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UNAM

Biotecnología

INFORME
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN
GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA
SNAP GENE CON DATOS DEL ARTÍCULO CIENTÍFICO
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petroleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”

24 DE SEPTIEMBRE

Docente
SOTO GONZALES Hebert Hernan

Estudiante
ANCACHI MAMANI Judith Nancy

2021
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL

ÍNDICE

1 INTRODUCCIÓN ................................................................................................... 3
2 OBJETIVOS .......................................................................................................... 4
2.1 Objetivo General ............................................................................................. 4
2.2 Objetivos Específicos ..................................................................................... 4
3 MARCO TEÓRICO ................................................................................................ 5
3.1 Características Clave del Software Snap Gene .............................................. 5
3.2 Electroforesis .................................................................................................. 5
3.3 Gel de Agarosa............................................................................................... 6
3.4 Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ......................... 7
3.5 GEN 16S ........................................................................................................ 7
3.6 ADN Y ARN .................................................................................................... 8
3.7 Secuenciación del ADN .................................................................................. 8
4 METODOLOGÍA .................................................................................................... 9
5 RESULTADOS .................................................................................................... 12
6 CONCLUSIÓN ..................................................................................................... 13
7 CUESTIONARIO ................................................................................................. 14
8 REFERENCIAS ................................................................................................... 19
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1 INTRODUCCIÓN

SnapGene permite una forma fácil y segura de planificar, visualizar y documentar


los procedimientos diarios de biología molecular. Con una interfaz intuitiva, el
software permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de
secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y
la simulación de métodos de clonación comunes. El software también permite la
documentación y el intercambio de datos.
SnapGene proporciona la forma más fácil y segura de planificar, visualizar y
documentar sus procedimientos diarios de biología molecular. Es por eso que los
científicos de las principales instituciones y empresas de todo el mundo dependen
de SnapGene todos los días.
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2 OBJETIVOS

2.1 Objetivo General

Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa


SnapGene con los datos del artículo científico “Aislamiento de bacterias con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”

2.2 Objetivos Específicos

✓ Analizar los conceptos básicos como el uso de los programas de simulación

✓ Definir la electroforesis

✓ Análisis de uso del NCBI


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3 MARCO TEÓRICO

3.1 Características Clave del Software Snap Gene

▪ SnapGene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y


simular, y le advierte de los errores antes de que sucedan.

▪ Cada manipulación de ADN en SnapGene se registra automáticamente, por lo


que puede ver exactamente lo que hizo y recuperar las secuencias de
construcciones ancestrales.

▪ Los archivos. dna de SnapGene se pueden abrir con el visor de


SnapGene gratuito multiplataforma, lo que le permite compartir mapas y
secuencias con abundantes anotaciones con sus colegas.

▪ SnapGene genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia


y procedimiento de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo
una construcción, incluso después de que un miembro del laboratorio se vaya.

▪ SnapGene admite una gran cantidad de formatos de archivo . Como


resultado, sus científicos pueden cambiar por completo a SnapGene sin perder
datos, o pueden continuar usando software heredado junto con SnapGene sin
conflictos.

3.2 Electroforesis

La electroforesis es una técnica que emplean los cientificos en el laboratorio


utilizada para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en base a su
tamaño y carga eléctrica. Se utiliza una corriente eléctrica para mover las
moléculas y que se separen a través de un gel. Los poros del gel actúan como un
colador, permitiendo que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que
las grandes. Las condiciones utilizadas durante la electroforesis se pueden ajustar
para separar moléculas en el rango de tamaño que se desee.
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3.3 Gel de Agarosa

Como su nombre lo indica, en la electroforesis en gel participa un gel: un bloque


de material similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen estar hechos
de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas
pulverizadas. Cuando la agarosa se calienta en una solución amortiguadora (agua
mezclada con algunas sales) y deja enfriar, se forma un gel sólido ligeramente
blando. A nivel molecular, el gel es una matriz de moléculas de agarosa que se
mantienen unidas por puentes de hidrógeno y que forman pequeños poros.
En un extremo, el gel tiene muescas en forma de ranuras llamadas pozos, que
son donde se colocarán las muestras de ADN:

