Regulación génica en eucariotas

Procariotas vs eucariotas
 Generalidades: regulación genética en
eucariotas

1. Control de qué genes son expresados

2. En organismos multicelulares; aunque todas las células
contengan el mismo DNA pueden (y deben) expresar
diferentes genes
3. La expresión diferencial determina propiedades únicas
del tejido
4. En eucariotas la regulación genética es más compleja y
se puede dar en diferentes niveles
 Similitudes regulación procariota y
eucariota
1. Secuencias promotoras (tasas de transcr.ipción)
2. Secuencias reguladoras (respuesta del gen a
efectores)
3. Proteínas reguladoras (activadores, represores)
 Diferencias regulación procariotas y
eucariotas
1. Rol de la estructura de la cromatina en regulación
2. Procesamiento del ARNm (5´CAP, 3´PoliA y splicing)
3. Splicing alternativo (diferentes tipos de ARNm)
4. Transporte desde núcleo a citoplasma
5. Regulación traducción
6. Desarrollo y diferenciación no solo crecimiento y
división
7. No hay Operones (ARN policistrónico rara vez)
Células eucariotas: toma de decisiones
• Dos formas en que las células tienen diferencias en su
expresión genética
Estado interno Ambiente externo
 En eucariotas todo es más complejo
• La expresión genética eucariota involucra varios pasos y la
regulación se puede dar en cualquiera de esos pasos

4
1

2
5
3
6
 Puntos de regulación en eucariotas
1. Accesibilidad a Cromatina (condensada o
relajada)
2. Transcripción del ARNm
3. Procesamiento del ARNm
4. Estabilidad del ARNm (miARN)
5. Traducción (miARN)
6. Actividad proteínas (modificaciones postraducc)
 Regulación a nivel de la transcripción
• Los factores de transcripción regulan la expresión de los
genes
 Regulación a nivel de la transcripción
• Los elementos regulatorios incrementan su complejidad
Bacteria < Levadura < Humano
• En eucariotas los reguladores actúan a distancia
• Para esto se requieren secuencias diferentes al
promotor: enhancers, insulators, secuencias regulatorias
• Enhancer
 coactivator (“Mediator”). TBP=TATA-

ukaryotes
binding protein. CTD=C-terminal domain
(tail) of RNA polymerase II. Activator
Mediator

Regulación a nivel de la transcripción TBP

TFIID
CTD

RNA polymerase II

• Hay tres grupos de proteínas

que controlan la transcripción TATA Gene

en eucariotas
– GTF (Factores generales de
transcripción) TFIIA, B…. Activator

• Se unen al promotor. Mediator

• Se necesitan en todos los genes TFIIE

TFIIH
– Activadores
• Se unen a enhancers. TFIIA
RNA polymerase II
TFIID TBP
• Pueden actuar a distancia TFIIF

– Coactivadores y
correpresores: Union entre
Activadores y GTF
https://maxanim.com/genetics/transcription-and-enhancers/
GTFs: Factores generales de transcripción
• Son eso: Generales
• Se unen a cajas en el
promotor (TATA y otras) è
cerca del gen
• Atraen a la RNApol
• Inducen transcripción basal
 Activadores
520
possible for the gene depends upon regulatory proteins (ac-
tivators) binding to promoter- proximal elements and to
enhancer elements. Such binding leads to the recruitment
of proteins needed to make the chromatin accessible to the
transcription machinery and then to recruit the transcrip-
tion machinery to the promoter and prepare for transcrip-
tion. Regulatory proteins (repressors) can also bind to regu-
latory sequences to decrease or turn off transcription.
The second class constitutes the activators (see Figure
18.2). Activators stimulate transcription initiation. Activa-
tors have two key domains—a DNA-binding domain and a
transcription activation domain—separated by a flexible re-
gion. Most eukaryotic activators function as monomers—
one protein—or as dimers—either homodimers, which
contain two copies of the same monomer, or heterodimers,
which contain one copy each of two different polypeptides.

