PRÁCTICA 2 BIOMARCADORES

CARLOS CASTRO SORIA

1. ¿Existen diferencias en los tipos celulares entre los pacientes con IPD y los
individuos Control?
Sí, En los pacientes IDP hay un aumento de la fracción de la Microglía y Astrocitos y una
disminución de la fracción de Oligodendrocitos.

2. En el artículo se analizan (para los tipos celulares con aparente relevancia en IPD)
ciertos genes expresados diferencialmente (ED) y que solapan con una trajectory
Inference que realizan. Analiza estos genes en STRING para determinar posibles
interacciones entre ellos.
Tras descargar los archivos de la tabla 8, abrimos el Excel y se seleccionan los Genes de
Microglia_trajectoy_ genes y Astrocyte_trajectory_genes que se encuentran marcados con un
asterisco (*).
Posteriormente se introducen en String con Advanced Setting:

• Requiered score: High confidence (0.7000)

• FDR stringcency: High (1 percente)
• Organism: Homo sapiens
Los resultados de la búsqueda se adjuntan en las dos imágenes inferiores:

Figuras 1 y 2: Análisis de Trayectoria Microglía y Astrocitos

- ¿Existe alguna interacción relevante?

Si, todas las interacciones anteriores son relevantes según los parámetros introducidos.
 3. En el mismo archivo se encuentran los genes ED para los tipos celulares
enumerados.Analiza dichos genes en Gene Ontology.
En la misma tabla y con los datos de todos los genes de las hojas Microglia_IDP_diff_exp_gen
y Astrocyte_IDP_diff_exp_gen e introduciéndolos en el programa Gene Ontology con la opción
Biological Process se obtienen los siguientes resultados (se adjuntan solamente algunos de los
resultados debido al gran número de estos:

Figura 3 : Procesos biológicos de genes diferenciales en Microglía

Figura 4 : Procesos biológicos de genes diferenciales en Astrocitos

5. ¿Qué Pathways os llaman la atención (relacionado con la IPD)?

Por ejemplo, transducción de señales, comunicación celular, proceso de desarrollo del sistema
nervioso…

6. ¿Qué 6 genes relacionados con IPD se encuentran asociados específicamente al

tipo celular DaN? (Filtra por p- value < 0.05)
Para ello se descargan los datos de la tabla 5 y se filtran los resultados de p-valor < 0,5 para
poder seleccionar los 6 primeros:
 Figura 5 : 6 primeros genes relacionados con IDP en tipo celular DaN

7. Realizar un análisis en STRING con todos los genes del apartado anterior (p-
value < 0.05). Filtrar con “High Confidence” y FDR “High” Señala y anota
aquellos genes relacionados con Parkinsonism. (Opciones: Analysis)

Realizando el mismo procedimiento que en el apartado 2 se obtienen los siguientes resultados:

Figura 6 : Análisis mediante STRING de los genes relacionados con

tipo celular DaN para p-valor < 0,05

Los marcados en rojo son los relacionados con Parkinson.

8. ¿Podríamos considerar los genes analizados en este estudio relacionados con IPD
biomarcadores de IPD? Explica tu respuesta.

No porque hay que hacer una validación analítica, evaluación clínica y hay que tener además
hacer un estudio conjunto con otras técnicas de diagnóstico.