Principios básicos en el
diagnóstico y el tratamiento
de las enfermedades infecciosas
A Patogenia microbiana
Perspectiva molecular
1 de la patogenicidad microbiana
David A. Relmana, Stanley Falkow† y Lalita Ramakrishnan
Los seres humanos evolucionaron en un planeta dominado por microorga­
nismos, que son sorprendentes en cuanto al número y diversidad, y por ello
han tenido una íntima asociación con ellos desde el principio. Los micro­
organismos asociados al anfitrión habitualmente obtienen o aportan beneficios
en virtud de esta asociación, y por ello se denominan «comensales», que
literalmente significa «los que comen en la misma mesa» (las definiciones
de las clases de microorganismos asociados al anfitrión se pueden ver en la
tabla 1.1). Cuando los dos aportan y reciben beneficios, los microorganismos
se denominan «mutualistas». En la práctica, es difícil saber si un micro­
organismo específico es comensal o mutualista (o ninguna de estas categorías)
porque su importancia en el ecosistema puede ser sutil y su efecto puede
ser indirecto y estar mediado por sus relaciones con otros miembros de la
comunidad. En el entorno, los microorganismos viven casi exclusivamente en
comunidades complejas con sólidas interacciones entre los miembros, tanto
de cooperación como de competición, y con dependencias, así como con
datos de adaptación a su hábitat. No es sorprendente que los comensales del
ser humano también vivan en comunidades complejas; estas comunidades
se denominan microbiota humana y, junto con sus genes, constituyen el
microbioma humano1,2. El número de células microbianas asociadas al
cuerpo humano gana al número total de células humanas3, y el número de
genes específicos y funciones génicas asociados al microbioma humano
supera en al menos 100 veces al número de genes humanos específicos.
Las asociaciones entre el anfitrión y la microbiota son específicas de la
especie del anfitrión. Por ejemplo, la microbiota del intestino del ratón dirige
con mucha más eficacia que la microbiota humana, o incluso que la de la
rata, la diferenciación del sistema inmunitario murino cuando se utiliza
para colonizar un ratón libre de gérmenes4. La variación de la estructura
de la microbiota intestinal de los animales terrestres se explica tan solo en
parte por su relación genética con el anfitrión; la alimentación y la anatomía
del tubo digestivo, es decir, si la fermentación tiene lugar en el intestino
anterior del intestino posterior, también explica en parte esta variación.
Es más intrigante que la estructura y la función de la microbiota del ser
humano y de otros animales muestre patrones no aleatorios específicos en
diferentes partes del cuerpo y a lo largo del tiempo, en las primeras fases de
la vida, tras el destete, en la pubertad y en otras transiciones entre diversas
fases de la vida. La microbiota humana confiere una amplia variedad de
ventajas fundamentales a su anfitrión, como la disponibilidad de nutrientes y
micronutrientes (p. ej., vitaminas) y la extracción de energía de los alimentos;
la diferenciación posnatal terminal de las estructuras mucosas, como el
a
Todo el material de este capítulo es de dominio público, salvo las figuras o
tablas tomadas de otros autores.
†
Fallecido.
© 2021. Elsevier España, S.L.U. Reservados todos los derechos
Descargado para wendy davila villanueva (wdavila6725@gmail.com) en Antenor Orrego Private University de ClinicalKey.es por Elsevier en febrero 28,
2022. Para uso personal exclusivamente. No se permiten otros usos sin autorización. Copyright ©2022. Elsevier Inc. Todos los derechos reservados.
I
borde en cepillo epitelial y la función de barrera; el desarrollo del sistema
inmunitario; la regulación del metabolismo intermediario; el procesado
de sustancias químicas ingeridas, y la «resistencia a la colonización» por
patógenos5. A su vez, los seres humanos aportan beneficios a su microbiota,
como nutrientes y factores de crecimiento, un hábitat protegido y el medio
para su dispersión. Es importante señalar que esta relación de beneficio
mutuo de la microbiota con el anfitrión no significa necesariamente que
todos los miembros individuales también tengan esta relación de beneficio
mutuo. Puede que algunos de ellos sean tan solo comensales, de manera que
reciben beneficios del anfitrión y no son útiles ni perjudiciales.
Entonces, ¿qué es un microorganismo patógeno? Desde el punto de
vista de las enfermedades infecciosas, cualquier microorganismo capaz de
producir una enfermedad es un patógeno (v. tabla 1.1). Los microorganismos
que son patógenos para los seres humanos están englobados en los dominios
Bacteria y Eukarya, aunque están restringidos a los relativamente pocos
filos que contienen miembros adaptados al ser humano. Hay controversia
sobre la posible clasificación de algunas arqueas como patógenos6 (v. más
adelante). Como en las ediciones anteriores, en este capítulo se van a analizar
las bacterias patógenas, que son las que están mejor estudiadas. Las lecciones
aprendidas del estudio de los mecanismos mediante los cuales las bacterias
producen enfermedad se pueden generalizar, a grandes rasgos, a los proto­
zoos, helmintos y hornos, que son menos conocidos. Los mecanismos de los
patógenos víricos, muchos de los cuales se conocen con un detalle exquisito,
se analizan en el capítulo 131 y en los capítulos sobre virus específicos. Lo que
cada vez está más claro es que hay mucha superposición en los mecanismos
patogénicos de las bacterias y los virus y en las respuestas del anfitrión contra
estos microorganismos.
Para que se considere que es un patógeno, no es necesario que un micro­
organismo produzca una enfermedad; muchas enfermedades infecciosas fre­
cuentes y graves en anfitriones inmunocompetentes están causadas por
microorganismos que habitualmente se encuentran en la microbiota humana,
que compiten con otros microorganismos indígenas y que en su mayor parte
adoptan un estilo de vida comensal (v. tabla 1.1). Sin embargo, la enfermedad
causada por estos denominados patógenos comensales es casi seguramente
un accidente porque la enfermedad no es necesaria para su supervivencia
evolutiva. Por el contrario, los patógenos obligatorios deben causar enfer­
medades para su transmisión, y por ello para su supervivencia evolutiva (v.
tabla 1.1), aunque también pueden causar una infección asintomática. Un
buen ejemplo es Mycobacterium tuberculosis. El periodo de incubación (es
decir, el tiempo desde que se contrae la infección por el microorganismo hasta
que se manifiesta la enfermedad) de la tuberculosis (TB) habitualmente es de
varias semanas o meses, aunque en ocasiones M. tuberculosis puede producir
una infección asintomática durante varios años7. Sin embargo, M. tuberculosis
1
 2
geno obligatorio, sino también la enfermedad por estreptococos del grupo A,
TABLA 1.1 Tipos de microorganismos
la peste y el cólera, causados, respectivamente, por un patógeno comensal,
que establecen relaciones con los seres humanos
uno zoonótico y uno ambiental. Por lo tanto, muchos millones de personas
Comensal Faecalibacterium han sucumbido y siguen sucumbiendo a enfermedades bacterianas que no
Parte I Principios básicos en el diagnóstico y el tratamiento de las enfermedades infecciosas

Un microorganismo que es un
habitante normal del cuerpo prausnitzii aportan beneficios al microorganismo causal.
humano. En las relaciones de Ruminococcus bromii Esta clasificación de los patógenos no es absoluta porque siguen evolu­
comensalismo, se beneficia el Bacteroides ovatus
microorganismo o el anfitrión; Akkermansia muciniphila
cionando y adaptándose al mismo tiempo que se modifican la conducta y
ninguno se ve perjudicado. Streptococcus sanguinis las características demográficas de sus anfitriones. Mycobacterium leprae es
En las relaciones de mutualismo, Lactobacillus crispatus un buen ejemplo de un patógeno que pertenece a dos clases. Es probable que
como con Lactobacillus crispatus, M. leprae, un azote de la humanidad durante milenios, en algún momento
ambos se benefician fuera un patógeno humano obligatorio estricto (es decir, dependía por
Patógeno Un microorganismo capaz completo de la transmisión entre seres humanos para su supervivencia
de causar una enfermedad. Incluye evolutiva). Sin embargo, la enfermedad de Hansen (lepra) representa un
microorganismos comensales y no caso de «zoonosis inversa» en al menos dos ocasiones diferentes. Los seres
comensales. Las clases operativas humanos infectaron las ardillas rojas de las islas británicas en la Edad Media,
de patógenos se definen
en las siguientes filas
cuando probablemente había un contacto estrecho con las ardillas debido
al comercio de pieles de ardilla, y, como las ardillas rojas son capaces de
Patógeno Un microorganismo que debe Mycobacterium infectarse unas a otras, hasta la actualidad presentan lepra8. Posteriormente,
obligatorio producir una enfermedad para tuberculosis hace aproximadamente 400 años, después de que M. leprae fuera llevado al
transmitirse y de esta manera Mycobacterium leprae
sobrevivir desde el punto de Treponema pallidum Nuevo Mundo a través del comercio de esclavos, se infectaron los armadillos
vista evolutivo. Los patógenos Neisseria gonorrhoeae del sudeste de Estados Unidos, de nuevo probablemente por un contacto
obligatorios no son comensales, Shigella dysenteriae estrecho con los seres humanos9. La lepra se extiende entre los armadillos,
aunque pueden producir Salmonella typhi y de los armadillos pasa a los seres humanos, de manera que en la actualidad
infecciones asintomáticas Chlamydia trachomatis se reconoce que es una enfermedad zoonótica en Estados Unidos.
Patógeno Un microorganismo que Staphylococcus aureus No todos los patógenos tienen la misma virulencia (es decir, no tienen
comensal habitualmente se encuentra Streptococcus pyogenes la misma probabilidad de causar una enfermedad). Por ejemplo, los neumo­
en la microbiota indígena, Streptococcus cocos encapsulados son más virulentos que los no encapsulados, y las cepas
y que puede producir enfermedad pneumoniae
de Escherichia coli que expresan toxinas de tipo Shiga son más virulentas
en anfitriones normales con alguna Neisseria meningitidis
regularidad. Los comensales no se Haemophilus influenzae que las que no las expresan. Por lo tanto, es útil distinguir los patógenos que
manifiestan como patógenos con Helicobacter pylori producen enfermedad habitualmente en una determinada proporción de
la misma frecuencia; Bacteroides B. fragilis personas susceptibles con unos sistemas de defensa aparentemente intactos
fragilis y Streptococcus anginosus S. anginosus («patógenos primarios») de aquellos que producen enfermedad únicamente
son patógenos ocasionales y no en personas inmunodeprimidas («patógenos oportunistas»). Por lo tanto,
regulares, al contrario de otros
de esta lista. La producción una diferencia entre un patógeno primario y otro oportunista es que el
de enfermedad no es necesaria primero tiene una capacidad inherente de superar las barreras del anfitrión
para la supervivencia del comensal, que habitualmente restringen el paso de otros microorganismos, mientras
y por ello es un accidente que el oportunista requiere algún defecto subyacente o una alteración de
Patógeno Un microorganismo Yersinia pestis las defensas del anfitrión, que puede ser genética o iatrógena, ecológica
zoonótico que es colonizador o patógeno Francisella tularensis (alteración de la microbiota), o puede estar causada por una enfermedad
en animales y que se puede Borrelia burgdorferi subyacente o un traumatismo, para establecerse en un nicho habitualmente
transmitir a los seres humanos a Bacillus anthracis privilegiado del anfitrión. Sin embargo, esta distinción muchas veces no es
través de un insecto vector o por Brucella abortus nítida, porque un patógeno primario a menudo se comporta también como
contacto directo con el animal o Mycobacterium bovis
sus productos. La producción de Mycobacterium leprae oportunista. Streptococcus pneumoniae puede causar enfermedades en anfi­
enfermedades en seres humanos Salmonella enterica triones aparentemente inmunocompetentes, aunque las personas con asple­
es accidental, y no es necesaria Género Rickettsia nia o infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) tienen
para la supervivencia evolutiva una susceptibilidad aún mayor. Las personas con deficiencias terminales del
Patógeno Un microorganismo capaz de causar Clostridium tetani complemento tienen mayor probabilidad de desarrollar una enfermedad por
ambiental una enfermedad que se transmite Clostridium botulinum Neisseria meningitidis, un patógeno temido. M. tuberculosis, una importante
a los seres humanos desde una Burkholderia pseudomallei causa de enfermedad y muerte en personas inmunocompetentes, plantea un
fuente ambiental, como el agua Mycobacterium marinum riesgo aún mayor en las personas con infección por el VIH.
