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Cap 3 CINETICA ENZIMATICA
Cap 3 CINETICA ENZIMATICA
CINETICA ENZIMATICA
Evalúa también el cómo afecta las condiciones del entorno en el que se desarrolla una
determinada reacción enzimática, como el pH o la fuerza iónica o la temperatura. Todo lo cual
con la finalidad de obtener conocimiento acerca de la naturaleza de una reacción enzimática,
dilucidar el efecto sobre la velocidad de reacción que se obtiene con la variación de
concentraciones de sustrato o de producto y obtener información diversa relacionada a
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Lo que significa, que la velocidad de reacción puede expresarse como la diferencial negativa
de la concentración de Sustrato, o, como la diferencial positiva de la concentración de
producto en función a la diferencial de tiempo.
A partir del mecanismo de acción de las enzimas y de los estudios de la trayectoria de reacción
enzimática, un ciclo catalítico se resume en la siguiente expresión:
Definiéndose el ciclo catalítico, en su forma más sencilla, como la interacción de una enzima,
con un sustrato en particular, para formar, en primera instancia, un complejo intermedio
enzima-sustrato que se desdobla en producto y libera la enzima sin modificación alguna en
su integridad y conformación estructural.
Se establecen así, al menos, cuatro reacciones reversibles, cada una influenciada por su
respectiva constante catalítica de proporcionalidad, siendo la constante K-2 de pequeño valor,
que puede asumirse como no significativo . Cada una de estas cuatro reacciones dispone de
su respectiva velocidad de reacción, la cual puede estimarse a partir de Guldberg y Waage,
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que afirman que toda reacción dispone de una velocidad de reacción que es proporcional a la
concentración molar del reactante.
.
2 -S ➜ E+S V 2 = K-1 [ES] K-1 Primer orden Tiempo-1
.
3 E- S ➜ E+P V 3 = K2 [ES] K2 Primer orden Tiempo-1
.
4 E+P ➜ E- S V 4 = K-2 [E]. [P] K-2 Segundo Conc. -1. Tiempo-1
orden
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Pregunta aplicativa 1
Ks = k-1/ k1
Michaelis y Menten fueron los que por primera vez propusieron la trayectoria de la reacción a
través de la formación de complejos intermediarios estables, definiéndose el ciclo catalítico
de la manera siguiente:
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Este ciclo catalítico está influenciado por Ks y Kp constantes catalíticas que expresan la
relación de las constantes de proporcionalidad de las cuatro reacciones que expresan el ciclo
catalítico en su manera más simplificada .
Ks = Constante para la formación del complejo E-S
Kp = Constante catalítica de proporcionalidad
La mayor altura lograda, se identifica como la Velocidad máxima (Vm) a la que puede llegar
esta reacción, variando solo la concentración de sustrato. Si a este nivel, se identifica el punto
medio, es decir la mitad de la velocidad máxima y se traza una línea que corte la hipérbole y
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se proyecta hacia el eje X, se tendrá una idea de la inclinación de la hipérbole, lo que es
conocido como la constante de Michaelis (Km). Estos dos valores, Vm y Km son los
parámetros cinéticos que pueden ayudar a caracterizar una enzima, en ensayos donde se
realice variación de concentración de sustrato
Se entiende por Vm la máxima velocidad que alcanza una reacción enzimática en un contexto
determinado, por ejemplo, en el caso del estudios del efecto de la concentración de sustrato,
Vm es la máxima velocidad que puede alcanzarse en una reacción enzimática cuando la
enzima ya está saturada con el sustrato . Se entiende por Km, la concentración de sustrato
que rinde l mitad de la Velocidad máxima. Se expresa en molaridad.
Estas constantes cinéticas, Vm y Km, se observan el gráfico siguiente:
No debe olvidarse que la gráfica hiperbólica rectangular se manifiesta, cuando el único factor
que se va cambiando es la concentración de sustrato. Todos los otros factores, se mantienen
óptimos y constantes.
La constante de Michaelis - Km
El Km es un concepto importante y útil como criterio de afinidad de una enzima por un sustrato
en particular Este criterio de afinidad, funciona de manera inversamente proporcional, es decir,
a menor valor del Km, mayor afinidad de una enzima por un sustrato en particular y caracteriza
la interacción de una enzima por un sustrato en particular. Si una enzima exhibe especificidad
relativa para tres sustratos, con cada uno de éstos tendrá un Km en particular.
El Km es útil también como patrón de comparación entre enzimas, o comparación de la
efectividad de acción de una misma enzima cuando está presente en tejidos diversos o tejidos
de diferente grado de madurez o crecimiento.
