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La segunda mitad de la película tiene lugar años después, luego que "El Topo" es
rescatado por una banda de marginados deformes que lo salvan de la muerte. La banda
conduce a "El Topo" a su comunidad subterránea, donde él, estando en coma, medita
durante unos años sobre las cuatro lecciones. Cuando despierta, "renace" con la
ayuda de los marginados, y abandona su prisión subterránea en busca de la libertad
de los deformes.
Con la ayuda de su novia enana y su hijo —ya mayor—, "El Topo" cava una salida de
la cueva, viendo que los de su comunidad son asesinados por los habitantes de un
pueblo cercano. Montando en cólera, "El Topo" los mata y pone gasolina sobre sí
mismo y se inmola en el fuego, una vez que ha aprendido todo lo que podía sobre la
vida.
El hijo de "El Topo" y la novia sobreviven a este apocalipsis y cavan una tumba
para sus restos, que más tarde se transforma en una colmena llena de miel (símbolo
religioso de un hombre sagrado).