Laboratorio 2

Evolución

Zoología

Universidad de las Fuerzas Armadas ESPE

1. INTRODUCCIÓN:

El estudio filogenético consiste en recopilar y analizar la evolución de las

especias mediante el genoma y material proteico. Som A. (2015) Se utilizan
una gran variedad de técnicas que nos permiten recabar una gran cantidad de
información sobre sistemas biológicos.

Su utilización es importante dentro de la biología animal ya que su

clasificación se basa en organizar a las especies y grupos, de manera que sea
comprensible su evolución y sus ancestros comunes.Uyeda, J. C.,
Zenil-Ferguson, R., & Pennell, M. W. (2018)

El origen de los perros puede haberse originado a partir de múltiples

poblaciones de lobos sin embargo los orígenes geográficos y temporales de los
perros siguen siendo controvertidos. La fecha de esta divergencia hace entre
14.000 y 6400 años coincide con, o varios milenios después, la primera
aparición de perros en Europa y el este de Asia.
La selección artificial en Cannes generalmente es dirigida por humanos de
acuerdo a las necesidades o trabajo que va a ser destinado la nueva raza de
perros , mejorando atributos como el olfato , tamaño de la especie, etc . Los
cambios se han notado en los genes OR Sin embargo la mejora o cambio en
estos genes se da durante décadas de control y estudio en el comportamiento
de genes.Vamosi, J. C., Armbruster, W. S., & Renner, S. S. (2014)

El proyecto canino es un estudio genético mediante el cual se logró descubrir

enfermedades en caninos de razas puras, ya que los criadores despreciaban la
morbilidad de los mismos. Así mismo, dentro del mismo estudio se encontró
una secuencia del genoma canino donde se apreciaba con facilidad el genoma
que determinaba sus diferencias entre dichas especies tras su domesticación.
De este modo, los humanos empezaron a mezclar razas hasta mejorarlas cada
vez más y más hasta lograr alcanzar un grado de variación morfológica que
sobrepasó el de todos los mamíferos terrestres actuales, es decir, que aunque
los caninos tengan más de 150 razas caninas estos tienen una diversidad
limitada. Schoenebeck, J. J., & Ostrander, E. A. (2014)
 2. OBJETIVOS:
1) Conocer la utilidad de los árboles filogenéticos
2) Conocer los elementos de la evolución.
3) Describir las características de los árboles filogenéticos.
4) Crear un árbol filogenético

3. MATERIAL POR EQUIPO

- Una computadora
- Secuencias tomadas del GenBank

4. PROCEDIMIENTO

A. Obtener la información de las secuencias

a. Lobos:
i. En esta parte el código de acceso del Gene Bank se les proporciona.
Tienen en una columna el gen utilizado. Dependiendo del gen utilizado
la información puede diferir.

Número de Gen Utilizado Especie Nombre Ubicación

Acceso del Común Geográfica
Gene Bank
HM014467.1 D-Loop/Control Canis lupus Lobo Gris Canadá
Region
GQ376504.1 cytochrome b Canis lupus Lobo Gris Canadá

KJ162952.1 D-loop, partial Canis lupus Lobo Gris Arabia Saudita

sequence
KJ162939.1 Cytochrome b Canis lupus Lobo Gris Arabia Saudita

KT008987.1 Cytochrome b Canis lupus Lobo Gris País Vasco

AF338809.1 Mitochondrial Canis lupus Lobo Gris Francia y Suiza

control region,
D loop

KJ909864.1 Isolate S503 Canis lupus Lobo Gris EE.UU

control region

AY916822.1 Isolate chw17 Canis lupus Lobo Gris China

D-loop, partial
sequence
KT447702.1 Isolate Canis lupus Lobo Gris EE. UU
CLU_China_R
KW3585
 cytochrome b
(CYB) gene

