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Ejemplo ProtocoloInvestigacion
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Protocolo
(Ejemplo)
Integrantes de grupo
1. Introducción ................................................................................................................... 3
2. Antecedentes ................................................................................................................. 4
2.1. Paragonimus sp..................................................................................................... 4
2.2. Paragonomiasis ..................................................................................................... 5
2.3. Técnica Molecular ................................................................................................. 6
2.3.1. Técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR): ................. 7
2.4. Enfermedades olvidadas ..................................................................................... 8
2.5. Trabajo previo y experiencias en Guatemala ................................................ 8
3. Justificación del trabajo de investigación ............................................................ 9
4. Pregunta de investigación ....................................................................................... 11
5. Objetivos ...................................................................................................................... 11
5.1. General ................................................................................................................... 11
5.2. Objetivos Específicos ........................................................................................ 11
6. Hipótesis....................................................................................................................... 11
7. Materiales y métodos ................................................................................................ 11
7.1. Universo ................................................................................................................. 11
7.1.1. Población: ...................................................................................................... 11
7.1.2. Muestra: .......................................................................................................... 11
7.2. Variables ................................................................................................................ 12
7.2.1. Variables independientes .......................................................................... 12
7.2.2. Variables dependientes .............................................................................. 12
7.3. Materiales y equipo ............................................................................................. 12
7.4. Métodos ................................................................................................................. 13
7.4.1. Selección de los sitios de muestreo ....................................................... 13
7.4.2. Colecta de cangrejos en los sitios de estudio ..................................... 13
7.4.3. Búsqueda de Paragonimus y toma de datos de los hospederos
intermediarios ............................................................................................................. 13
7.4.4. Determinación de la especie de Paragonimus presente en las
muestras colectadas ................................................................................................. 14
7.4.5. Extracción de ADN: ..................................................................................... 14
7.4.6. Amplificación de ADN ................................................................................. 15
7.4.7. Visualización de las bandas: .................................................................... 16
7.4.8. Purificación del ADN de interés:.............................................................. 16
7.4.9. Secuenciación: ............................................................................................. 16
7.4.10. Análisis de las secuencias .................................................................... 17
7.4.11. Evaluación de Coliformes:..................................................................... 17
7.4.12. Análisis de la información ..................................................................... 17
8. Cronograma de trabajo............................................................................................. 18
9. Resultados Esperados ............................................................................................. 18
10. Financiamiento ........................................................................................................ 19
11. Referencias ............................................................................................................... 21
12. Anexos ....................................................................................................................... 24
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1. Introducción
La forma en que el ser humano suele infectarse con Paragonimus es por medio de
la ingesta de cangrejos crudos o mal cocidos infectados con la duela en su fase
infectiva denominada metacercaria. Debido a las costumbres alimenticias de sus
habitantes, los países asiáticos mantienen una constante vigilancia epidemiológica
sobre las infecciones de esta enfermedad. En Guatemala, la transmisión hacia
seres humanos se encuentra más reducida debido a una diferencia en la dieta con
las poblaciones asiáticas. Sin embargo, algunas comunidades guatemaltecas, cuya
ubicación se encuentra aledaña a ríos o cuerpos de agua, hacen de su dieta diaria
el consumo de cangrejos, pudiendo llegar a consumir cangrejos infectados con
Paragonimus.
A pesar de que existen algunos estudios que han identificado la presencia del
parasito, éstos solo se han realizado en pocas localidades de Guatemala (Rosas,
2000). Es por ello que es importante determinar la presencia de Paragonimus en
nuevas comunidades en riesgo y determinar la situación actual del parásito en los
sitios donde ya ha sido reportada su presencia. Adicionalmente, en los estudios
realizados en años anteriores se realizaron análisis moleculares para la
identificación de las especies de Paragonimus encontrados, sin embargo, estos
reportes tienen aproximadamente más de Cinco años de haber sido realizados y
puede que existan nuevas especies no identificadas aún.
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2. Antecedentes
Clasificación:
Reino Animal
Subreino Metazoa
Filo Platyhelminthes
Clase Trematoda
Subclase Digenea
Familia Paragonimidae
Subfamilia Troglotreminae
Género Paragonimus
(Le et. al., 2006)
Una vez dentro del huésped final, los huevos llegan al exterior en las heces o el
esputo. En el agua se forma el miracidium, que al salir del opérculo del huevo, en
menos de 24 horas, debe encontrar un caracol que le sirva de hospedero. Lo
penetra por la cabeza o el tegumento, se instala en el pulmón, se redondea y pierde
los cilios, formando el esporocisto.
2.2. Paragonomiasis
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4. Pregunta de investigación
5. Objetivos
5.1. General
• Evaluar los posibles focos de Paragonimiasis y determinar mediante técnica
molecular la especie de Paragonimus presente en los departamentos del área
de Sur de Guatemala.
6. Hipótesis
7. Materiales y métodos
7.1. Universo
7.1.1. Población:
7.1.2. Muestra:
11
7.2. Variables
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7.4. Métodos
Debido a que está enfermedad está muy asociada a las comunidades cercanas a
ríos y que en su dieta diaria requieren del consumo de cangrejos, se trabajará
directamente con personas que se dedican a la colecta de cangrejos ya sea para
auto consumo o para la venta. Se trabajará en los departamentos de Jutiapa, santa
Rosa, Escuintla, Suchitepéquez, Retalhuleu y San Marcos, y en cada departamento
se seleccionaran dos comunidades cercanas a ríos, cuya selección será a través de
la ubicación de los ríos por medio de fotointerpretación utilizando sistemas de
Información Geográfica (SIG), luego por medio de verificación en el campo se
elegirán las comunidades aledañas a los ríos seleccionados.