o el suelo. La producción de Mycobacterium avium
La distinción entre patógeno primario y oportunista realmente es mucho
enfermedades es accidental, y no Pseudomonas aeruginosa
es necesaria para la supervivencia Legionella pneumophila más confusa, tal y como ilustra el caso de las infecciones por Pseudomonas
evolutiva Vibrio cholerae aeruginosa. Generalmente se considera que P. aeruginosa es un patógeno
oportunista porque no suele causar enfermedad en personas con sistemas
de defensa intactos, y es una causa más frecuente de neumonía y bacteriemia
solo se transmite mediante infección por aerosoles cuando los pacientes letales en anfitriones neutropénicos. Pero incluso en anfitriones normales,
enfermos tosen; las personas con una infección asintomática no transmiten P. aeruginosa puede producir erupciones cutáneas benignas y autolimitadas
la infección. En el caso de Salmonella typhi, otro patógeno obligatorio, las (foliculitis de la «sauna») en personas expuestas a agua contaminada en sau­
personas en ocasiones pueden presentar una infección persistente, aunque nas. Además, P. aeruginosa ilustra el concepto de que la patogenicidad solo
asintomática, después de un episodio de fiebre tifoidea, y, al contrario que se puede entender en el contexto de un anfitrión específico. En las personas
en el caso de la TB, estas personas con una infección asintomática pueden con fibrosis quística, P. aeruginosa produce una bronquitis crónica con
eliminar los microorganismos por las heces, un ejemplo famoso de lo cual destrucción pulmonar, pero, al contrario de la neumonía de los anfitriones
es «María la tifoidea». Sin embargo, es probable que en la inmensa mayor neutropénicos, el microorganismo no se disemina por todo el organismo,
parte de los casos la transmisión se produzca a partir de pacientes enfermos; por lo que la infección pulmonar generalmente no se asocia a bacteriemia
es la enfermedad, más que la eliminación asintomática por una población evidente. En pacientes ancianos con diabetes mellitus, P. aeruginosa puede
minoritaria, la que mantiene la carga mundial de la fiebre tifoidea. producir una enfermedad devastadora completamente diferente, otitis
Las otras dos clases de microorganismos causantes de enfermedad son externa maligna (necrosante), la infección del conducto auditivo externo y
los patógenos zoonóticos y los ambientales, para los cuales la infección de de los huesos de la base del cráneo. En general, los patrones estereotípicos de
los seres humanos se origina en otros animales y en el medioambiente, infección por patógenos primarios y oportunistas en diferentes trastornos de
respectivamente (v. tabla 1.1). Igual que en el caso de los patógenos comen­ las defensas del anfitrión ofrecen indicios útiles para el diagnóstico temprano
sales, la enfermedad humana por los patógenos zoonóticos y ambientales y el tratamiento, y también sugieren el mecanismo patogénico.
es accidental y no es beneficiosa para la supervivencia del patógeno. Es Un nuevo concepto en la causalidad de las enfermedades microbianas,
importante señalar que los patógenos de todas las clases pueden causar que se origina en el campo de la ecología, es la noción de la «comunidad
enfermedades muy graves. Los microorganismos que más muertes han como patógeno»1. Esta noción se basa en la idea de que los miembros de la
causado a la humanidad incluyen no solo la tuberculosis, debida a un pató­ comunidad, que por sí mismos son incapaces de producir una enfermedad, en
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conjunto causan patología mediante los tipos de integraciones colaborativas
que son típicas de todas las comunidades microbianas, como alimentación
cruzada (un miembro segrega un factor que sirve como nutriente para otro
miembro), sintrofismo (v. más adelante) y protección cruzada (un miembro
segrega un factor que protege a otro miembro de un compuesto ambiental
nocivo). Los ejemplos de estas «comunidades patógenas» se han estudiado en
modelos murinos, en los que las comunidades microbianas que surgen única­
mente en ratones con alteraciones de la regulación del sistema inmunitario son
después capaces de transmitir una forma de colitis ulcerosa a los ratones de
tipo natural10. En los seres humanos, las «comunidades patógenas» de la boca
se asocian a periodontitis crónica11. De hecho, es en el contexto de las comu­
nidades patógenas en el que se ha implicado a las arqueas en la producción
causal de enfermedades infecciosas11-13. Por ejemplo, los metanógenos del surco
subgingival pueden incrementar el crecimiento de bacterias patógenas fermen­
tativas «nacientes» y beneficiarse ellos mismos consumiendo el hidrógeno que
producen los fermentadores en una relación denominada «sintrofismo». Otros
microorganismos consumidores de hidrógeno, como los treponemas, pueden
ocupar el lugar de las arqueas metanógenas en estas comunidades. El concepto
de comunidad patógena plantea desafíos específicos para la confirmación
de la causalidad porque es difícil aislar, purificar y caracterizar el «agente»
patógeno y puede ser difícil desarrollar modelos de enfermedad adecuados.
Las ideas dominantes de la causalidad de las enfermedades microbianas (es
decir, un único patógeno en un anfitrión susceptible) pueden ser demasiado
restrictivas. Además, las enfermedades microbianas que requieren o favorecen
un consorcio de microorganismos (p. ej., absceso intraabdominal) plantean
desafíos para la identificación de los patógenos.
Las discusiones sobre las comunidades patógenas se han fundamentado
en las definiciones ecológicas tradicionales del término comunidad que espe­
cifican que hay múltiples especies que interactúan, con una red de relaciones
entre especies. Sin embargo, también puede considerarse que las poblaciones
locales de bacterias de una misma especie, incluso descendientes de una
única célula con diversificación clonal, son comunidades por la conducta
aparentemente colaborativa de subpoblaciones diversificadas y heterogéneas.
Esta perspectiva alternativa ha ofrecido conocimientos importantes sobre las
estrategias, es decir, la «conducta social», de algunos patógenos14. Por ejemplo,
las poblaciones clonales de patógenos pueden variar en su expresión génica.
A modo de ejemplo, en una población de células de Salmonella typhimurium
que crecen en un cultivo axénico hay subpoblaciones que expresan un sistema
de secreción especializado asociado a la virulencia que facilita la invasión de
las células epiteliales intestinales. Esta expresión preventiva de un factor de
virulencia representa una forma de «apuesta diversificada» para preparar la
bacteria para una amplia gama de condiciones locales y necesidades diferentes
y cambiantes. También se observa heterogeneidad en la expresión génica
en subpoblaciones de bacterias que se enfrentan a diferentes condiciones
ambientales en el anfitrión, y que probablemente hayan respondido en
consecuencia. Salmonella atrae tanto macrófagos como neutrófilos hacia la
mucosa intestinal; no es sorprendente por ello que las bacterias fagocitadas
por estos dos tipos celulares expresen genes diferentes incluso en un mismo
tejido inflamado. Incluso bacterias extracelulares muy próximas unas a otras
podrían expresar genes distintos en respuesta a diferencias locales en la
presión parcial de oxígeno o el pH en el interior de un absceso.
Por último, las poblaciones de patógenos pueden mostrar heterogeneidad
por la aparición de «impostores». Una vez más, S. typhimurium constituye
un buen ejemplo. Su sistema de secreción especializado, que facilita la inva­
sión de las células epiteliales intestinales, también provoca una respuesta
inflamatoria en el anfitrión que es favorable para la propia bacteria y para
un número pequeño y seleccionado de familiares lejanos (otros miembros
de Enterobacteriaceae), pero no para la inmensa mayor parte de los competi­
dores comensales. Como es costoso sintetizar el sistema de secreción, surgen
impostores que se pueden beneficiar de la inflamación producida por sus
© Elsevier. Fotocopiar sin autorización es un delito.
hermanos sin tener que asumir el coste de elaborar el sistema de secreción15.
Sin embargo, si los impostores llegan a ser demasiado numerosos, entonces
no habrá suficiente inflamación y toda la población estará en una situación
de desventaja. Por lo tanto, han evolucionado medidas intrínsecas para
mantener bajo control el número de impostores y, de hecho, se sabe que las
bacterias tienen mecanismos de «detección de impostores».
ATRIBUTOS DE LOS PATÓGENOS
MICROBIANOS
A pesar de las dificultades para definirlos, los patógenos comparten diversos
atributos característicos (tabla 1.2). Todos los patógenos (aparte de los
patógenos comensales) deben entrar en el anfitrión en un número suficiente
para establecer una infección, ya sea desde otro anfitrión infectado, desde
el entorno o a través un insecto vector. Todas las clases de patógenos deben
ser capaces de establecerse en un hábitat específico; esto habitualmente tiene
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3
TABLA 1.2 Atributos compartidos
por los patógenos bacterianos
• Entran en el anfitrión. Esto puede tener lugar a través de la piel o por
Capítulo 1 Perspectiva molecular de la patogenicidad microbiana
cualquiera de los orificios del cuerpo. Los patógenos comensales no necesitan
este paso porque «ya están ahí»
• Atraviesan las barreras anatómicas y/o rompen otras defensas del anfitrión
para establecerse en un hábitat y un nicho funcional específicos
• Se multiplican en el interior del anfitrión
• Salen del anfitrión para infectar un nuevo anfitrión. Solo los patógenos
obligatorios tienen que realizar este paso
Modificada de Falkow S. I never met a microbe I didn’t like. Nat Med.
2008;14:1053–1057.
lugar después de traspasar las barreras anatómicas para «ir adonde otros
microorganismos no se atreven». Otro rasgo importante de un patógeno es la
replicación en el interior del anfitrión; la producción de una enfermedad en
general depende de este rasgo, igual que la transmisión, que es una caracterís­
tica esencial de los patógenos obligatorios. Estos pasos diferenciados se
alcanzan evitando, superando, destruyendo o incluso aprovechando uno
o más mecanismos de defensa esenciales del anfitrión. El grado en el que
un microorganismo puede subvertir para su propio beneficio los procesos
celulares de un anfitrión normal no solo distingue a los comensales de los
patógenos16,17, sino también, entre los comensales, a los microorganismos
que tienen mayor o menor propensión a causar enfermedades (v. tabla 1.1).
Para que se ejecuten los pasos de la patogenia, el microorganismo debe
poseer propiedades genéticas, a menudo complementarias y correguladas,
que favorezcan su interacción con el anfitrión humano. Los microorganismos
comensales también dependen de sus propiedades genéticas para mantener
sus interacciones con el anfitrión y con otros miembros de la comunidad. De
hecho, los rasgos genéticos de un microorganismo determinado definen los
atributos específicos que permiten que siga una secuencia común de pasos
para establecer la colonización o la enfermedad18,19. El desarrollo de elegantes
técnicas moleculares y genéticas ha permitido la identificación, el aislamiento
y la caracterización de muchos de estos genes y de sus productos (v. «Identi­
ficación y caracterización de los genes de virulencia»). Actualmente, también
disponemos de las secuencias genómicas completas de prácticamente todas las
especies bacterianas patógenas principales. Esta información ofrece indicios y
conocimientos importantes sobre la posibilidad que tiene un microorganismo
de causar enfermedad y facilita el desarrollo de nuevas estrategias experimen­
tales para conocer tanto los patógenos como los comensales20,21.
