OPINIONES

El papel de la organización del genoma 3D

en desarrollo y diferenciación celular
Hui Zheng y Wei Xie *

Resumen | Neucariotas, el genoma no existe como una molécula lineal, sino que está empaquetado jerárquicamente dentro del núcleo.

Esta organización compleja del genoma incluye unidades estructurales multiescala de territorios cromosómicos, compartimentos, dominios

de asociación topológica, que a menudo están marcados por proteínas arquitectónicas como CTCF y cohesina, y bucles de cromatina. La

organización 3D de la cromatina modula procesos biológicos como la transcripción, la replicación del ADN, la división celular y la meiosis,

que son cruciales para la diferenciación celular y el desarrollo animal. En esta revisión, discutimos los avances recientes en nuestra

comprensión de los principios generales del plegamiento de la cromatina, su regulación y sus funciones en el desarrollo de los mamíferos.

Específicamente, discutimos la dinámica de la cromatina 3D y la organización del genoma durante la gametogénesis, el desarrollo

embrionario, compromiso de linaje y diferenciación de células madre, y se centran en las funciones de la arquitectura cromatínica en la

regulación de la transcripción. Finalmente, discutiremos el papel de las alteraciones del genoma 3D en la etiología de los trastornos del

desarrollo y las enfermedades humanas.

En las células de mamíferos, el ADN dentro del núcleo está empaquetado ser detenido nuevamente en la metafase de la meiosis II antes de la fertilización 15 . Después
Gametogénesis
El proceso en el que las células precursoras
jerárquicamente para formar fibras de cromatina, y se ha demostrado que la de la fertilización, los dos núcleos parentales se fusionan para formar totipotente cigoto,

de gametos diploides
someterse a división y diferenciación
meiótica para formar madura
esperma y ovocitos.
Células germinales primordiales
(PGC). Las células ancestrales de la línea germinal
de los espermatozoides y
ovocitos. Las PGC son diploides y se
encuentran por primera vez en el ectodermo
estructura tridimensional del genoma funciona en muchos procesos biológicos. 1 - 6 . Por un proceso asociado con una extensa reprogramación epigenética dieciséis , 17 . El
ejemplo, las organizaciones de cromatina de orden superior están frecuentemente genoma permanece silenciado en esta etapa hasta que se reactiva durante
vinculadas a la regulación genética a larga distancia que a su vez controla el
desarrollo y el compromiso del destino celular. 2 . Además, la condensación y En g activación del genoma cigótico ( ZGA) 18 . ZGA ocurre en el
descondensación de la cromatina son cruciales para la segregación cromosómica La etapa de dos células en ratones y en humanos comienza entre la etapa de 4
adecuada durante la mitosis y la meiosis. 7 , y los defectos en la organización de la células y la etapa de 8 células. 19 . Después de varios ciclos de escisión del embrión,
cromatina de orden superior pueden provocar anomalías en el desarrollo y la especificación del linaje se produce ya en la etapa de mórula en los mamíferos
enfermedades humanas 8 . antes de la formación del blastocisto. Durante gastrulación, tres capas germinales, a

primario del epiblasto.

saber, el ectodermo, el mesodermo y el endodermo, emergen en los embriones

posimplantacionales; Estas capas se desarrollan aún más en prácticamente todos

Protaminas La conformación del genoma 3D es altamente dinámica los tipos de tejido del cuerpo. 20 .
Nucleo pequeño, rico en arginina
durante el desarrollo animal, incluso en
proteínas que se encuentran específicamente en la
gametogénesis, desarrollo embrionario temprano y compromiso de linaje. Desentrañar la base molecular de la arquitectura de la cromatina que
fase haploide de los espermatozoides maduros y que

reemplazan en gran medida a las histonas como
proteínas de empaquetado del ADN.
Centro de Biología de Células Madre y
Medicina Regenerativa,
En mamíferos, células germinales primordiales
(PGC) se someten a una serie de eventos durante la meiosis I y la meiosis II para
generar gametos haploides maduros 9 . En los machos, las espermatogonias pasan
rápidamente por un período mitótico y dos rondas de división celular meiótica para
dar lugar a espermátidas haploides. 10 . La generación de espermátidos es seguida
por la condensación global de cromatina y el silenciamiento de la transcripción en
todo el genoma durante la espermiogénesis para formar espermatozoides maduros. 10
, cuando protaminas Reemplazar la mayoría de las histonas para que sirvan como
subyace a estos eventos cruciales del desarrollo ha sido históricamente un
desafío debido a la disponibilidad limitada de herramientas para estudiar el
genoma 3D. Sin embargo, recientemente se ha logrado un progreso notable
en el desarrollo de tecnología de vanguardia para investigar la organización
de la cromatina. Por ejemplo, la hibridación in situ por fluorescencia (FISH),
que se usa ampliamente para detectar la ubicación de regiones genómicas
particulares, así como para calcular la distancia entre ellas. 21 , 22 , se puede
combinar con imágenes de superresolución para investigar la organización

