Luego de asumir la presidencia, Paniagua durante su primer mensaje

presidencial, anuncia a todo el país que el ex-secretario General de

la ONU, Javier Pérez de Cuéllar, sería su Presidente del Consejo de Ministros durante
su gobierno de transición.
El mismo día de asumir la Presidencia de la República, Paniagua toma juramento
a Javier Pérez de Cuéllar, como Presidente del Consejo de Ministros y Ministro de
Relaciones Exteriores.
Otros miembros de su gabinete fueron Javier Silva Ruete, Diego García-Sayán,
Emilio Navarro, Jaime Zavala Costa, Juan Incháustegui, Marcial Rubio
Correa y Susana Villarán.
El principal objetivo de su mandato fue convocar a elecciones para el 2001,
elecciones que no fueron observados por ningún organismo civil ni político y
que arrojaron como ganador a Alejandro Toledo de Perú Posible.
También se destaca el nuevo juicio que inició a los cabecillas terroristas en el
fuero civil, tal como lo ordenaba la sentencia que sobre el tema emitió la Corte
Interamericana de Derechos Humanos, así como también, impulsó la creación de
la Comisión de la Verdad y Reconciliación Nacional, con el fin de dilucidar los 20
años de terrorismo que precedieron su mandato.
Luego de dejar la Presidencia de la República, Paniagua asume la Presidencia
de Acción Popular, poco antes de la muerte de su entrañable maestro Fernando
Belaúnde, ejerciendo el cargo hasta 2004