.
7.4.2. Colecta de cangrejos en los sitios de estudio
13
En el laboratorio, los cangrejos colectados serán determinados hasta donde sea
posible y se les tomarán medidas de largo y ancho de caparazón, se determinará el
sexo y finalmente se le extraerá el hepatopáncreas. Se tomará una muestra del
hepatopáncreas entre dos portaobjetos con una solución salina y se observará al
estereoscopio para la búsqueda de trematodos.
14
4. Mezclar la muestra con el vortex por 15 s. Agregar 300µl de Buffer AL a la
muestra, y mezclar vigorosamente con el vortex. Después agregar 300µl de
etanol (96-100%), y vuelva a mezclar con el vortex.
9. Para maximizar el rendimiento de AND, repetir la elusión una vez más como
está descrito en el paso 8.
Genoma mitocondrial
Decidimos trabajar con el ADNmt debido a que es uno de los marcadores más
ampliamente utilizados para la identificación de especies según Avise (2004) y Mills
(2007). La amplificación de un fragmento del gen del citocromo c subunidad oxidasa
1, cox 1, del ADNmt se llevará a cabo mediante PCR, técnica que envuelve la
síntesis enzimática in vitro de millones de copias de una secuencia específica de
ADN (Pérez-Sweeney et al., 2003). Para ello se utilizarán cebadores o primers
específicos, los cuales se unen mediante hibridación a regiones conservadas que
delimitan las regiones repetitivas. Se emplearán en este estudio un par de
cebadores utilizados por Bowles et al. (1993), los cuales amplifican para una región
específica de aproximadamente 380 pares de bases, para lograr la identificación de
las especies de tremátodos. La tabla 2 muestra los cebadores que utilizaremos.
Después de haber obtenido el producto del PCR, debe realizarse una purificación
del ADN presente en los amplicones a partir de un kit comercial de purificación de
productos de PCR, el cual utiliza un proceso de purificación por medio de arrastre a
través de columnas. La purificación de ADN se realizará siguiendo el protocolo del
kit de purificación para productos de PCR PureLink, Invitrogen.
7.4.9. Secuenciación:
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7.4.10. Análisis de las secuencias
El primer paso después de obtener las secuencias será el de alinear y editar los
fragmentos mediante el software Clustal, con secuencias especificas de
Paragominus (Iwagama et al., 2000, 2003a y b). Luego, para determinar a qué
especie pertenece una secuencia determinada, la compararemos con secuencias
de referencia de especies de Paragonimus, las cuales están registradas en el
GenBank, utilizando el programa BLAST. La identificación de la especie se logra
con el grado de similitud que presenta la secuencia desconocida, en este caso
proveniente de las metacercarias, con una secuencia conocida, que proviene de la
base de datos (Iwagama et al., 2000, 2003a y b). Como parte de los resultados que
se esperan obtener con el estudio, y como aporte al Banco Mundial de Genes, las
secuencias que obtendremos se ingresarán al GenBank con datos de Guatemala.
Para obtener una identificación de especie más confiable y robusta (Farrell et al.,
2000), calcularemos distancias genéticas entre los fragmentos de ADN que
provienen de cada muestra de metacercaria y las secuencias de referencia,
mediante el modelo de 2 parámetros de Kimura, utilizando el paquete PAUP versión
4.0 (Swofford, 2000). Luego, llevaremos a cabo un análisis cluster del tipo
“neighbour joining” con un remuestreo bootstrap de 1000 repeticiones, utilizando el
software MEGA versión 3.1.
Rotular cada caja con el agar. Se colocará la membrana sobre el agar ENDO para
coniforme fecal y agar TGE para coniformes totales
Humedecer el medio con agua destilada (aproximadamente menos de un ml. con
agua destilada). Preparar la bomba de vació conectada al embudo y en el un
quitazato y sobre la boca de este se coloca el embudo,
Colocar la membrana y asegurar el embudo con una pinza, se agrega la muestra y
se filtra. Quitar con una pinza estéril y colocar sobre el agar e incubar a 37 grados
centígrados y leer a las 24, 48 y 72 horas. Se cuentan las unidades formadoras de
colonias UFC.
Se evaluarán las diferencias entre sexos de los cangrejos infectados por medio de
una prueba de comparación de medianas no paramétrica. Se evaluará si existe
diferencia en la talla de los cangrejos infectados y no infectados a través de pruebas
paramétricas de comparación de medias. Además, se evaluará la similitud de los
sitios de estudio por medio de coeficientes de similitud binarios y coeficientes de
disimilitud cuantitativos. Como complemento a estos coeficientes, se realizará un
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análisis de agrupamiento jerárquico de los sitios de muestreo. Todo esto se
realizará con el paquete estadístico R.
8. Cronograma de trabajo
Meses
Actividades 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Actividades de X X
Gabinete
Trabajo de campo X X X X
Identificación de X X X X X X X X X X
cangrejos
Determinación X X X X X X X X X
molecular de
Paragonimus
Diseño de material X X X
de divulgación
Elaboración de X X
informe final
Presentación de los X
resultados del
estudio
9. Resultados Esperados
c) Se determinarà hasta donde sea posible los crustáceos que funcionan como
hospederos intermediarios de Paragonimus.
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d) Se determinara si existe algún patrón en la talla y/o sexo de cangrejos, con la
finalidad de que estas variables puedan ser utilizadas como diagnóstico de la
presencia de Paragonimus antes de que sean consumidos.
10. Financiamiento
20
11. Referencias
.
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12. Anexos
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