Como es una medida de concentración, el Km se expresa en términos de Molaridad o sus
submúltiplos, los valores de Km de las enzimas más frecuentes caen en rangos de 1 x 10 -12
a 0.1 M
El cuadro siguiente muestra diversos valores de Km de enzimas que participan en la vía de la
glucólisis, pero se compara los valores de Km, obtenidos cuando estas enzimas actúan en
tejido muscular y cuando actúan en el cerebro. Como se observa, todo valor de Km, de
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enzimas glucolíticas que actúan en el cerebro disponen de valores de Km significativamente
menores a los obtenidos en tejido muscular, lo que habla de la eficacia de procesos a nivel
cerebral
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[Sustrato] mM 1 x 10-2 1 x 10-3 1 x 10 -4 7.5 x 10-5 6.25 x 10-6
Pero la ecuación de M-M, tiene la limitante de no involucrar el parámetro tiempo y este aspecto
limita en mucho su aplicación. La ecuación de M-M no podría asistirnos si queremos, por
ejemplo, saber cuánto tiempo va a durar una reacción enzimática, o cuánto producto se habrá
formado a los tres primeros minutos de reacción, lo que es un aspecto no deducible, ya que
la cinética no es directamente proporcional, hay una cinética que toma forma de la hipérbola
rectangular y que por lo tanto es variable.
Si analizamos la gráfica de efecto de concentración de sustrato sobre velocidad de reacción,
es posible identificar tres zonas, que exhiben una cinética diferente
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Una segunda zona, que se da a altas concentraciones de sustrato, muestra una cinética de
orden cero , es una zona donde la velocidad de reacción no es afectada por incrementos en
la concentración de sustrato, sino que se mantiene constante , dependiendo solo de la
constante de orden cero.
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Esta condición aplicada en la ecuación de M-M, permite la siguiente transformación
Si existe la certeza de que una reacción enzimática se va a dar con una concentración de
sustrato que genere una cinética de primer orden, podrá aplicarse igualmente las ecuaciones
propias de cinética química de primer orden , que involucran el parámetro tiempo:
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Caso 2 - Cuando la [S] es ≤ Km
Cuando la concentración de sustrato, en una situación particular, es bastante mayor que el
valor del Km, se puede afirmar tanto que la velocidad de reacción enzimática sigue una
cinética de orden cero y a esta concentración de sustrato ya es la velocidad máxima.
Expresando de manera cuantitativa, si la concentración de sustrato es mayor o igual que 100
veces el Km, se puede afirmar que la velocidad, a esta concentración de sustrato es constante
y sigue una cinética de orden cero
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Pregunta aplicativa 3
Sustrato Km Concentración de
sustrato
Glucosa 8x10-6M 8x10-2 M
Fructosa 2x10-3M 2x10-6M
a) Con quien actuaría primero la Hexoquinasa, ¿por cuál sustrato exhibe mayor
afinidad?
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e) Si la concentración de glucosa se incrementara en 1000 veces. ¿cómo se
modificaría la velocidad de reacción - Sustente su respuesta
Pregunta aplicativa 4
a) El Km es -2mM
b) La Vm es 4 mmoles. L-1. s-1
c) El km – 0.5 mM y la Vm 0.25 L. s. nmoles-1,
d) El Km es 0.5 mM
e) La VM es 0.25 nmoles. L-1. s-1
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3. Efecto del pH del medio donde se desarrolla la reacción enzimática
El pH es un factor que afecta la velocidad de las reacciones enzimáticas debido a que influye
en la formación de especies iónicas adecuadas, tanto de enzima, como de sustrato, a fin de
que éstos puedan interactuar de manera óptima. Si bien cada enzima dispone de un pH óptimo
que puede observarse en las clásicas curvas de pH versus Velocidad de reacción, es
importante, en cinética, determinar la razón por la que pueden haber cambios en la velocidad
de reacción porque de lo contrario la información puede ser inexacta.
