Biorremediación de ambientes contaminados con petróleo

La contaminación de ambientes con petróleo es uno de los problemas más preocupantes del cambio
climático y, a la vez, es uno los menos controlados debido a la manera constante en que estos accidentes
de derrames se han dado y a la gravedad que presentan, ya que la naturaleza no tiene la facilidad de
biodegradar el petróleo de una forma fácil y rápida afectando el equilibrio de los ecosistemas. Teniendo en
cuenta esto, un 10 % de esta contaminación por crudo son derrames en los mares por extravíos petroleros
(Lozano, 2005). Por otro lado, el 22 % es debido a filtraciones naturales, refinerías, petrolíferos marinos,
etc (Lozano, 2005). Por lo anterior, los suelos se erosionan, el agua se vuelve impotable, se intoxica a
organismos y el aire se contamina.

Debido a lo anterior, se han buscado medidas para darle solución o control a este y muchos más
problemas que han sido generados por la contaminación, una de las muchas estrategias que se han
desarrollado para disminuir los impactos generados ha sido la biorremediación, que es el uso de
microrganismos para degradar contaminantes a concentraciones que sean de una u otra forma
indetectables, o si son detectables, a concentraciones por debajo de los límites establecidos como seguros
o aceptados por las agencias de regulación (Gilbert, 1998). Con el fin de implementar estas tecnologías de
biorremediación se toman en cuenta los siguientes criterios: Los microorganismos utilizados deben tener
capacidad catabólica; deben poseer una velocidad razonable en la transformación de los compuestos en
concentraciones estándar; el sitio no debe presentar inhibidores para la especie biodegradadora; no se
deben generar productos tóxicos; entre otros. (Lozano, 2005).

Con este objetivo en mente, se tuvo en cuenta que para la descomposición del petróleo la vía microbiana
es uno de los mecanismos más ágiles y seguros para eliminar la contaminación, por esto se propone el
género de las Pseudomonas, las más eficientes en la degradación de compuestos tóxicos de los
hidrocarburos, debido a que, presentan altas capacidades y características similares a los surfactantes
químicos con la diferencia que son tomadas de lugares contaminados y su proceso es completamente
natural ya que no causa más daños al ecosistema impactado como si lo hacen los químicos, entre estas
bacterias se encuentra la P. Putida, una de las mejores candidatas para aplicaciones en el campo de la
biorremediación pues esta especie bacteriana se considera no patógena y generalmente se reconoce como
segura en contraste con P. Aeruginosa, un patógeno humano oportunista (INSHT, 2016). Debido a esto,
con el fin de utilizarla en beneficio del medio ambiente y la humanidad se buscará crear una célula con las
características especiales de P. Putida de forma artificial mediante el campo de la biología sintética para
su implementación en los diversos sitios contaminados.

Para crear esta célula sintética se busca transferir el genoma natural de una bacteria,  P. Putida, a otra
bacteria, P. fluorescens, tomando el control de su funcionamiento celular, creando de esta manera una
nueva célula sintética al tener un genoma ensamblado de piezas de ADN sintetizadas químicamente”.
Aunque el citoplasma de la célula receptora no es sintético, después del trasplante y la replicación en una
placa para formar una colonia, la progenie no contendrá ninguna de las moléculas proteicas que estaban en
la célula receptora original. Como el software del ADN construye su propio hardware, las propiedades de
la célula controlada por el genoma sintético se espera sean las mismas que si toda la célula se hubiera
producido sintéticamente” como lo explican los científicos del J. Craig Venter Institute de EE. UU.
quienes lograron ensamblar el genoma completo de la bacteria Mycoplasma mycoides e insertarlo en una
célula receptora de Mycoplasma capricolum, a la que han desprovisto de su propio genoma.

