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  • Proteínas L

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    Proteínas l

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    Quisiera que la palabra que le propongo, protefna... se entendiera co- mo derivada de proteios, porque describe a la sustancia primitiva 0 principal de la nutricién animal que las plantas elaboran para los her- bivors y que estos dltimos proporcionan alos carnivoros, J.J. Berzelius, carta a GJ. Mulder, 1838 Aminoacidos, péptidos y proteinas 31 Aminodcidos 72 3.2 Péptidosy proteinas 82 33 Trabajarcon proteinas 85 34 Estructura de las proteinasestrucura primaria 92 as proteinas intervienen en prcticamente todos los proce- sos que tienen lugar en la célulay ejercen una diversidad asi inagotable de funciones. En la exploracion de los me- tanismos moleculares de un proceso biolégico, el bioquimico debe estudiar una 0 més protefnas. Las proteinas son las ma- ‘romoléculas bioldgicas mas aburdantes y se hallan en todas las células y en todas las partes de la eéhula. Las protesnas también. presentan una gran variedad; en una sola eélula pueden haber niles de protefnas diferentes. Siendo los drbitros de las funcio- res moleculares, las proteinas son los productes finales mvs im- portantes de las rita de informacién que se discuten en la arte Ide este libro. Las proteinas son los instrumentos mole- culares mediante los que se expresa la informacién genética. Laclave de lnestructura de le miles de proveinas diferentes se encuentra en unas subunidades monoméricas relativamente ‘simples, Todas la proteinas, tanto si provienen de los linajes bac: terianos mas antiguos como de las formas de vida mas complejas, ‘estén construidas a partir del mismo conjunto ubicuo de 20 ami —— ro) | FAGURA3-1 Alga funciones des proenas. La uz pec por ls a leas sl sua de una eccnen que nieve a protein lucia y AIP calzad pel ensima luciana see Reciadko 13-1) Lasertroctos camenen andes caidas dea roti tansporadoa de oxigen hemo 1 (0 Lapotirnquerating, rod pot loos los vera, componen- noficidos, unidos de forma covalente en secuencias lineales ca racteristicas. Puesto que cada uno de estos aminodcidas tiene luna cadena lateral propia que determina sus propiedades quimi- cas, se puede considerar a este grupo de 20 moléculas precurso 2s como el alfabeto en el que est escrito el lenguaje de la estructura proteica. Las proteinas se presentan en una gran v3 ‘edad de tamao, desde péptidos retativamente pequetios com- Duestos por unos pocos residuos aminaicides a polimeros enormes de masas moleculares del orden de millones. Lo que resulta més sorprencente es que las e6tulas puedan producir proteinas con propiedades y actividades muy diferentes luniendo los mismos 20 aminasicidos en multitud de combinacio- nes y secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructura- Jes los diferentes organismos pueden fabricar productos tan dliversos como enzimas, hormonas, anticuerpos,transportadares, fSbras musculares, la proteina del cristalino el ojo, plumas, tela- rafas, cues de rinoceronte, protcinas del leche, antibisticas, ‘venenos de hongos una pléyade de otras sustancias con activi dads bioligicas distintas (Fig. 3-1). Los erzimas son los pro- ‘ductos proveicos ms variados y especializados. Pricticamente ‘todas las reaceiones celulares estén catalizadas por enzimas. La estructura y funcién de las protesnas es el tera de este capitulo y de los tres siguientes. Se describen las propiedades ‘uimicas fundamentales de los arinoscidos, péptidos y protes- nas, ¥ cémo un bioquimico trabaja con proteinas. ‘esc rnipal de po, cars, cosmos lara as phasic ror eyo etic exingido en xa sahae debi a a rene en ages panes del mundo de que un polo deriado exe ene prope: ao sca F ead las pies quis el polo de cur de aocrane no son ees del de as pzutas de beds de eas hus Eat [72] amiss, psy pons 3.1 Aminodcidos @ Acquitectura de proteinas ~ Aminoicidos Las proteinas son polimeros de aminoécidas, en los que cada residuo ami- noseido esté unico al siguiente a través de un tipo especifico de ‘enlace covalente. (Bl término “residuo” refleja la pérdida de Jos elementos del agua cuando un aminadeido se une a otro.) as proteinas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus aminodcidos constituyentes mediante diversos métodos, por lo que los estudios iniciales sobre las proteinas se centraron en. Jos aminoScidos libres procedentes de ls mismnas. Veinte on los aminodcidos comriinmente encontrados en las proteinas. El primer aminodcide descubierto fue la asparagina en 1806, El ‘timo de fos 20 que se encontré fue la treonina, en 1938. Todos Jos aminodcidos tienen nombres communes o triviales que, en algunos casos, provienen de la fuente de la cual se aislaron inicialmente. La asparagina se encontré por primera vez en el ‘espérrago y el glutamato se encontré en el gluten de trigo; la tirosina se aisl6 por primera vez del queso (asf su nombre proviene del griego #yros, “queso”); y la glicina (del griego glykos, “dulce”) se denominé ast debido a su sabor dulce. Los aminodcidos tienen caracteristicas, estructurales comunes Los 20 amninnodcidos esténdar encontrados en las protesnas son ‘@-aminoSeidos. Tienen todos un grupo earboxilo y un grupo amino unidos al mismo tomo de carbono (el carbono a) (Fig. 3-2). Difioren unos de otros en sus cadenas lterales, o grupos 2B, que varian en estructura, tamafo y carga eléctrica y que in- fuyen en su solubilidad en agua. Ademés de estos 20 arnino- fcidos existen muchos més que se encuentran con menor frecuencia. Algunos son residuos que han sido modificados des- ‘pués de la sintesis de la proteina; otros se hallan en organisios. vivos pero no como unidades constituyentes de las protefnas. A Jos aminodcidos esténdar se les han asignado abreviaturas de ‘res letras y sfmbolos de una sola letra (Tabla 3-1) que se utii- zan para indicar de manera abreviada la composicién ¥ secuen cia de aminodcidos polimerizados en las proteinas, CCONVENCION CLAVE: E1 cOdigo de tres letras es transparente: as abreviaturas consisten generalimente en las tres primeras letras 0, lo poste on indice) pam, ‘rmoics in cco aaa opto més cots. dae Cap 11 mado de Re, & oat, RE (1982) 4 Braedon be Pyaopabie rac ofa pots J Mel Bl 17, 105-132. ‘fnoana med mks Se 1150 prteinas amode de Deni, RF (1980) Redundnesa pot sequence En rdcton (rPetenSovcre andthe Pals Pte Carematon asman GD. 6) Pp. 809-623, Renan res ow OX. ‘acto se dicagonerarnerts como pla pear tener cde hicrpat posto. le faa copa del Rg sia pact cae Soce Sey es rma ences ge NEN bie cons aono 9 ne. (Fig. 3-3), las dos formas constituyen un tipo de estereo- ‘s6rmeros, los enantiémeros (véase la Fig. 1-19). Todas las mo- 'euas con un centro quiral son 6pticamente activas, es decir, hacen girar el plano de la luz polarizada (véase Recuadro 1-2) ‘ONVENCION CLAVE: Se utiizan dos convenciones para identificar los earbonos dentro de un aminoscido, una préctica que puede llegar a generar confusi6n. Los carbonos adicionales de un ‘grupo R ve designan corninunente B, 7, 8, 6, ec., empezando slompre a partir del carbono a. Para la mayoria de las demés moléculas orgénicas los étornos de carbono se numeran simple- ‘mente a partir de un extremo, dando la maxima prioridad (C-1) ‘aquellos carbonos cuyos sustituyentes contengan étomos de mayor niimero atémico. Siguiendo esta titima convencién, el [74] amiss pis proias ‘grupo carborilo de un aminodcido serfa el C-1y a carbono a se- ria el C-2, como se refleja en la molécula de lisina a8 (7 frty-E, deb, —Gu—b00" “NH, SNH isin En algunos ca809, como en aminodcidos con grupos R hetero- ciclicos coro la histidina, el sistema de letras griegas es am- biguoy se utiliza por ello la conveneién