Fuente: Khan Academy

Antes de agregar las muestras de ADN, el gel debe colocarse en una cámara. Uno
de los extremos de la cámara se conecta a un electrodo positivo y el otro extremo
se conecta a un electrodo negativo. El cuerpo principal de la cámara, donde se
coloca el gel, se llena con solución amortiguadora con sales que puede conducir
la corriente. Aunque tal vez no puedas verlo en la imagen superior (gracias a mis
fabulosas habilidades artísticas), la solución amortiguadora llena la cámara hasta
un nivel en el que apenas cubre el gel.
El extremo del gel que tiene los pozos se coloca hacia el electrodo negativo. El
extremo sin pozos (hacia donde migrarán los fragmentos de ADN) se coloca hacia
el electrodo positivo.
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3.4 Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)

Como recurso nacional de información sobre biología molecular, la misión del


NCBI es desarrollar nuevas tecnologías de la información para ayudar en la
comprensión de los procesos moleculares y genéticos fundamentales que
controlan la salud y la enfermedad.

Más específicamente, el NCBI se ha encargado de crear sistemas automatizados


para almacenar y analizar conocimientos sobre biología molecular, bioquímica y
genética; facilitar el uso de dichas bases de datos y software por parte de la
comunidad médica y de investigación; coordinar esfuerzos para recopilar
información biotecnológica tanto a nivel nacional como internacional; y realizar
investigaciones sobre métodos avanzados de procesamiento de información por
computadora para analizar la estructura y función de moléculas biológicamente
importantes.

3.5 GEN 16S

Se trata de un gen común a todas las bacterias y arqueas, y contiene las huellas
de la deriva filogenética en la evolución de las especies (permite reconocer la
distancia filogenética entre especies).

El gen ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidos


codificado por el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S. Como
cualquier secuencia nucleotídica de cadena sencilla, el ARNr 16S se pliega y
adquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener segmentos de
doble cadena que permiten la formación de asas y hélices. Esta molécula ha sido
reconocida como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra en
todos los organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos
periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la
secuencia probablemente son aleatorios.
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3.6 ADN Y ARN

Los nucleótidos son las unidades y productos químicos que se unen para formar
los ácidos nucleicos, principalmente ARN y ADN. Ambos son largas cadenas de
nucleótidos repetidos. Hay una A, C, G y T en el ADN, y en el ARN hay los mismos
tres nucleótidos que en el ADN, pero la T se sustituye por un uracilo (U). Los
nucleótidos son el componente estructural básico de estas moléculas, que
esencialmente son ensamblados de uno en uno por la célula y después se encajan
juntos en el proceso de la replicación, en el caso del ADN, o en el que llamamos
proceso de transcripción o de producción del ARN.

3.7 Secuenciación del ADN

Tal vez hayas oído que se están secuenciando genomas. Por ejemplo, el genoma
humano se finalizó en 2003 después de un esfuerzo internacional de muchos
años. Pero, ¿qué significa secuenciar un genoma o incluso un pequeño fragmento
de ADN?

La secuenciación de ADN es el proceso que determina la secuencia de bases de


los nucleótidos (As, Ts, Cs y Gs) de un fragmento de ADN. Hoy en día, con el
equipo y los materiales adecuados, secuenciar un fragmento pequeño de ADN es
relativamente sencillo.

Secuenciar un genoma completo (todo el ADN de un organismo) sigue siendo una


tarea compleja. El proceso requiere romper el ADN del genoma en muchos
pedazos más pequeños, secuenciar dichos pedazos y ensamblar las secuencias
en una única y larga "secuencia consenso". Sin embargo, gracias a nuevos
métodos que se han desarrollado en las últimas dos décadas, ahora secuenciar
un genoma es mucho más rápido y menos costoso de lo que resultó en el Proyecto
Genoma Humano.
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4 METODOLOGÍA

❖ Para comenzar abrimos la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,


donde descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”

Fuente:

❖ Descargamos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente,


clicando en Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en crear un
archivo.

