Asignatura: Ecología Microbiana

Tema 1: Microorganismos en diferentes ambientes naturales

Conf 1: Desarrollo histórico de la Ecología Microbiana. Comunidades Microbianas y Ecosistemas
Sumario:
El campo de la Ecología Microbiana. Visión histórica.
Definición y estructura de los ecosistemas.
Comunidades microbianas. Sucesiones.
Selección de la población. Función y permanencia.

Objetivos:
Analizar el surgimiento y desarrollo de la Ecología Microbiana y su importancia actual.
Analizar la relación entre las comunidades microbianas y los ecosistemas con vistas a interpretar los
fenómenos de selección, sucesión y estructura de las poblaciones presentes en estas comunidades.
Introducción
Durante la formación de la Tierra como planeta y su posterior evolución, en la Era Precámbrica,
durante los Períodos Arcaico y Proterozoico en los que se ha explicado el origen de la vida, la
aparición de las primeras algas y bacterias, así como de la atmósfera libre de oxígeno (donde
aparecen por primera vez los procesos de fotosíntesis y fijación biológica del nitrógeno) se atribuyen
estas transformaciones de la atmósfera de reductora en oxidativa a los microorganismos, lo cual
demuestra su vital importancia en el mantenimiento de la vida en el planeta desde sus inicios.
¿Dónde podemos encontrar a los microorganismos?
1- ambientes extremos de temperatura (volcanes y polos)
2- ambientes extremos de pH (1-3: Sulfolobus acidocaldarius (60-80º C )
3- ambientes extremos de presión como los fondos oceánicos
4- Con alta salinidad (Halococcus Archaea)
5- otros seres vivos (plantas: Gluconacetobacter diazotrophicus, animales y hombre Escherichia
coli)
6- de forma intracelular (plantas Rhizobium, animales Brucella y hombre micoplasmas)
De todos los organismos vivos que habitan en la tierra, los microorganismos son los más versátiles.
En ningún ambiente en donde estén presentes los macroorganismos, están ausentes los
microorganismos y aún en entornos hostiles, éstos pueden sobrevivir y multiplicarse. Las funciones
vitales que llevan a cabo los microorganismos en el planeta, son decisivas para el resto de los seres
vivos, de tal manera que sería imposible la vida sin la existencia de ellos.
Constantemente se están creando nuevos ambientes, adecuados para el crecimiento microbiano,
como consecuencia de procesos naturales o por acciones artificiales como la contaminación, la
reforestación, la introducción de plantas exóticas y el uso de fertilizantes, entre otros.
En la naturaleza las poblaciones microbianas interactúan entre sí, en ocasiones varias a la vez, y su
vez con otras poblaciones de macroorganismos, en cualquier tipo de ambiente, el suelo, el agua y el
aire. Ya existen evidencias de comunicación molecular no solo dentro de una misma población, sino
también entre diferentes poblaciones microbianas y entre los diferentes dominios de la vida.

