REPLICACIÓN DEL DNA

Vamos a pasar ahora al componente que corresponde a lo que podríamos llamar la dinámica
funcional de los ácidos nucleídos por eso también lo llaman el metabolismo de los ácidos
nucleídos; lo que vamos a hacer es mas que todo mirar la dinámica de los ácidos nucleídos; la
primera parte de esta dinámica funcional va a comprender algo que se llama el triunfo de la
información genética que es lo que vamos a tratar hoy; para ello es importante que consulten
las direcciones de internet que esta en la diapositivas.

El primer proceso de la información genética que involucra la actividad funcional de los ácidos
nucleídos que recibe el nombre de la replicación del DNA; básicamente lo que nos dice la
grafica de connor es que la replicación del DNA como tal, es la unión de estas moléculas
(nucleótidos), que son los bloques de constitución de los ácidos nucleídos; de una forma
polimérica, ósea eso es coger un nucleótido y pegarlo con otro; replicar es hacer DNA,
construir DNA, claro que mas adelante vamos a ver que en la constitución se siguen unos
requisitos especiales para poder que se dé de una manera fiel y exacta. ¿Por qué? Porque una
replicación del DNA es un fenómeno asociado con la multiplicación o la proliferación celular.

Cualquier célula que vaya a dividirse, antes de dividirse o de completar lo que se llama el ciclo
celular, tiene que replicar su material genético y lo replica por una razón; porque a partir de
una célula debe generar dos células hijas y estas deben ser copias exactas de la primera y para
que esto suceda deben tener toda la información genética de la célula parental y la forma de
hacerlo es mediante este mecanismo llamado “replicación del DNA”. La replicación del DNA ha
sido un objeto de estudio desde años atrás, prácticamente desde los 40 y 50 del siglo pasado
los bioquímicos han estado interesados en saber como se hace la replicación del material
genético; de hecho se han propuesto una serie de modelos hipotéticos abstractos de cómo
seria la replicación del DNA:

1. Modelo de replicación semiconservativa

2. Replicación conservativa
3. Replicación aleatoria

Para cada uno de estos modelos vamos a partir de un DNA original y este DNA lo
reconoceremos porque le ponemos una marca (color azul) y cuando se hace una replicación la
molécula sintetizada se diferencia de la original porque lo que ha sido sintetizado de novo esta
marcado (color rojo). Según el modelo de replicación conservativa el DNA original se reparte a
las células hijas de tal manera que a una de las células hijas se le pasa el DNA original intacto y
a la otra célula hija se le agrega la copia del DNA original. SI sigo manteniendo ese proceso de
multiplicación y las marcas en el tiempo, es decir, hago una segunda ronda de división, la
primera célula hija me originara une nieta que tiene el DNA original (azul) y las otras 3 nietas
van a tener copias del DNA (rojo). Los amigos del modelo de replicación dispersa dicen que eso
es peligroso porque solo hay una célula que tiene el 100% del DNA intacto, las otras solo son
copias y al ser copias pueden haber errores, aquí se tiene el riesgo de tener 3 de 4 células con
errores; para los de la replicación dispersa la célula balancea un poco las cosas, la célula
parental reparte a las células hijas parte de ese material original aleatoriamente y parte del
material copiado, osea que si hay errores pues esos errores se reparten aleatoriamente y no
todas las células o no la gran mayoría tienen errores sino que ahora hay menos numero de
células con errores. “El material se copia pero se reparte aleatoriamente entre original y
nuevo en las células hijas, lo cual originaria generación tras generación células con pedazos
conservados de la original y pedacitos copiados”

Los del modelo de replicación semiconservativa dicen hombre si es cierto que utilizar la
conservación es arriesgado pero eso de repartir aleatoriamente las cosas no suena muy
acertado para la célula, ella no juega en un proceso aleatorio, ahí cosas que si pero la
información genética es clave, única, le permite a una célula funcionar y sobrevivir, entonces
aquí no puede jugar con el azar. “Dicen que la repartición de material nuevo y original es
dirigida de tal manera que como el DNA según Watson y Creck (No se como se escribe) esta
hecho de un par de cadenas que están una frente a la otra lo que se hace es que se separa ese
material y una mitad original va para una célula hija y la otra mitad original va para la otra
célula hija y a su vez las células hijas reciben la otra mitad del material copiado.

