DEFINICIONES

Las proteínas son polímeros líneales constituídos por

unidades monoméricas llamadas aminoácidos.

Las proteínas son compuestos orgánicos complejos, cuya

estructura básica es una cadena de aminoácidos.

MACROMOLECULAS BIOLOGICAS Las proteínas son biomóleculas formadas básicamente por

carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno. Pueden además
1. AMINOACIDOS contener azufre y en algunos tipos de proteínas, fósforo,
hierro, magnesio y cobre entre otros elementos.

Hemoglobina Humana : C2818H4380N764O790S12 M w :61987 Da

Las proteínas poseen un amplio rango de grupos funcionales.

(alcoholes, tioles, tioéteres, ácidos carboxílicos, carboxiamidas y
una variedad de grupos básicos).

Dr. Jose Martinez Oyanedel, (jmartine@udec.cl)

AMINOACIDOS AMINOACIDOS

En los sistemas biológicos existen alrededor de 300 aminoacidos

1
FUNCIONES DE LOS AMINOACIDOS AMINOACIDOS

Intermediarios metabólicos:
- citrulina y ornitina en ciclo de la urea
- pueden ser metabolizados para formar glucosa o acetil coA

Neurotransmisores:
- (- glutamato y aspartato (excitatorios)
- glicina, taurina y (GABA) ácido γ-amino butírico (inhibitorios)
- precursores de) serotonina, dopamina, epinefrina,

Hormona tiroídea
- Tiroxina

Almacenamiento de energía
- Creatina

Síntesis de purinas y pirimidinas

ENANTIOMEROS DE AMINOACIDOS AMINOACIDOS

2
 AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE
AA de la serie D:
En los peptidoglicanos
de la pared celular
de bacterias,

En peptidos ciclicos

OTRAS CLASIFICACIONES
AMINOACIDOS ESPECIALES

3
AMINOACIDOS MODIFICADOS AMINOACIDOS MODIFICADOS

•4-hidroxiprolina y 5-hidroxilisina. El primero se encuentra en proteínas

de la pared celular vegetal. Ambos se encuentran en el colágeno.

•6-N-metil lisina (miosina). γ-carboxiglutamato (protrombina).

•Desmosina (elastina).

•Histamina (His decarboxilada) – alergia.

•Dopamina (derivada de Tyr) – neurotransmisor.

•Fosfoaminoácidos
•grupos hidroxilos de Tyr, Ser, Thr pueden ser fosforilados,
importantes en activación o inhibición enzimática o en señalización
celular.

AMINOACIDOS DISOCIACION DE CADENAS LATERALES DE AMINOACIDOS

4
DISOCIACION EN AMINOACIDOS ECUACION DE HENDERSON HASELBALCH

HA Æ H+ + A-

pH = pKa + log [A
- ]/[HA]

Si [A] el 100%, todo esta disociado Æ pH = pKa + 2

Si [HA] el 100% no esta disociado Æ pH = pKa - 2

TITULACION DE AMINOACIDOS TITULACION DE AMINOACIDOS

-1

+1

+2

5
 CALCULO DEL PUNTO ISOELECTRICO
ACIDO ASPARTICO pH = pKa + log [A-]/[HA]
pKa αCOOH 2.0
pKa βCOOH 3.6
pKa α NH3+ 9.6 pI = es el pH al cual la molécula se encuentra eléctricamente neutra,
(+1) (0) es decir hay un balance de sus cargas positivas y negativas. La
molécula presenta carga eléctrica neta ( o total) cero. No migra en
HOOC-CH2-CH-COOH HOOC-CH2-CH-COO- un campo eléctrico y presenta su mínima solubilidad.
NH3+ NH3+