1
La palabra ECOLOGÍA es de acuñación reciente y fue propuesta por primera vez por el biólogo
alemán Ernest Haeckel, en 1866. Este término se deriva del griego “oikos” que significa casa o lugar
donde se vive y “logos”, que significa ley, o sea, se define como Ecología, la ciencia que estudia la
interrelación entre los organismos y los factores bióticos (vivo) y abióticos (no vivo) del ambiente que
los rodea. Cuando se trata de los microorganismos entonces nos referimos a Ecología Microbiana,
pero no es hasta los años 1960 que se hace uso frecuente de este término.
Las obras de Hipócrates y Aristóteles y otros filósofos de la cultura griega, contienen materiales que
tienen claramente carácter ecológico. Sin embargo, los griegos no definieron un término para
designarla. Inicialmente los microbiólogos tenían que estudiar los microorganismos en el ambiente
natural, pero con el desarrollo de los cultivos puros por Robert Koch (1843-1910) de gran importancia
en la Microbiología General, alejaron a los científicos de las observaciones ecológicas.
En resumen: La Ecología Microbiana estudia: la relación microorganismo – microorganismo, la
relación microorganismo - plantas y animales y la relación microorganismos-factores abióticos del
ambiente.
La Ecología Microbiana emerge como disciplina en los años 60 del pasado siglo donde ocurren
avances importantes de la tecnología y la economía en la industria mundial, y ya en los 70 que se
crea la Agencia de Protección del Medio Ambiente en E.U y otras agencias medio ambientalistas en
el mundo, teniendo en cuenta que el avance de la tecnología y la economía en la industria que siguió
a la II Guerra Mundial, estaba establecida como área especializada en una sociedad donde la
preocupación por el medio ambiente ha ido en aumento debido al aumentos de los efectos negativos
del avance anteriormente mencionado, provocando el deterioro, la explotación indiscriminada de los
recursos y la contaminación del medio ambiente. Utilizar los recursos ambientales en beneficio de la
salud y el bienestar humano sin provocar el deterioro físico del medio ambiente o las comunidades
biológicas que viven en este. Los problemas ambientales que padecen actualmente todos los países
así como las posibles soluciones, forman una trama que se entremezcla con el componente
microbiano del ecosistema global lo que hace de la ecología una auténtica ciencia interdisciplinaria.
Es importante definir para comenzar el estudio de esta rama de la ciencia los niveles de organización
ecológicos. Individuo u organismo, población, comunidad y ecosistema que ya lo han estudiado en
enseñanzas precedentes referido a plantas o animales. Un grupo de organismos de la misma
especie constituyen una población. Varias poblaciones forman la comunidad y la interacción de
varias comunidades con el medio físico que los rodea se le llama ecosistema. El nivel de la
interacción se hace cada vez más complejo, a medida que avanzamos en los niveles de organización
ecológicos.
Las principales interacciones microbianas se dividen en dos grandes grupos:
A) Las que promueven el crecimiento de especies o individuos dentro de la población.
B) Las que inhiben el crecimiento de las especies o individuos en la población.
Aspectos que vamos a analizar en el tema 2 de la asignatura y que son una muestra importante de la
Diversidad microbiana.
La biodiversidad se compone de todas las especies de plantas, animales y microorganismos, de su
material genético y de los ecosistemas de que forman parte. Un 50 % de la biomasa del planeta es
microbiana y los microorganismos proveen la mayor fuente de información genética. Pero para hacer
este análisis a nivel de comunidad microbiana se puede plantear que la diversidad microbiana es
Variación en las poblaciones microbianas en un ambiente dado (genética, morfológica y funcional).
¿Qué factores afectan la diversidad microbiana?
R/ Reducción de bosques y cordones de árboles

2
Sustitución de variedades agrícolas locales
Contaminación de suelos y agua
Sobreexplotación, destrucción de hábitats e impacto causado por la introducción de animales
Pero para hacer este análisis de diversidad microbiana a nivel de comunidad se han desarrollado
diferentes metodologías y diferentes índices que permiten estimar la diversidad:
Diversidad α: Diversidad de especies en una unidad de muestra. Se determina mediante la riqueza
de especies o la diversidad de especies.
Diversidad β: Cantidad de la variación composicional en una muestra o grupo de unidades de
muestras
Diversidad γ: Diversidad total en una colección de unidades de muestras.
Entre los índices más utilizados se encuentran: Shannon-Wiener y Simpson´s, pero no vamos a
entrar en detalles al respecto.
Cada ciencia tiene su propio nivel de estudio por Ej: la Física (los átomos), la Química (las
moléculas) y la Biología (los organismos). Ahora bien, el nivel de estudio de la Ecología está un paso
más alto y resulta por tanto más confuso y difícil de abordar. Es lo que se llama el Ecosistema, la
entidad formada por plantas, animales y microorganismos que actúan y reaccionan unos con y
contra otros y con el ambiente que los rodea.
Concepto de Ecosistema
Eco- casa o habitación
Sistema- se refiere a un todo o conjunto en que se pueden distinguir diversos elementos.
Si nos referimos al concepto de ecosistema podemos decir que es la UNIDAD BASICA
FUNDAMENTAL con la cual debemos tratar ene Ecología, puesto que incluye tanto a los organismos
como al medio ambiente no viviente, cada uno influenciado por las propiedades del otro y ambos
necesarios para el mantenimiento de la vida como tal sobre la tierra.
Todo el planeta Tierra constituye un gran ecosistema. La cubierta viva de la Tierra se puede decir
que constituye un gran ecosistema, el mayor ecosistema que existe y recibe el nombre de
BIOSFERA (espacio del planeta ocupado por el conjunto de seres vivos que lo habitan). En la
biosfera se incluyen hasta los organismos presentes en las áreas menos pobladas del planeta,
todas… Esta parte viva del planeta tiene una constante y estrecha interacción con la parte abiótica,
que depende en gran medida del tipo de ambiente en que se encuentren: suelo-litosfera, agua-
hidrosfera y aire-atmósfera. Las características de cada tipo de ambiente determinan el desarrollo de
la vida microbiana en cada uno.
No obstante, la reciente definición de esta disciplina, hay muchos eventos que han sido clave en el
desarrollo de este tema.
En la época del renacimiento biológico de los siglos XVIII y XIX Antón van Leeuwenhoek (1632-
1723), conocido como el precursor de la microscopía de principios de los años 700, fue también
precursor del estudio de las cadenas alimenticias. En la actualidad, en la estructura de los
ecosistemas se analiza su estructura trófica (trófica=alimento), o sea, la disposición productor-
consumidor.
Desde el punto de vista de su estructura, el ecosistema también está compuesto por cuatro
constituyentes que es conveniente reconocer:
1. Sustancias abióticas: elementos básicos y compuestos del medio ambiente (T, humedad,
concentración de oxígeno, entre otros).