Fuente: Elaboración propia


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❖ Ya guardada todas las secuencias

Fuente: Elaboración propia

❖ Abrimos el programa SnapGene, clicamos en Open, luego Open Files,


seleccionamos las secuencias guardadas, finalmente en OK

Fuente: Elaboración propia


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❖ Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “tools”, luego en Simulate
Agarose Gel. Esto nos llevará a una nueva ventana donde agregaremos las
demás secuencias.

Fuente: Elaboración propia

❖ Para el presente trabajo usaremos 1.0 % de agarosa. Agregamos las secuencias


restantes clicando en los números, luego en Choose DNA Sequences,
seleccionamos la secuencia que sigue y finalmente en Abrir.

Fuente: Elaboración propia


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5 RESULTADOS

❖ Después de insertar las 13 especies, como se observa en la imagen, podemos


ver el comportamiento de los 13 nucleótidos, como también las secuencias.

Fuente: Elaboración propia

Fuente: Elaboración propia


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6 CONCLUSIÓN

El programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones. Con
una interfaz intuitiva el software nos permite la visualización de secuencias de ADN,
la anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la visualización
de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes.

También la electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos


de ADN según su tamaño. Además, las muestras de ADN se cargan en pozos
(ranuras) en un extremo de un gel y se aplica una corriente eléctrica para
arrastrarlas a través del gel.
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7 CUESTIONARIO

❖ Indique diferencias entre el AND y ARN

El ácido desoxirribonucleico ADN y el ácido ribonucleico ARN son quizás las


moléculas más importantes de la biología celular, responsables del
almacenamiento y lectura de la información genética que sustenta toda la vida.
Ambos son polímeros lineales, compuestos de azúcares, fosfatos y bases., pero
hay algunas diferencias clave que los separan. Estas distinciones permiten que
las dos moléculas trabajen juntas y cumplan sus funciones esenciales.

COMPARACIÓN ADN ARN


Nombre
Ácido desoxirribonucleico Ácido ribonucleico
Completo
El ARN convierte la información genética
El ADN se replica y almacena información contenida en el ADN a un formato que se
Función genética. Es un plano de toda la información utiliza para construir proteínas y luego la
genética contenida en un organismo traslada a las fábricas de proteínas
ribosómicas.
El ARN solo tiene una hebra, pero al igual
El ADN consta de dos hebras, dispuestas en
que el ADN, está formado por nucleótidos.
una doble hélice. Estas hebras están formadas
Las hebras de ARN son más cortas que las
Estructura por subunidades llamadas nucleótidos. Cada
de ADN. El ARN a veces forma una
nucleótido contiene un fosfato, una molécula de
estructura secundaria de doble hélice, pero
azúcar de 5 carbonos y una base nitrogenada.
solo de forma intermitente.
El ADN es un polímero mucho más largo que el Las moléculas de ARN son de longitud
ARN. Un cromosoma, por ejemplo, es una variable, pero mucho más cortas que los
Longitud molécula de ADN única y larga, que tendría polímeros de ADN largos. Una molécula de
varios centímetros de longitud cuando se ARN grande puede tener solo unos pocos
desenmarañara. miles de pares de bases de largo.
El azúcar en el ADN es desoxirribosa, que El ARN contiene moléculas de azúcar ribosa,
Azúcar contiene un grupo hidroxilo menos que la ribosa sin las modificaciones hidroxílicas de la
del ARN. desoxirribosa.
El ARN comparte adenina 'A', guanina 'G' y
Las bases en el ADN son adenina 'A', timina 'T',
Bases citosina 'C' con el ADN, pero contiene uracilo
guanina 'G' y citosina 'C'.
'U' en lugar de timina.
pareja de adenina y timina AT pareja de adenina y uracilo AU
Pares de bases
par de citosina y guanina CG par de citosina y guanina CG
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El ADN se encuentra en el núcleo, con una El ARN se forma en el nucleolo y luego se