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Un factor adicional a tener en cuenta es el tiempo de exposición de la enzima a un
determinado pH. Esencialmente los cambios en la velocidad de reacción pueden deberse a
dos razones:
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4. Efecto de la temperatura de la reacción enzimática
Todas las enzimas disponen de una temperatura, conocida como temperatura óptima a la cual
expresan su máxima actividad catalítica. De manera similar a las reacciones químicas , la
velocidad de reacción aumenta a medida que aumenta la temperatura, sin embargo ,
considerando la naturaleza mayormente proteica de las enzimas, a partir de los 50°C , la
posibilidad de procesos de desnaturalización aumenta significativamente por lo que, al igual
que en el caso anterior, cuando se realiza una caracterización enzimática es recomendable
considerar procesos de pre incubación , de enzima y sustrato por separado , de manera previa
a su unión , por un tiempo al menos tan extenso como lo que dure la reacción en particular, a
fin de poder determinar la Temperatura óptima considerando tiempo de exposición
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5. Efecto de la presencia de cofactor, en las enzimas que requieren cofactor
La concentración de cofactor, en las enzimas que lo requieren, tiene un efecto muy similar a
la de la concentración de sustrato sobre la velocidad de reacción. En gráficas elaboradas para
estudiar el efecto de la concentración de cofactor sobre la velocidad de reacción , manteniendo
todos los otros factores, óptimos y constantes se obtiene una hipérbola rectangular, que
expresa que a bajas concentraciones de cofactor (menores a las dosis requeridas) la
velocidad de reacción es proporcional a la concentración de cofactor, siguiendo una cinética
de primer orden , mientras que a altas concentraciones de cofactor, mayores a las dosis
diarias recomendadas, la velocidad de reacción será la Velocidad Máxima y ya no estará
influenciada por un aumento posterior en la concentración de cofactor.
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Cinética de la Inhibición Competitiva
La presencia de un inhibidor competitivo afecta el ciclo catalítico, aumentando el valor del Km
y manteniéndose el valor de la Vm a altas concentraciones de sustrato. Si se grafica el efecto
de la presencia de un inhibidor competitivo en un gráfico michaeliano de concentración de
sustrato versus velocidad de reacción, se visualiza el efecto mencionado. El gráfico muestra
el valor del Km aparente (Km app) que es el valor del Km cuando existe la presencia de un
inhibidor, de cualquier tipo. Si esta misma data se transforma y se plasma en un gráfico de
Lineaweaver y Burk se observa que la pendiente aumenta
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Pregunta aplicativa 5
Enzima Km (mg/100ml)
Glucoquinasa 180
Hexoquinasa 0.9
Inhibición no competitiva
En la inhibición no competitiva, la inhibición se da por fuera del centro activo, este inhibición
no dispone como premisa la semejanza estructural con el sustrato, no compite con el sustrato
por lo que la unión del inhibidor sólo se puede dar tanto a nivel de enzima libre, como a nivel
del complejo E-S o incluso a nivel del complejo E-I, de forma tal que pueden formarse
complejos intermediarios como E-I y/o ES-I
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Cinética de la Inhibición No Competitiva
La presencia de un inhibidor no competitivo afecta el ciclo catalítico, disminuyendo la
Velocidad máxima y manteniéndose el valor del Km. Si se grafica el efecto de la presencia de
un inhibidor no competitivo en un gráfico michaeliano de concentración de sustrato versus
velocidad de reacción, se visualiza el efecto mencionado. El gráfico muestra que el valor del
Km y del Km aparente es el mismo. Si esta misma data se transforma y se plasma en un
gráfico de Lineaweaver y Burk se observa que la pendiente aumenta
Analice la gráfica y responda las preguntas conociendo que al incubar la enzima sin
inhibidor a una concentración de sustrato equivalente a 0.03M se obtuvo una
velocidad de 295 umoles/min.
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a) ¿Qué tipo de inhibidor se encuentra presente?
.
b) Defina las características de la cinética de este tipo de inhibición
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Cinética de la Inhibición Acompetitiva
La presencia de un inhibidor Acompetitivo afecta el ciclo catalítico, disminuyendo la Velocidad
máxima y disminuyendo el valor del Km, ambas constantes cinéticas son afectadas en la
misma proporción. Si se grafica el efecto de la presencia de un inhibidor acompetitivo en un
gráfico michaeliano de concentración de sustrato versus velocidad de reacción, se visualiza
el efecto mencionado. El gráfico muestra que el valor del Km aparente ha disminuido y que la
Vm también ha disminuido. Si esta misma data se transforma y se plasma en un gráfico de
Lineaweaver y Burk se observa que la pendiente se mantiene constante, obteniéndose rectas
paralelas, y es como se dijo, ambas constantes cinéticas son afectadas en la misma
proporción
Los gases neurotóxicos, de amplio uso durante la primera guerra mundial, actualmente se
encuentran prohibidos y se encuentran clasificados entre los venenos más potentes que se
conocen, estos venenos inhiben a la acetilcolinesterasa, enzima responsable de la hidrólisis
de la acetilcolina, un neurotransmisor que participa activamente en la transmisión del impulso
nervioso con un mecanismo de inhibición Incompetitiva
Estos plaguicidas organofosforados, carbámicos y otros compuestos orgánicos e inorgánicos.
