El microscopio electrónico es un tipo de microscopio con una
capacidad de aumento muy superior a la del microscopio óptico. Su principio de funcionamiento se basa en utilizar electrones en lugar de luz para obtener una imagen de la muestra. Las partes principales del microscopio electrónico son: una fuente de electrones, un conjunto de lentes electromagnéticas, una cámara de vacío y una pantalla fluorescente. Adicionalmente es necesario un ordenador para operar el microscopio y procesar las imágenes obtenidas. Los dos principales tipos de microscopio electrónico son el microscopio electrónico de transmisión y el microscopio electrónico de barrido. El microscopio electrónico de transmisión es utilizado para observar las estructuras internas de una muestra. En cierto modo, es similar a hacer una radiografía de la muestra con un gran aumento. El microscopio electrónico de barrido se utiliza para visualizar la forma tridimensional o topografía de una muestra