3
2. Productores: organismos autotróficos en su mayoría las plantas verdes, cianobacterias.
3. Consumidores: organismos heterotróficos, principalmente animales que ingieren otros
organismos o materia orgánica en forma de partícula.
4. Desintegradores o descomponedores: (también llamados saprófitos) organismos heterotróficos
principalmente bacterias y hongos que desdoblan los complejos compuestos del protoplasma
muerto, absorben algunos de los productos en descomposición y liberan sustancias simples
usables por los productores.
Estos se pueden definir en los diferentes ambientes. Si analizamos varios ecosistemas encontrados
en la biosfera: un ecosistema terrestre y uno acuático. Ambos están poblados por organismos
completamente diferentes con la posible excepción de algunos géneros bacterianos que pueden vivir
en diferentes condiciones. Sin embargo, en los todos los tipos de ecosistemas están presentes los
mismos componentes ecológicos básicos y se puede determinar la estructura trófica del ecosistema
con los mismos componentes.
En la tierra los autótrofos son generalmente plantas de raíces grandes, en las aguas son el
fitoplancton. Ambos tipos de productores sostienen una similar distribución de consumidores y
desintegradores o descomponedores.
La cantidad de material vivo en los diferentes niveles tróficos o en una población que la compone, es
conocida como CULTIVO ESTABLE, un término que se aplica igualmente bien a plantas, animales y
microorganismos. El cultivo estable puede expresarse en términos del número por unidad de área o
en términos de biomasa, es decir masa de organismos. Hacemos un paréntesis y dejamos claro este
término. La ecología describe la naturaleza en términos de materia, energía y organización. La
BIOMASA es la expresión ponderal de los organismos existentes en un espacio definido, como los
organismos y los conjuntos de organismos se pueden pesar, la biomasa se califica de la forma que
ha sido pesada por ejemplo: en peso total, en peso fresco, en peso seco.
El cultivo estable no solo representa energía potencial, sino que puede ser un amortiguador contra
las variaciones físicas y como un hábitat o espacio viviente, para los organismos. Así por ejemplo los
árboles en un bosque o campo no solo representan energía que suministra alimentos o combustible,
sino que modifican el clima y proveen de refugio a animales y humanos.
Retomando la estructura de un ecosistema, esta debe considerarse desde varios ángulos para poder
comprender la relación estructura - función. La disposición productor consumidor es la estructura
trófica del ecosistema y cada nivel de alimento se considera un nivel trófico.
Por otra parte constituyen factores importantes en cualquier ecosistema la cantidad y distribución
tanto de materiales orgánicos como de sustancias químicas inorgánicas presentes sea en la biomasa
como en el medio ambiente, podemos decir que esta es la estructura bioquímica del ecosistema y la
estructura de las especies del ecosistema es la estructura que incluye no solo el número y clases de
especies presentes sino también la diversidad, esto es la relación entre las especies y números de
individuos de la biomasa y la dispersión (arreglo espacial) de los individuos de cada especie que
están presentes en la comunidad. Por lo tanto otra clasificación de los ecosistemas es la que los
divide según su estructura en:
• Estructura trófica
• Estructura bioquímica
• Estructura de especies
Los ecosistemas pueden concebirse para su estudio en variadas dimensiones. Un pequeño charco,
un jardín, un lago, un sector de un bosque, entre otros, pueden ser ecosistemas objeto de estudio,
pues suministran una unidad de estudio conveniente. Mientras los componentes principales están