Uno de los más potentes es el DFP (Difluoro difenil fosfato), somán, sarín y tabún, Cuando
está presente el plaguicida fosforado, por ejemplo, el éster organofosforado es hidrolizado y
la acetilcolinesterasa es fosforilada al mismo tiempo, tomando una forma bastante estable que
impide que la enzima libre vuelva a regenerarse
Los intercepto con el eje x son 2 y 4 nM-1 y con el eje Y fueron 1 y 3 L. s. μmoles -1,
por tanto se puede concluir
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proteínas. Si bien estos estudios están claramente centrados en la regulación de la actividad
de las proteínas, a largo plazo, Monod también se dedicó al estudio de la actividad biológica
de las enzimas y su regulación rápida. En los años `60 los patrones de actividad biológica no
podían ser explicados por las teorías del momento, como la enzimología o la cinética
enzimática. Si bien el Nobel recibido no se debió a estas investigaciones, tanta relevancia
tenían, que en las últimas páginas de la lectura que realizó al recibir el premio se tomó el
tiempo para exponer el por él llamado “modelo de interacción alostérica” o “modelo alostérico”
(De “La Teoría MWC (Monod, Wyman y Changeux) ÁGORA — Papeles de Filosofía — (2012),
31/2: 225-250
Las enzimas alostéricas son uno de los fundamentos que explican la regulación del
metabolismo por la célula la teoría alostérica, explica el comportamiento sigmoidal y la
capacidad de regulación de la actividad enzimática de las enzimas alostéricas
El esquema muestra una enzima dimérica (con dos subunidades) con protómero I y protómero
II idénticas y unidas de modo inverso, mostrando para cada subunidad, un centro activo y un
sitio de unión con modulador
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3) Cada enzima alostérica puede estar en dos estados conformacionales: Inactivo o Activo
El esquema muestra, a partir del esquema previo, definir las características que tendría cada
conformación. La conformación Inactiva o también llamada “Tensa” tiene la característica de
disponer de centros activos no afines a la unión con el sustrato y los sitios de unión con el
efector o modulador, afines a moduladores negativos ( y por consiguiente) desfavorables para
efectores positivos)
La conformación activa, o también llamada “Relajada” tiene la característica de disponer de
centros activos afines a la unión con el sustrato y los sitios de unión con el efector o
modulador, afines a moduladores positivos ( y por consiguiente) desfavorables para efectores
negativos)
4) En principio los dos estados conformacionales están en equilibrio, el hecho que el equilibrio
se desplace hacia la izquierda o a la derecha depende del tipo de efector presente en el medio
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5) Cuando en el entorno de la célula , existe un aumento de la concentración del efector
positivo , este se pega a la estructura proteica de la enzima a través del sitio de unión con el
efector , lo que ocasiona que todas las moléculas de la enzima pasen a la conformación activa,
efecto que se visualiza en la cinética de reacción que se observa con una sigmoide, que tiene
como característica principal el aumento brusco de la velocidad de reacción hasta llegar a la
Vm . Este aumento brusco de la velocidad de reacción es lo que se conoce como “Efecto
cooperativo” y hace referencia a este paso masivo de las moléculas de la enzima hacia el
estado activo.
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6) Cuando en el entorno de la célula, existe un aumento de la concentración del efector
negativo, este se pega a la estructura proteica de la enzima a través del sitio de unión con el
efector, lo que ocasiona que todas las moléculas de la enzima pasen a la conformación Tensa
o Inactiva, el efecto que se visualiza en la cinética de reacción es que la velocidad de reacción
aparece disminuida hasta el momento en que nuevamente se eleve, en el medio, la
concentración de efector positivo
El gráfico muestra comparativamente el efecto observado ante la presencia de efectores
positivos o negativos:
Se observa que la unión de la enzima alostérica con un efector positivo, aumenta la afinidad
de la enzima por el sustrato (podría visualizarse evaluándose los Km correspondientes) y
disminuye el efecto cooperativo (la sigmoide se va transformando en hipérbole) . Un efector
negativo disminuye la afinidad de esta enzima por el sustrato y llega el momento en que la
sigmoide se hace más evidente.
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Inhibición por retroalimentación - Inhibición Feedback
Las enzimas alostéricas evidencian la importancia de su participación al constituirse como
una forma de control metabólico de la célula, mediante la cual, ésta se asegura de disponer
de los metabolitos necesarios en la cantidad necesaria, cuando lo requiera y sin exceso. Este
mecanismo se da mediante el mecanismo conocido como Inhibición Feedback o Inhibición
por retroalimentación.
