de transicin.

Este estado de transicin es caracterstico de la secuencia de reaccin. Por lo tanto, NO es posible alterar la energa de activacin de una reaccin. Lo que S es posible es contar con una reaccin diferente que sea netamente equivalente a la que estamos considerando.

Esta nueva reaccin:

transcurre por una secuencia diferente con un estado de transicin diferente al que le corresponde un valor de G diferente con lo que se produce una energa de activacin diferente (menor, comparada con la reaccin original) lo que resulta en una constante de velocidad diferente que al final provoca una velocidad diferente (menor).

Lo anterior implica que, aunque el catalizador se regenera al final, ste participa de la reaccin como un reactivo, que es lo que precisamente habilita la nueva secuencia. Queda claro que el catalizador:

NO altera afecta el valor de G de la reaccin Altera la velocidad en ambos sentidos

En conclusin, la catlisis:

NO es producto de la disminucin de la energa de activacin de una reaccin SINO de la menor energa de activacin requerida por otra reaccin en la que participa el catalizador y cuyo efecto neto es el mismo.

En un modelo ms realista de la catlisis, particularmente enzimtica, la secuencia de reaccin incluye varios estados de transicin. En estos casos, la velocidad resultar mayor siempre que la energa de activacin mxima sea menor que la de la secuencia no catalizada.

Para que haya vida, los procesos qumicos propios de ella (empezando por la propia generacin de copias) deben ocurrir a velocidades altas, lo cual implica catlisis. Lo anterior lleva a la conclusin de que toda reaccin en un ser vivo debe estar catalizada.

Habiendo tantas reacciones en un ser vivo, lo anterior implica el mismo nmero de catalizadores (aunque la especificidad puede variar). Una diversidad estructural y funcional amplia de catalizadores es posible slo a partir de polmeros lineales que puedan adoptar una configuracin tridimensional con variedad de grupos funcionales.

Las nicas molculas biolgicas que ms fcilmente cumplen con estos requisitos son:

el cido ribonucleico los polipptidos

Esto explica el que surgiera una molcula (ARN) capaz de catalizar, en principio, su propia copia, y luego cualquier otra reaccin.

Ms tarde en la historia de la vida, la funcin cataltica fue delegada a las protenas por ser ms apropiadas para ello (mayor diversidad). La mayor diversidad resulta de la capacidad de combinar 20 aminocidos diferentes comparada con la capacidad de combinar 4 nucletidos en la formacin de polmeros.

De forma similar y por causa de lo anterior, la funcin de resguardo de informacin para poder generar las enzimas (y la de duplicarse) fue delegada al ADN por ser ms apropiado para ello (mayor estabilidad). El ARN redujo sus funciones a intermediario en este flujo de informacin desde ADN hasta protenas (mayormente enzimas).

Todo lo anterior permite hablar del Dogma Central de la Biologa Molecular, que establece que la informacin en sistemas vivos fluye fundamentalmente:

De ADN a ADN (duplicacin) De ADN a ARN (transcripcin) De ARN a protena (traduccin)

La plasticidad de las protenas que les permite ser los catalizadores ideales se expresa principalmente en la regin que interacta con los otros reactivos. A estos reactivos se les llama sustratos. A la regin enzimtica que interacta con los sustratos se le llama sitio activo.

En el sitio activo es posible distinguir dos tipos de aminocidos:

Aquellos que, mediante la formacin/modificacin de enlaces covalentes, participan de la reaccin Aquellos que, mediante la formacin/modificacin de enlaces dbiles, participan en el posicionamiento del sustrato, favoreciendo la actividad de los anteriores

Fuera del sitio activo, el resto de aminocidos que forman la enzima, gracias a las interacciones que permiten generar las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria, colaboran con el posicionamiento de los aminocidos que forman el sitio activo (su forma).

En sntesis, todos los aminocidos de una enzima tienen una participacin, directa o indirecta, mayor o menor, en la catlisis. Si una enzima participa de la reaccin sin consumirse, la cintica no puede ser igual a la de la reaccin no catalizada.