• Son específicos de genes o

The DNA-binding domain can bind to a particular DNA se-
quence—its DNA-binding site. Studies of DNA-binding do-
Regulation of Transcription Initiation by Activators mains have shown that some common structural motifs are

Chapter 18 Regulation of Gene Expression in Eukaryotes

The activation of transcription initiation is shown in involved in the recognition of, and binding, to DNA. Exam-

grupos de genes (pero no hay Figure 18.2. Three classes of proteins are involved. The
first class comprises the general transcription factors
(GTFs) that we discussed earlier (Chapter 5, Figure 5.7,
ples are the helix-turn-helix (HTH), zinc finger, and leucine
zipper (Figure 18.3). Turning this phenomenon around, if a
researcher detects one of these sequences in a protein en-

operones!!!!)
p. 89). Recall that general transcription factors bind to
the promoter and recruit RNA polymerase II. With only
general transcription factors, only a low, basal level of
transcription occurs; the factors do not themselves influ-
coded by a newly discovered gene (e.g., in the computer
analysis of a genome DNA sequence or a predicted amino
acid sequence of an encoded polypeptide), then it may be
concluded that that protein is likely a DNA-binding protein.

• Se unen a enhancers, que

ence the rate of transcription initiation. In Figure 18.2, At the other end of the molecule, the activation domains
TFIID, a protein complex containing TATA-binding pro- vary considerably and do not have readily classifiable mo-
tein, TBP, is a general transcription factor that binds to tifs. Activation domains stimulate transcription initiation up
the TATA box of a gene’s promoter. to about a hundredfold.

pueden estar lejos del gen o Figure 18.2

Activation of transcription by general
transcription factors, activators, and a
Enhancer

cerca
coactivator (“Mediator”). TBP=TATA-
binding protein. CTD=C-terminal domain
(tail) of RNA polymerase II. Activator
Mediator

• Atraen la maquinaria Se unen a enhancers

TBP
TFIID
CTD

transcripcional (RNApol y Modulares: Dominio de unión al DNA y RNA polymerase II

dominio de activación
TFIIs) TATA Gene

• Inducen MUCHO la
transcripción
Activator

Mediator

TFIIE
TFIIH

TFIIA
TFIID TBP RNA polymerase II
TFIIF
 Coactivadores
• Ej. Mediador
• Complejos multiproteicos
• No se unen al DNA
• Interactúan con GTFs y
activadores para traerlos todos al
mismo lugar: iniciación de la
transcripción
• También hay represores (contrarios a activadores) y
correpresores (función opuesta a coactivadores)
 Coactivadores
• Los coactivadores (o correpresores) son complejos
multiprotéicos que participan en la activación (o
inactivación) de la transcripción, respectivamente.
GAL4, and GAL80—encode proteins that regulate the
Via del metabolismo de la
genes. Just as in the lac system, the abundance of the
el of gene expression in the biochemical pathway. In
The Gal pathway
Galactose (extracellular)
galactosa
dia lacking galactose, the GAL genes are largely silent.
actose (and the absence of glucose), the GAL genes are
Gal2

ac operon, genetic and molecular analyses of mutants Galactose (intracellular)

anding how the expression of the genes in the galactose
• Las levaduras pueden Gal1
GAL genemetabolizar la Gal4
expression is the galactosa
protein, como
a sequence-
Galactose-1-phosphate
otein. Gal4 is perhaps the best-studied transcriptional
fuente
aryotes. The de carbono
detailed dissection of its regulation and Gal7
of several key insights into the control of transcription
• La galactosa se convierte en UDP-galactose
Glucosa 1-fosfato Gal10
iple genes through upstream
s • Sin embargo prefieren la glucosa UDP-glucose
– GAL1:
se, the expression Galactoquinasa
levels of the GAL1, GAL2, GAL7, and
Gal7
d or more higher than in its absence. In GAL4 mutants,
GAL7:four
– these
ent. Each of Galactosa
genes hastransferasa
two or more Gal4- Glucose-1-phosphate
pstream) of–itsGAL10:
promoter.Galactosa
Consider the GAL10 and GAL1
epimerasa
t to each other and transcribed in opposite directions.
ription start site and the GAL10 transcription start site
hat contains four Gal4-binding sites (Figure 12-6). Each Glycosis
genes, which are adjacent to each other and transcribed in opposite directions.
Between the GAL1 transcription start site and the GAL10 transcription start site
Los genes GAL se les une un activador:
is a single 118-bp region that contains four Gal4-binding sites (Figure 12-6). Each
Gal4-binding site is 17 base pairs long and is bound by one Gal4 protein dimer.
Glycosis