numériea. Bn aminad- cdo con cadena lateral ramficada, los carbonos equivalents, reciben nmeros a continuacién de las letras griega. La leu- cina tiene, por tanto, carbonos 1 y 82 (véase la estructura en laPg.35)m Para especificar la configuracién absoluta de los cus- ‘tro sustituyentes de los étomos de carbono asimétricos se ha ddesazrollado una nomenclatura especial. Las configuraciones ‘absolutas de los azicares sencillos y los aminoscidos se espe- cifiean mediante ol sistema D, 1. (Pig. 3-4), basado en ls ‘configuracién absoluta del azticar de tres carbonos gliceral- chido, una convencién propuesta por Emil Fischer en 1891 (Fischer conocfa los grupos que rodean el dtomo de carbono asimétrico del gliceraldehido pero tuvo que adivinar su confi- ‘guracién absoluta; su prediccién se confirmé posteriormente por andlisis de difraccién de rayos X.) Para todos los com. ‘uestos quirales, los estereoistmeros que tienen una conf ‘goracién relacionada con la del L-gliceraldehtdo se designan ‘com t, y os estereoisémeros relacionados con el D-gliceral- dehido se designan como D. Los grupos funcionales de la Lealanina se hacen coincidir con los del trgliceraldehido ali- neando aquellos que pueden interconvertirse mediante reac- clones quimicas simples en un solo paso. Asi, el grupo ccarboxilo de Ja L-alanina ocupa la misma posicién respecto al carbono quiral que el grupo aldehido del u-gliceraldehido, puesto que un aldehido puede convertirse fécimente en un Po °CH,OH_ CH,OR varie te coo coo af bn . vont amine FIGURA 3-4 Retain estéica dels exteroisrmeros dela alanina con la ‘confgwacin aroha del-yo-iceraldeido. fn estas Gmulas de pene: five ls carbonos etn alineadesvericalmente con el to qual en el centro. Las cabonos dees moléculs estén numesados rperando con os caonos aldo carbon en roo, de 3 y de ab a abajo tl como se moesra. ‘Cuando se presentan de ea forma lupo Rel aminncido en ext caso el ‘7p mebilo dea alana) est sempre bajo del carbona a. Los amino bayen al comportamlento total écito-base de los pépidos. No stant, los grupos R de algunos aminodcidos pueden ona ‘se (Tabla 3-1), y contribuyen en un péptido a las propiedades ‘cido-baseslobales de a olécula (Fig. 3-15). Por tanto, puede predecirse el comportamiento cido-base de un péptido a partir de sus grupos amino y a-carborilo libres y dela naturaezay rnznero de sus grupos Rionizables. ‘Al igual que los aminodcidos libres, los péptidos tienen cur- ‘vas de titulacién caracteristicas y pH isoeléctricos (pl) caracte- risticos a los que no se desplazan en un campo eléctrico. Estas propiedades se aprovechan en algunas de las técnicas utilizadias FIGURA 3-15 Alaigutamigiclfsna, Ee tapi tiene un gupo ‘rami He un grup a-abosilo Hey ds props ionizable. Los prune leizados apt 7,0 se muesran en oo. par separar péptidos y protetnas, tal como veremos en este ca- plo, Debe remarcarse que el valor del pk, de un grupo R foni- zable puede cambiar igeramente cuando un aminodcido se converte en un residuo de un péptido. La pérdida de carga en los grupos a-carboxilo y a-amino, las interacciones con otras gra- pos Rdel péptido y otras condiciones del entomo pueden afectar ap, Las valores de pk, para os grupos R que se muestran en la ‘Tabla 3-1 pueden ser una guia wi para deduct el intervalo de pH en que se jonizaré un determinado grupo, pero no pueden api ‘arse aos péptidos de modo estricto. Existen péptides y polipéptidos biolégicamenteactivos deuna gran variedad de tamatios ycomposicén ‘No puede hacerse ninguna generalizacién acerca de las masas moleculares de los péptidos y proteinas biolégicamente activos 32 réposyrenias [0] enrelacién con su funcicn. La longitu de los péptidos naturales ‘varfa entre dos aminoscidos y muchos rile de residuos. Inchi- 0 los péptidos mas pequefios pueden tener efectos bioldgi- ccamente importantes. Considérese por ejemplo el dipéptido sintético