Estos métodos, informaciones y conocimientos han llevado a la identifica­
ción de factores de virulencia, las propiedades (p. ej., productos génicos) que
permiten que un microorganismo desarrolle su potencial patogénico mediante
estos pasos; desde el punto de vista del médico, un factor de virulencia incre­
menta la capacidad del microorganismo de causar una patología evidente. La
necesidad fundamental de determinantes de la virulencia es evidente cuando
se considera que la ejecución de los pasos de la patogénesis (o, de hecho,
también de la colonización), a pesar de enfrentarse a una formidable matriz
de mecanismos de defensa del anfitrión, no es trivial. La disponibilidad de la
secuencia del genoma del anfitrión (es decir, del ser humano) ha mejorado
significativamente nuestro conocimiento de los mecanismos de defensa del
anfitrión y de contradefensa del patógeno22, a la vez que ha permitido elaborar
múltiples métodos sinérgicos para conocer la virulencia, como la identificación
de los rasgos de susceptibilidad del anfitrión y la evaluación pangenómica de
la respuesta del anfitrión. Cada vez es más evidente que los patógenos poseen
determinantes específicos que median la virulencia, diferentes de los que
permiten las funciones metabólicas generales, que les dotan de una estrategia
para contrarrestar cada una de las estrategias defensivas del anfitrión.
Los pasos iniciales de entrada y establecimiento del nicho requieren que
el microorganismo entre en contacto con un tejido adecuado del anfitrión
que pueda servir como trampolín para llegar a su nicho definitivo. Para
conseguir este objetivo, el microorganismo infectante debe hacer uso de la
motilidad (mediante flagelos), de propiedades quimiotácticas y de estructuras
adhesivas (o adhesinas, como las fimbrias) que median la unión a receptores
específicos de las células eucarióticas o a otros microorganismos16,23. Se deben
adaptar, al menos transitoriamente, al entorno de nutrientes particular en
el que se encuentran. Deben resistir a los péptidos antimicrobianos del
anfitrión y evitar la fagocitosis y la destrucción por las células inmunitarias
innatas del anfitrión que están patrullando. Deben enfrentarse a la micro­
biota indígena que compite contra el establecimiento del recién llegado.
Como atravesar las barreras generalmente es un aspecto integral de la
llegada al punto de replicación preferido, la mayor parte de los patógenos
tiene determinantes de virulencia específicos que le permiten hacerlo. Estas
barreras pueden ser anatómicas, celulares o bioquímicas, y pueden impedir la
entrada de otros microorganismos en tejidos que habitualmente son estériles.
 4
La destrucción de estos diversos tipos de barrera requiere que los patógenos
elaboren toxinas y enzimas que destruyen las barreras anatómicas a la vez que
contrarrestan las defensas inmunitarias innatas, ya sea evitando la fagocitosis,
por ejemplo mediante una cápsula antifagocítica, o simplemente destruyendo
Parte I Principios básicos en el diagnóstico y el tratamiento de las enfermedades infecciosas
los fagocitos. Paradójicamente, muchos patógenos intracelulares (p. ej.,
Salmonella y Mycobacterium), en lugar de destruir las barreras anatómicas,
habitualmente utilizan los fagocitos para que los transporten a través de
estas barreras, y otros (p. ej., Listeria, Ricketsia y Shigella) se propagan de
unas células no fagocíticas a otras haciendo uso de la maquinaria para el
ensamblado de la actina de la célula del anfitrión24.
En la mayor parte de las enfermedades infecciosas, excepto en las pocas
en las que interviene una toxina preformada, el microorganismo infectante
debe multiplicarse para producir una enfermedad. Esto se puede reconocer
en la práctica clínica por un periodo de incubación característico que abarca
el tiempo desde la exposición hasta la aparición de los síntomas y signos de
la enfermedad. La diversidad de hábitats para los patógenos (extracelulares
e intracelulares, mucosos o submucosos, en el torrente circulatorio o en
otra localización anatómica privilegiada) ha obligatorio a los patógenos a
desarrollar tácticas bioquímicas específicas para conseguir este objetivo.
Los patógenos intracelulares deben protegerse de las defensas de la célula
anfitriona, que, en el caso de los fagocitos profesionales, como los macrófagos
y los neutrófilos, se dirigen a matar los microorganismos.
Por último, los patógenos obligatorios han desarrollado diversas estra­
tegias para salir del anfitrión que sirven para incrementar la transmisión a
un nuevo anfitrión. Shigella dysenteriae y Neisseria gonorrhoeae producen
respuestas inflamatorias mucosas dominadas por neutrófilos que causan
diarrea y exudados, respectivamente, cargados de microorganismos, lo que
facilita la salida de las bacterias y su transmisión a los nuevos anfitriones, a
través del entorno o directamente. M. tuberculosis pone en marcha la muerte
necrótica de los macrófagos infectados en el granuloma tuberculoso, proceso
que incrementa la transmisión25.
Los microorganismos también utilizan mecanismos bioquímicos sutiles
para evitar, subvertir o, como observamos con una frecuencia cada vez mayor,
manipular las defensas del anfitrión. Estas estrategias incluyen la elaboración
de proteasas específicas de inmunoglobulinas, mecanismos de fijación de
hierro, revestimiento de los propios microorganismos con proteínas para
confundir al sistema de inmunovigilancia o hacer que las células del anfitrión
transduzcan señales de forma inadecuada, lo que lleva a una alteración de la
regulación de las defensas del anfitrión o a la muerte de la célula del anfitrión.
Los ejemplos de estos mecanismos incluyen la producción de proteasa contra
la inmunoglobulina A1 por los meningococos, el uso de receptores para la
transferrina y la lactoferrina humanas saturadas de hierro por los gonococos y
el revestimiento de Treponema pallidum con fibronectina soluble humana. La
variación antigénica y la invasión intracelular son otras estrategias frecuentes
que utilizan los patógenos eficaces para evitar la eliminación por un mecanismo
inmunitario17,26. El principio general es que, para cualquier estrategia de defensa
del anfitrión, un patógeno eficaz debe haber desarrollado una contraestrategia.
Cualquier discusión de los factores de virulencia, y particularmente el vín­
culo con funciones de virulencia específicas, lleva a plantearse las preguntas de
cuántos y qué organismos comensales pueden actuar también como patógenos
primarios. Puede considerarse que los factores de virulencia bien conocidos
de los patógenos comensales, muchos de los cuales residen en la mucosa de
la nasofaringe, son factores de colonización que se han descontrolado. Es
probable que estos factores hayan evolucionado para dar al comensal una
ventaja de colonización selectiva en las superficies mucosas con una abundante
competencia microbiana. También podrían ayudar a mantener el equilibrio
con las defensas del anfitrión. Como respaldo de esta idea, las vacunas contra
los factores de virulencia a menudo erradican la colonización además de la
enfermedad. Esto es cierto para las vacunas contra las cápsulas bacterianas,
por ejemplo las de S. pneumoniae y N. meningitidis, lo que demuestra que las
cápsulas de estas bacterias permiten una colonización eficaz.
Las bacterias patógenas han desarrollado estrategias bioquímicas sofis­
ticadas para interferir con las funciones normales de las células del anfi­
trión, o manipularlas en su propio beneficio, aunque su «finalidad» no es
destruir a su anfitrión. Por el contrario, desde una perspectiva teleológica,
las enfermedades que causan son simplemente un producto derivado del
método y el lugar elegidos (o impuestos) por ellas para su replicación y su
persistencia evolutiva. De hecho, la enfermedad en sí misma no es una medida
del éxito del microorganismo; en términos evolutivos, un comensal humano
prevalente ha tenido tanto éxito como un patógeno humano prevalente, como
M. tuberculosis, uno de los principales asesinos de la humanidad. Aunque la
muerte de un anfitrión puede favorecer la transmisión de algunas infecciones,
la mayor parte de las veces es perjudicial para las dos partes implicadas. Por
lo tanto, las reglas de interacción anfitrión-patógeno, de forma evidente para
los patógenos obligatorios, generalmente están diseñadas para producir un
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vínculo: la suficiente multiplicación del patógeno y el suficiente daño para
el anfitrión que permitan garantizar su establecimiento en el anfitrión y su
transmisión a un nuevo anfitrión, pero no más de lo que tolere el anfitrión.
Es cierto que algunas de las enfermedades infecciosas más famosas (p. ej., la
peste) se producen predominantemente en una forma epidémica dramática;
de hecho, las denominadas enfermedades infecciosas «emergentes» reflejan
diversos aspectos del desequilibrio en las relaciones entre el anfitrión, el pató­
geno y el entorno27. Sin embargo, la mayor parte de esas enfermedades son
la consecuencia de la infección accidental por patógenos zoonóticos28. En la
mayor parte de las enfermedades zoonóticas, las reglas de interacción anfitrión-
patógeno son imprecisas, a menudo en perjuicio tanto del anfitrión como
del microorganismo, y sirven de callejón sin salida evolutivo para ambas partes.
Por último, cuando se contextualiza la pregunta «¿qué es un patógeno?»
es importante tener en consideración lo que todavía no sabemos sobre la
verdadera diversidad y la distribución de los microorganismos existentes
capaces de causar enfermedades en el ser humano. Con una frecuencia cada
vez mayor surgen patógenos previamente no reconocidos, y, aunque en su
mayor parte son zoonóticos, la rapidez con la que se descubren los patógenos
pone de manifiesto la incertidumbre sobre la frecuencia con la que pueden
surgir los microorganismos, en qué entornos filogenéticos y mediante qué
mecanismos de virulencia para los seres humanos. Es muy probable que
algunos patógenos potenciales todavía no hayan tenido un contacto adecuado
con los seres humanos que los haya dado a conocer29. Aunque la detección y la
identificación de patógenos siguen siendo subóptimas, en parte por la continua
dependencia de los métodos de cultivo y de los ensayos dirigidos específicos
de especie que no consiguen detectar nuevos patógenos30, también es cierto
que los posibles futuros patógenos se benefician de las actividades huma­
nas que alteran el clima y el paisaje, crean condiciones de vida en una situación
de hacinamiento y dificultan las medidas de saneamiento y otras medidas
de salud pública al generar conflictos y retención de los recursos necesarios.
EVOLUCIÓN DE LA PATOGENICIDAD
DE LAS BACTERIAS
¿De dónde proceden los patógenos? La búsqueda para descubrir cómo causan
enfermedades las bacterias patógenas comenzó hace más de un siglo. La noción
de que las bacterias de alguna manera «intoxican» las células del anfitrión prece­
de incluso al aislamiento de los patógenos individuales, concepto que se solidificó
con la demostración en 1888 y 1890, respectivamente, de que filtrados de cultivos
de Corynebacterium diphtheriae y Clostridium tetani eran suficientes para causar
sus respectivas enfermedades en animales de experimentación. Desde entonces,
se han descubierto centenares de toxinas bacterianas y se han determinado sus
mecanismos de acción. También se han identificado otros factores de virulencia
de las bacterias (p. ej., adhesinas, cápsulas) y se ha alcanzado un conocimiento
sofisticado de sus mecanismos. Pero ¿cómo se transformaron las bacterias en
patógenos, o, en otras palabras, como adquirieron este arsenal? Parece ser que los
determinantes de la virulencia, como las toxinas y las adhesinas, que distinguen
a los patógenos de sus familiares no patógenos, derivan de genes especializados
que poseen los patógenos pero que están ausentes en los microorganismos no
patógenos. Estos genes especializados residen en ADN que a menudo es extraño
a la bacteria, que puede formar parte de plásmidos extracromosómicos, trans­
posones («genes saltatorios») o virus bacterianos (bacteriófagos) que se integran
en el cromosoma bacteriano (tabla 1.3).