4
presentes y actúan juntos como una unidad para alcanzar algún tipo de estabilidad funcional, aunque
solo sea por corto tiempo, la unidad puede considerarse como un ecosistema. Nuestra biosfera como
conjunto es en realidad una serie de gradientes (montañas, llanuras, playas, ríos, mares, etc) que
están integrados para producir un “estado químico” en el que la composición química del aire y del
agua permanecen notablemente constantes durante largo tiempo. Puesto que acabamos de describir
el ecosistema como una unidad de función, no es de importancia particular donde hacemos una línea
entre una parte del gradiente y otra. Por ejemplo, la orilla de un lago puede ser un límite conveniente
para dos ecosistemas diferentes, uno acuático y otro terrestre. Cuanto más grande y diverso es el
ecosistema, más estable puede ser y más independiente (en sentido relativo) de sistemas
adyacentes. Por lo tanto, un lago entero es una unidad más integral que una parte del lago, pero para
propósitos de estudios podemos considerar una parte de un lago como un ecosistema.
Ya una vez que conocemos el concepto, estructura y tipos de ecosistemas, es conveniente conocer
cuál es el concepto de COMUNIDAD: La simple descripción de cómo la biomasa se distribuye entre
las principales especies conduce al concepto de comunidad, la cual se define como la mezcla de
poblaciones de distintas especies, tal y como nos la encontramos en la naturaleza y para los
ecólogos resulta cómodo referirse con un mismo nombre, a nivel de comunidad, a distintos
segmentos de la biosfera, así por ejemplo: Se habla de un bosque de pinos, de un arrecife de coral
para desigual tipos de comunidades que se repiten de manera aproximada. Asimismo la reunión de
microorganismos que viven en conjunto, constituyen una comunidad, lo que en este caso microbiana.
La comunidad es la unidad biológica superior en una jerarquía ecológica constituida por individuos y
poblaciones, es una integración de poblaciones que conviven e interactúan en un hábitat. Es
importante definir este otro concepto. El HÁBITAT es el lugar físico donde se puede encontrar un
organismo, cuyas características físicas y químicas determinan la presencia, el crecimiento, la
supervivencia, la actividad metabólica y las interacciones de los microorganismos y para los cuales
podemos definir el término MICROHÁBITAT teniendo en cuenta las dimensiones de estos. Por
ejemplo una partícula de suelo constituye un microhábitat donde las condiciones abióticas, tanto
físicas como químicas varían. Si se analiza en una partícula de suelo de 12 mm de diámetro, las
variaciones de las concentraciones de oxígeno, se puede observar que estas varían desde el 21 %
que se encuentra en la atmósfera, pasando por diferentes concentraciones (15, 10, 5 y 1 %) hasta
llegar a cero, o sea desde condiciones de aerobiosis hasta la anaerobiosis total. Analizando solo esta
variable, sabemos de asignaturas precedentes que van a ser diferentes los grupos y géneros
microbianos que van a poder vivir en cada uno de estos microhábitats que se crean en la pequeña
partícula de suelo. Así mismo se podría analizar las variaciones de otras variables física como
temperatura, humedad, etc. y de las químicas como pH, concentración de diferentes nutrientes, entre
otros.
Si la comunidad es la unidad biológica superior en una jerarquía ecológica, constituida por individuos
y poblaciones, es una integración de poblaciones que conviven e interactúan en un hábitat. El
desarrollo de una comunidad más o menos estable involucra sucesión de poblaciones que determina
un ordenado cambio secuencial en las poblaciones de la comunidad.
SUCESION DENTRO DE LA COMUNIDAD BACTERIANA
Llamamos sucesión al reemplazamiento de un tipo de comunidad por otras, en respuesta a las
modificaciones del ambiente. Estas tienen diferentes clasificaciones que analizaremos a
continuación, pero se debe mencionar un aporte importante al desarrollo del conocimiento en estos
aspectos que hizo Serguei Winogradsky (1856-1953), quien desarrolló el concepto de
quimioautotrofía, diseñó una columna llamada columna de Winogradsky. Esta columna es un cultivo
de enriquecimiento líquido donde se inocula con muestras naturales mayormente sedimentos de
ambientes acuáticos, que permite estudiar las sucesiones microbianas que se manifiestan en ese
ecosistema.