En el metabolismo intermediario de la célula, muchos metabolitos pueden comportarse como
efectores positivos o negativos de enzimas alostéricas dependiendo del estado metabólico de
la célula. Por ejemplo, para muchas de estas enzimas, el mismo sustrato funciona como
efector positivo y el producto final de una vía se constituye en un efector negativo.
Partiendo, como referencia, de una vía metabólica abierta, como la glucólisis por ejemplo,
donde se empieza con un sustrato y luego de una serie de reacciones secuenciales se obtiene
un producto, que es el producto final de la vía . (Véase el gráfico siguiente)
En la vía metabólica de ejemplo se observa que el sustrato inicial es “A” y se producen una
serie de reacciones secuenciales hasta llegar al producto “E”. Cada reacción es catalizada
por una enzima específica (E1…E4) pero de estas enzimas, sólo la primera, no es una enzima
michaeliana, sino es alostérica, la Enzima “E1”, y como tal, reconoce moduladores positivos
y negativos. Un modulador negativo de esta enzima E1 será el producto final de la vía “E” que
al comenzar a acumularse se pegará a la estructura proteica , estabilizando la conformación
Tensa de la enzima, lo que se traducirá como una disminución en la velocidad no sólo de esta
reacción, sino de toda la vía .Cuando en un momento siguiente , la concentración del sustrato
A, comience a elevarse, este funcionará como efector positivo , pegándose a la estructura
proteica y provocando que todas las moléculas de la enzima pasen a conformación activa ,
con lo que la velocidad de toda la vía se incrementará.
Estos cambios de actividad en la enzima y en una determinada vía se conocen como Inhibición
por retroalimentación, Inhibición por el producto o Inhibición feedback y constituyen una
poderosa herramienta de control metabólico d la célula. Pude notarse también, a partir del
esquema, que la presencia de una enzima alostérica en una reacción o en una vía metabólica,
se denota con dos rayas paralelas, aludiendo al simbolismo de control.
Un ejemplo de Inhibición feedback en vía abierta se observa en la síntesis de Isoleucina a
partir de treonina en microorganismos. La enzima alostérica de la vía es la Treonina
desaminasa que reconoce como efector negativo a la isoleucina (producto final de la vía) y a
ningún otro metabolito, por más que se le parezca:
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Pero la inhibición por retroalimentación, no sólo se presenta en vías abiertas como la glicólisis
, sino también en vías cerradas como en el ciclo de Krebs y en vías bifurcadas, es decir en
vías cuyos pasos iniciales se comparten y luego se abren para dar productos diferentes.
(Véase el gráfico siguiente)
Si bien el control secuencial es el más frecuente, existen otros mecanismos feedback , en vía
bifurcada que se presentan en las diversas vías metabólicas, por ejemplo E. coli utiliza la
denominada Inhibición diferencial feedback, o la inhibición por multiplicidad de
enzimas, donde se observa que el primer o segundo paso de la vía ,es catalizado por
multiplicidad de enzimas y cada producto inhibirá de manera diferencial su actividad ,
garantizando que la enzima esté activa siempre que la célula requiera alguno de esos
metabolitos :
Puede darse también el control concertado en vía bifurcada , donde el primer paso o el paso
crítico es catalizado por una enzima alostérica cuyo sitio de unión con modulador, reconoce
como modulador negativo, la presencia de ambos productos finales. Este mecanismo se
observa en la aspartil quinasa que cataliza la síntesis de Treonina y Lisina, y solo pasa al
estado tenso cuando hay presencia de estos dos aminoácidos
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Por último, también podría presentarse un control feedback de naturaleza acumulativa, donde
cada uno de los productos derivados de una vía , van inhibiendo a la enzima en un
determinado porcentaje y la enzima dispone de un nivel de actividad de acuerdo a la presencia
de los metabolitos que son producto de la vía. Es el caso de la glutamina sintetasa de E coli
que utiliza inhibición acumulativa diferencial para regular la síntesis de todos los productos
que se sintetizan gracias a ésta
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BIOKIGRAMA Cap. 3 – CINETICA ENZIMATICA
Instrucciones
En base a los conceptos revisados, resuelvo el primer Biokigrama relacionado a Organización
molecular y equilibrio ácido básico. Se disponen de conceptos verticales y horizontales. Lea
cada concepto, identifíquelo para colocarlo en las casillas respectivas. La solución se
encuentra en el capítulo 14.
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