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ADONIS
La rutina ADONIS implementada en QEco fue tomada del paquete estadístico vegan
(Community Ecology Package) cuyos autores son Oksanen et al. (2013). Mayor
información sobre vegan y sus funciones se puede encontrar en http://vegan.r-forge.r-
project.org o http://cc.oulu.fi/~jarioksa/
En QEco, ADONIS trabaja con estructura de hasta tres factores y sus interacciones, y
además pueden evaluarse diseños con estructuras anidadas (Oksanen et al., 2013). Ofrece al
usuario una prueba de contraste entre los niveles de los factores para identificar las
diferencias y una corrección de los p-valores por Bonferroni y Sidak para disminuir la tasa
de error I por la prueba de significancia simultánea (Legendre y Legendre, 1998).
Para este ejemplo, las especies son declaradas en variables y Management como criterio
de clasificación (en la solapa Strata no se declara nada).
Una vez declaradas las variables, QEco mostrará una ventana de opciones para que el
usuario indique la medida de distancia/disimilitud (Distance measure), la transformación de
los datos (Transformation method) y la cantidad de permutaciones a realizar (Number of
permutations), el cual tiene que ser un valor entero mayor que 0. Además, solicitará que se
ingrese la estructura factorial del modelo, escribiendo exactamente el nombre de la variable
de clasificación, tal como está declarado y respetando mayúsculas y minúsculas (Figura 2).
Para este ejemplo, se asume un diseño sin estructura factorial, por lo tanto, sólo se escribe
Management.
Para ejemplificar el ADONIS con estructura factorial se retomará el mismo ejemplo, pero
declarando Management y Use como variables de clasificación. El interés de este análisis
reside en probar la hipótesis de igualdad de medias multivariadas para cada uno de los
factores y la hipótesis de no interacción entre los factores.
La estructura factorial del modelo debe especificarse en la ventana declarando en cada fila
el factor y sus interacciones (Figura 4). Las interacciones son representadas por “:”.
Figura 4. Solapa de opciones y declaración de la estructura factorial del modelo.
El resultado es una tabla de análisis de varianza con las fuentes de variación y con todas las
pruebas de a pares de los factores y su interacción (Figura 5). La salida del ADONIS debe
interpretarse tal como se interpreta un análisis de varianza univariado con estructura
factorial.
Para este ejemplo, la interacción es no significativa por lo que se concluye que las
diferencias en Management no dependen de Use o viceversa. Por lo tanto, se puede
concluir para cada factor independientemente: no hay efecto de Use (F = 1.02, p = 0.4303),
es decir, no hay evidencia para rechazar la hipótesis nula de igualdad de medias entre los
tratamientos de Use. Sí hay diferencias entre los niveles de Management (F = 2.65, p =
0.0064). Una vez evaluados los factores del modelo y concluido sobre las hipótesis de
interés, el siguiente paso consiste en identificar cuáles son esas diferencias. Para
identificarlas, puede remitirse a la prueba de comparaciones de medias del factor de interés
o significativo, y revisar los p-valores corregidos (Figura 5).
Bibliografía
Benjamini, Y.; Yekutieli, D. (2001). The control of the false discovery rate in multiple
testing under dependency. The Annals of Statistics, 29(4): 1165-1188.
Legendre, P.; Legendre, L. (1998). Numerical ecology. 2da english edition. Elsevier
Science BV Amsterdam.
Oksanen, J.; Blanchet, F.G.; Kindt, R.; Legendre, P.; Michin, P. R.; O’Hara, R. B.;
Simpson, G. L.; Solymos, M.; Stevens, R. H.; Wagner, E. (2013). Community Ecology
Package (Package vegan). Disponible en: http://vegan.r-forge.r-project.org/