Partidario del levantamiento dirigido por el cura Miguel Hidalgo, quien, el 16 de septiembre de 1810, proclamó la independencia de México, Juan Aldama asumió la dirección militar de los sublevados, con el grado de teniente general. Participó en la batalla de Monte de las Cruces y en el asalto de Guanajuato Se adhirió a la conspiración de Querétaro en 1809; al ser descubierta en septiembre de 1810 se dirigió a Dolores para prevenir a Miguel Hidalgo y Costilla.
Al iniciarse la lucha, participó en las jornadas
de Guanajuato y Monte de la Cruces, así como en la derrota de Puente de Calderón. lucha por eliminar la enorme marginación que sufrían los criollos decidió rebelarse en contra de los españoles. Juan Aldama es de mucha importancia para los mexicanos gracias a su gran participación en el bando insurgente durante el periodo en el cual se inició el proceso de la independencia de México. Un hombre que siempre luchó por sus ideales de independencia y en contra del tremendo yugo español en su país. Fue él quien tuvo a cargo avisarle al cura Hidalgo que los habían descubierto y por eso pudo anticipar sus planes llevando finalmente a cabo el Grito de Dolores, momento de suma relevancia pues fue el inicio de la guerra por la independencia mexicana. En su honor, la ciudad de León de los Aldama lleva su nombre, el municipio ubicado en Nuevo León también lleva su nombre y el de su hermano. En las afueras de Culiacán también se puede encontrar un pueblo con su nombre y en Baja California una calle. Aportaciones de Juan Aldama Su principal aporte lo tuvo en el impulso que logró general para conseguir la Independencia de México, a pesar de ser acusado de traidor por la corona española. Buscó medios para poder eliminar el poder de la corona en su país y gracias a que era parte del regimiento español, cuando inició el proceso de la independencia, él pudo transmitir información importante a los insurgentes.
Cuando la conspiración planeada para Querétaro
fue finalmente descubierta, fue Aldama quien se encargó de avisarle sobre la situación a Miguel Hidalgo y Castilla, con quien se pudo iniciar el importante y simbólico Grito de Dolores.