El descubrimiento de genes de virulencia (v. «Identificación y caracte­
rización de los factores de virulencia»), que durante décadas se realizó con
métodos genéticos y bioquímicos, se ha acelerado mucho en los últimos años
por disponerse de secuenciación pangenómica a gran escala y análisis de
polimorfismos de un solo nucleótido en todo el genoma20. Desde la primera
descripción de una secuencia genómica completa de un microorganismo de
vida libre, Haemophilus influenzae, en 199531, se han remitido a bases de datos
públicas más de 180.000 secuencias de todo el genoma de bacterias y arqueas
(www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/). El análisis genómico comparativo
sugiere que la herencia de los rasgos patogénicos no es la consecuencia de
una adaptación lenta al anfitrión, sino de la adquisición rápida y en bloque
de genes a través de elementos genéticos móviles (es decir, plásmidos, trans­
posones y fagos). En consonancia con su adquisición a través de elementos
móviles, estas secuencias asociadas a la virulencia a menudo están flanqueadas
por segmentos de ADN repetidos, que son una firma de los ADN móviles.
Además, la inspección de las secuencias del genoma permite ver que estos
determinantes de la virulencia y sus elementos móviles asociados (residuales)
a menudo tienen una composición de nucleótidos genómicos específica, lo
que sugiere que su origen deriva de un microorganismo no relacionado.
Esta dualidad de la composición de nucleótidos de los cromosomas en
las bacterias patógenas es más evidente en el contexto de las islas de pato-
genicidad, grandes bloques de genes que algunos patógenos han adquirido
mediante transferencia genética desde otras bacterias32. Estas islas incluyen

TABLA 1.3 Ejemplos de determinantes
de virulencia codificados por plásmidos y fagos
FACTOR DE
5
la adquisición de material genético que codifica determinantes de virulencia,
más que por la pérdida gradual de genes. Esto no quiere decir que con el paso
del tiempo algunos patógenos no se hayan deshecho de genes que ya no son
FUNCIÓN útiles para su nuevo estilo de vida patogénico recién adquirido. De hecho, la

Capítulo 1 Perspectiva molecular de la patogenicidad microbiana

MICROORGANISMO VIRULENCIA BIOLÓGICA pérdida o la inactivación de genes a menudo se asocian con la adaptación de
un patógeno a un anfitrión particular. Continuando con el «acoso» genómico
Codificado por plásmidos a Salmonella, se encuentra que S. typhi, la bacteria estrictamente adaptada al
Escherichia coli Enterotoxinas Activación de adenilato/ ser humano que causa la fiebre tifoidea, ha adquirido mediante transferencia
enterotoxigénico termolábil y guanilato ciclasa en el génica horizontal (TGH) un polisacárido capsular específico, Vi, y una toxina
termoestable intestino delgado, lo que exclusiva que no está presente en S. typhimurium33. Sin embargo, también ha
causa diarrea
CFA/I y CFA/II Factores de adherencia/ perdido o inactivado un gran número de genes presentes en S. typhimurium.
colonización Shigella y Yersinia son otros ejemplos de evolución a la patogenicidad
mediante adquisición y pérdida de genes. Se cree que las diferentes especies
E. coli extraintestinal Hemolisina Citotoxicina
patógenas del género Shigella surgieron en varias ocasiones independientes
Género Shigella y E. coli Productos génicos Induce la interiorización desde varias estirpes de E. coli diferentes, y en el caso de Shigella sonnei,
enteroinvasivo implicados en la por las células epiteliales la aparición de la especie se produjo en un momento bastante reciente (es
invasión intestinales
decir, hace solo 400 años). El género Shigella surgió mediante evolución
Género Yersinia Factores de adherencia Unión/invasión convergente, con adquisición de un plásmido de virulencia que transportaba
y productos génicos genes para la invasión y la manipulación de las células del anfitrión y un
implicados en la bacteriófago que transportaba el gen de la toxina Shiga, junto con la pérdida
invasión
de los genes de los flagelos, que ya no solo eran innecesarios a la luz del nuevo
Bacillus anthracis Factor de edema, El factor de edema tiene arsenal que había adquirido cada una de las especies, sino que incluso eran
factor letal y actividad de adenilato perjudiciales porque la inmunogenicidad de los flagelos podría provocar
antígeno protector ciclasa; el factor letal es
una respuesta del anfitrión que favorecería la eliminación de la bacteria34.
una metaloproteasa que
actúa sobre moléculas de El caso de Yersinia pestis ofrece el que tal vez es el ejemplo más fantástico de
transducción de señales adquisición y pérdida conjuntas de genes. Se estima que Y. pestis evolucionó a
del anfitrión partir del microorganismo enteropatógeno Yersinia pseudotuberculosis hace tan
Staphylococcus aureus Toxina exfoliativa Causa necrolisis epidérmica
solo aproximadamente 5.000 años35. Todas las especies patógenas del género
tóxica Yersinia contienen un plásmido de virulencia de 70 kilobases (pYV) necesario
para la toxicidad y para superar las defensas inmunitarias del anfitrión, aun­
Clostridium tetani Neurotoxina tetánica Bloquea la liberación
que hay dos plásmidos específicos de Y. pestis que han sido adquiridos más
de neurotransmisores
inhibidores, lo que recientemente mediante TGH. Uno codifica un activador del plasminógeno,
produce espasmos una molécula de superficie que confiere funciones proteolíticas, adhesivas e
musculares invasivas y facilita la diseminación desde un foco de infección intradérmico.
El otro plásmido codifica un antígeno capsular que bloquea la fagocitosis y una
Codificado por fagos
toxina necesaria para la supervivencia en la pulga. Por lo tanto, este micro­
Corynebacterium Toxina diftérica Inhibición de la síntesis de organismo evolucionó para establecer un reservorio específico en los mamíferos,
diphtheriae proteínas en eucariotas garantizar su transmisión por una pulga y extenderse por vía sistémica hasta su
Streptococcus pyogenes Toxina eritrogénica Exantema de la escarlatina anfitrión murino preferido, con un efecto devastador evidente en el anfitrión
humano accidental. En el proceso, reorganizó su genoma e inactivó genes que
Clostridium botulinum Neurotoxina botulínica Bloquea la liberación de
acetilcolina en la sinapsis, eran necesarios para su vida gastrointestinal previa; estos genes inactivados
lo que produce parálisis y estas reordenaciones se mantienen como reliquias evolutivas. El que un
flácida microorganismo pueda lograr esta notable hazaña de evolución en lo que es un
E. coli enterohemorrágico Toxina de tipo Shiga Inhibición de la síntesis de
instante en términos evolutivos puede constituir una advertencia sobre lo que
proteínas en eucariotas puede reservar el futuro en relación con los patógenos emergentes.
En general, conforme las bacterias evolucionan y pasan de ser organismos
Vibrio cholerae Toxina colérica Estimula la adenilato ciclasa de vida libre con múltiples hábitats a patógenos obligatorios, organismos restrin­
en las células del anfitrión
gidos por el anfitrión, endosimbiontes u organismos intracelulares obligatorios,
CFA, antígeno del factor de colonización. sus genomas se reducen de tamaño, acumulan genes inactivos o defectuosos
Datos de Elwell LP, Shipley PL. Plasmid-mediated factors associated with virulence of (seudogenes) o se dan ambas situaciones20,36. Por ejemplo, la evolución de Borde-
bacteria to animals. Annu Rev Microbiol. 1980;34:465–496; y Cheetham BR, Katz
ME. A role for bacteriophages in the evolution and transfer of bacterial virulence
tella pertussis como patógeno específico de anfitrión adaptado al ser humano a
determinants. Mol Microbiol. 1995;18:201–208. partir de un ancestro similar a Bordetella bronchiseptica se ha acompañado por
pérdida extensa de genes e inactivación génica (3.816 secuencias codificantes
agregados de genes asociados a la virulencia que codifican sistemas de frente a 5.007 en B. bronchiseptica; el 9,4% de las secuencias codificantes corres­
secreción especializados y moléculas efectoras segregadas que confieren al ponde a seudogenes, en comparación con el 0,4% en B. bronchiseptica)37.
microorganismo propiedades extraordinarias para sobrevivir en un anfi­ En este caso, una variedad de anfitriones muy restringida (B. pertussis es un
trión específico, como adhesinas y proteínas que regulan la expresión de patógeno estrictamente humano) ha implicado la pérdida de la diversidad
los genes de virulencia (v. «Regulación de la patogenicidad de las bacterias» genética. Al contrario de B. bronchiseptica, que infecta a múltiples anfitriones
y «De cerca: los patógenos como biólogos celulares»). Se cree que S. typhi- animales y puede sobrevivir en el ambiente, B. pertussis tiene una dotación
murium empezó a evolucionar como patógeno desde un ancestro común génica con escasa variabilidad entre las diferentes cepas aisladas en los últimos
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que comparte con E. coli, hace aproximadamente 130 millones de años, 50 años y en distintos continentes38. Sin embargo, análisis más recientes de
mediante la adquisición secuencial de al menos dos islas de patogenicidad, montajes de secuencias pangenómicas y estudios de orden génico han revelado
una de las cuales media la interiorización en las células del anfitrión, y otra, reordenaciones estructurales específicas de clon en el genoma y han llevado
la supervivencia y la replicación en el interior de una vacuola intracelular. a especular que determinadas reordenaciones del genoma pueden conferir
Aunque el análisis genómico ofrece historias fascinantes sobre la evolución mejoras de la adecuación y diferencias en la virulencia39. M. tuberculosis, un
de los patógenos, todavía se ignoran los orígenes precisos de estos y otros patógeno adaptado al ser humano, tiene un genoma significativamente menor
sistemas asociados a la virulencia. Probablemente se adquirieron desde que su familiar residente en el suelo Mycobacterium smegmatis. M. leprae, el
un ancestro remoto todavía no conocido. Además, parece probable que su microorganismo causante de la lepra, tiene una adaptación tan exquisita a su
adquisición por los patógenos se pueda rastrear hasta su necesidad de evitar anfitrión que ni siquiera se puede cultivar en un cultivo axénico, y, en conse­
la predación a medida que evolucionaron organismos más sofisticados, cuencia, su genoma muestra un grado extremo de pérdida génica. En conjunto,
como las amebas de vida libre, los nematodos, los hongos y otras múltiples el impulso evolutivo primario de la patogenicidad se debe a la adquisición de
criaturas minúsculas que utilizan los microorganismos como alimentos. La genes. En un sentido más general, la adquisición de genes es una estrategia
patogenicidad es un rasgo bacteriano antiguo y honorable. eficaz para la especialización microbiana y un método para que los organismos
En consecuencia, se puede concluir que en la mayor parte de los casos haploides adquieran nuevas funciones y maximicen la diversidad, a la vez que
las bacterias han evolucionado para transformarse en patógenos mediante satisfacen su necesidad de conservar funciones esenciales. La pérdida génica
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2022. Para uso personal exclusivamente. No se permiten otros usos sin autorización. Copyright ©2022. Elsevier Inc. Todos los derechos reservados.
 6
que se produce junto a la adquisición de genes hace que el organismo sea más
eficiente en un entorno, aunque puede ser más limitado en otros; M. leprae es
un ejemplo extremo de evolución hacia un nicho restringido.