KT447710.1 Isolate Canis lupus Lobo Gris EE. UU

CLU_RKW141
6 cytochrome b
(CYB) gene

GU059554.1 haplotype Canis lupus Lobo Gris Croacia

WCRO5 D-loop

AF338803.1 haplotype W1 Canis lupus Lobo Gris Francia y Suiza

mitochondrial,
control region,
D loop
Controles
externos
KC106731.1 Isolate din22 Canis lupus Dingo Sudeste
tRNA-Pro gene Asiático
and control
region
KC545616.1 hanco haplotype Canis lupus Lobo de China
QHC2 chanco Mongolia
cytochrome b
gene

ii. Vaya a la siguiente dirección:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

iii. Haga clic en All databases y seleccione nucleotide

iv. En el espacio de búsqueda ingrese el número del individuo que va a

buscar: por ejemplo: AF011222

v. Busque la información sobre el gen utilizado, la especie, el nombre

común y la ubicación geográfica.

b. Realizar lo mismo para el perro (Canis lupus familiaris), ingresar en este caso,
en vez del número de acceso la especie más el gen. Busquen en varios
continentes y varias razas (deben de tener al final al menos 24 códigos de
acceso, y una para cada gen (D-loop y Cytochrome b). Encontrar dos controles
externos como se hizo para el lobo.
 Número de Gen Utilizado Especie Nombre Común Ubicación
Acceso del Geográfica
Gene Bank
KP665936.1 D-Loop/Contro Canis lupus Hungarian Hungaria
l Region familiaris wire-haired
pointing dog
KP665916.1 D-loop Canis lupus Komondor Hungría
familiaris
AF338782.2 Mitochondrial Canis lupus Beagle Francia
control region, familiaris
D loop
KP665923.1 D-loop Canis lupus Galgo húngaro Hungría
familiaris
KP665922.1 D-loop Canis lupus Staffordshire Hungría
familiaris terrier americano
KP665914.1 D-loop Canis lupus bulldog Hungría
familiaris americano
KP665913.1 D-loop Canis lupus bichón habanero Hungría
familiaris
AF338776.1 D5 Canis lupus Pastor Francia
mitochondrial familiaris Alemán/Cocker
control region,
D loop
KP665918.1 D-loop Canis lupus Pumi Hungría
familiaris
KP665917.1 D-loop Canis lupus Mudi Hungría
familiaris
AF338783.1 D-Loop/Contro Canis lupus Samoyede Francia
l Region familiaris
KP665912.1 D-loop Canis lupus Puli Hungría
familiaris
EU352854.1 citocromo b Canis lupus Mastín tibetano China
familiaris
JN182099.1 Citocromo b Canis lupus Setter irlandés Irlanda
setter irw familiaris rojo y blanco

JN182114.1 Gen del Canis lupus Doberman Alemania

citocromo b familiaris Pinscher
JN182101.1 ger-shepherd4 Canis lupus Pastor Aleman Alemania
cytochrome b familiaris
gene
JF489119.1 Gen del Canis lupus Perro beagle EE. UU.
citocromo b familiaris
(cytb)
KC346423.1 cytochrome b Canis lupus Dingo Australia
(CYTB) gene familiaris
KJ660978.1 haplotipo H2 Canis lupus Mastín tibetano China
gen citocromo familiaris
b
JN182115.1 Isolate ws-laika Canis lupus Laika de Siberia Rusia
cytochrome b familiaris Occidental
gene
KC346414.1 gen del Canis lupus NGSD Papúa Nueva
citocromo b familiaris Guinea
(CYTB)
JN182117.1 Ph-spaniel Canis lupus Spaniel de caza Polonia
cytochrome b familiaris polaco
gene
JN182096.1 citocromo b Canis lupus Galgo
familiaris España
JN182116.1 Estdog1 Canis lupus Husky Siberiano Siberia
cytochrome b familiaris
gene
Controles externos
MH893348.1 ME10-356 gen Eutresis Cocodrilo Ecuador
hypereia hyspa
LC217262.1 Internal Scilla Oso Japon
transcribed scilloides
spacer 1, partial
sequence

B. Realizar el árbol filogenético.

Escojan un gen (D-loop o Cytocromo B) y hagan tres árboles filogenéticos, 1) Lobo

más controles externos, 2) Perro más controles externos y 3) uno combinando el lobo
y el perro con todos los controles externos.

a. Obtención de las secuencias del GenBank

1) Una vez terminada la tabla del punto A., busquen la secuencia según el código
proporcionado

2) Vaya a la siguiente dirección:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