Para comprobar cual de estos métodos era el usado por la célula algunos bioquímicos iniciaron
experimentos en los cuales se marco el DNA con isotopos radioactivos. (Los isotopos se
diferencian de los elementos porque tienen mayor masa atómica, tienen más electrones, su
núcleo es mas pesado) A la célula original le pusieron el isotopo radioactivo del N15
(coloración azul) luego las células van a un medio enriquecido con N14 (color rojo) y se
multiplican; según el modelo conservativo en la primera ronda de replicación lo que se
esperaría encontrar es algo que sea N15 y algo que sea N14 y lo que se encontró después de
centrifugar fue una marca en la mitad, con esto la replicación conservativa se descarto; en la
replicación dispersa se esperaría encontrar algo en la mitad igual que en la semiconservativa.
Para descartar uno de estos métodos hicieron otra ronda de replicación y encontraron una
banda hibrida (N14 y N15) y una banda N14; en el modelo semiconservativo se esperaría una
marca hibrida y una marca N14, entonces se concluyo que la replicación en la célula se hacia
por el método semiconservativo. Esto era un avance increíble, pero ahora se necesitaba saber
¿cómo ocurría eso? Entonces lo primero que se propuso es que como la replicación era un
proceso complicado en la célula debía existir un complejo encargado de esa replicación, una
molécula que fuera capaz de reconocer el DNA original y a partir de este construir las
moléculas copia y no solo eso sino también lograr una distribución equitativa de cadenas
nuevas completas con cadenas originales completas.

Lo primero que se le venia a la mente era que para que eso ocurriera dentro del DNA debían
haber señales que le indiquen al complejo que tiene que hacer replicación (nuestras células
trabajan por medio de señales, todos los procesos químicos se dan por medio de señales) en la
replicación del DNA la célula debe hacer una estrategia para saber que hay que hacer
replicación y que la replicación debe empezar en un punto determinado del DNA; alguien se
atrevió a decir que la replicación era un sistema de duplicación del original (algo así como lo
que hacemos nosotros, sacamos un libro de la biblioteca y le sacamos copia, para eso uno le da
instrucciones a la fotocopiadora de qué es lo que debe copiar) la célula debe trabajar mas o
menos de esa manera pero el sistema de copiado debe tener señales de instrucciones que le
digan a ese complejo de replicación qué debe replicar, qué secuencia.

Entonces se propuso la existencia entro del DNA de secuencias para iniciar la replicación, a eso
se le dio el nombre de orígenes de replicación y hoy en día lo conocemos como “secuencias
ori”, entonces el DNA va a ser replicado y para poder ser replicado el tiene unas señales que se
llaman los orígenes de replicación y el complejo de replicación reconoce esos orígenes y
cuando los ve empieza a replicar, a copiar, a pegar nucleótidos para construir nuevos
polímeros y que estos polímeros se complementen con polímeros originales y tenemos una
molécula hibrida. El experimento de Metenson y Scaf (tampoco se como se escriben) se hizo
en el modelo celular de E-coli porque trabajar con bacterias es muy cómodo y barato; la
diferencia es que el DNA de E-coli es circular y el de nosotros es lineal, además las bacterias
son muy pequeñas en comparación con una célula eucariota; E-coli tiene 4’ de nucleótidos,
nosotros tenemos 3.000’; además darle instrucciones al complejo de replicación de E-coli es
muy sencillo porque empieza a copiar y lega al punto inicial y para parar no necesita dar una
señal, mientras que en el DNA lineal no es tan sencillo porque el origen puede estar repartido
en diferentes sitios, ¿Por qué tener muchos orígenes y no solo uno? Por un lado porque con
múltiples orígenes uno garantiza que copie todo, segundo porque reparte la información a
copiar en diferentes “maquinas fotocopiadoras” esto se reconoció por allá en los 70. La gente
vio lo denomino unidad informativa de replicación o lo que llamamos ahora “replicón” en la
replicación del DNA existen unidades de replicación y esas unidades son los replicones; un
replicón esta compuesto de:

 DNA original que va a ser copiado.

 Una señal que diga desde que punto hay que copiar (secuencia ori)
 Debe tener el complejo de replicación.
 La molécula producto de la copia.