Ubicación pequeña cantidad de ADN también presente en mueve a regiones especializadas del
las mitocondrias. citoplasma según el tipo de ARN formado.
Debido a su azúcar desoxirribosa, que contiene
El ARN, que contiene un azúcar ribosa, es
un grupo hidroxilo que contiene menos oxígeno,
más reactivo que el ADN y no es estable en
el ADN es una molécula más estable que el
Reactividad condiciones alcalinas. Las ranuras
ARN, que es útil para una molécula que tiene la
helicoidales más grandes del ARN significan
tarea de mantener segura la información
que es más fácil de atacar por las enzimas.
genética.
Sensibilidad el ADN es vulnerable al daño de la luz El ARN es más resistente al daño de la luz
ultravioleta UV ultravioleta. ultravioleta que el ADN.

❖ ¿Qué es el SnapGene y como nos serviría en ingeniería ambiental?

SnapGene permite una forma fácil y segura de planificar, visualizar y documentar


los procedimientos diarios de biología molecular. Con una interfaz intuitiva, el
software permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de
secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la visualización de proteínas
y la simulación de métodos de clonación comunes. El software también permite
la documentación y el intercambio de datos.

En la ingeniería ambiental nos serviría, por ejemplo, para la clonación de


microorganismos con potencial biorremediador.

❖ ¿Qué es el GEN 16s y para qué tipos de microorganismos sería útil?

Se trata de un gen común a todas las bacterias y arqueas, y contiene las huellas
de la deriva filogenética en la evolución de las especies (permite reconocer la
distancia filogenética entre especies).

El gen 16S rRNA se utiliza para estudios filogenéticos ya que su secuencia está
altamente conservada entre las distintas especies de bacterias y arqueas. Carl
Woese fue pionero en esta aplicación del 16S rRNA.
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❖ Describir el proceso de electroforesis para AND

El objetivo del proceso de electroforesis para ADN es separar las moléculas de


ADN de acuerdo a su peso molecular a través de geles de agarosa, el proceso
consiste en:

▪ Mezclar cinco volúmenes de solución conteniendo ADN con un volumen del


buffer de muestra 6X. Para realizar la mezcla, añadir 1 volumen de buffer de
muestra, repartidos en alícuotas de acuerdo al número de muestras a cargar,
sobre un pedazo de lámina extensible de parafina. Añadir cinco volúmenes
de cada una de las muestras de ADN sobre las alícuotas de buffer de la
muestra y mezclar totalmente.

▪ Mediante el uso de puntas de 20 µL proceder a cargar cuidadosamente la


muestra en los pocillos, evitando la contaminación del pocillo contiguo.

▪ Considerar el uso de un marcador estándar de ADN para la medición del


peso molecular de la muestra. Dicho marcador también debe ser mezclado
con buffer de la muestra excepto cuando ya se encuentra previamente
mezclado con el buffer.

▪ Una vez finalizada la colocación del ADN en los pocillos, cubrir el tanque con
la tapa y conectar los cables correspondientes de los electrodos en la fuente
de poder.

▪ Encender la fuente de poder y proceder a seleccionar el voltaje adecuado.

▪ Aplicar un voltaje de acuerdo al peso molecular de las moléculas de ADN que


se va a separar. Para el caso de productos de PCR (entre 100 pb a 1,5 kb),
se recomienda usar voltajes comprendidos entre 75 a 100 voltios. Para
muestras de ADN genómico y plasmídico (>2kb) se recomienda aplicar
valores entre 25 y 75 voltios. Los criterios para aplicar un determinado voltaje
son explicados en la sección

▪ Calibrar el tiempo de electroforesis de acuerdo a la posición adoptada por los


indicadores azul de bromofenol y xilencianol en la matriz de agarosa. Esta
posición permite que el investigador tenga una idea de la ubicación
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aproximada de su muestra de ADN en el gel. Sin embargo, es importante que


el investigador estandarice el tiempo de electroforesis a fin de conseguir la
mejor resolución de ADN.