Una revelación de la «observación del genoma» de los patógenos es que la
Parte I Principios básicos en el diagnóstico y el tratamiento de las enfermedades infecciosas
cantidad de ADN adquirido asociado a la virulencia y la adaptación al hábitat
de un anfitrión varía mucho de unos patógenos bacterianos a otros. En las
cepas de E. coli patógenas esta cantidad es importante. Por ejemplo, los tipos
uropatógeno, enterohemorrágico y extraintestinal de E. coli muestran una
estructura del genoma en mosaico, con centenares de islas génicas distintas
asociadas a cada tipo, que abarcan hasta el 40% del contenido génico total de
cada una de estas cepas40. Cada uno de estos patotipos es tan distinto de los
otros como cada uno de ellos de una cepa de laboratorio de E. coli no pató­
gena. Por el contrario, no más de la mitad de la dotación génica combinada
es común a todas las cepas de E. coli. A partir de este hallazgo y de otros
similares surge el concepto del «pangenoma», o dotación completa de genes
de una especie. E. coli tiene un pangenoma relativamente «abierto» porque,
con cada nuevo secuenciado del genoma, se descubre un nuevo conjunto de
aproximadamente 30 genes únicos, lo que sugiere la evolución continua de la
especie mediante adquisición génica41. Por el contrario, otros muchos pató­
genos, como Bacillus anthracis, tienen un pangenoma relativamente cerrado.
El hecho de que microorganismos aparentemente diferentes que ocu­
pan el mismo nicho compartan genes en principio debería ofrecer a estos
microorganismos un número ilimitado de combinaciones de genes para la
experimentación evolutiva, por así decirlo, en un hábitat como el tubo diges­
tivo humano42. Sin embargo, un hallazgo constante en los análisis genómicos
es que la mayor parte de las poblaciones naturales de microorganismos,
incluyendo los patógenos, está formada por tan solo un pequeño número de
estirpes clonales distintas43. Esta estructura poblacional clonal podría sugerir
que las tasas de recombinación de los genes cromosómicos entre diferentes
cepas de la misma especie y entre diferentes especies bacterianas son bajas,
es decir, solo se intentan algunos experimentos evolutivos. También podría
implicar que, aunque la experimentación podría producirse con frecuencia,
solo tienen «éxito» algunos experimentos, por lo que la aparición de un
patógeno es relativamente infrecuente. Un dato que confirma que las tasas de
recombinación son bajas es el hallazgo de que incluso bacterias que poseen
mecanismos de intercambio genético de forma natural conservan su indivi­
dualidad. Los neumococos son un buen ejemplo de esta aparente paradoja;
a pesar de poder transformarse de forma natural y de residir en la nasofaringe,
en la que abundan otras bacterias, han mantenido una identidad muy espe­
cífica. Por lo tanto, a pesar de la inconfundible aparición de transposiciones
génicas en una misma bacteria y entre distintas bacterias, no se ha podido
ver homogenización de las especies bacterianas. Por el contrario, las bacterias
han seguido siendo entidades taxonómicas distintas y diferenciadas44 porque
el cromosoma bacteriano, en general, se ha resistido a las reordenaciones.
Por último, es intrigante que la mayor parte de los casos de enfermedad grave
estén causados por tan solo algunos de los clones existentes que constituyen una
especie bacteriana patógena. Un ejemplo es la enfermedad meningocócica, en la
que hay un claro predominio de un clon particular en grandes áreas de todo el
mundo, y tan solo se han descrito casos esporádicos de la enfermedad producida
por otros clones. En el caso del bacilo tifoideo, solo hay un clon importante en
todo el mundo, aunque la reciente resistencia a los antibióticos puede estar impo­
niendo la diversidad45. Eso también se aplica a S. sonnei y B. pertussis, que son
tan solo uno de un pequeño grupo de tipos clonales estrechamente relacionados.
El estudio de las poblaciones de E. coli en el tubo digestivo humano indica que
persiste solo un número pequeño de estirpes clonales, mientras que aparecen y
desaparecen numerosas estirpes celulares no relacionadas43. Las cepas de E. coli
que son patógenas en el aparato urinario y producen enfermedad sintomática
en los seres humanos pueden tener una diversidad genética aún menor que las
cepas de E. coli que se encuentran en la microbiota intestinal o las que producen
colonización asintomática del aparato urinario46. Tal vez la evolución de estas
cepas de E. coli para vivir en un nicho epitelial más especializado ha llevado a
limitaciones en la recombinación que mantienen su grado añadido de especia­
lización. La adecuación para la colonización del aparato urinario podría muy
bien ser un derivado para la mejora de la colonización de su nicho intestinal
«natural». De hecho, en algunas personas con infecciones urinarias recurrentes
puede haber una variación simultánea e idéntica en las poblaciones de E. coli
dominantes en la vejiga y el intestino distal entre un episodio y el siguiente47. Sin
embargo, no todas las especies bacterianas patógenas muestran este patrón de
organización clonal. Dos excepciones notables son N. gonorrhoeae y Helicobacter
pylori, que parecen utilizar la recombinación cromosómica de una forma bas­
tante extensa para incrementar su diversidad genética. De hecho, debido a la
estricta adaptación al ser humano y la extensa diversidad genómica y la deriva
antigénica, los análisis comparativos de la estructura del genoma de H. pylori han
mostrado aspectos importantes de las migraciones humanas y de la estructura
de la población humana48.
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REGULACIÓN DE LA
PATOGENICIDAD DE LAS BACTERIAS
Si un organismo posee productos génicos especializados que determinan
su virulencia, debe ser capaz de utilizarlos cuando sea necesario, pero no
agotar su energía metabólica produciéndolos sin ninguna finalidad. Además,
la expresión indiscriminada cuando no es necesaria supone el riesgo de
que las defensas del anfitrión detecten el determinante de la virulencia
y lo neutralicen prematuramente. En consecuencia, la expresión de los
factores de virulencia debe estar estrechamente controlada, lo que plantea
una complicación adicional, aunque esencial, en la vida de un microorga­
nismo patógeno49. Como el anfitrión presenta diversas condiciones que
son llamativamente diferentes de las del medio externo, un patógeno debe
activar e inactivar un gran número de genes para modificar su conducta y
adaptarse a su nuevo entorno. Como el estudio de la regulación de los genes
en el laboratorio no puede replicar el entorno del anfitrión, estos hallazgos
de laboratorio pueden no representar verdaderamente la adaptación del
microorganismo al anfitrión; en algunos casos se puede estudiar la expresión
génica del microorganismo utilizando modelos animales o instantáneas de
la infección en los seres humanos.
Vibrio cholerae es un excelente ejemplo de la agilidad de la expresión
génica en los patógenos. Se piensa que V. cholerae persiste en un «estado
viable pero no cultivable» en estuarios salobres y en otros entornos acuáticos
salinos, a menudo asociado al exoesqueleto quitinoso de diversos organis­
mos marinos50. La transición desde este ambiente hasta el entorno de la luz
del intestino delgado humano, claramente diferente, está acompañada por
importantes fenómenos de regulación genética, entre ellos el aumento de la
expresión de la toxina colérica. En un sentido aún más «distal», el incremento
masivo del número de vibrios en las heces de los pacientes con cólera puede
presagiar un estado hiperinfeccioso y un aumento de la posibilidad de trans­
misión51. El perfil transcripcional de estos organismos cuando salen de los
pacientes con cólera es de nuevo distinto; refleja la reciente privación de
nutrientes que ha experimentado el patógeno en el colon y la modulación a la
baja de la toxina y de la actividad quimiotáctica, que ya no son necesarias51,52.
A pesar de su seductora sencillez, la célula microbiana posee multitud
de métodos para detectar rápidamente, muchas veces de forma simultánea,
cambios en la temperatura, las condiciones iónicas, la concentración de
oxígeno, el pH y diversos metales, como el calcio y el hierro. Estas señales
a menudo tienen una función dual; indican al patógeno que está en un
entorno que requiere la expresión de ciertos determinantes de virulencia
y son esenciales para la movilización precisa de los determinantes de la
virulencia. Para el patógeno comensal gástrico H. pylori, y para los patógenos
intestinales que deben pasar por el estómago, el pH puede ser una señal
fundamental. La respuesta de H. pylori a un pH bajo incluye cambios en la
abundancia de los transcritos del 7% de sus genes, y se asocia a aumento
de la motilidad, tal vez como método para penetrar en la capa mucosa del
estómago53. La respuesta de determinados patógenos a las concentraciones
de hierro bajas constituye un buen ejemplo de cómo los patógenos pueden
transformar una situación adversa en favorable. El hierro es un componente
fundamental de muchos procesos metabólicos celulares; por lo tanto, no es
sorprendente que los animales hayan evolucionado para tener proteínas
de unión al hierro y de almacenamiento con alta afinidad que privan a los
microorganismos del acceso a este nutriente, especialmente en la superficie
mucosa. Sin embargo, esta estrategia puede resultar muy contraproducente
para el anfitrión. En situaciones de hierro bajo, se induce la producción
de muchas toxinas microbianas (p. ej., toxina diftérica). La temperatura es
otra señal evidente para los microorganismos adaptados a los animales de
sangre caliente que pueden «entrar desde el frío». De hecho, la regulación
reversible de la expresión de genes de virulencia por la temperatura es una
característica común a muchos patógenos, como las cepas enteropatógenas
y uropatógenas de E. coli (fimbrias y antígeno capsular K-1) y los géneros
Shigella (invasividad y toxina) y Yersinia (determinantes asociados a la viru­
lencia, como las proteínas de la membrana externa) (tabla 1.4). La regulación
térmica de estos distintos determinantes de la virulencia está mediada por
múltiples mecanismos: cambios en la topología del ADN, la conformación
del ARN mensajero y la conformación y la estabilidad de las proteínas54.
Otro mecanismo común para reconocer las señales ambientales y aprove­
charlas para transformarlas en cambios de la expresión génica supone el uso
de sistemas reguladores de dos componentes que actúan sobre la expresión
génica, habitualmente a nivel de la transcripción55,56. Estos sistemas utilizan
parejas de proteínas similares; una proteína de la pareja atraviesa la membrana
citoplasmática, contiene un dominio transmisor y puede actuar como detector
de estímulos ambientales, mientras que la otra es una proteína citoplasmática
(regulador de la respuesta) con un dominio receptor que regula los genes o
las proteínas sensibles. Las proteínas detectoras suelen ser cinasas que se
autofosforilan en un residuo de histidina conservado. Estos intermediarios

TABLA 1.4 Ejemplos de regulación de la virulencia bacteriana
GENES
MICROORGANISMO REGULADORES ESTÍMULOS AMBIENTALES
Escherichia coli drdX Temperatura
fur Concentración de hierro
Bordetella pertussis bvgAS Temperatura, condiciones iónicas, ácido nicotínico
Vibrio cholerae toxR Temperatura, osmolaridad, pH, aminoácidos
Género Yersinia Locus lcr Temperatura, calcio
virF Temperatura
Género Shigella virR Temperatura
Salmonella typhimurium pag pH
Staphylococcus aureus agr Densidad celular
Datos de Miller JF, Mekalanos JJ, Falkow S. Coordinate regulation and sensory transduction in the control of bacterial virulence. Science. 1989;243:916–922; y Mekalanos JJ.
Environmental signals controlling the expression of virulence determinants in bacteria. J Bacteriol. 1992;174:1–7.
de alta energía después transfieren sus grupos fosfato a un residuo aspartato
conservado en el dominio receptor de las proteínas reguladoras de la respues­
ta. Desfosforilasas contrapuestas determinan el estado de fosforilación global
de estos reguladores de la respuesta y, en consecuencia, su nivel de actividad.