5
Por otra parte, en los procesos de sucesión los microorganismos cambian el hábitat en una forma
que permite el desarrollo de nuevas poblaciones por ejemplo la creación de condiciones anaeróbicas
por microorganismos anaeróbicos facultativos, permiten o determinan el desarrollo de poblaciones
anaeróbicas obligadas. Esto es conocido como SUCESION AUTOGENICA, o sea su origen se debe
a factores bióticos. Por el contrario, las SUCESIONES ALOGENICAS son aquellas que se producen
cuando el hábitat es alterado por factores ambientales (abióticos) como cambio de estaciones,
temperatura, la presencia o ausencia de determinados compuestos químicos. Esta es una de las
clasificaciones de las sucesiones dependiendo del origen biótico o abiótico de estas.
La sucesión microbiana comienza con la colonización de un hábitat por una población de
microorganismos por ejemplo, si el hábitat no ha sido previamente colonizado como en el caso del
tracto gastrointestinal de animales recién nacidos, el proceso se conoce como SUCESION
PRIMARIA. Los primeros colonizadores de un ambiente virgen se les llama PIONEROS y ellos deben
tener la característica de extenderse por el medio, por lo tanto, una característica común de los
pioneros es disponer de mecanismos de dispersión que le permitan abarcar el ambiente virgen que
han colonizado. Además, las características de los pioneros van cambiando en el nuevo ambiente
colonizado.
Cuando ese proceso ocurre en un hábitat previamente colonizado y con una historia de sucesiones,
se conoce como SUCESION SECUNDARIA, este tipo de sucesión es consecuencia de algún evento
catastrófico que rompe y altera el curso de la sucesión primaria. Esos colonizadores se apropian del
medio y alteran las condiciones en el hábitat, de forma tal que disuaden o impiden otras sucesiones,
esto puede mantenerse por un tiempo en el cual los pioneros reinan en el hábitat pero a la larga las
poblaciones mejor adaptadas al medio van prevaleciendo, las condiciones del medio van cambiando
y nuevas especies prevalecen. Esta es otra clasificación de las sucesiones: primarias y secundarias.
Por otra parte, las sucesiones tienen otra clasificación en dependencia de la relación producción-
respiración en la comunidad. Cuando la producción bruta excede al rango de respiración de la
comunidad microbiana, la materia orgánica se acumula, esta relación entre producción bruta y
respiración se simboliza como P/R, cuando esta relación es mayor que 1 se llevan a cabo
SUCESIONES AUTOTRÓFICAS, que ocurren en ambientes donde hay abundancia de materia
orgánica debido a un suministro ilimitado de energía solar. Estas sucesiones se producen en
ambientes minerales donde el pionero necesita mínimas condiciones nutricionales y tolera ambientes
adversos, por ejemplo la capacidad de utilizar el N atmosférico es una ventaja, las cianobacterias son
un buen ejemplo de pioneros autotróficos.
Lo opuesto a sucesiones autotróficas ocurre cuando la relación P/R se hace menor que 1 ya que el
consumo es mayor que la producción, en este caso las sucesiones son llamadas SUCESIONES
HETEROTRÓFICAS, el flujo de energía en el sistema decrece con el tiempo, no hay suficiente
materia orgánica y la comunidad va acabando con la energía química, esta sucesión heterotrófica es
generalmente temporal porque termina con la extinción de la comunidad, al terminar el suministro de
energía. Muchas comunidades microbianas involucradas en procesos de descomposición muestran
ese tipo de sucesión heterotrófica. Ellas se mantienen y forman una comunidad estable mientras
haya un suministro sistemático de materia orgánica.
Los pioneros de una sucesión heterotrófica necesitan tener sobre todo un alto metabolismo y alto
rango de crecimiento para mantenerse por encima de invasores secundarios. Ej. Sucesión
heterotrófica en la comunidad microbiana del intestino conduce a una comunidad clímax mientras
hay un suministro estable de comida, si el animal interrumpe su alimentación la comunidad
microbiana se destruye.
Ejemplos:
• Sucesión microbiana en hojas que caen y a las cuales les cae encima detritus (materia orgánica).