comercial -aspartil-L-ferulalanina metil éster, un edul corante artificial mas conocido como aspartame o NutraSweet. wah ES aw tAspartil-fenilalanina metil éster ‘aspartame) ‘Muchos péptidos pequeitos tienen efecto a concentracio- ‘nes muy bajas. Por ejemplo, diversas hormonas de vertebrados ‘Capitulo 23) son peptides pequentos. Entre éstas se inchuye la oxitocina (nueve residuos aminoscidos), que es secretada por 1a hipétisis posterior y estimula las contracciones uterinas, y el {actor liberador de la tirotropina (tres residuos), que se forma ene! hipotalamo y estimula la iberacién de otra hormona, la ti- rotropina, dela hipéfisis anterior, Algunos venenos de setas ex- tremadamente téxicos, tales como la amanitina, son también Péptidos pequerios, lo mismo que muchos antibisticos. ‘2Qué longitud tienen las cadenas polipeptidicas de las pro- teinas? Tal y como muestra la Tabla 3-2, la longitud varia con- siderablemente. El citocromo ¢ humano tiene 104 residuos aminodcidos unidos en una tinica cacena; el quimotripsinégeno bbovino tiene 245 residuos. En el extremo se encuentra la titina, Constituyente del misculo de los vertebrados, que tiene cerca de 27.000 residuos aminodcidos y unta masa molecular de alre- dedor de 3.000.000. La inmensa mayoria de los polipéptidos naturales son mucho més pequefios y contienen menos de 2,000 residuos aminodcidos. Nimero Masa Ntimero de de cadenas molecular residuos __polipeptidicas Gitocramo ¢ Ghumano) 12.400 104 1 Ribonucleasa A (péincreas bovino) 13,700 124 iW Lisozima (clara de huevo de gallina) 14.300 129 1 ‘Mioglobina (corazon de caballo) 16.700 153 1 Quimotripsina (péncreas bovino) 25.200 2a a Quimotripsindgeno (bovine) 25.700 245, 1 Hemoglobina (humana) 64.500 574 4 ‘Albsimina sérica (humana) 66.000 609 1 Hexoquinasa (levadura) 107900 972. 2 RNA polimerasa (E: coli) 450,000 458 5 Apolipoprotesna B (humana) 513.000 4536 1 Glutarina sintetasa (B. coli) 619.000 5.628) 12 2.993.000 26.926 1 ‘Dtina (humana) [04] sinc poy tens 19 “4 2 6 9 28 2 8 4 23 2B 104 * Er gn bod aris, como ena Nets a, ep AS ns sings ere sys design carat (8). De aes, can now posble ‘Seng Gy ne design coarente (0) Ader ope eso ‘eat his fin Dab plese poets adnate pa ‘Senin corner conan tl enamine Algunas proteinas consisten en una sola cadena peptidica, pero otras, denominadss proteins con subunidades mélti- ples, tienen dos 0 més polipéptides asociados de forma no eo valente (Tabla 3-2). Las cadenas polipeptidicas individuals en una protetna con diversas subunidades pueden ser idénticas o diferentes, Si como minirmo dos son idénticas, la proveina se de- nomtina oligomérica, y las subunidades idénticas (constituidas ‘or una o ms cadenas polipeptidicas) se denominan protéme- ros. La hemoglobina, por ejemplo, tiene cuatro subunidades po- lipeptidicas: dos cadenas a idénticas y dos cadena f idénticas, lunidas todas ellas entre sf por interacciones no covalentes. (Cada subunidad esté unida de forma idéntica con una suburi- ‘dad f dentro de a estructura de esta proteina con subunidades ‘iltiples, de forma que la hemoglobina puede considerarse ‘bien como un tetrimero de cuatro subunidades polipeptiicas 0 tun dimero de protémeros a. ‘Unas pocas provelnas contienen una 0 mas cadenas poli peptidicas unidas covalentemente. Por ejemplo, las dos cade- nas polipeptidicas de ia insulina estin unidas entre sa través de puentes disulfuro. En estos casos, los polipéptidos individuales no se consideran subunidades, sino que se suelen denominar simplemente cadenas. La composicién de aminodcidos de las proteinas es tar. bién altamente variable. En una proteina casi munca se encuen- tra la misma cantidad de los 20 aminodcidos. Algunos se dan s6lo una, o ninguna, vez en un tipo determinado de proteina mientras que otros se dan numerosas veces. La Tabla 3-3 mues- tra la composicién aminoacidica del citocromo ¢ bovino y