3) Haga clic en All databases y seleccione nucleotide

 4) En el espacio de búsqueda ingrese el número del individuo que va a buscar:
por ejemplo: AF011222

5) Haga clic en FASTA y copie la secuencia:

ej;
GTTCTTTCATGGGGGAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAGCAACCGCTATG
TAT
CTCGTACATTACTGTTAGTTACCATGAATATTGTACAGTACCATAATTACTTGACTACCTGCAGTACAT
A
AAAACCTAATCCACATCAAACCCCCCCCCCCATGCTTACAAGCAAGCACAGCAATCAACCTTCAACT
GTC
ATACATCAACTACAACTCCAAAGACGCCCTTACACCCACTAGGATATCAACAAACCTACCCACCCTT
GAC
AGTACATAGCACATAAAGTCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGCCCCCATG
GA
TGACCCCCCTCAGATAGGGGTCCCTTGAT

6) Luego abra un documento de WORD y pegue la secuencia según el siguiente

formato (no cambien el formato respeten los signos, los espacios los saltos etc)
y continuando con los otros individuos:

>Neandertal Alemán AF011222

AGTATGGTCACAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACACCAGGAG
TGGAGCCTGCGGCTTA
ATTTGACTCACCACGGGAAAACTTACCAAGACCGAACAGTAGAAGGAATGACAG
ATTAAGAGTTCTTTCA
TGATTTATTGGGTAGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCAGG
TTAATTCCGGTAAC
GAACGAGACTGAAACCTATTAATTAGTTTCCTGCCTATACGACAGGAATCTCCGCA
AGGTCAGGTGCCTC
GGTACCACTTCTTAAAGGGACACATTTCAATTGTCTCATTTTAATCGATGTCTCTGG
CTCCGGTCAGAAC
TCTTTTAACGTGAGAAAAAGAAAAAGGAAGCATTCAGCAATAACAGGTCTGTGAT
GCCCTTAGACATCTT
GGGCCGCACGCGCGCTACAATGGAGTTACTAGAGAGTATTTTATCATCCAAGCCTT
ATAT

>siguiente individuo etc

7) Cuando ya haya copiado todas las secuencias vayan a la siguiente dirección:

http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/simple_phylogeny.cgi

versión mejorada:
 https://ngphylogeny.fr

8) Pongan un título a su trabajo donde dice Name of the Analysis según su

primer apellido y su primer nombre además del NRC al que pertenece:
Apellido1Apellido2NRCLobos
Para el de perros
Apellido1Apellido2NRCPerros
Para el combinado
Apellido1Apellido2NRCCombinado

9) Copien toda la información que tienen en el documento de word y peguen la

información en el recuadro:

10) Escriban su dirección de correo electrónico de la espe en el recuadro your

address para tener un respaldo de su trabajo.

11) Hagan clic en Submit

12) Luego hagan clic en this link para ver los resultados.

13) Guarden la imagen del árbol en el que ustedes deseen e inserten la imagen en
la parte de resultados del informe de Laboratorio.

14) Para cada árbol realicen manualmente un árbol como el que se encuentra en el
anexo con el objetivo de observar gráficamente lo que están comparando.
 15) Finalmente discutan cada árbol que observan en la sección de resultados,
tomando en cuenta los términos de ecología, la zoogeografía y además
respondiendo a las siguientes preguntas: ¿Qué patrones generales observa
usted en el árbol filogenético? ¿Qué razas se encuentran más emparentadas?

5. RESULTADOS
Lobo más controles externos

En el árbol filogenético se puede observar que tenemos dos ancestros en común el lobo gris y
a la vez esta se divide en dos grandes grupos, en el primer clado se encuentra el canis lupus
chanco y por otro lado tenemos el otro lado de especies que con su mayor similitud debido al
ancestro en común tienen características genéticas similares pero en este caso también
podemos apreciar una subdivisión donde en el clado primero se encuentra el canis lupus
chanco de ahí en la segunda subdivisión se logra identificar lo emparentadas que están la
especie lobo gris y subdivisión de la subdivisión tenemos al lobo gris

Perro más controles externos

Los cromosomas que son D'Loop , se repiten los patrones y observando las
imágenes encontramos parentesco entre genes lo cual permite crear nuevas
especies sin alteraciones o destruyendo el árbol filogenético
.
Combinación de el lobo y el perro con todos los controles externos.