6
• Inhibición del proceso de nitrificación debido a que disminuye la población de bacterias
nitrificantes en la sucesión a una comunidad clímax por acumulación de N amoniacal.
• Sucesión en el tracto gastrointestinal.
¿Cuándo termina esta cadena de sucesiones? Muchas comunidades microbianas tienen un alto
grado de estabilidad a pesar de las fluctuaciones de todo tipo a que están sujetas, estabilidad que
logran mantener durante un período de tiempo debido al fenómeno de la HOMEOSTASIS: capacidad
de las comunidades para mantener su estabilidad bajo condiciones de ambiente variable.
Pero el concepto de comunidad estable no implica comunidad estática, ya que las poblaciones están
sujetas a fluctuaciones regulares o irregulares, que se deben a condiciones internas o externas y que
contribuyen a la estabilidad del sistema en su conjunto. Por ejemplo la acumulación de nitrito en un
medio incrementa temporalmente la población que utiliza este compuesto y a su vez este incremento
de esa población determina una menor concentración de un compuesto que si se acumula alcanza
niveles tóxicos capaces de destruir la comunidad.
La homeostasis actúa como un mecanismo de restauración de una comunidad que se destruye y
cuando el equilibrio se restablece normalmente hay una sucesión secundaria que regresa a la
comunidad original. Cuando hay un conjunto de poblaciones estables que predominan, que forman
una comunidad, se le llama “COMUNIDAD CLÍMAX”, lo cual es un poco difícil en la naturaleza, pues
la estabilidad de un conjunto de poblaciones es difícil y microbianas más.
La homeostasis actúa además restaurando la comunidad original cuando los microorganismos
oportunistas irrumpen en ella, por ejemplo, muchos microorganismos que entran al tracto
gastrointestinal a través de los alimentos son rápidamente eliminados, inclusive después de la
ingestión de microorganismos causantes de enfermedades se puede restaurar el equilibrio. Lo mismo
ocurre con la entrada de microorganismos extraños al suelo o al agua, se establecen interacciones
antagonistas que eliminan la población extraña, restaurando la composición original de la comunidad.
Además la comunidad del suelo de forma similar (de suelo agrícola cultivado) tiende a recuperar la
composición de especies originales, comunidad original, después del cultivo.
En los microorganismos o en las comunidades microbianas muchos factores inciden en las
fluctuaciones, el tiempo de generación tan rápido de muchos de ellos, los eventos aleatorios del
medio pueden determinar qué microorganismos cubren los nichos del ecosistema y dirigen la
secuencia de sucesiones. Por esta razón, las sucesiones que conlleven a una comunidad clímax
entre los microorganismos no es posible que ocurra en muchos hábitats. Aún aunque se llegue a un
equilibrio en una diversidad de especies esto raramente persiste indefinidamente debido a los
disturbios que frecuentemente ocurren.
También se establece dentro de la comunidad un intercambio genético. Cuando determinadas
características adaptativas se introducen en el conjunto de genes, el rango de reproducción puede
ser tan corto como 15 a 20 minutos, lo que permite una rápida y extensa expresión de las
características. La rápida dispersión de la resistencia a antibióticos es un buen ejemplo de la
selección natural. La resistencia antibiótica aparece por mutación espontánea o recombinación antes
del uso médico de esta sustancia, pero en este período no habrá una gran ventaja selectiva de los
microorganismos patógenos de poseer las características de resistencia antibiótica. Cuando a partir
de la década del 50 el uso de los antibióticos se hizo prevaleciente, los microorganismos comenzaron
a desarrollar una marcada resistencia que se ha ido incrementando con el tiempo.
Un factor determinante en la permanencia de toda población es la capacidad genética de mantenerse
dentro de la comunidad. Lo cual significa que debe haber una contribución genética a las siguientes
generaciones, los genes pueden ser transferidos a nuevas poblaciones dentro de la comunidad para
formar nuevas combinaciones alélicas con diferentes grados de conveniencia.
Existen diferentes Factores que determinan o contribuyen a las sucesiones:

7
 1. Provisión de un nutriente por una población
2. Disponibilidad insuficiente de un elemento
3. Alteración de la concentración de un nutriente
4. Modificaciones de sustratos heterogéneos
5. Autointoxicación
6. Eliminación por medios físicos
7. Ingestión selectiva de poblaciones microbianas
8. Cambios en factores físicos