La cintica enzimtica se basa en la siguiente secuencia: E + S === ES ----> E + P en donde

E = enzimas S = sustratos ES = complejo enzima-sustrato que encierra todos los intermediarios de reaccin includos los estados de transicin P = productos

Como puede notarse, es importante en esta secuencia la suposicin de que el primer paso trabaja cerca del equilibrio mientras el segundo es definitivamente exergnico. En dicha secuencia pueden distinguirse 3 constantes de velocidad:

kcat = constante de catlisis, propia del segundo paso k1 = constante de velocidad de la formacin del complejo ES k-1 = constante de velocidad de la disociacin del complejo ES

A partir de esta secuencia y las constantes de velocidad involucradas es posible derivar la siguiente frmula: V = kcat [E] [S] / KM + [S] en donde
KM = constante de Michaelis-Menten = (kcat + k-1)/k1

A kcat y KM se les llama las constantes cinticas del comportamiento enzimtico

De la grfica anterior puede indicarse lo siguiente:

La forma es hiperblica por la cual la velocidad tiende a un mximo sin alcanzarlo (comportamiento asinttico). A este mximo se le llama velocidad mxima (Vmax) y corresponde a kcat [E] (se puede deducir de la ecuacin bajo condiciones de [S] muy altas).

La existencia de esta velocidad mxima explica el fenmeno de saturacin: dada una cantidad de enzimas, hay un mximo de sitios activos que pueden ser ocupados por unidad de tiempo kcat es el valor de cantidad de molculas de producto que puede generarse por segundo KM es el valor de la [S] necesaria para alcanzar de la velocidad mxima

kcat y KM definen las propiedades catalticas intrnsecas de cada enzima:

Kcat es un indicador de capacidad cataltica KM es un indicador inverso de afinidad de la enzima por su sustrato

En base a lo anterior, es posible definir la eficiencia cataltica como kcat/KM

La distancia que guarda KM del rango intracelular de [S] permite clasificar a las enzimas en dos categoras:

Las que operan a [S] cercanas a su KM: enzimas que cambian drsticamente la velocidad de la reaccin catalizada con pequeos cambios en [S]; no necesitan ser reguladas. Las que operan a [S] alejadas de su KM: enzimas que catalizan su reaccin a velocidades cercanas a la mxima sin importar las variaciones en [S]; deben ser reguladas.

En principio las enzimas son muy especficas: reconocen a slo un sustrato. Sin embargo, otras enzimas tienen una especificidad menor: reconocen a un rango de sustratos similares. Aunque los valores de kcat y KM son propios de una enzima, varan entre sustratos en el caso de enzimas poco especficas.

De acuerdo a la ecuacin de la cintica enzimtica, hay varias formas de cambiar la velocidad de una reaccin catalizada:

Modificando [S] Modificando [E] Modificando las constantes cinticas

Como ya se dijo, slo algunas enzimas pueden ajustar su velocidad mediante cambios en [S].

Las que no pueden hacerlo deben recurrir a la regulacin enzimtica, que incluye:

La modificacin de las constantes cinticas, mediante la modificacin de la configuracin tridimensional; a esto se refiere la regulacin de la actividad enzimtica. La regulacin de la concentracin enzimtica.

La regulacin de la actividad de una enzima permite diferenciar y transitar reversiblemente entre diferentes estados de eficiencia cataltica. Un estado con relativa mayor eficiencia se le llama activado. Un estado con relativa menor eficiencia se le llama inhibido. Al estado con absoluta falta de actividad cataltica se le llama inhibicin total.

Existen dos formas de regular la actividad enzimtica:

Modificacin covalente: adicin y/o remocin mediante un enlace covalente de una molcula a la enzima. Modificacin no covalente: adicin y/o remocin mediante enlaces dbiles de una molcula a la enzima.

Existen varias molculas que suelen participar en modificaciones covalentes con fines regulatorios:

Fosfatos Acetilos Prenilos

El tipo de modificacin covalente con fines regulatorios ms comn e importante es la adicin y/o sustraccin de un grupo fosfato, y se llama fosforilacin/defosforilacin. La fosforilacin y la defosforilacin NO son reacciones inversas una de la otra SINO reacciones con efecto contrario igualmente exergnicas.

Cada una de estas reacciones est catalizada por un tipo de enzima diferente:

Fosforilacin:
Cinasas si la fuente de fosfato es ATP Fosforilasas si la fuente de fosfato es fosfato libre

Defosforilacin: fosfatasas.

Estos tipos de enzima suelen tener cierto rango de especificidad, permitindoles actuar sobre diferentes sustratos pero que comparten cierta caracterstica estructural. Es decir, por ejemplo, una cinasa puede fosforilar a varias enzimas.