(0) (-1) pI = 1/(m + n) Σ mpKa+ + npK a-

HOOC-CH2-CH-COO- -OOC-CH
2-CH-COO
-

donde
NH3+ NH3+
mpKa+ m veces el pKa del grupo cuya deprotonación lleva la molécula
desde carga neta positiva a carga neta cero.
(-1) (-2) npKa- n veces el pKa del grupo cuya deprotonación lleva la molécula
-OOC-CH
2-CH-COO
- -OOC-CH
2-CH-COO
- desde carga neta cero a carga neta negativa

NH3+ NH2 pH > pI Î Molécula carga neta negativa

pH = pI Î Molécula carga neta cero
pH < pI Î Molécula carga neta positiva

UTILIDAD DE LA DISOCIABILIDAD DE LOS AMINOACIDOS

6
ENLACE POLIPEPTIDICO CADENA POLIPEPTIDICA

N C

CADENA POLIPEPTIDICA
POLIPEPTIDOS
Existen péptidos con importantes actividad bioló
biológica:

•Oxitocina (9, Cys-

Cys-Tyr-
Tyr-Ile-
Ile-Gln-
Gln-Asn-
Asn-Cys-
Cys-Pro-
Pro-Arg-
Arg-Gly-
Gly-NH2)

•Vasopresina (9 residuos de aminoá

aminoácidos)

Ala – Glu – Gly – Lys •Bradiquinina (9)

A–E–G–K •Encefalina (5)

•Factor liberador de tirotropina,

tirotropina, TRH (3)

•Glucagó
Glucagón (29)

•Corticotropina (39)

7
CADENA POLIPEPTIDICA
ANALISIS DE SECUENCIAS

1. Comparación con otras secuencias para determinar similitudes y

establecer si dos proteínas pertenecen a una misma familia

2. Comparación de secuencia de la misma proteína de diferentes

especies para obtener información sobre evolución

3. Búsqueda de repeticiones

4. Búsqueda de secuencias de señalización y de modificaciones

postraduccionales

5. Análisis para la preparación de anticuerpos

OLIGOPEPTIDO:
OLIGOPEPTIDO POLIMERO DE HASTA 8-10 RESIDUOS 6. Análisis para la preparación de sondas
POLIPEPTIDO:
POLIPEPTIDO POLIMERO DE MAS DE 10 RESIDUOS
PROTEÍ
PROTEÍNA:
NA POLIPEPTIDO DE MASA MOLECULAR MAYOR A 5000

MATRIZ DE MUTABILIDAD DE AMINOACIDOS ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE ENZIMA Trypanosomatidaes Y MAMIFEROS

8
ALINEAMIENTO DE SECUENCIA T.cruzi CON E.coli,
E.coli, (1va6)
ANALISIS DE SECUENCIAS: Alineamientos mú
múltiples

ANALISIS DE SECUENCIAS: Dendogramas ANALISIS DE SECUENCIAS

Firmas de familias:
Secuencia común que presentan las proteínas que pertenecen a
una determinada familia.
Estas familias son generalmente definidas por la función:

B-lactamasas tipo II:

[LI]-x-[STN]-[HN]-x-H-[GSTA]-D-x(2)-G-[GP]-x(7,8)-[GS]
[H/N, H y D son los ligandos del zinc]
P-x(3)-[LIVM](2)-x-G-x-C-[LIVMF](2)-K [C ligando de zinc]

9
ANALISIS DE SECUENCIAS ANALISIS DE SECUENCIAS

Sitios de modificación :
Secuencias específicas que son el blanco de
Arginasa (EC 3.5.3.1)
Agmatinasa (EC 3.5.3.11) modificaciones post-traducionales
Formiminoglutamasa (EC 3.5.3.8)
Proteínas Hipotéticas de archaebacteria metanogenicas. Sitios de fosforilación

[RK](2)-x-[ST] Protein quinasa cAMP o cGMP dependiente

[LIVMF]-G-G-x-H-x-[LIVMT]-[STAV]-x-[PAG]-x(3)-[GSTA] [ST]-x(2)-[DE] casein quinasa II
[H une manganeso] [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y or [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y Tirosina
quinasa
[ST]-x-[RK] Protein quinasa C