Las rutas metabólicas que se conservarán en la creación del nuevo gen para la bacteria P. fluorescens
FNL son las relacionadas con su capacidad para lograr la descomposición química y física de los
hidrocarburos aromáticos policíclicos (PAHs), esto gracias a los plásmidos catabólicos de las
pseudomonas (OCT, NAH y TOL), por lo que se tendrán en cuenta las siguientes tres rutas de degradación
presentes en las pseudomonas :

ALK (C6 a C12 n-alcanos): este, es el grupo de hidrocarburos alifáticos más abundante de las cadenas
presentes en petróleo, la forma más adecuada para su biodegradación es por medio de la vía anaeróbica, en
esta parte se utilizó el plásmido OCT presente en las pseudomonas putidas, el cual codifica una enzima
dioxigenasa que convierte alcanos a aldehídos a través del hidroperoxidasa del n-alkyl sin un
intermediario del alcohol, conocido como la vía de Finnerty. En la figura 1, se observa la degradación de
n-alcanos, en la primera reacción que ocurre, se genera una hidrolización por medio de la canalización
formada por el grupo de enzimas bacterianas que es la pseudomona putida; segundo, se genera alcohol
deshidrogenasa, que es una enzima presente en el metabolismo de la pseudomona putida y tercero, se
inicia la formación de aldehído deshidrogenasas, que es una enzima presente en la vegetación o en
residuos animales, aquí ya empieza la interacción de las bacterias con la naturaleza para realizar el proceso
de limpieza total.
Xyl (tolueno): en el caso de los hidrocarburos aromáticos, como lo es el tolueno, el proceso inicia por
medio del plásmido TOL, por medio de vías bioquímicas llamadas vias altas o periféricas que consisten en
modificar los diferentes anillos aromáticos absorbidos en catecol como se observa en la figura 2, en este
caso, el tolueno es degradado consecutivamente en alcohol bencílico, benzonato y finalmente catecol, a
partir de este último, ya se puede llevar a cabo el rompimiento del anillo mediante enzimas específicas,
por medio de las vías bajas, como se observa en la figura 3.
Nah (naftaleno): es un hidrocarburo aromático policíclico y se forma por lo general por la mala
combustión de la materia orgánica, este puede ser degradado completamente anaeróbicamente por medio
del plásmido NAH7 de pseudomonas putida, la degradación inicia  por la acción de la dihidroxilación de
uno de los anillos aromáticos polinucleares por la enzima naftaleno dioxigenasa y posteriormente se
genera la división del anillo dihidroxilado

Los hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAPs): los genes de degradación de HAPs se intercalan con
los genes xyl responsable de la degradación de monoaromáticos y genes bph de degradación de bifenilos,
de modo que los genes de degradación de un mismo sustrato se encuentran distribidos entre distintos
cluster genéticos. El plásmido pNL1 presente en la cepa novosphingobium aromaticivorans F199 del
género Sphingomonas presenta 79 genes asociados con el metabolismo y el transporte de HAPs.
(Izquierdo, 2013)

Luego de conseguir ensamblar el genoma completo de la bacteria P. Putida e insertarlo en una célula
receptora de P. fluorescens FNL, se crearía un cultivo de estas, que sería usado en una muestra extraída
contaminada de algún sector. Esta muestra, seria estudiada con anterioridad, para verificar que clase de
moléculas están presentes y cuál es el grado de contaminación. Posteriormente, luego de que la P.
fluorescens FNL actuara sobre la muestra se volvería a estudiar para analizar si se han degradado los
compuestos contaminanteS, siendo un resultado positivo, la desintegración de algunos hidrocarburos o
componentes de petróleo presente, que no se hayan producido otros compuestos tóxicos como producto
del metabolismo en la descomposición de estos, además del crecimiento de la población de la especie
degradadora, donde se espera observar un aumento de por lo menos de 103a 106

Bibliografía
INSTITUCION NACIONAL DE SEGURIDAD E HIGIENE EN EL TRABAJO. (2016). Pseudomonas
aeruginosa.
https://www.insst.es/documents/94886/353495/Pseudomonas+aeruginosa+2017.pdf/7e1ed73b-eca5-4578-
a4f7-1c8847e6a799
Lozano, N. (2005). Biorremediación de ambientes contaminados con petróleo.
https://revistas.udistrital.edu.co/index.php/tecges/article/download/4326/6056/18518