Aunque s hay relacin entre el estado fosforilado de una enzima y su nivel de actividad, NO es posible identificar a toda fosforilacin con aumento de actividad; en varios casos la fosforilacin causa la inhibicin. Esto significa que una misma cinasa puede activar a algunas enzimas mientras que inhibe a otras.

La fosforilacin de una enzima y su defosforilacin forman un ciclo de sustrato (ver ppt metabolismo). En un ciclo de sustrato es importante que una de las dos partes est ms activa. Esto se logra regulando simultneamente a las enzimas involucradas. Por ejemplo, una misma cinasa podra fosforilar a ambas enzimas, activando a una e inhibiendo a otra.

Los aminocidos protenicos que son suceptibles de ser fosforilados son 3: tirosina, serina y treonina. Las 500 ca. proten cinasas que se conocen en el ser humanose se clasifican en tirosina cinasas y serina/treonina cinasas. Puesto que puede haber varios de estos residuos en una enzima protenica, sta puede sufrir mltiples fosforilaciones/defosforilaciones (catalizada por diferentes enzimas), ya sea simultnea o secuencialmente.

El resultado es una enzima con muchos estados de eficiencia cataltica. Esto significa que la regulacin es muy fina.

La modificacin covalente es un tipo de regulacin enzimtica tpicamente dependiente de condiciones extracelulares. Por condicin extracelular se entiende tpicamente la presencia de alguna molcula mensajera (una hormona p.e). La deteccin de esta seal extracelular se traduce a la activacin de una cinasa.

Esta cinasa activa tpicamente acta sobre otra cinasa para activarla. Lo anterior puede darse en diferente nmero de niveles hasta alcanzar a una ltima enzima sobre la que recae finalmente el efecto de activacin o desactivacin. A esta ltima enzima se le llama enzima blanco.

A la serie de activaciones enzimticas secuenciales se le llama cascada de activacin/desactivacin. Para cada una de las modificaciones covalentes de dicha cascada, existe la reaccin contraria que permite revertirla. Estas modificaciones contrarias son activas cuando deja de haber una seal extracelular.

En algunas fuentes se consideran ciertos procesos proteliticos como mecanismos regulatorios de tipo modificacin covalente. Sin embargo, este tipo de reaccin:

NO cumple con la reversibilidad que se espera de cualquier fenmeno regulatorio. NO genera un estado de activacin relativo sino que permite el aparecimiento de actividad a partir de un estado de inhibicin total o inactividad.

La modificacin no covalente se llama alostera. En alostera, la enzima posee un sitio distinto al activo en el que puede interactuar con otra molcula. Este sitio se llama sitio alostrico y a la molcula se le llama efector alostrico.

El efector alostrico se unir a la enzima en el sitio alostrico dependiendo de la concentracin del efector y la afinidad efector-enzima:

A altas concentraciones, el efector se une A bajas concentraciones, el efector se libera

Como no hay reaccin qumica involucrada, la alostera NO est mediada por enzima alguna.

Dependiendo de la identidad del efector alostrico as se distinguen dos tipos de alostera:

Heteroalostera: el efector es distinto al sustrato Homoalostera: el efector es idntico al sustrato

En heteroalostera, los efectores alostricos pueden tener dos naturalezas segn su efecto sobre la eficiencia cataltica:

Activadores o efectores positivos, si su efecto es aumentar la eficiencia cataltica Inhibidores o efectores negativos, si su efecto es disminuir la eficiencia cataltica

Una misma enzima puede estar sujeta a la regulacin por mltiples efectores, positivos y negativos, lo cual implica una regulacin muy fina y especfica de las condiciones. Un mismo efector puede actuar sobre ms de una enzima, en algunas positivamente y en otras negativamente. Esto ltimo explica el que un ciclo de sustrato de modificacin covalente pueda estar sujeto a regulacin alostrica.

La heteroalostera es un tipo de regulacin enzimtica tpicamente dependiente de las condiciones intracelulares. Por condicin intracelular se da a entender tpicamente la concentracin de un metabolito.

En la medida que esta concentracin vara, se querr ajustar la actividad de alguna de las enzimas que participan en su produccin:

Si aumenta, el metabolito se unir al sitio alostrico de la enzima para inhibirla. Cuando disminuya, el metabolito se liberar del sitio alostrico activarla de vuelta.

Este caso particular refleja el fenmeno de retroalimentacin negativa, por el cual es posible mantener la concentracin de un metabolito en un rango muy estrecho. Este caso ilustra el principio que el efecto de agregar un inhibidor es equivalente a remover un activador, o que agregar un activador es equivalente a remover un inhibidor.

