La variante Omicron: que sabemos hasta ahora

@santiagobacci

Las variantes se descubren mediante secuenciación filogenética que se centra en las relaciones
evolutivas de organismos y virus.

B.1.1.529 se descubrió utilizando tales técnicas de secuenciación el 11 de noviembre en Botswana.

Pronto siguieron otros casos en Sudáfrica, Bélgica, Israel y Hong Kong (donde las personas infectadas
habían sido vacunadas con Pfizer en mayo / junio). Algunas personas pensaron que la nueva variante
se llamaría "Nu", pero la OMS la llamó "Omicron", que es lo que usaremos.

La variante Omicron tiene 32 mutaciones de la proteína espiga sola, en comparación con la variante
Delta que solo tenía 9. Este es un grado muy grande de mutación; Como recordatorio, las vacunas
se dirigen a la proteína de pico en función de su forma tridimensional, por lo que cuanto más grave
es la mutación topográfica de la proteína de pico, mayor es el riesgo de menor eficacia de cualquier
vacuna desarrollada frente a una variante anterior. Es importante destacar que la variante Omicron
NO desciende genéticamente de la variante Delta, lo que sugiere que probablemente haya mutado
con el tiempo en una sola persona inmunodeprimida. Las decenas de millones de personas
inmunodeprimidas en todo el mundo sirven como incubadoras de mutaciones, ya que las vacunas
existentes son menos efectivas en esas personas y pueden permanecer infecciosas durante varios
meses.

La variante Omicron podría representar un riesgo grave para la salud mundial: 9 de sus mutaciones
se han visto en otras variantes preocupantes; 8 no se han visto antes, pero los datos de laboratorio
sugieren que son una amenaza; y algunas de las otras mutaciones se desconocen y aún deben
examinarse

Algunas mutaciones de Omicron tienen propiedades que significan una resistencia potencial a los
anticuerpos derivados de las vacunas existentes. Otras mutaciones de Omicron muestran potencial
para aumentar la transmisibilidad (velocidad con la que los virus pasan de un organismo a otro) y
aumentar la infectividad (la capacidad de un patógeno para establecer una infección).

El aumento en la tasa de pruebas positivas en la región de Johannesburgo aumentó del 1% al 30%

en una semana, ya que Omicron superó a la variante Delta. Esto sugiere un alto grado de contagio,
y los casos sudafricanos ahora están aumentando a un ritmo exponencial (desde niveles muy bajos).
Los científicos de modelado de enfermedades estimaron que Omicron es varias veces más
transmisible que la variante original de Wuhan, mientras que la variante Delta era solo un 70% más
transmisible.

Es importante señalar que las tasas de vacunación son solo (24% total, 28% parcial) en Sudáfrica,
por lo que aún no tenemos información sobre cómo se vería la propagación de Omicron en lugares
con niveles de vacunación más altos, ni tenemos ninguna. información sobre la gravedad de la
enfermedad de Omicron

La comunidad científica necesitará tiempo para descubrir las implicaciones de todas estas nuevas
mutaciones. Pfizer anunció que puede llevar hasta dos semanas determinar si su vacuna existente
previene o inhibe la replicación del virus in vitro.
Las vacunas de ARNm son relativamente fáciles de alterar en comparación con otros tipos de
vacunas. Una vez que se realiza el cambio para reconocer la nueva proteína de pico, solo 2 docenas
de personas deben inscribirse en un ensayo para asegurarse de que la vacuna actualizada funcione,
después de lo cual se puede distribuir (es decir, no es necesario realizar ensayos de Fase III y / o
aprobación regulatoria) . Este proceso puede tardar de 4 a 6 semanas. Pero como puede imaginar,
el proceso de revacunar a todos para una nueva variante sería un desafío logístico si fuera necesario.

Los inhibidores orales de la polimerasa / proteasa de Merck y Pfizer pueden resistir bien contra la
nueva variante de Omicron dado su diferente mecanismo de acción. No sustituyen a las vacunas,
pero podrían ayudar a mitigar la gravedad de la enfermedad en las personas que la contraen. Nota:
aún no están aprobados por la FDA, y hoy temprano surgieron algunas noticias de Merck que indican
una tasa de eficacia más decepcionante contra la hospitalización y la muerte para las personas de
alto riesgo de solo el 30% en comparación con las estimaciones anteriores del 50%. Las cifras de
eficacia antiviral informadas por Pfizer son más altas: 89% frente a hospitalización y muerte. Como
recordatorio, estas píldoras deben tomarse dentro de los 5 días posteriores al inicio de la infección.

Una de las cosas más importantes para rastrear en este momento: las tasas de hospitalización en la
provincia de Gauteng en Sudáfrica, donde está ocurriendo el brote de Omicron. Hasta ahora, no ha
habido un aumento en los ingresos hospitalarios o en la UCI, pero dado lo reciente que ha sido el
brote, es demasiado pronto para eso. A mediados de diciembre, deberíamos tener una mejor
lectura sobre la eficacia de la vacuna in vitro y la gravedad de la enfermedad Omicron

Si bien no sabemos hasta qué punto disminuirá la eficacia en las personas vacunadas si esta variante
se propaga, es justo decir que para las personas no vacunadas, los riesgos de infección y otros
resultados graves pueden haber aumentado nuevamente. Los datos más recientes ya muestran una
brecha muy grande entre las tasas de hospitalización y mortalidad para personas vacunadas y no
vacunadas, que ilustramos en la Sección 1 de nuestro portal web COVID.

Las "buenas" noticias sobre Omicron: a diferencia de otras variantes, se puede rastrear mediante
una simple prueba de PCR (como la variante Alpha) y no requerirá secuenciación genómica para su
identificación. En el gráfico de la página siguiente, se realizó un seguimiento de la variante Omicron
en Sudáfrica utilizando un enfoque simplificado que identifica cuándo se eliminan los genes de sus
posiciones esperadas.

Fuentes: Jeffrey Barrett, Reino Unido Sanger Institute y ex director científico de Genomics;
Ministerio de Salud de Sudáfrica; Katelyn Jetelina, Centro de Ciencias de la Salud de la Universidad
de Texas / Houston; David Fisman, Escuela de Salud Pública Dalla Lana de la Universidad de Toronto;
Otello Stampacchia, Informe Timmerman; New York Times (sobre los niveles de eficacia antiviral de
Merck / Pfizer); ThermoFisher Scientific