Muchos de estos reguladores son proteínas de unión al ADN que regulan la
transcripción de múltiples genes diana. Los sistemas de este tipo controlan,
por ejemplo, las propiedades de permeabilidad de la cubierta celular de E. coli
en respuesta a estímulos osmóticos (EnvZ/OmpR), la expresión de la toxina
por cepas enterotoxigénicas de Bacteroides fragilis en presencia de moco en
el colon (RprX/RprY), la expresión de numerosos factores de virulencia por
Streptococcus pyogenes (CovR/CovS), el paso de crecimiento vegetativo a
esporulación por parte de Bacillus subtilis (KinA/SpoOF, SpoOA) e incluso
la capacidad que tiene la bacteria del suelo Agrobacterium tumefaciens de
inducir tumores en células vegetales susceptibles en respuesta a los fenoles
que se encuentran en los exudados de las heridas de las plantas (VirA/VirG).
Las bacterias patógenas también pueden utilizar ARN reguladores
pequeños (ARNp) para adaptarse a las agresiones ambientales. A modo de
ejemplo, en condiciones de hierro bajo, agresión oxidativa y agresión contra
la membrana en el laboratorio, M. tuberculosis produce un ARNs que inhibe
la expresión de proteínas no esenciales que contienen hierro mediante la
unión y la interacción con ARNm análogos57. En condiciones de laboratorio,
la exposición previa de M. tuberculosis a una agresión oxidativa, seguida
por la privación de hierro, acelera la respuesta de ahorro de hierro, lo que
sugiere que los ARNs permiten que los patógenos integren múltiples señales
ambientales y se anticipen a los cambios a muy corto plazo.
Los patógenos tienen la capacidad de hacer su propio censo durante la
infección. Este fenómeno, llamado «percepción de quórum», está mediado
por la regulación génica, y tampoco es específico de las bacterias patógenas;
las bacterias ambientales también hacen un seguimiento de su densidad celular
y regulan su expresión génica en consecuencia58. En las bacterias patógenas,
la percepción de quórum permite la coreografía precisa de la producción
de factores de virulencia durante la multiplicación en un anfitrión vigilante.
Por ejemplo, en las primeras fases de la formación de un absceso de partes
blandas, S. aureus activa toxinas antifagocíticas en el mismo momento en el
que las bacterias alcanzan números que son suficientes para llamar la atención
de los neutrófilos59. S. aureus y otras bacterias grampositivas utilizan péptidos
pequeños para detectar la densidad celular y regular la expresión de los genes
de virulencia. Para muchas bacterias gramnegativas, la percepción de quórum
y la comunicación intercelular se consiguen mediante la secreción y la respuesta
a lactonas de homoserina aciladas. P. aeruginosa, el microorganismo causal de
múltiples enfermedades en anfitriones con alteraciones de las defensas (como ya
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se ha señalado), es activada por estos compuestos autoinducidos para producir
enzimas que degradan los tejidos cuando alcanzan una concentración suficien­
te60. La percepción de quórum también está ineludiblemente vinculada con la
formación de estructuras de comunidad bacteriana complejas en las superficies
ambientales; estas «biopelículas», que se pueden formar en el anfitrión, tanto
en los tejidos endógenos, como las válvulas cardiacas, como en dispositivos
implantados, pueden permitir la persistencia a largo plazo y la resistencia a las
defensas del anfitrión y los antibióticos. V. cholerae depende de la percepción
de quórum no solo para regular la formación de biopelículas en el plancton
marino, sino también para mediar la liberación desde estas biopelículas tras su
entrada en un anfitrión humano61. El uso de la percepción de quórum para la
virulencia puede plantear oportunidades terapéuticas: los factores de quórum
pueden servir como dianas para nuevos métodos terapéuticos58,62.
Estos importantes cambios de personalidad en el microorganismo cuan­
do cambia de hábitat, de ser residente en el entorno a patógeno asociado a
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7
FUNCIONES REGULADAS
Capítulo 1 Perspectiva molecular de la patogenicidad microbiana
Fimbrias asociadas a la pielonefritis
Toxina de tipo Shiga, sideróforos
Toxina tosferínica, hemaglutinación filamentosa, adenilato ciclasa, otros
Toxina colérica, fimbrias, proteínas de la membrana externa
Secreción de proteínas efectoras
Adherencia, invasividad
Invasividad
Virulencia, supervivencia en los macrófagos
α-, β-hemolisinas; toxina 1 del síndrome de shock tóxico; proteína A
un anfitrión, requieren un «cambio de imagen» importante, y todo debe estar
estrechamente coordinado. El control coordinado de la patogenicidad incor­
pora el importante concepto de regulón. Un regulón es un grupo de operones o
genes individuales controlado por un regulador común, habitualmente un
activador o represor de proteínas. Este regulador puede, en algunos casos,
ser el segundo componente de un sistema de dos componentes. Un regulón
es un medio gracias al cual muchos genes pueden responder de forma con­
certada a un estímulo particular. En otras ocasiones los mismos genes pueden
responder de forma independiente a otras señales. Las redes reguladoras
globales son una característica común de la virulencia microbiana y de la
fisiología microbiana básica (v. tabla 1.4). En muchos casos, los sistemas
reguladores son esenciales para la virulencia bacteriana. La complejidad
de la regulación de la virulencia en un único patógeno bacteriano se ve
amplificada por la interacción de múltiples sistemas y por la presencia de
regulones en el interior de los regulones. P. aeruginosa, un microorganismo con
nichos ambientales variados, contiene genes para 55 detectores y 89 regu­
ladores de la respuesta. Por el contrario, H. pylori contiene genes para
únicamente 4 y 7, respectivamente, lo que probablemente refleje el entorno
más restringido que ocupa.
Por último, los patógenos utilizan métodos de regulación génica com­
plejos no solo para enfrentarse a las defensas del anfitrión, sino también para
escapar de ellas por completo. Algunos patógenos (p. ej., varias especies de
los géneros Neisseria y Borrelia) varían periódicamente algunos componentes
antigénicos importantes de su superficie y, al hacerlo, reducen la probabilidad
de que el anfitrión ponga en marcha una respuesta inmunitaria adaptativa
contra ellos. Las fimbrias son esenciales para la virulencia de los gonococos
en el anfitrión humano, probablemente como consecuencia de su interven­
ción en la adherencia a la superficie diana en la mucosa63,64. Pero las fimbrias,
como muchos determinantes de la virulencia bacteriana, también provocan
respuestas específicas en el anfitrión, mediadas por anticuerpos, tanto locales
como sistémicas. La producción intermitente de fimbrias, y también la
variación en su composición, son estrategias que utilizan los gonococos para
escapar a la respuesta inmunitaria del anfitrión. Los mecanismos moleculares
que subyacen a estas estrategias son complejos. En general, las variaciones de
fase y antigénicas se deben a reordenaciones del ADN (conversión génica)
que mueven secuencias relacionadas con la pilina, silentes para la trans­
cripción y dispersas en todo el cromosoma del gonococo, hasta el punto de
expresión (el locus pilE). Los derivados de una única cepa de N. gonorrhoeae
pueden expresar numerosos tipos diferentes de fimbrias.
La regulación génica también subyace a la capacidad del género Borrelia de
establecer infecciones persistentes en sus anfitriones mamíferos, a pesar de las
respuestas humorales dirigidas contra las proteínas antigénicas que tienen en
su superficie. La persistencia de estos patógenos depende de sus mecanismos
para variar la expresión de las proteínas de superficie que presentan al anfi­
trión, a fin de escapar a los anticuerpos neutralizantes específicos. Estos meca­
nismos de Borrelia se elucidaron por primera vez en los microorganismos
productores de la fiebre recurrente, Borrelia recurrentis y Borrelia hermsii65,66,
aunque más recientemente se han caracterizado para el microorganismo
de la enfermedad de Lyme, Borrelia burgdorferi67. La recombinación que
afecta a un mecanismo de conversión génica en el lugar de expresión de una
lipoproteína asociada a la superficie, VlsE, que se encuentra en un plásmido
lineal del patógeno, permite que se expresen copias génicas alternativas de
una matriz adyacente de genes silenciados en tándem, y que se sustituyan sus
proteínas, variables desde el punto de vista antigénico, en la superficie de la
espiroqueta. Se ha visto que el cambio antigénico de VlsE es necesario para
la persistencia de B. burgdorferi en modelos murinos de infección. Aunque
 8
todavía no se conoce por completo a nivel mecanicista, este fenómeno puede
servir como una nueva diana importante para terapias complementarias en
un intento de desarrollar y aplicar una vacuna contra la enfermedad de Lyme.
Entre otros patógenos microbianos, las reordenaciones del ADN explican la
Parte I Principios básicos en el diagnóstico y el tratamiento de las enfermedades infecciosas
variación de las proteínas flagelares en el género Salmonella68.
DE CERCA: LOS PATÓGENOS
COMO BIÓLOGOS CELULARES
Muchos patógenos bacterianos dependen de interacciones íntimas con las
células del anfitrión para ejecutar su programa de patogenia. Estas inter­
acciones tienen lugar gracias a su capacidad de apropiarse de los procesos celulares
del anfitrión, alterando a menudo las membranas celulares del anfitrión, para
conseguir cualquiera de los diversos resultados en relación con la célula del
anfitrión: unión, fagocitosis o evitación de la misma. La unión o la asociación
estrecha con las células del anfitrión generalmente se consiguen a través de
fimbrias u otras adhesinas, mediante adherencia directa o por su unión a
componentes extracelulares. Las cepas enteropatógenas y enterohemorrágicas
de E. coli, ECEP y ECEH, respectivamente, usurpan la maquinaria de la propia
célula para hacerlo. También utilizan un sistema de secreción especializado
para formar una estructura que contiene actina reorganizada y que protruye de
la superficie de la célula epitelial del anfitrión, llamada «pedestal» o seudópodo
(fig. 1.1). Este pedestal facilita la unión íntima de la bacteria a la célula del anfi­
trión, mediada por la unión de la adhesina bacteriana, intimina, a un receptor
llamado Tir. Sorprendentemente, Tir es también un producto bacteriano. El
sistema de secreción especializado de estas bacterias incluye los determinantes
necesarios para ensamblar una estructura supramolecular que atraviesa toda
la pared celular de la bacteria, de forma similar a una aguja hipodérmica69, y
que se utiliza para segregar moléculas efectoras directamente a través de las
membranas celulares del anfitrión. Tir es segregado hacia el interior de la célula
del anfitrión a través de esta «aguja» junto con otras proteínas que dirigen la
fosforilación de Tir por las células del anfitrión mediante la activación de las
correspondientes vías de transducción de señales del anfitrión. Tir se localiza
en la membrana celular del anfitrión en la superficie apical del pedestal70. Es
sorprendente que se haya seleccionado durante la evolución una serie tan
compleja de acontecimientos para coordinar esta estructura de unión.
Como los fagocitos profesionales (macrófagos y neutrófilos) son células
inmunitarias innatas que están fácilmente disponibles para ser atraídas
rápidamente, a fin de englobar y destruir las bacterias, los programas de
virulencia de la mayor parte de los patógenos disponen de mecanismos
para evitar la fagocitosis por estas células. Las cápsulas de las bacterias
grampositivas pueden inhibir su fagocitosis mediante diversos mecanismos.
Muchas bacterias gramnegativas (p. ej., Yersinia, Pseudomonas, Vibrio)
FIG. 1.1 Micrografía electrónica de barrido que muestra la forma-
ción de seudópodos, o «pedestales», por Escherichia coli entero-
patógeno (ECEP) cuando interactúa con la superficie de una célula
epitelial. Esta forma de adherencia íntima requiere una adhesina bacteriana,
la intimina; un receptor de origen bacteriano, Tir, que se inyecta en la célula
del anfitrión, y una serie de fenómenos de transducción de señales iniciados
por ECEP. La alteración de la función absortiva normal produce diarrea. Otros
patógenos bacterianos también son capaces de inducir la formación de seu­
dópodos en las células epiteliales intestinales. (De Rosenshine I, Ruschkowski S,
Stein M, et al. A pathogenic bacterium triggers epithelial signals to form
a functional bacterial receptor that mediates actin pseudopod formation.