SELECCIÓN DE LA POBLACIÓN DENTRO DE LA COMUNIDAD

Al analizar este aspecto se debe tener en cuenta otros de los grandes descubrimientos que
constituyen un aporte al desarrollo de la Ecología Microbiana, nos referimos, a la técnica de cultivos
de enriquecimiento y el uso de estos para el aislamiento y la caracterización de una amplia variedad
de bacterias que fue iniciada por Martinus Beijerinck (1851-1931), importante figura en el desarrollo
de la Ecología Microbiana y la Microbiología del Suelo. Un excelente ejemplo de la aplicación de la
técnica de cultivos enriquecidos lo encontramos en el aislamiento de Azotobacter (Beijerinck, 1901)
una bacteria fijadora de nitrógeno que vive en el suelo.
En las condiciones naturales, los microorganismos, al igual que las plantas y los animales, han
desarrollado estrategias que les permiten sobrevivir y mantenerse en las comunidades de que forma
parte. Un esquema artificial de representar esta estrategia clasifica a los microorganismos en un
gradiente llamado r-k (Andrew, 1984). Los que se clasifican con r tienen gran capacidad o gran rango
de reproducción que les permite continuar sobreviviendo dentro de la comunidad, los k son capaces
de desarrollar adaptaciones fisiológicas ante los factores ambientales.
Un m.o. r tiene una velocidad de crecimiento grande que le permite reproducirse en corto tiempo y
dominar la población. Utilizando los recursos (nutrientes) disponibles, aunque los denominados r se
reproducen mucho tienen poca capacidad de adaptación, tienden a predominar en situaciones en
que no hay escasez de nutrientes.
Géneros tales como Pseudomonas, Bacillus, Arpergillus y Penicillium entre otros heterótrofos, se
consideran estrategas r porque colonizan el hábitat rápidamente y degradan con facilidad altas
concentraciones de materia orgánica. Pero estas poblaciones r están sujetas a extremas
fluctuaciones. Cuando los nutrientes disminuyen, o las condiciones del medio se tornan
desfavorables, la población sufre una reducción. En los casos posibles desarrollan esporas que les
posibilitan la dispersión y la sobrevivencia, lo que constituye una ventaja para estos microorganismos
r.
Aunque en comparación con los macroorganismos los microorganismos pueden parecer en su
totalidad como r, algunos se clasifican como k, tal es el caso de los actinomicetos del género
Streptomyces, que se reproducen más lentamente que la mayoría de los géneros bacterianos, pero
toleran situaciones de limitación de nutrientes y otras condiciones desfavorables, con más éxito que
las poblaciones r por su capacidad de adaptación fisiológica al medio. Agrobacterium y
Corynebacterium son también géneros del grupo k por su capacidad de vivir en ambientes difíciles y
degradar el humus del suelo.
Como se han podido ir dando cuenta, dentro de la comunidad cada población tiene su función
específica que es lo que se denomina NICHO y este es un concepto importante en ecología y muy
mal utilizado en sentido general. Nicho no es el hábitat, sino es la función.

8
Por ejemplo, Pseudomonas aeruginosa es una bacteria muy versátil y quimioheterótrofa, habita en
suelos, pantanos, hábitats marinos, en plantas y animales. Se ha descrito que tiene un genoma de
6.3 Mbp (predicción de 5570 genes), de los cuales el 10 % reguladores trascripcionales o sensores
ambientales. Por otra parte, Nitrosomonas europea es una bacteria quimioautótrofa, especializada en
la oxidación de amonio a nitrito y habita en suelos, aguas dulces y residuales y en ambientes
contaminados, su genoma es mucho más pequeño, de 2.8 Mbp (predicción de 2715 genes). La
primera se le denomina por estas características ecológicas como generalista y la segunda como
especialista. Cada una cumple diferentes funciones en los ecosistemas donde habita, o sea ocupa
diferentes nichos.
En los ecosistemas hay un número limitado de nichos en la comunidad que estarán cubiertos por la
población autóctona de la comunidad. ¿Cuál es el significado de especie o población autóctona?
Son aquellas que han sido aisladas varias veces, con alta densidad de población, que usa los
nutrientes característicos del ecosistema y tolera los extremos ambientales que se presnetan en el
ecosistema.
Los microorganismos autóctonos, son los oriundos de un ambiente, y tiene como características
fundamentales:
- Capacidad de adaptarse fisiológicamente a las condiciones físico-químicas del ambiente, lo
que incrementa la sobrevivencia.
- Capacidad para escapar de la predación y la competencia.
- Mantenimiento en el ecosistema por largos períodos de tiempo.
Por el contrario, los alóctonos, son los extraños o ajenos y se caracterizan por:
- Transitan por el hábitat pero no realizan funciones específicas en el ecosistema.
- Generalmente crecen en cualquier lugar y son transportados a un ecosistema ajeno.
- Presentan gran variación en el tiempo en que pueden sobrevivir en ecosistemas ajenos.
- Algunos desaparecen rápidamente pero otros poseen adaptaciones que les permiten
sobrevivir largo tiempo en otro ecosistema
Otro aspecto importante en la Ecología Microbiana moderna ha sido el desarrollo de la genética
molecular, desde el descubrimiento de la estructura de doble hélice del ADN por Watson y Crick, en
1953 hasta mucho más actual la invención de la técnica de reacción en cadena de la polimerasa
(PCR) incluyendo todas las técnicas desarrolladas con los ácidos nucleicos (ADN y ARN) que
permiten obtener mucha información de los microorganismos presentes en los ecosistemas y sus
funciones y relaciones.
Los mecanismos de transferencia genética y recombinación, conducen a nuevas combinaciones
génicas (genes de alelos) entre las bacterias, mecanismos que permitirán un alto por ciento de
transferencia de genes en el ambiente natural, sobre todo cuando las poblaciones son grandes.
Los plásmidos son especialmente importantes en la rápida transformación natural de las poblaciones
en una comunidad microbiana, agua, suelo, plantas, etc, Además se ha demostrado que hay
bacterias que transfieren plásmidos por conjugación, incluso a plantas como es el caso de
Agrobacterium tumefaciens. Por ejemplo, los plásmidos con genes resistentes a antibióticos pueden
ser transferidos a gran variedad de especies bacterianas de muchos géneros. Los plásmidos se
pueden desarrollar dinámicamente en el ambiente. Hay plásmidos que se conservan por muchas
generaciones y otros se pierden.