▪ Luego de seleccionar las condiciones de voltaje iniciar la electroforesis.


Durante el proceso se definen dos frentes de corrida de diferente color y
distancia de migración. Ambos colores, azul y verde corresponden a los
colorantes azul de bromofenol y xilene cianol respectivamente que
conforman el buffer de la muestra. En geles de agarosa dentro del rango de
0,5 a 1,4% el xilene cianol migra de manera similar a un fragmento de ADN
de 4 Kilopares de bases (Kb), mientras que el azul de bromofenol se
comporta como un fragmento de 300 pb.

▪ Detener la electroforesis hasta que ambos frentes de corrida se localicen en


la posición deseada por el investigador.

▪ Finalizada la electroforesis proceder al desmontaje del equipo empezando


con desconectar los electrodos de la fuente de poder ya apagada y
removiendo el sistema que contiene el gel de agarosa.

▪ El buffer de electroforesis puede ser devuelto a su frasco original para su


posterior uso en un siguiente procedimiento. Limpiar la cámara de
electroforesis con chorro suave de agua destilada. Secar a temperatura
ambiente.

❖ ¿Qué es la agarosa?

La agarosa un polisacárido formado por galactosas alfa y beta que se extrae de


las algas de los géneros Gellidium y Gracillaria. La agarosa es soluble en agua
a temperaturas superiores a los 65ºC, dependiendo del grado de sustituciones
hidroxietílicas de sus cadenas laterales. Sustituciones las cuales, se pueden
modificar para provocar que la temperatura de gelificación varíe entre los 17 y
los 40ºC. La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no
tóxica que supone una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas
de Biología Molecular, Bioquímica y Biología Celular.
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Su uso más extendido es para construir geles que permitan


separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada
para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos o antígenos. Igualmente
se utiliza para el cultivo celular y microbiología. Otros usos menos extendidos
son la utilización de estos geles como matrices en la reparación de tejidos
dañados.

❖ ¿Qué es un marcador de peso molecular, cuáles son sus tipos?

Los marcadores de peso molecular para ADN son una herramienta utilizada
durante la electroforesis para conocer el tamaño estimado de un fragmento y es
comúnmente usada en laboratorios de biología molecular, al igual que, en áreas
como la medicina, la agricultura, la industria, entre otras.
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8 REFERENCIAS

Nacional Human Genome Research Institute. (s.f). Electroforesis.


https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Electroforesis

Virginia Robles. (s.f). En busca del gen 16S, la huella genética bacteriana.
https://www.elprobiotico.com/gen-huella-genetica-bacteriana/

Khan Academy. (s.f). Secuenciación de ADN.


https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/biotechnology/a/dna-sequencing

SnapGene. https://support.snapgene.com/hc/en-us/

Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI).


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_112010.1

M. Gonzalo. (s.f). Marcadores moleculares: Qué son, como se obtiene y para que
valen. http://www.encuentros.uma.es/encuentros49/marcadores.html

Institulo Nacional de Salud. (2003). Manual de procedimientos de electroforesis


para proteínas y ADN.
https://bvs.ins.gob.pe/insprint/SALUD_PUBLICA/NOR_TEC/38.pdf

M.J. Ruairi. (s.f). Investigación en Genómica. http://www.news-


courier.com/genomics/lists/what-are-the-key-differences-between-dna-and-
rna-296719

V.G. Fabiola, C.H. Ramón, V. Enrique & V.A. Francisco. (2015). El gen ARNr 16S
en el estudio de comunidades microbianas marinas.

National Cancer Institute (NIH) Center for Cancer Researh (s.f). SnapGene.
https://ostr.ccr.cancer.gov/bioinformatics/software/snapgene/

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