EMBO J. 1996;15:2613–2624. Por cortesía de B. B. Finlay.)
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utilizan sus sistemas de secreción especializados para inyectar proteínas en
la célula anfitriona. Estas proteínas alteran la formación de complejos de
actina poliméricos, que son necesarios para las fuerzas y los cambios en la
conformación de la membrana que permiten la fagocitosis71.
Al mismo tiempo, muchos patógenos bacterianos medran en un estilo de
vida intracelular durante toda su vida en el anfitrión o a lo largo de una porción
importante de la misma. Los patógenos intracelulares deben enfrentarse a
múltiples defensas del anfitrión: especies reactivas del oxígeno y el nitrógeno,
péptidos antimicrobianos, y acidificación y enzimas hidrolíticas en los lisoso­
mas y los autofagolisosomas. De hecho, la residencia intracelular puede ofrecer
ventajas. Los patógenos pueden escapar a determinadas defensas del anfitrión,
como el complemento y los anticuerpos, y pueden acceder a nutrientes que
por lo demás estarían restringidos. Los fagocitos profesionales son posibles
adversarios formidables, porque la destrucción de los patógenos es una de
sus principales funciones. Pese a todo, muchos patógenos bacterianos han
desarrollado evolutivamente métodos para entrar, sobrevivir, multiplicarse e
incluso persistir en el interior de los propios fagocitos diseñados para destruir
bacterias. La residencia en los fagocitos ofrece la ventaja adicional de que estas
células pueden transportar los patógenos a través de las barreras epiteliales.
Los patógenos intracelulares se encuentran en todas las clases enumera­
das en la tabla 1.1. Pueden ser patógenos obligatorios (p. ej., M. tuberculosis,
S. typhi, Chlamydia trachomatis), zoonóticos (p. ej., Brucella abortus, géne­
ro Rickettsia) o ambientales (p. ej., Mycobacterium marinum y Legionella
pneumophila). Debe señalarse que parece que los patógenos comensales (v.
tabla 1.1) están ausentes en el conjunto conocido de patógenos intracelulares
de los seres humanos, lo que sugiere que evitar la fagocitosis es un requisito
estricto para que un comensal establezca un nicho.
¿Cómo se han transformado los patógenos en residentes intracelulares? La
relación de las bacterias con las eucariotas es antigua; se cree que las mito­
condrias eucarióticas proceden de un endosimbionte bacteriano relacionado con
las especies de ricketsias existentes. Por lo tanto, las bacterias intracelulares
pueden haber modelado la propia esencia de las eucariotas contemporáneas al
dotarlas de la capacidad de respiración aeróbica. Pero ¿qué hay de los patóge­
nos bacterianos contemporáneos que parasitan los fagocitos profesionales (la
mayor parte de las ocasiones, los macrófagos)? Pueden haber sido «entrena­
dos» para vivir en los macrófagos por sus encuentros antiguos con las amebas
ambientales. Se puede rastrear la capacidad que tienen muchas micobacterias
patógenas de sobrevivir dentro de los macrófagos hasta su capacidad de sobre­
vivir dentro de las amebas; además, las micobacterias patógenas pueden crecer
en los macrófagos, mientras que especies no patógenas ambientales, como
M. smegmatis, no pueden72-74. El respaldo adicional a la idea de que las amebas
constituyeron el campo de entrenamiento evolutivo para el crecimiento intra­
celular en los macrófagos procede del hallazgo de que los factores de virulencia
de las micobacterias que favorecen su crecimiento en los macrófagos también
favorecen su crecimiento en las amebas. De manera similar, otro patógeno
humano intracelular, L. pneumophila, un patógeno humano accidental que
puede causar neumonía grave, se replica en las amebas ambientales en las
fuentes de agua potable responsables de la infección humana.
Una vez que se han unido a las células del anfitrión, los patógenos utilizan
diferentes estrategias para entrar en estas células. Algunos entran por su
interacción con receptores celulares que están presentes de forma normal,
subvirtiendo así su función normal. Un patógeno puede utilizar múltiples
receptores para poder entrar. Por ejemplo, Chlamydia puede entrar a través
del receptor de manosa, el receptor de manosa-6-fosfato y el receptor de
estrógenos, todo lo cual pone de manifiesto la estricta necesidad de que este
patógeno intracelular obligatorio entre dentro de la célula75. Los patógenos
también pueden modular las vías de transducción de señales del anfitrión
para entrar mediante su unión, por ejemplo, con las integrinas de la superficie
celular (p. ej., género Yersinia) y las cadherinas del aparato de las uniones
estrechas (p. ej., Listeria monocytogenes)71. Para la entrada en los macrófagos,
un patógeno necesita que se fagocite un ligando específico; una cubierta de
complemento o anticuerpos hará que se interiorice por la interacción con los
receptores del complemento o del Fc, respectivamente. Sin embargo, muchos
patógenos adaptados a los macrófagos también poseen mecanismos de entra­
da «de diseño». Algunos patógenos, como Salmonella y Shigella, pueden indu­
cir reordenaciones del citoesqueleto en la superficie de la célula anfitriona, que
después pueden llevar a su interiorización mediante macropinocitosis, una vía
endocítica que utilizan las células para interiorizar el líquido extracelular en
vesículas endocíticas grandes. En estos casos, las reordenaciones del citoes­
queleto son inducidas por proteínas bacterianas específicas que se segregan
hacia el interior de las células del anfitrión tras el contacto con su superficie.
Por lo tanto, en general, el contacto del patógeno con la superficie de la célula
del anfitrión pone en marcha una cadena de transducción de señales en ambas
células, indicativa de un proceso de coadaptación muy evolucionado17,18. En
consecuencia, algunos patógenos intracelulares poseen múltiples proteínas

que contribuyen a una secuencia coordinada de remodelado del citoesqueleto
en la célula del anfitrión para poder conseguir su nicho intracelular óptimo.
Tras ser englobadas, las bacterias, igual que el resto del material fagoci­
tado, se encuentran en un compartimento unido a la membrana plasmática.
Cuando un fagocito interioriza una bacteria no patógena, este compartimento,
un fagosoma, interactúa con la maquinaria endocítica de la célula, y en
último término la transfiere al lisosoma para su destrucción. Por lo tanto, los
patógenos intracelulares eficaces deben tener mecanismos para evitar estos
fenómenos. En sentido general, los patógenos intracelulares resisten a la des­
trucción por uno de dos métodos: salen de la vacuola para acceder al citosol,
que constituye su hábitat, o se mantienen dentro de una vacuola al mismo
tiempo que escapan o toleran a las consecuencias de estar ahí. El acceso al
citosol tiene las ventajas no solo de que evita la degradación por los lisosomas,
sino también de que permite una diseminación eficiente de unas células a
otras, y es una táctica que utilizan diversos patógenos, como los géneros Lis-
teria, Shigella y Rickettsia. Listeria utiliza proteínas específicas para romper
la vacuola fagocítica inicial y después propagarse a las células adyacentes
penetrando en la doble membrana que se forma por su aposición. Una vez
en el citoplasma, Listeria se replica e induce su propio movimiento mediante
un notable proceso de polimerización de la actina de la célula del anfitrión
y la formación de microfilamentos en el interior de una cola similar a un
cometa. Shigella también lisa la vacuola del fagosoma e induce la formación de
estructuras similares que tienen como finalidad el movimiento intracitoplas­
mático y la diseminación de unas células a otras. En ambos casos, los factores
tanto de la bacteria como del anfitrión que intervienen en la polimerización
de la actina son distintos, lo que refleja la evolución convergente71.
Por otro lado, los patógenos que se mantienen en el interior de las vacuo­
las, como Salmonella, Mycobacterium, Legionella y Brucella, crean nichos
de replicación específicos en compartimentos endosómicos modificados.
En general, se consigue esto interrumpiendo la maduración normal del
fagosoma para poder vivir en compartimentos especializados que son per­
misivos para la supervivencia y el crecimiento. Muchos patógenos diferentes
han evolucionado de tal manera que han creado sus nichos fagosómicos
específicos interceptando o aprovechando la función de pequeñas guanosina
trifosfatasas (GTPasa) llamadas Rab (proteínas del encéfalo relacionadas con
Ras), que son reguladores del transporte en la membrana celular. Algunas
bacterias inhiben la fusión de los fagosomas con los lisosomas para evitar
las condiciones de acidificación y las enzimas hidrolíticas, o pueden tolerar
los compartimentos fusionados con los lisosomas (Coxiella burnetii es un
ejemplo de esto último). Muchos patógenos, como las micobacterias, parecen
utilizar una estrategia doble con determinantes de virulencia específicos
para inhibir y al mismo tiempo tolerar la fusión de los fagosomas con los
lisosomas71,76. Por último, las bacterias intracelulares también deben enfren­
tarse a la autofagia, un proceso mediante el cual se marcan las proteínas, los
lípidos y los orgánulos celulares para su tránsito hacia los lisosomas para su
degradación. De la misma manera, las vacuolas bacterianas se pueden marcar
para su destrucción mediante autofagia, y la mayor parte de los patógenos
intracelulares eficaces tienen diversas estrategias para evitar la autofagia o,
en algunos casos, incluso aprovecharla para su propia multiplicación71,77.
Los patógenos intracelulares pueden destruir las células del anfitrión desde
el interior, como método para modular la inflamación o para salir de la célula.
Diversos patógenos, como Shigella, Salmonella, Yersinia y Mycobacterium, son
capaces de inducir la muerte de los macrófagos. Aunque la inducción de la
muerte celular es una estrategia común a muchos patógenos, cada uno de ellos
lo consigue mediante mecanismos diferentes y con un programa temporal
preciso y diferente17. Además, la misma bacteria puede inducir diferentes tipos
de muerte celular, dependiendo del contexto. Por ejemplo, las micobacterias
pueden inducir la muerte celular apoptósica mediante su sistema de secreción
especializado, ESX-1, y cuando hay una alteración en la regulación de las
concentraciones del factor de necrosis tumoral pueden causar la necrosis
© Elsevier. Fotocopiar sin autorización es un delito.
programada del macrófago con una rotura manifiesta de la membrana25. Todos
estos procesos pueden afectar al desarrollo y al destino del granuloma tubercu­
loso. Inicialmente, la muerte apoptósica de un macrófago infectado puede
contribuir a la atracción de nuevos macrófagos y de esta forma incrementar
la celularidad del granuloma. La fagocitosis de los macrófagos apoptósicos
por nuevos macrófagos puede ofrecer a las micobacterias nuevos nichos
celulares, por lo que sirve para expandir el número de bacterias intracelulares25.
En consecuencia, el granuloma, al que durante 100 años se ha asignado un
papel central en la «delimitación» de la infección por M. tuberculosis, también
puede ser una estructura construida por las micobacterias para favorecer su
expansión y diseminación durante las fases tempranas de la infección. Pos­
teriormente, tras la muerte necrótica del macrófago, las bacterias se liberan
hacia el medio extracelular, donde pueden seguir multiplicándose. Además,
los granulomas necróticos generan condiciones que permiten una mayor
transmisión de la infección a nuevos anfitriones.