En el árbol filogenético se puede observar que los ancestros en común es el canis lupus donde
el control externo tenemos esta se separa en dos grupos en el primer lado se encuentra la
Eutesisi Hypereia hyspa y al otro por en cambio encontramos a especies con mayor similitud
debido al ancestro en común que es mucho más reciente y por lo tanto las características
genéticas similares

6. ANÁLISIS DE LOS RESULTADOS

1) ¿Cuál es la importancia de tener un sistema de clasificación de los animales?

Es fundamental su clasificación para estudiar las formas de vida de cada uno de

ellos , comparar características agrupándolos por similitudes y diferencias esto
nos permite comprender mejor la evolución y el parentesco entre los mismos sin
importar su procedencia,y da importancia a cada ser vivo.

2) ¿Cuántas filas de animales existen?

A pesar de que existen alrededor de 30 filos, la inmensa mayoría de los animales pertenecen a
alguno de los 9 filos siguientes: Arthropoda, Mollusca, Porifera, Cnidaria, Platyhelminthes,
Nematoda, Annelida, Echinodermata y Chordata.

3) ¿Cuál es la fila que le parece más interesante y por qué?

El filo de los Osos de Agua (Tardígrados), estos organismos son de gran

interés ya que son extremófilos, es decir pueden sobrevivir en condiciones
muy extremas.
 Han sido estudiados debido a esta característica, de las cuales se destaca la
investigación de exposición espacial y los rayos ultravioletas. Como resultado
de la exposición espacial se obtuvo que estos organismos son capaces de
sobrevivir a las duras condiciones del espacio, así también como mantener su
capacidad reproductiva, en cuanto a los rayos ultravioletas ha desarrollado
ciertas especies que poseen pigmentos fluorescentes que los protegen de la
radiación.

7. CONCLUSIONES
El estudio filogenético consiste en investigar mediante genes ancestrales para organizar a las
especies y grupos en referencia del origen de algún animal identificando la evolución de las
especias mediante el genoma y material proteico.

8. BIBLIOGRAFÍA

(1) Som A. (2015). Causes, consequences and solutions of phylogenetic

incongruence. Briefings in bioinformatics, 16(3), 536–548.
https://doi.org/10.1093/bib/bbu015
(2) Uyeda, J. C., Zenil-Ferguson, R., & Pennell, M. W. (2018). Rethinking
phylogenetic comparative methods. Systematic biology, 67(6), 1091–1109.
https://doi.org/10.1093/sysbio/syy031
Vamosi, J. C., Armbruster, W. S., & Renner, S. S. (2014). Evolutionary
ecology of specialization: insights from phylogenetic analysis. Proceedings.
Biological sciences, 281(1795), 20142004.
https://doi.org/10.1098/rspb.2014.2004
(3) Schoenebeck, J. J., & Ostrander, E. A. (2014). Insights into morphology and
disease from the dog genome project. Annual review of cell and developmental
biology, 30, 535–560.
https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-100913-012927

Ejemplo:
Barnes, R.D.1996. Zoología de Invertebrados. McGraw-Hill Interamericana, 6ª
Edición, México. D.F. 957 pp.
Jessop, N.M. Teoría y problemas de zoología: Invertebrados y Vertebrados.
Krebs, C.J.1985 Ecología. Estudio de la Distribución y la Abundancia. Harla.
México
 Dereeper, A., Guignon, V., Blanc, G., Audic, S., Buffet, S., Chevenet, F., Dufayard,
J.F., Guindon, S., Lefort, V., Lescot, M., Claverie, J.M., Gascuel, O. (2008)
Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist. Nucleic Acids
Res. 2008 Jul 1;36(Web Server issue):W465-9. Epub 2008 Apr 19.
Sherman, I.W. and Sherman, V.G. 1970. The Invertebrates Function and Form. A
Laboratory Guide. Mc. Millan Pub. Co. Inc. New York.

9. ANEXO:

Construyan un árbol con sus resultados

Combinación de el lobo y el perro con todos los controles externos.

Perro más controles externos

Lobo más controles externos