Laboratorio clave de bioinformática del Ministerio de proteínas de empaquetado del ADN. 11 - 13 . En las mujeres, los PGC entran en la de la cromatina con una resolución sin precedentes 23 .
Educación, Facultad de Ciencias de la Vida, Centro meiosis I y son detenidos en el diploteno escenario durante un largo período
THU – PKU

para Ciencias de la Vida, Universidad de

Microscopía combinada con genoma basado en CRISPR-Cas
Tsinghua, Beijing, China.
- meses en ratones y hasta décadas en humanos 14 . Tras la estimulación por Las herramientas de edición permitieron la visualización espacio-temporal
* Email: xiewei121 @
hormonas como la hormona luteinizante y la hormona estimulante del folículo, flexible de regiones genómicas en células vivas. 24 . Además, la captura de
tsinghua.edu.cn
una pequeña cantidad de ovocitos sale de la detención de diploteno para
https://doi.org/10.1038/ reanudar la meiosis I, antes conformación cromosómica y sus tecnologías derivadas (como el
s41580-019-0132-4 cromosoma circularizado

Reseñas de la naturaleza | Biología celular molecular

Rev i ews

La captura de conformación (4C), la captura de conformación cromosómica (5C) en gametogénesis, desarrollo embrionario temprano, compromiso de linaje y
Diploteno
Una etapa de profase en la meiosis i. y Hi-C) han sido instrumentales en la detección de organizaciones 3D de diferenciación celular. En nuestra discusión sobre el desarrollo y la diferenciación
Durante el diploteno, el complejo cromatina a nivel de ADN. 25 - 30 . En estos experimentos, las células se tratan celular, nos centramos en la relación entre la reorganización de la estructura de
sinaptonemal
primero con formaldehído para fijar la estructura de la cromatina. A continuación, la cromatina y la regulación de la transcripción. Finalmente, discutimos los
se degrada y dos cromosomas
el ADN reticulado se digiere con enzimas de restricción y se pueden ligar los últimos hallazgos sobre el papel de las alteraciones del genoma 3D en los
homólogos se separan de
unos a otros y desenrollar.
extremos del ADN dentro de la proximidad espacial. Las frecuencias de tales trastornos del desarrollo y las enfermedades humanas. Vale la pena señalar que
eventos de ligación se pueden medir mediante PCR o mediante el uso de las discusiones aquí se centran principalmente en los hallazgos en ratones y
Totipotente secuenciación de ADN de alto rendimiento. Estas nuevas tecnologías han humanos, con algunos datos de otras especies también incluidos para
Una célula totipotente tiene la
ampliado drásticamente el conjunto de herramientas de la investigación del comparación.
capacidad de dividir y producir todas las
genoma 3D y han elevado nuestra comprensión de la organización de la
células diferenciadas tanto de embriones

como de cromatina de orden superior.

tejidos extraembrionarios. Organización jerárquica del genoma 3D
Los cromosomas se pliegan jerárquicamente en diferentes niveles en el núcleo; Los
Activación del genoma cigótico
En esta revisión, primero discutimos los descubrimientos recientes con principios básicos de esta organización de la cromatina 3D también están bien
(ZGA). La activación de la transcripción de

genes del genoma del cigoto después de la

respecto a los principios básicos de la organización de la cromatina de orden revisados en otros lugares. 2 , 4 , 31 - 33 .

fertilización. superior antes de resumir la dinámica del genoma 3D.

Territorios y compartimentos cromosómicos

Los cromosomas en interfase individuales residen preferentemente en
a Nuclear Nuclear B Compartimento B Compartimento A
punto lámina territorios cromosómicos separados 34 ( Higo. 1a ),
como lo revelan ambos enfoques basados en microscopía, como la
Nuclear
membrana pintura de cromosomas 35 y varias 'tecnologías C' 26 , 36 . Dentro de cada
territorio cromosómico, el posicionamiento de las regiones genómicas no
es aleatorio y se correlaciona con la actividad transcripcional. 37 , 38 . Las
regiones ricas en genes con potencial de transcripción tienden a residir
cerca de los límites de los territorios cromosómicos. 39 - 42 ,

aunque esta no es una regla universal y existen excepciones 43 , 44 . Por

ejemplo, el Hoxd El gen se activa en la yema de la extremidad de
embriones embrionarios de ratón del día 9.5 sin movimiento detectable
hacia el límite del territorio cromosómico. 43 . Diferentes territorios
cromosómicos pueden entremezclarse, particularmente en sus límites. 45 .
Nucleolo