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9
IDENTIFICACIÓN
Y CARACTERIZACIÓN
DE LOS GENES DE VIRULENCIA
La búsqueda de la base molecular de la patogenicidad bacteriana se remonta
Capítulo 1 Perspectiva molecular de la patogenicidad microbiana
a más de 150 años, hasta una época en la que los microbiólogos médicos
estaban intentando conocer la base de las entonces rampantes enfermedades
mediadas por toxinas de difteria y tétanos. La caracterización de la pato­
genicidad microbiana a nivel molecular tradicionalmente ha comenzado con
la identificación de un fenotipo asociado a la virulencia. Esta identificación
puede proceder de la observación clínica, la investigación epidemiológica o
el uso de un sistema de modelado que reproduce de manera fiable el fenotipo
microbiano. El investigador después intenta identificar mutantes microbianas
que ya no tienen el fenotipo. Una forma de hacerlo es marcando genes candi­
datos (es decir, genes que se sospecha que median la virulencia, de acuerdo
con la información previa) y después multiplicándolos, muchas veces sus­
tituyendo una copia del gen mutante por la copia de tipo natural mediante
recombinación homóloga. Actualmente, las secuencias genómicas pueden
ofrecer una base potente para identificar candidatos a genes de virulencia.
Un abordaje diagnóstico alternativo es crear una «biblioteca» de mutantes
bacterianas, muchas veces utilizando elementos genéticos de inserción (p. ej.,
transposones) como agentes mutacionales, y el estudio de estas mutantes
para determinar la pérdida del fenotipo. Las variaciones recientes de este
método incluyen la creación de la biblioteca con mutantes marcadas de
forma individual, de tal manera que después de haber estudiado la biblioteca
combinada en un modelo patógeno relevante se pueden identificar con más
facilidad las correspondientes mutantes que no han producido el fenotipo,
proceso denominado selección negativa78,79. La manipulación genética de
los microorganismos que hasta la fecha han sido genéticamente intratables
(es decir, no son susceptibles de recombinación homóloga y de mutagénesis
mediante transposones), como la mayor parte de los hongos y muchos
anaeróbicos, es cada vez más viable utilizando herramientas de edición
genómica de proteínas CRISPR-Cas (repeticiones palindrómicas cortas
agrupadas y espaciadas entre sí de forma regular y asociadas a CRISPR)80.
Un método complementario para la identificación de los genes de viru­
lencia surgió al preguntarse qué genes bacterianos se expresan de manera
diferencial en un modelo patogénico relevante, en comparación con los
niveles de expresión cuando no están presentes las células del anfitrión. Estos
genes son candidatos óptimos para ser determinantes de la virulencia, y des­
pués se pueden mutar de forma individual como se ha señalado más arriba.
La tecnología de expresión in vivo81 y la inducción de florescencia diferencial82
son métodos basados en este concepto. Las mediciones cuantitativas de los
transcritos codificantes (genes) y no codificantes, y las comparaciones de la
abundancia del ARN, se facilitan mucho con la secuenciación aleatoria de
alto rendimiento del ADN complementario con la generación de millones
de identificadores de secuencia expresados que después se localizan en genes
y genomas con un método llamado secARN83. El método secARN permite
generar recuentos de transcritos específicos del gen, y después los utiliza
como mediciones indirectas de los niveles relativos de expresión génica.
Gracias a estos métodos se puede incriminar a los genes, los ARN y sus
productos por su relación con un proceso asociado a una enfermedad. De
la misma manera que los postulados originales de Henle-Koch han cons­
tituido un punto de referencia para los criterios de causalidad microbiana,
que se revisaron posteriormente84, una forma molecular de los postulados
de Koch85 constituye una guía para un método experimental que permitirá
determinar la base genética molecular de la patogenicidad. Estos postulados
siguen evolucionando al mismo tiempo que los nuevos conocimientos sobre
la virulencia bacteriana y las rápidas mejoras de los métodos experimentales
y las tecnologías. Por ejemplo, hacen falta métodos alternativos para demos­
trar la causalidad en el caso de los patógenos que no se pueden aislar, y en las
enfermedades en las que se cree que la causa es una «comunidad patógena»1,86.
La identificación de un factor de virulencia después lleva la búsqueda
a un nuevo nivel, conocer su funcionamiento. Las comparaciones de las
bacterias naturales con las mutantes y los estudios de factores de virulencia
purificados, utilizando combinaciones de técnicas bioquímicas, biológi­
cas celulares e inmunológicas, han ofrecido conocimientos, igual que los
métodos que integran las respuestas del anfitrión. Como ya se ha descrito,
los factores de virulencia bacterianos habitualmente actúan para contra­
rrestar determinantes específicos del anfitrión. Por ejemplo, el gen SipB de
Salmonella (segregado por un sistema de secreción bacteriana especializado)
induce la muerte de la célula del anfitrión mediante sus interacciones con
una proteasa del anfitrión denominada caspasa-1. De acuerdo con esto, en
los ratones con deficiencia de la caspasa, incluso las bacterias de tipo natural
están atenuadas y se comportan como las bacterias con mutaciones de SipB87.
De manera similar, los métodos para monitorizar las respuestas pangenó­
micas del anfitrión han ayudado a revelar mecanismos de virulencia88,89.
 10
MICROBIOLOGÍA MOLECULAR DE causal en la enfermedad93-95. No obstante, es posible que ya se hayan encon­
CABECERA: DETECCIÓN DE PATÓGENOS, trado muchos de los microorganismos bacterianos que se detectan con más
DESCUBRIMIENTO DE PATÓGENOS facilidad. La gran carga que suponen las enfermedades aún no explicadas
Y DETERMINACIÓN DEL PERFIL GENÓMICO con manifestaciones sugestivas de infección puede deberse a la presencia de
Parte I Principios básicos en el diagnóstico y el tratamiento de las enfermedades infecciosas

A medida que se revelan los mecanismos de la patogenicidad microbiana,
están asumiendo una importancia cada vez mayor en la práctica de la infec­
tología clínica la detección de los patógenos, la identificación de las cepas, la
resistencia a fármacos y la relación entre cepas, además de la estratificación
del riesgo de los pacientes y la predicción del desenlace20. Por ejemplo, las
investigaciones de los brotes y el control de las infecciones dependen de
una identificación precisa del microorganismo causal. A este respecto, han
sido sumamente beneficiosas las secuencias del genoma; constituyen la
base para la detección sensible y específica de los patógenos, y un método
para establecer relaciones entre múltiples aislados de la misma especie.
La secuenciación pangenómica a veces ofrece el único indicio de que un
grupo de casos está relacionado, es decir, que se ha producido un brote de
una enfermedad, además de establecer las relaciones de la cepa del brote
con otras cepas. En consecuencia, se han establecido relaciones entre casos
aparentemente no relacionados durante un brote; de manera similar, brotes
distintos desde el punto de vista geográfico o temporal se han relacionado
con el mismo clon patógeno90. Las técnicas moleculares se han utilizado
en otras investigaciones epidemiológicas para estudiar los mecanismos de
transición y la importancia de las variantes microbianas avirulentas en la
diseminación de la enfermedad. Por el contrario, los métodos tradicionales,
basados en las características fenotípicas y metabólicas generales de los
aislados, a menudo no consiguen determinar la identidad verdadera, las
relaciones y la diversidad genética de las cepas, ni las diferencias entre ellas.
Los métodos moleculares, habitualmente basados en la secuencia, han
revolucionado la búsqueda de patógenos microbianos no caracterizados
previamente. Sigue habiendo un número inmenso y frustrante de casos mal
explicados de enfermedad debilitante, como los síndromes inflamatorios
crónicos y «autoinmunitarios» habituales, tales como la enfermedad infla­
matoria intestinal, la sarcoidosis y diversas formas de artritis, que comparten
características con enfermedades infecciosas conocidas pero para las cuales
no se han identificado microorganismos (v. la discusión anterior sobre la
«comunidad como patógeno»30,91,92. El principio que subyace a estos métodos
es la dependencia de las firmas moleculares para identificar o clasificar un
patógeno no detectado previamente; la firma utilizada más frecuentemente
es la secuencia genómica, aunque otras moléculas pequeñas pueden ser
también útiles. Las secuencias fiables desde el punto de vista filogenético,
como las regiones muy conservadas de los genes del ARN ribosómico, son
fundamentales para caracterizar microorganismos cuyas secuencias no
coinciden exactamente con las de los microorganismos que se conocen en la
actualidad. Se pueden recuperar estas secuencias, o cualquier otra secuencia,
directamente de los tejidos afectados (infectados) mediante amplificación, o se
las puede «capturar» (mediante hibridación) a partir de los ácidos nucleicos
extraídos o por métodos de secuenciación aleatoria91. El siguiente paso fun­
damental es evaluar si el microorganismo inferido tiene alguna participación
causal en la enfermedad en cuestión86. Los métodos no basados en cultivo
han permitido identificar diversos microorganismos resistentes al cultivo o
a la propagación, y se han encontrado argumentos a favor de su intervención
microorganismos que pueden haber aparecido y desaparecido o a micro­
organismos que actualmente residen en localizaciones anatómicas secuestradas en
un estado relativamente inactivo, o pueden deberse a causas no microbianas.
Los avances conceptuales en nuestro conocimiento de la virulencia
microbiana, los revolucionarios avances en los métodos técnicos y los nue­
vos desafíos que genera un entorno en rápido cambio sugieren diversos
escenarios y objetivos futuros. En primer lugar, debemos centrar nues­
tros esfuerzos en la identificación y la caracterización de los patógenos
directamente en las muestras clínicas y los anfitriones infectados, utilizando
métodos independientes del cultivo. Actualmente, es posible la manipulación
y la caracterización de todo el genoma de células bacterianas únicas96. La
identificación de patógenos basada en la secuenciación profunda a partir de
muestras clínicas también es una realidad95,97. Debemos esperar poder medir
la abundancia de transcritos microbianos de todo el genoma y la actividad
metabólica directamente también en muestras obtenidas de seres humanos.
En segundo lugar, se puede evaluar la composición y la función de las comu­
nidades microbianas indígenas utilizando tecnologías metagenómicas y otras
tecnologías posgenómicas en toda la comunidad98. La combinación de la
evaluación de las respuestas de la comunidad y humanas permitirá obtener
nuevos conocimientos sobre la naturaleza de los trastornos inflamatorios
crónicos de la piel y las mucosas99. En tercer lugar, se debe aceptar la influen­
cia de la variación genética del anfitrión en la susceptibilidad diferencial a la
infección y la consiguiente enfermedad100. En cuarto lugar, las tecnologías
genómicas y posgenómicas nos permiten medir e interpretar patrones de
expresión de genes y proteínas asociados a la respuesta de los seres humanos
a las enfermedades infecciosas; estos patrones pueden servir como base
para las firmas génicas, lo que permitirá la detección y la clasificación de
los pacientes para determinar el microorganismo o la futura evolución de la
enfermedad30,101,102,103. A medida que se identifiquen factores de virulencia
responsables de pasos esenciales de la patogenia, debería ser posible interferir
con su función. Cuando se los haya caracterizado mejor, la manipulación de
los sistemas reguladores de la virulencia globales se podrá utilizar en terapia
para inhibir programas de virulencia completos. La consecuencia de estos
esfuerzos debería ser un abordaje más informado y eficaz para la detección,
el tratamiento y la prevención de las enfermedades infecciosas.
DEDICATORIA
Stanley Falkow, que falleció en mayo de 2018, enseñó e inspiró a los otros
dos autores, y a otros muchos científicos y profesionales clínicos, y los llevó
a apreciar y conocer las estrategias vitales de las bacterias asociadas al anfitrión.
Sus legendarias contribuciones incluyen el descubrimiento de la naturaleza
transmisible de la resistencia a los antibióticos, diversos mecanismos de la
patogenia bacteriana y la creación de una moderna versión molecular de
los postulados de Koch como marco de trabajo para entender la patogenia
microbiana. Los autores dedican a su recuerdo este capítulo (cuya estructura
y contenido, igual que el campo de la patogenia bacteriana, deben tanto
a Stanley).

Bibliografía seleccionada
La bibliografía completa está disponible en Expert Consult.
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