En algunas fuentes se consideran ciertos procesos de interaccin de subunidades catalticas con subunidades protenicas regulatorias como mecanismos regulatorios de tipo heteroalostera. Sin embargo, este tipo de interaccin:

NO genera un estado de activacin relativo sino que permite el aparecimiento de actividad a partir de un estado de inhibicin total o inactividad.

En la homoalostera:

el efector alostrico, que es el mismo sustrato, slo tiene efecto activador. el sitio alostrico NO es otra regin de la misma enzima SINO el sitio activo de otra subunidad de una enzima multimrica. el efecto, por lo tanto, es mutuo entre los diferentes sitios activos y se le llama cooperatividad.

La regulacin de la concentracin enzimtica es otro mecanismo para regular la velocidad de una reaccin. La concentracin de una enzima est determinada por:

Su tasa de sntesis Su tasa de degradacin

Entonces, aumentando una y disminuyendo la otra, se puede causar que la concentracin vare. Este mecanismo es dependiente de condiciones tanto extra como intracelulares.

Recordando el Dogma Central de la Biologa Molecular, la tasa de sntesis de una enzima (protena) puede regularse a muchos niveles:

Pretranscripcional Transcripcional Postranscripcional Pretraduccional Traduccional Postraduccional

La tasa de degradacin de una enzima (protena) se regula al mismo nivel (necesariamente postraduccional), aunque hay varios mecanismos distintos.

De acuerdo al papel que juegue una enzima en el metabolismo, as estar sujeta a ms de uno de los mecanismos de regulacin vistos:

Modificacin covalente Heteralostera (de varios efectores) Homoalostera Concentracin

El efecto cintico individual de estos mecanismos de regulacin enzimtica, a excepcin de la homoalostera, se refleja sobre cambios en la forma de la grfica y se clasifican as:

Alteracin de kcat o [E]: cambian el valor de Vmax (sin modificar KM) Alteracin de KM: cambian el valor de la pendiente de la primera parte de la grfica (sin modificar Vmax)

En el caso de la homoalostera, se genera una nueva ecuacin que produce una grfica distinta, de forma sigmoidal (forma de S) que refleja el fenmeno de cooperatividad:

Se conserva el fenmento de saturacin, es decir que siempre hay una Vmax. Slo a partir de ciertas concentraciones intermedias empieza a notarse un aumento de eficiencia cataltica.

Las enzimas se clasifican de acuerdo al tipo de reaccin que catalizan:

Transferencia de electrones: oxidoreductasas Transferencia de grupos funcionales de una molcula a otra: transferasas Hidrlisis: hidrolasas Adicin de grupos funcionales a dobles enlaces: liasas Isomerizacin: isomerasas Condensaciones acopladas a hidrlisis de ATP: ligasas

En base a la informacin anterior a qu categora pertenecen las:

Cinasas? Fosforilasas? Fosfatasas?

Las enzimas pueden necesitar de un componente qumico adicional para exhibir su carcter cataltico. En estos casos se distingue a la parte protenica, llamada apoenzima, de la parte no protenica, llamada coenzima. La apoenzima ms la coenzima forma una holoenzima.

Si la coenzima est unida covalentemente a la apoenzima, se le llama grupo prosttico. La coenzima, para ser reconocida como tal, debe regenerarse al final de la reaccin. De lo contrario, se considera un sustrato ms.

Las coenzimas pueden ser:

Iones metlicos: hierro, magnesio, zinc, manganeso, cobre, nquel, molibdeno, cmulos de azufre Molculas orgnicas: varios (ver http://en.wikipedia.org/wiki/Coenzyme) Molculas organometlicas: p.e. grupos hemo

Las enzimas son sujetas de ser inhibidas por compuestos NO propios de un organismo. El fenmeno de inhibicin constituye un principio bsico de la farmacologa. NO debe confundirse el fenmeno de regulacin con el de inhibicin.

La inhibicin se divide en los siguientes tipos bsicos:

Reversible: el inhibidor se une a la enzima mediante enlaces dbiles de manera dependiente de la concentracin.

Competitiva: el inhibidor es parecido al sustrato y por lo tanto compite por el sitio activo. No competitiva: el inhibidor no es parecido al sustrato y por lo tanto se une en otra parte de la enzima

Irreversible: el inhibidor se une a la enzima mediante enlaces covalentes, dandola permanentemente. Puede ser tanto en el sitio activo como en otra parte.