del quimotripsinégeno, el precursor inactivo del enaima di estivo quimotripsina. Estas dos proteinas, con funciones muy diferentes, también differen significativamente en las cantida- des relativas de cada tipo de residuo aminoécido. ‘Se puede calcular el ndsnero aproximado de residuos ai nodeidos de una proteina sencilla que no contenga ningtn otro ‘grupo quimico,dividiendo su masa molecular por 110. Aunque Ja masa molecular media de los 20 aminodcdos esténdar es al- rededor de 138, en la mayoria de proteinas predominan los ami- noSicidos més pequefios. Si-se tienen en cuenta las proporciones en que se presen tan los distintos aminodcidos en las protefnas (Tabla 3-1; los, promedios se determinan analizando miles de proveinas dife- rentes), la masa molecular media de los aminodcidos de las pro- teinas esta préxima a 128. Dado que se elimina una moléeula de agua (M; 18) para crear cada enlace peptidico, la masa molec Jar media de un residuo aminodcido en una protefna esté alre- dedor de 128 ~ 18 = 110 ‘Algunas protefnas contienen grupos quimicos diferentes alos aminodcidos Muchas proteinas, por ejemplo los ensimas rlbonucleasa A y ‘quimotripsna,contienen slo aminoScidosy nngin oto grupo ‘ulmi adcional este tipo de proteinas se las considera po- tefnas simples. Sin embargo, algunas protetnascontienen com- onentes quinicos diferentes a los aminodcidos asociados Permanentemente; estas proteinas se denominan proteinas conjugadas. La parte no aminodeida de una protein conjugs da 9 denomina usuaimente grapo prostético. Las protinas conjugadassecasifican sein a naturaleza quimica de su gr: 9 prosttico (Tabla 9-4); por efermplo, las poprotenas con tienen ipidos, las gtucoprotetnas contenen grupos aces, ylas metaloproteinas contienen un metal especie. Alga pretetnascontienen més de un grupo prostétic. Norlimente el grupo prostético juega un papel importante en la funcién bio- \ogie de la proeira. RESUMEN 3.2 Péptidos y proteinas = Los.aminoécidos pueden unirse covalentemente para formar péptids y proteinas. Las células contienen gene- ralmente miles de proteinas diferentes, cada una de elas ‘con una actividad biolégien distinta, ‘= Las proteinas pueden ser cadenas polipeptidicas muy Jargas de 100 a varios miles dle residuos aminodcidos. ‘Sin embargo, algunos péptides naturales tienen s6lo ‘unos pocos residuos aminoscidas. Algunas proteinas 33 Tabsarconpotens [85 ] Grupo Clase rostético Ejemplo Lipoproteinas Lipidos Lipoproteina B, de a sangre Ghicoproteinas Ghicidos Inmunoglobulina G Fosfoproteinas Grupos fosfato ‘Casein dela leche Hemoproteinas Hero (ferroporfirina) ‘Hemoglobina Flavoprotesnas Nucle6tidos de favina ‘Suceinato deshidrogenasa Metaloprovesnas Hierro Ferritina Zine Alcohol deshidrogenasa Calcio Calmodulina Molibdeno Dinitrogenasa Cobre Plastocianina ‘estan compuestas por varias cadenas polipeptidicas vociadas no covalentemente que reciben el nombre de ‘subunidades. '= Las proteinas simples generan slo aminoscidos después de a hiréisis; as proteinas conjugadas contienen algsin ‘otto componente adicional, como por ejemplo un grupo prostético metélicow orginico, 333 Trabajar con proteinas Elconocimiento del bioquimico sobre la estructura y funcién de las proteinas procede del estudio de muchas protetnas indivi- duales. Para estudiar una proteina en detalle es necesario sepa- ‘arla del resto de proteinas y disponer de técnicas que permitan \determinar sus propiedades. Los métodos necesarios provienen 4e la quimica de protefnas, disciplina tan antigua como la bio- ‘quimica y que mantiene una posicién central en la investigacion oquimica. Las proteinas se pueden separary purificar ‘Una preparacién pura de una protetna es esencal para poder deterinar sus propiedaes y su actividad. Puesto que las eh- lascontenen eles de tiposciferentes de protfnas, 6m pue-

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