ANALISIS DE SECUENCIAS COMPARACION DE SECUENCIAS DE FOSFOFRUCTOQUINASAS

SITIOS DE FOSFORILACION PARA CASEIN QUINASA II
H1.1 35 54
ETNFDVQ.............KSGVEKG

115 125
H2B.1 RSTVSSREVQT

114 124
H2B.2 RSTVSSREVIT

10
 COMPOSICION AMINOACIDICA DE ALGUNAS PROTEINAS
DETERMINACION DE LA COMPOSICION AMINOACIDICA

Hidrólisis química:
Proteína + HCl 6M, 100°C, 24 hs Æ Aminoacidos

DETERMINACION DE LA SECUENCIA DE UNA PROTEINA ENDOPROTEASAS: HIDRÓ

HIDRÓLISIS ESPECIFICAS

11
ENDOPROTEASAS: HIDRÓ
HIDRÓLISIS ESPECIFICAS

12
 Identificación Enzima
Resultados
PM 35999

Intensidad Relativa
Masas
(m/z)

Identificación Enzima Identificación Enzima

Protein Prospector
MS-Fit

13
 10 20 30 40 50 60
MYSPGYVATS SRQSDAGNRL FVYEVIGLSQ STMTDGLDYP IRRSGSTFIT VPLKRMNQEM

70 80 90 100 110 120

RRITRMGGKI VSIKPLEGDS PLPHTEGIAK PSQSEGSGSE AVANPAPESN KTMTTTPKEK

Identificación Enzima 130 140 150 160 170 180

KADDIPVNIY RPKTPYIGKV LENYPLVREG AIGTVQHLTF DLSAGDLRYL EGQSIGIIPP

Resultados
190 200 210 220 230 240
GEDDKGKPHK LRLYSIASTR HGDFGDDKTV SLCVRQLEYQ NEAGETVQGV CSTYLCNIKE

250 260 270 280 290 300

GDDIAITGPV GKEMLLPPDE DANIVMLATG TGIAPFRAFL WRMFKEQHED YKFKGLAWLI

310 320 330 340 350 360

FGIPKSENIL YKDDLEKMAA EFPDNFRLTY AISREQQNAE GGRMYIQHRV AENAEELWNL

370 380 390 400 410

10
MQNPKTHTYM CGLKGMEPGI DEAFTALAEQ NGKEWTTFQR EMKKEHRWHV ETY 20 30 40 50 60
MYSPGYVATS SRQSDAGNRL FVYEVIGLSQ STMTDGLDYP IRRSGSTFIT VPLKRMNQEM
Identidad (66%) 70 80 90 100 110 120

Especie Synechocystis Secuencia de FNR de RRITRMGGKI VSIKPLEGDS PLPHTEGIAK PSQSEGSGSE AVANPAPESN KTMTTTPKEK

130 140 150 160 170 180

Ferredoxina--NADP reductase Synechocystis sp KADDIPVNIY RPKTPYIGKV LENYPLVREG AIGTVQHLTF DLSAGDLRYL EGQSIGIIPP
Nombre
(FNR) 190 200 210 220 230 240
GEDDKGKPHK LRLYSIASTR HGDFGDDKTV SLCVRQLEYQ NEAGETVQGV CSTYLCNIKE

250 260 270 280 290 300

GDDIAITGPV GKEMLLPPDE DANIVMLATG TGIAPFRAFL WRMFKEQHED YKFKGLAWLI

310 320 330 340 350 360

FGIPKSENIL YKDDLEKMAA EFPDNFRLTY AISREQQNAE GGRMYIQHRV AENAEELWNL

370 380 390 400 410

MQNPKTHTYM CGLKGMEPGI DEAFTALAEQ NGKEWTTFQR EMKKEHRWHV ETY

Aciertos de la espectrometría de MALDI -TOF

14