En el caso de E-coli existía un solo replicón, la levadura tiene 500 replicones, la drosophila
melanogaster o mosca de la fruta que no es de la fruta sino del vinagre tiene 3.500 replicones,
una ranita tiene 15.000.

En nosotros existen muchos replicones porque enviamos a diferentes fotocopiadoras

pedacitos de DNA y de era manera reducimos la probabilidad de que se produzcan errores en
la replicación pero en las bacterias es todo lo contrario, las bacterias son felices cambiando
porque eso significa posibilidad de hacer cosas nuevas como resistir a cierto antibiótico.

Para saber como se pegan los nucleótidos en los 60 empezó un trabajo interesante en
reconocer que había dentro de esos complejos de replicación y lo primero que se postulo fue
la existencia de una proteína capaz de pegar nucleótidos osea capaz de polimerizar
nucleótidos, si ustedes recuerdan un acido nucleíco se forma gracias a que un nucleótido en la
posición hidroxilo 3’ se pega a un grupo fosfato otro nucleótido que esta en el carbono 5’ y
forma un enlace fosfofiester y así sucesivamente va pegando y pegando.

Entonces debe haber una enzima que polimerice la adición de nucleótidos hacia extremos 3’ y
a esas proteínas se les denominó DNA polimerasas entonces quien las encontró fue Arthur
Convert (no se como se escribe) él asilo el complejo de replicación de E-coli y en el reconoció la
existencia de no una sino varias polimerasas de DNA (en E-coli 5 diferentes, la mas importante
es 3 y el resto ayudan a corregir defectos) las polimerasas no solo polimerizan sino que
también corrigen. ¿Cómo? Pues quitando lo que esta malo y poniendo lo que esta bueno osea
que como polimeriza también despolimeriza. Claro mientras la polimerización como la
estamos viendo es pegar cosas hacia hidroxilo 3’ osea que siempre 5’ esta libre, entonces hay
una dirección de 5’ a 3’; la despolimerización es al contrario; de 3’ a 5’ a excepción de una
polimerasa de E-coli la 1 que también tiene capacidad despolimerizante en dirección 5’ a 3’.

En los eucariotes también hay diferentes tipos de polimerasas pero se distinguen por letras
griegas, son muchas, esto se da porque nosotros tenemos un ADN cromosomal y otro
mitocondrial y para este también debe haber una polimerasa que polimerice y corrija y como
nosotros somos tan sensibles a los errores deben haber muchísimas polimerasas corrigiendo,
por eso hay mayor cantidad de polimerasas porque nosotros si tenemos un sistema de
reparación bien eficiente en nosotros no pueden cambiar las cosas.

La polimerasa delta (mas gruesa) es la que hace el proceso de fotocopiado; la polimerasa alfa
es importante para la corrección. Las polimerasas polimerizan de la siguiente manera: según
Watson y Creck las polimerasas necesitan que el DNA que esta en doble cadena se separe, es
decir, que este monocatenar entonces la polimerasa se para en frente de guanina y dice tengo
que coger citocina (por la ley de la complementariedad de bases) se mueve de 5’ a 3’ y
encuentra timina y le pone adenina; a la citocina con la adenina les hace un enlace
fosfodiester (fosfato con hidroxilo) siempre avanza en dirección 5’ a 3’ por alla el amigo
Weikins dijo hay un problema porque el DNA es un helicoide y para poder copiarlo se debe
separar pero si se trata de un helicoide la fuerza de torsión es tan fuerte que se pierde la
conformación bicatenar en el caso del DNA se partiría (ejemplo de la pita del yoyo) entonces
llegan a la conclusión de que se debe meter algo mas para que las cadenas se vuelvan lineales
como los rieles de un tren y algo mas para que separara los puentes de hidrogeno; se encontró
un nuevo grupo de proteínas; la primera: La girasa, ella se encarga de quitar la torsión
helicoidal al DNA y la segunda: la helicasa que va entre los puentes de H y separa las 2
cadenas, el problema era que como los puentes de H así como se destruyen fácilmente
también se hacen fácilmente entonces la polimerasa debería ir copiando inmediatamente,
pero eso no sucede porque ellas trabajan a diferente tiempo entonces buscando y buscando
evidencias encontraron la existencia de un nuevo grupo de proteínas que se unían a DNA de
tipo monocatenario que impedían su re asociación en doble cadena; estas proteínas se llaman
proteínas unidas al DNA monocatenar; otro problema que encontraron era que la polimerasa
es una proteína que tiene muy baja afinidad por el DNA en cadena sencilla, para solucionar
esto existe en la célula un sistema de cebamiento, una especie de anzuelo que debe volver la
cadena simple atractiva para la polimerasa; la forma de hacerlo es construyendo un pequeño
oligonucleótido que no tiene deoxinucleotido sino ribonucleotido, es decir, un pedacito
pequeñito de RNA y para hacer eso se necesita de otra proteína que construya el cebo, la cual
se llama RNA primasa. Esta proteína lo que hace es unirse a los orígenes de la replicación del
DNA y genera un pedacito pequeñito de cebador (PRIMER) de RNA y la DNA polimerasa ve
esto y quita la RNA primasa y comienza a polimerizar y formar la cadena fija.

