Lo que postula la 2da Ley de Mendel es que “cuando dos pares de alelos se ubican en cromosomas no homólogos, cada par segrega independientemente de los alelos del otro gen”. En la 1ra Ley de Mendel hemos descrito cruzamientos monohíbridos, considerando los alelos de un solo gen. En este principio que veremos a continuación, Mendel intenta explicar los cruzamientos que implican 2 o más genes. Según Mendel, los individuos que poseen diferentes alelos para dos genes se denominan dihíbridos. Para ejemplificar, Mendel realizó un cruzamiento a partir de 2 plantas homocigotas para 2 genes: el color de la semilla (gen Y) y la textura de la semilla (gen S), donde amarillo (Y) domina sobre verde (y) y liso (S) sobre rugoso (s).
La proporción fenotípica esperada es 9:3:3:1, es decir, 16 combinaciones
posibles a partir de 4 tipos de gametas producidas por cada uno de los individuos de la F1 que se cruza para rendir F2. En el tablero de Punnett, los F2 quedarían representadas de la siguiente manera: SY Sy sY sy SY Lisa y amarilla Lisa y amarilla Lisa y amarilla Lisa y amarilla (SSYY) (SSYy) (SsYY) (SsYy) Sy Lisa y amarilla Lisa y verde Lisa y amarilla Lisa y verde (SSYy) (SSyy) (SsYy) (Ssyy) sY Lisa y amarilla Lisa y amarilla Rugosa y Rugosa y (SsYY) (SsYy) amarilla (ssYY) amarilla (ssYy) sy Lisa y amarilla Lisa y verde Rugosa y Rugosa y verde (SsYy) (Ssyy) amarilla (ssYy) (ssyy)
De esta manera, el resultado obtenido son 9 plantas con semillas lisas y
amarillas, 3 con semillas lisas y verdes, 3 con semillas rugosas y verdes y 1 con semillas rugosas y verdes. El comportamiento observado en los cruzamientos dihíbridos es el resultado de los eventos que ocurren durante la meiosis, dado que los diferentes tipos de gametas se originan debido a la disposición al azar y en forma independiente de la ubicación de los demás pares, y posterior segregación de los miembros de cada par de cromosomas homólogos.