Figure 12-5
There are two Gal4-binding sites upstream of the GAL2 gene as well, and another
Gal4p
Galactose is co
two upstream of the GAL7 gene. These binding sites are required for gene acti- into glucose-1-phosphate in a s
vation in vivo. If they are deleted, the genes are silent, even in the presence of of steps. These steps are catalyz
galactose. These regulatory sequences are enhancers. The presence of enhanc- enzymes (Gal1, and so forth) en

• Genes juntos pero no es un operon!!

ers located at a considerable linear distance from a eukaryotic gene’s promoter
is typical. Because the GAL4 enhancers are located upstream of the genes they
the structural genes GAL1, GAL
and GAL10.

• Gal4p en forma de homodímero se une a las regiones

regulate, they are also called upstream activation sequences (UAS).

UAS
Message The binding of sequence-specific DNA-binding proteins to regions outside the
promoters G genes is a common feature of eukaryotic transcriptional regulation.
of target

• UASG (Upstream Activating Sequence) es una secuencia

Transcriptional activator proteins bind to UAS elements in yeast
regulatoria que actúa como enhancer

Gal4

Chr II 5 GAL7 GAL10 GAL1 3 Chr XII 5 GAL2 3

UAS UAS
UAS
 12.2 Lessons from Yeast: The GAL System 423

El rol del inductor

active even in the absence of galactose. This result
Transcriptional activator proteins
rmal function of the Gal80 protein is to somehow
pression. Conversely, in GAL3 mutants, the GAL
may be activated by an inducer
• Enin the
not active ausencia
presence ofdegalactose,
galactosa Gal4p se
suggesting Gal80
promotes expression of the GAL genes.
une como homodimero a UAS y se
mical analyses have revealed that the Gal80 pro- G Inactive
Gal4
l4 proteinlewith
unehighGal80p
affinity and directly inhibits
ally, Gal80 binds to a region within one of the Gal4 GAL1
blocking its ability to promote the transcription of OFF
UAS
al80 protein is expressed continuously, so it is al-
• En presencia
s transcription de un inductor
of the GAL structural Gal80p + Galactose
genes unless
the Gal3se separa
protein is to de Gal4p
release y
the GAL se activa
structural la + Gal3
ression by Gal80 when galactose is present.
a sensortrancripción
and inducer. When Gal3 binds galactose
es an allosteric change that promotes binding to
n causes Gal80 to release Gal4, which is then able
tion of its target genes. Thus, Gal3, Gal80, and Active
switch Gal3p
• whose produce
state el inductor
is determined (es Gal3p
by the presence
Gal4

ose (Figurecon12-8).
Galactosa o un
In this switch, DNAderivado)
binding by GAL1
egulator is not the physiologically regulated step ON
lac operon and bacteriophage l); rather, the activ- UAS
domain is regulated.
Figure 12-8 Gal4 activity is regulated
 Gal4p recluta la maquinaria de
transcripción
• Gal4p recluta la maquinaria
de transcripción
424
– Gal4p es un activador
CHAPTER 12 Regulation of Gene Expression in Eukaryotes