9
Los genes tienen la contribución directa al mantenimiento de la comunidad de ahí la importancia de
estudiar en conjunto los aspectos genéticos y ecológicos. Pero qué sucede con los
microorganismos que no se han podido cultivar? Que se conoce que es un porciento muy alto.
La incorporación de la Biología Molecular al campo de la Ecología Microbiana y el desarrollo de
nuevas técnicas moleculares para su aplicación en los estudios ambientales ha sido constante en las
décadas de los 90 y en el siglo XXI. Estos métodos han permitido a los microbiólogos explorar la
biodiversidad en el mundo microbiano y avanzar en el conocimiento de los microorganismos en
diferentes tipos de ambientes, incluidos los ambientes extremos.
La introducción de las metodologías ómicas y los métodos de secuenciación masiva han aportado
grandes avances en el estudio ecológico de diferentes ambientes.
- Genómica: estudia el ADN y explica qué puede pasar: es el potencial funcional que existe en el
genoma analizado
- Transcriptómica: estudia el ARN y explica qué parece que va a pasar: que se está transcribiendo.
- Proteómica: estudia las proteínas y explica qué hace que las cosas sucedan: las enzimas que
participan en los procesos metabólicos
- Metabolómica: estudia los metabolitos y explica qué pasa ahora o pasó recientemente: referido a
la detección de metabolitos de bajo peso molecular (<1500 Da: ácidos orgánicos como
intermediarios glicolíticos, aminoácidos como intermediarios proteicos, sacáridos como
monosacáridos y azúcares clivadas). Se puede determinar endo o exo metaboloma, los del interior
celular en más difícil por el constante cambio, las moléculas se mantienen por menor tiempo y
están en constante flujo. Además, teniendo en cuenta las especificidades, según lo que se estudie
se habla de Lipidómica, Glicómica, Interactómica, Resistómica, entre otras.
Cualquiera de estas metodologías ómicas analizadas a nivel de comunidad se le añade el prefijo
META- por la connotación que alcanza. Por ejemplo el genoma a nivel de comunidad sería el
metagenoma y así se le llamaría metagenómica a su estudio.
Hemos ido analizando varios aspectos que van trazando pautas que hacen que en 1970, se
reconozca mundialmente la importancia del papel de los microorganismos en la naturaleza y su
participación en procesos vitales y en el mantenimiento y la conservación del medio ambiente y se
instaure por todo esto la disciplina Ecología Microbiana.
Para analizar estos fenómenos se necesita de una base de conocimientos que permitan entenderlos:
física, química, biología molecular, bioquímica, conocimientos de botánica, zoología, aplicación de
técnicas de biomoléculas, aspectos de suelo, oceanografía climatológica que son factores
determinantes en la vida microbiana y por otra parte, de estadística para diseñar experimentos y
evaluar los datos.
Muchos ecólogos llegaron aquí después de transitar por otros caminos: Ej. Para trabajar en la fijación
del N hay que conocer acerca de la bioquímica del m.o. y de la planta, genética y de suelo, pero no
necesariamente del agua o de zoología.
Oportunidades de la rama: Son muchas en la agricultura, en la biotecnología, en la biorremediación,
industria, biodeterioro entre otras.
Los microorganismos en la naturaleza desempeñan un papel muy importante como productores
primarios y como desintegradores, contribuyen a la evolución de los ciclos biogeoquímicos de la
naturaleza que son vitales para la vida. Por lo tanto, el conocimiento de las interrelaciones que se
llevan a cabo entre ellos es de suma importancia para los estudios ecológicos, para lo cual q hay que
tener muy claro los factores que determinan la presnecia de los microorganismos en cada tipo de
ambiente.

10
11