El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que
reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra. El gobierno del Partido Nacional en cabeza del presidente Manuel Antonio Sanclemente, quien fue derrocado el 31 de julio de 1900 por José Manuel Marroquín Ricaurte, representante del Partido Conservador, en alianza con el liberal Aquileo Parra;7 a partir de entonces, y a pesar de dicha alianza, la guerra continuaría entre liberales y conservadores históricos.8 Esta guerra se caracterizó por un enfrentamiento irregular entre el ejército gubernamental bien organizado y un ejército liberal mal entrenado y anárquico. 9