Los arrecifes coralinos ofrecen un hábitat ideal a infinidad de peces como: el
mero, pez papagayo, arlequín, cardenal, mariposa, ángel, doncella y cabra.
Otras especies que se pueden encontrar son: el calamar, la raya, tiburones,
tortugas, langostas y un número elevado de moluscos.
También se encuentran algunos mamíferos como la ballena piloto y ciertos
tipos de delfines. Hasta la década de los años cuarenta, en Alacranes habitaba la foca monje, la cual fue explotada hasta causar su extinción.
En época de anidación, la tortuga blanca y de manera esporádica la tortuga
caguama desovan en las islas del Arrecife Alacranes. La tortuga carey visita el arrecife pero sólo para buscar alimento.
El arrecife Alacranes también es la casa de aves marinas como la golondrina
peruana, la golondrina marina, bobo café, bobo enmascarado, bobo patas rojas, chimay, gaviota y golondrina real. El excremento de las aves marinas, fertiliza el suelo y contribuye a sostener la vegetación.
El arrecife está compuesto por restos calcáreos que provienen de algas,
foraminíferos, corales y moluscos, así como de las frústulas de diatomeas (Morris, 1963).
Según Flores (1984) la vegetación de las islas es la típica de las dunas
costeras. El número de especies descritas está reducido a 24 especies en todo el arrecife sin contar las siete introducidas. Entre todas las islas de la península de Yucatán, presentan la menor diversidad de especies, junto con Cayo Arenas y Triángulos. Los arrecifes coralinos ofrecen un hábitat ideal a infinidad de peces como: el mero, pez papagayo, arlequín, cardenal, mariposa, ángel, doncella y cabra. Otras especies que se pueden encontrar son: el calamar, la raya, tiburones, tortugas, langostas y un número elevado de moluscos.