Cromosoma
En una escala de megabase más pequeña, las regiones genómicas con
territorio
características de cromatina similares tienden a interactuar entre sí. 26 . Por
D C
ejemplo, las regiones transcripcionalmente activas interactúan frecuentemente
con otras regiones activas. Estas regiones tienden a tener niveles más altos de
densidad genética, accesibilidad a la cromatina y modificaciones de histonas
activas. Por el contrario, las regiones inactivas, que típicamente consisten en
desiertos genéticos y heterocromatina, tienden a interactuar con otras regiones
inactivas 26 , 46 , 47 . Estos compartimentos, denominados 'compartimento A' ('activo')
TAD en y 'compartimento B' ('inactivo'), respectivamente, se identificaron a través de
compartimento B
HI-C, un enfoque de todo el genoma para medir las intensidades de interacción
NIPBL, entre cualquier par de regiones del genoma. 26 . La segregación espacial de los
TAD en
MAU2
compartimento A compartimentos A y B también se confirmó mediante métodos basados en

Cohesin microscopía. 48 .
complejo CTCF
CTCF

La segregación espacial de la cromatina se asocia a menudo con

Fig. 1 | La organización jerárquica del genoma 3D. a | Dentro del núcleo en interfase, los cromosomas individuales
diversas estructuras nucleares. 49 . Por ejemplo, el compartimento A se

(representados por diferentes colores) ocupan territorios separados. b | A menor escala, las regiones transcripcionalmente
activas, que residen preferentemente en el espacio nuclear interior, tienden a interactuar con otras regiones activas,
formando el compartimento A. Las regiones del Compartimento A de diferentes cromosomas tienden a agruparse
espacialmente cerca de las motas nucleares. Las regiones inactivas, que se asocian preferentemente con la lámina nuclear
y el nucleolo, tienden a interactuar con otras regiones inactivas para formar el compartimento B. c | Localmente, los
dominios genómicos muestran fuertes autointeracciones y están aislados de las regiones cercanas, formando dominios de
asociación topológica (TAD).
En mamíferos, los sitios de unión del factor de unión a CCCTC (CTCF) en la cromatina son preferentemente
foundat TADbo limits. d | Dentro de cada TAD, los dominios de bucle mediados por cohesina facilitan el plegamiento de la cromatina.
encuentra con frecuencia en el espacio nuclear interior, mientras que el
compartimento B se asocia preferentemente con el lámina nuclear - formando
dominios asociados a láminas 50 - o el nucléolo 38 ( Higo. 1b ). En los fibroblastos
humanos, alrededor del 40% del genoma está asociado con proteínas
laminares. 51 . Durante la diferenciación de las células madre embrionarias
de ratón (ESC) en progenitores neurales y luego en astrocitos, el patrón de
interacción entre el genoma y la lámina nuclear se altera gradualmente en
cientos de sitios. 52 . La segregación espacial de la cromatina no se limita a
los compartimentos intracromosómicos, sino que también se aplica a los

Una vez que la cohesina se carga sobre la cromatina mediante un complejo de carga que contiene proteína tipo B cortada (NIPBL) y
compartimentos de diferentes cromosomas. De hecho, un estudio reciente

MAU2, se mueve a lo largo de la cromatina y presumiblemente extruye los bucles de cromatina. El deslizamiento de cohesión puede ser identificó dos
bloqueado por CTCF, donde se forman los límites del bucle. Partes a y B adaptado con permiso de árbitro. 53 , Elsevier.