– Gal80p es un represor
factor IID (TFIID), binds to the TATA box of eukaryotic pro-
Transcriptional activator proteins
moters through the TATA-binding protein (TBP; see Figure
recruit the transcriptional machinery 8-12). One way that Gal4 works to activate gene expression is
UAS by binding to TBP at a site in its activation domain. Through
this binding interaction, it recruits the TFIID complex and,
Gal4 in turn, RNA polymerase II to the promoter (Figure 12-9).
The strength of this interaction between Gal4 and TBP cor-
relates well with Gal4’s potency as an activator.
Mediator A second way that Gal4 works to activate gene expression
is by interacting with the mediator complex, a large multi-
protein complex that, in turn, directly interacts with RNA
TFIID RNA polymerase II polymerase II to recruit it to gene promoters. The mediator
TBP complex is an example of a co-activator, a term applied to
a protein or protein complex that facilitates gene activation
by a transcription factor but that itself is neither part of the
transcriptional machinery nor a DNA-binding protein.
TATA GAL genes
The ability of transcription factors to bind to upstream
DNA sequences and to interact with proteins that bind di-
ADGal4
Figure 12-9 derecruits
Gal4 the libre:
reclutamiento rectly or indirectly to promoters helps to explain how transcription can be stimu-
transcriptional machinery. The Gal4
de maquinaria transcripcional
protein, and many other transcriptional
lated from more distant regulatory sequences (see Figure 12-9).
activators, binds to multiple protein
 Glucosa + Galactosa +
430hay Glu+ y Gal+,
• Cuando la levadura
CHAPTER prefiereofGlu
12 Regulation y los
Gene Expression in
genes Gal están apagados
• Mig1p (de expresión constitutiva) se une a una región
beginnin
Upstream Repressing Sequence (URSG) bloqueando la transcrip
Histone deacetylation can turn
off gene
transcripción controlada portranscription
Galp likely no
Gal4 For now,
fluences
Tup1 Evid
Mig1
GAL1
tones as
OFF rich in a
UAS Mig1 inactive
• Tup1p es un correpresor que se une a Mig1p y produce unaenzyme
site
yltransfe
de-acetilación
Figure 12-15de lasRecruitment
histonas of(HDAC)
a
para poder reprimir
was finally la tcand its p
isolated
repressing complex leads to repression log of a yeast transcriptiona
https://www.youtube.com/watch?v=vDWEHlQw6Jk
Regulación por hormonas esteroides en
mamíferos
Combinatorias definen la actividad
transcripcional
 Epigenética
• Estudio de la información heredable que no está
codificada en la secuencia del DNA
• Entonces dónde?
– Estructura del DNA y cromatina (PTMs de Histonas)
– Modificaciones del DNA (metilación)
– Moléculas de RNA que modulan (sRNA)
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Prerequisito para todo esto: cromatina relajada
• Alteraciones del nucleosoma
– Modificaciones en el DNA
– Modificadores de histonas: metilasas, de-acetilasas o acetiltransferasas
– Remodeladores de nucleosomas

https://doi.org/10.3389/fpsyt.2013.00080
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Prerequisito para todo esto: cromatina relajada
• Alteraciones del nucleosoma
– Modificaciones en el DNA
– Modificadores de histonas: metilasas, de-acetilasas o acetiltransferasas
– Remodeladores de nucleosomas
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• La acetilación de las histonas es la adición de un grupo
acetil (del acetil-coA) a un aminoácido (lisina)
 Acetilación vs de-acetilación
• HAT: histone acetyltransferas
• HDAC: histone deacetylase
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Las histonas se pueden acetilar permitiendo que los
factores de transcripción actúen

Acetilación neutraliza
carga positiva de las
Histonas, reduciendo
su afinidad por el
ADN

doi:10.1038/nrm3931
 HDAC en cáncer

Alta abundancia
de ciertas
HDAC
relacionadas
con varios tipos
de cancer

Li et al, 2016. Cold Spring Harbor Persp. Med. 10.1101/cshperspect.a026831

 Otras PTMsR E Ven
I E W SHistonas

location, c
and the pat

• Qué efecto tendrá la Fosforilación? tions. Tech

generation
to be scale
the DNase I

• Qué efecto tendrá la metilación? chromatin

representat
MeDIP-se
MNase–seq
nucleosom
technologie
reviewed el
tone modif
wide ChIP
understand