Cataquio recordó que según Watson y Creck el DNA no solamente era un helicoide de doble
cadena sino que la cadena que corría en frente de la otra lo hacia de manera antiparalela, es
decir, que si una cadena arriba es 5’ y abajo es 3’, la cadena de en frente será arriba 3’ y abajo
5’; ya sabíamos que las polimerasa sintetizan cadenas en dirección 5’ a 3’ osea que el molde
debe ir en dirección 3’ a 5’ para que cuando se genere la cadena sea antiparalela; pero resulta
que uno no tiene un molde, sino que tiene un molde aquí y otro acá, entonces la polimerasa ve
eso y empieza a copiar aquí y empieza a copiar acá, la cadena de acá esta en dirección 3’ a 5’
eso es bueno porque voy avanzando y copio en dirección 5’ a 3’; pero la de al frente es 5’-3’ y
yo copio 5’-3’ ¿será que puedo copiar una molécula hija 5’-3’ si yo copio 5’-3’? No, porque yo
copio es a lo que este copio algo antiparalelo entonces a de en frente tiene que ser 3’-5’ para
poder que en esta dirección (5’-3’) copie aquí y copie acá y genere dos moléculas hijas.

Ocasaki dijo: las polimerasa para que despolimerizan? Pues para corregir errores, y Por qué
corrigen errores? Porque ocasionalmente se pueden equivocar; entonces concluyo que la
polimerasa es una enzima medio obsesiva entonces mientras ella copia una de las cadenas 3’-
5’ va pensando ¿será que me equivoque? Y por la duda se devuelve para corregir y cuando se
devuelve se encuentra con otra cadena que va en dirección 5’-3’ y la empieza a copiar, ella no
revisa indefinidamente, por lo tanto la otra cadena se copia por pedazos (denominados
fragmentos de Ocasaki) este tenedor de replicación trae otra consecuencia enorme porque
para poder copiar esos pedazos requiere que c/vez que vaya a copiarlos la primasa haga un
PRIMER, es decir, que va a haber una molécula de DNA llena de pedacitos de RNA y hasta
donde nosotros conocemos el DNA es DNA, no tiene pedacitos de RNA pero como ya habían
descubierto varias polimerasas resulta que como la polimerasa 1 es revisora osea que
despolimeriza, al ver los RNA los empieza a despolimerizar y reemplaza los ribonuicleotidos
por dioxinucleotidos y empieza a hacer enlaces fosfodiester entre c/u de ellos pero cuando
llega al punto donde empieza la cadena de dioxinucleotidos (rojo) y termina la de
ribonucleotidos (verde) ella quita el ultimo verde pero como no pone el rojo no une el enlace
entre los dos nucleótidos y como el DNA no puede quedar despegado entonces aquí hay otra
enzima que se llama DNA ligasa que lo que hace es hacer enlaces fosfodiester en ese “espacio”
y mantiene la estabilidad a lo largo de toda la cadena.

Hasta aquí la cosa parece muy bien pero el hijo de Arthur Convert no le sonó y dijo que la
polimerasa no puede revisar, corregir y polimerizar, ella o polimeriza o revisa, osea que hay
que buscar la manera de polimerizar simultáneamente las dos cadenas y devolver a hacer la
revisión de las 2 cadenas, corregir y volver nuevamente a iniciar; la solución a este problema es
hacer una “devolución”, es decir, que se hace un bucle en la otra cadena para queden las dos
cadenas en la misma dirección.

NOTA: Los nombres de los científicos no se como se escriben.