El sistema polisinodial lo formaban los Consejos, que fueron órganos colegiados de la
Administración central española que tenían carácter consultivo asesorando al rey en el ámbito de sus competencias. Así, el Consejo Supremo y Real de las Indias se crea durante el reinado de Carlos I en 1524. Sus funciones se extienden a todo lo relativo al gobierno, la administración, la justicia, la guerra y la religión, considerándose siempre como instancia suprema. En materia de justicia, el Consejo actuará como tribunal supremo tanto en lo civil como en lo criminal. En lo militar, le incumbe la disposición de las armadas que protegían a las flotas, así como la defensa y fortificación de las costas americanas. Las Instituciones más importantes en el Gobierno de Indias: El Consejo de Indias: Era la máxima autoridad administrativa dentro de América. La Casa de contratación: Era la principal Institución que regulaba el comercio. Audiencias: Se encargaba de administrar justicia dentro de los virreinatos. Su función era Judicial. Virreyes: Era el representante de cada virreinato. Se encargaba de las funciones administrativas. Corregidores: Era la autoridad política administrativa que se encargaba de hacer cumplir las normas a nivel provincial del Virreinato. Cabildo: Era el representante legal de la ciudad o villa, el órgano municipal por medio del cual los vecinos velaban por lo problemas judiciales, administrativos, económicos y militares del municipio.