Mapping h
ChIP has b
matin struc
microarray
ing has pro
views of hi
highlighted
genomic fe
ated in targ
noprecipita
enrich chro
other epito
technology
itated DNA
of ChIP en
hensive wo
histone met
Figure 1 | Layers of chromatin organization in the mammalian cell nucleus.
in human C
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Prerequisito para todo esto: cromatina relajada
• Alteraciones del nucleosoma
– Modificaciones en el DNA
– Modificadores de histonas: metilasas, de-acetilasas o acetiltransferasas
– Remodeladores de nucleosomas

https://doi.org/10.3389/fpsyt.2013.00080
Metilación de
nucleótidos
Adicionalmente a la
modificación de las
histonas, la metilación de
nucleótidos producen
cambios en la expresión
genética

Figure 1 | Layers of chromatin organization in the mammalian cell nucleus.

Metilación del DNA
 Cómo detectar variaciones en metilación
del DNA?
• Estas variaciones en mamíferos son sellos
epigenéticos
• Metilación de Islas CpG resulta en general en
reducción de la actividad transcripcional
– En nosotros: Citosina © a 5mC
• Heredable, pero no es visible directamente en
secuenciación de genoma (metC y C se ven
iguales)
 Cambios epigenéticos
• Cambio de citosina (C) a 5mC

http://dx.doi.org/10.1016/j.mad.2015.02.002
 Bacteria – muchas funciones Eucariotas- muchos efectos

Protistas, Plantas, (mamíferos?) Bacteria – protección contra RE

See Ratel 2006

Bacteria – protección contra RE

 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Alteraciones del nucleosoma
– Complejos para la remodelación del nucleosoma
– Remodeladores de la cromatina dependientes de ATP

Qué técnica usarían para

diferenciar entre caso b y c?
 Regulación genética a nivel de la
cromatina
• Alteraciones del nucleosoma
– Complejos para la remodelación del nucleosoma
– Remodeladores de la cromatina dependientes de ATP

doi:10.1038/nrg3017 doi:10.1038/nrg1882
Activacion e inactivacion
 Regulación a nivel de las modificaciones
post-transcripcionales
• El splicing alternativo genera diferentes isoformas de la
proteína
Regulación a nivel de
estabilidad del RNA
• miRNAs y otros RNAs pequeños no codificantes
 Regulación a nivel de
estabilidad del RNA
• Existen miRNA que pueden
expresarse y unirse al
mRNA y esto causa una
degradación del mRNA
(RNAi)
• Los miRNA y el RISC
reprimen la traducción

https://www.youtube.com/watch?v=t5jroSCBBwk
https://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.html
 Regulación a nivel de
estabilidad del RNA
• Existen miRNA que pueden
expresarse y unirse al
mRNA y esto causa una
degradación del mRNA
(RNAi)
• Los miRNA y el RISC
reprimen la traducción

https://www.youtube.com/watch?v=t5jroSCBBwk
https://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.html
 cáncer
Mal funcionamiento de los
miRNAs puede ser causa de

Jansson y Lund 2012. doi.org/10.1016/j.molonc.2012.09.006

Regulación Post-transcripcional
siRNAs: Regulación Post-transcripcional
(RNAi)
• El siRNA se asocia con un complejo enzimatico – RNA-induced
silencing complex (RISC)
• El siRNA es denaturado y la hebra líder es degradada
• Complejo siRNA/RISC busca mRNA complementario al siRNA
antisense
• Unión complejo y mRNA è degradación del blanco
• Mantiene bajo control transposones y virus codificados en el genoma
RNA de doble cadena nativo o invasor (virus,
transposones, o inyectado atificialmente)

• La enzima DICER –
actividad ribonucleasa
rompe RNAs de doble
cadena en RNA de 21
a 23 ribonucleotidos –
small interfering RNAs
(siRNAs)
• RISC
Regulación a nivel de PTMs