Examen corto 4 de Biocatálisis

Unidad 5. ​Información especializada de Biocatalizadores.

Nombre 1​: Sebastián Urbano Domínguez

Nombre 2:​ Daniela González Delgado

Actividad​: Para la enzima PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

EC # ​3.4.16.4

Reacción que cataliza?

Cataliza la escisión preferencial: (Ac)(2)-L-Lys-D-Ala-|-D-Ala. También transpeptidación de partes

peptidil-alanil que son substitutos de N-acilo de D-alanina

Efecto de iones metálicos?

Zn​2+​ y Mg​2+​ estos iones metálicos actúan como cofactores de la enzima.

El Zn​2+​ se encuentra en el sitio activo de la enzima, éste coordina los residuos His116, Asp123 y
His184.

Posibles inhibidores?

Los inhibidores con mayor porcentaje de inhibición sobre la enzima de unión a la penicilina son
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones con porcentajes de inhibición desde el 82 hasta el 100 %, ,
la arylalkylidene rhodanine derivativa y otros más comunes como amoxicilina y ampiciclina.

Por otro lado se encuentran inhibidores de unión lenta como D-Ala(P,O)D-Ala o D-Ala(P,O)D-Phe.

Parámetros catalíticos: Kcat, Km, Ki, actividad específica, etc?

Para la penicilina en el microorganismo ​Escherichia coli K-12 con los sustratos

N-acetylmuramoyl-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine, los cuales son los
mismos mostrados en la reacción que cataliza normalmente este microorganismo.

Kcat:​ ​2.51 - 3.18 s​-1

Km: ​0.675 - 0.913 mM

Ki: ​0.013 mM

Por otro lado, para los valores de actividad específica se usaron sustratos similares a los que se
usaron para determinar los valores de Kcat, Km y Ki. En este caso, se usó la enzima que se
encuentra el microorganismo ​Nonomuraea sp que usaba como sustratos,
Nalpha,Nepsilon-diacetil-L-Lys-D-Ala-D-Ala y acetil-L-Lys-D-Ala-D-Ala.

La actividad específica varía en un rango entre 3-8 µmol/min/mg para el primer sustrato, mientras
que la actividad específica tiene un valor de 40 µmol/min/mg para el segundo sustrato.

Condiciones óptimas?

Para la proteína de unión a penicilina en el microorganismo ​Escherichia coli K-12 ​se encontró un
pH óptimo de 7.6 y una temperatura óptima de 37 ºC, pero por otro lado, se encontró que en
E.coli t​ ambién se pueden encontrar valores de pH óptimos entre 8-10 y se mantiene en la misma
temperatura óptima de 37 ºC.

Otros datos biocatalítico relevantes, y porque?

Otro dato que nos ayudaría serían los sustratos disponibles para que la enzima realice la catálisis,
la necesidad de cofactores que en este caso no son requeridos por la enzima, por otro lado si esta
enzima tiene o no inhibidores.

Otro dato biocatalítico importante cuando se vayan a hacer ensayos a nivel laboratorio los valores
IC50 que según la FDA, IC50 representa la concentración de un fármaco que se requiere para la
inhibición del 50% in vitro.

Cual es el mejor organismo para obtener la enzima desde un punto de vista netamente cinético?

Para realizar una comparación entre los microorganismo desde el punto netamente cinético se
tienen en cuenta los cocientes entre el Kcat (número de recambio) y Km, lo cuales nos muestran
la eficiencia catalítica de la enzima en cada microorganismo.

En este caso, la base de datos BRENDA solo muestra datos de Kcat/Km para tres microorganismos
que son ​Streptomyces sp​, ​Actinomadura sp y ​Nonomuraea sp en los cuales se evaluaron
3-carboxifenil (2R)-N-(fenilaceil)-2-hidroxiglicinato, acetil-L-Lys-D-Ala-D-Ala y D-Ala-D-Ala
respectivamente.

De la información previamente mencionada, se concluye que el mejor microorganismo del cual se

puede obtener la enzima con la mejor cinética es ​Actinomadura sp ​que trabaja a un pH de 7.5, ya
que tiene una eficiencia catalítica de 570 1/mMs​-1​.
Estructura de la proteína: # aminoácidos, 2D y 3D.

Estructura 2D

Estructura 3D
Datos adicionales relevantes desde PDB, y porque cree que son relevantes?

● La masa de la estructura (124012.23 ) ya que es necesario conocerla para así si se requiere

realizar un proceso de purificación, poder plantear la técnica adecuada de separación de la
enzima.
● El tamaño de la secuencia de aminoácidos (564) ya que con esta podemos observar la
composición de la enzima que estamos analizando y así mismo si se es necesario aplicar
técnicas moleculares para la modificación del sitio activo, ya sea para aumentar su
afinidad a un sustrato o para modificar la funcionalidad de la enzima.
● la vista del tipo de ligandos que este tiene ya que nos permite conocer el tipo de
moléculas que se pueden unir a la enzima.
● Las secuencias similares debido a que es necesario analizar enzimas similares en caso de
estas realicen la misma reacción ( o una parecida) en menor tiempo, con mayor eficiencia
o a un menor costo.