www.nature.com/nrm

Gastrulación
Un proceso de desarrollo embrionario
temprano durante el cual
la blastula de una sola capa se
reorganiza para formar una estructura
multicapa conocida
como la gástrula.
Heterocromatina
Forma condensada de cromatina en la
que la actividad genética suele estar
reprimida.
Lámina nuclear
Una estructura de malla justo dentro de la
membrana nuclear que está compuesta
de láminas y proteínas asociadas a las
láminas.
Motas nucleares
También conocidos como puntos de
empalme, estos son dominios nucleares
enriquecidos en factores de empalme de
premrNA y ubicados en intercromatina.
regiones del nucleoplasma.
Reseñas de la naturaleza | Biología celular molecular
clases de hub para interacciones intercromosómicas 53 . Se encontró que los
núcleos intercromosómicos inactivos estaban organizados alrededor del
nucleolo y contenían centrómeros y regiones de ADN ribosómico; Este
hallazgo es consistente con observaciones previas que identificaron
dominios cromosómicos asociados con el nucleolo. 54 - 56 . Por el contrario, los
centros activos se organizan en torno a motas nucleares.
Mecánicamente, el posicionamiento de las regiones del compartimento B con
pocos genes cerca de la periferia nuclear depende del receptor de lamin B, lamin
A y lamin C, ya que la ausencia de las tres proteínas da como resultado una
relocalización de la heterocromatina en el interior del núcleo. 57 . También se
propuso la formación de compartimentos de cromatina mediante la separación de
fases líquido-líquido. 33 . Por ejemplo, la formación de heterocromatina es impulsada
por la separación de fases mediada por la proteína heterocromatina 1 (HP1) en
las células NIH3T3. 58 . En Drosophila melanogaster, Las proteínas HP1a se
agregan como puntos separados en fases en los núcleos cuando los dominios de
heterocromatina comienzan a emerger en los embriones tempranos. 59 .
Sin embargo, todavía falta evidencia directa que demuestre que la formación
del compartimento A y el compartimento B es impulsada por la separación de
fases.
TAD y dominios de bucle
Otro tipo importante de organización de la cromatina es el dominio de
auto-interacción denominado dominio de asociación topológica (TAD) o
dominio de contacto. 60 - 62 ( Higo. 1c ).
Los TAD se identificaron inicialmente a través de datos Hi-C y 5C de celdas
pobladas como cuadrados que interactúan a lo largo de la diagonal, que
representan contactos locales, en mapas de interacción de cromatina 2D. 60 , 61 . Se
ha propuesto que una función principal de los TAD es restringir las interacciones
promotor-potenciador 63 , 64 . Los límites de TAD preferentemente permanecen
estables en todos los tipos de células, con un pequeño subconjunto de límites
que muestran la especificidad del tipo de célula. 60 , sesenta y cinco . En los mamíferos,
los límites de TAD suelen estar demarcados por las proteínas arquitectónicas de
cromatina, el factor de unión al CCCTC (CTCF) y la cohesina. 60 , 61 , 66 - 68 . Otras
características de los límites incluyen modificaciones de histonas asociadas con
regiones de genes activos, como la trimetilación de histona H3 Lys4 (H3K4me3)
y H3K36me3, y la presencia de genes de mantenimiento. 60 , 67 .
El complejo de cohesina forma una estructura anular y puede translocarse
en la cromatina. Las cohesinas son reclutadas para la cromatina por sus
factores de carga, la proteína tipo B cortada (NIPBL, también conocida como
SCC2) y el homólogo del factor de cohesión cromático hermano MAU2
(también conocido como SCC4) y se liberan de la cromatina a través de la
interacción con alas separadas. homólogo de proteína (WAPL) 69 - 73 .
La translocación de cohesinas en cromatina requiere ATP, ya que la inhibición de la
ATPasa global o la mutación en el dominio ATPasa del componente del complejo
de cohesina, el mantenimiento estructural de la proteína 3 de los cromosomas
(SMC3) puede inhibir tales actividades. 74 . La transcripción también puede ayudar a
mover la cohesina a lo largo de la cromatina para dar forma a su estructura. 75 , 76 .
Mecánicamente, se propuso CTCF y cohesina para promover la 'extrusión de
bucle', que contribuye a la formación de TAD 77 , 78 . En este modelo, la cohesina
extruye cromatina hacia afuera hasta que encuentra las barreras de cromatina
que a menudo son creadas por CTCF. 32 , 77 - 81 . De esta manera, se forman
estructuras en forma de bucle que promueven interacciones dentro de los TAD,
pero aíslan las regiones a través de los límites de TAD ( Higo. 1d ).
Rev i ews
En las matrices de contacto HI-C, estos bucles de cromatina aparecen como
'picos' de alta frecuencia de contacto. 67 . En particular, los pares de sitios de
unión a CTCF en los anclajes de bucle ocurren predominantemente en una
orientación convergente, con los motivos asimétricos 'enfrentados' entre sí. 67
, 82 , y los cambios en la orientación de los motivos CTCF pueden alterar los
bucles de cromatina y los TAD 78 , 82 . Estos hallazgos apoyan firmemente la
noción de que los pares de CTCF ayudan a formar bucles de cromatina.
Además, el agotamiento de los factores de extrusión de bucle propuestos, la
cohesina o su factor de carga NIPBL da como resultado la pérdida o
reducción global de los dominios de cromatina. 83 - 85 . Sin embargo, vale la
pena señalar que la evidencia directa de que la cohesina puede extruir
bucles de cromatina, similar a la evidencia mostrada para condensin 81 , falta
actualmente. Además, un estudio reciente informó que la eliminación de un
límite de TAD asociado a CTCF no afecta los patrones de interacción de la
cromatina local, medidos por el análisis 4C (4C-seq) 86 . Aunque aún no se ha
informado una evaluación más completa de la organización de la cromatina
(por ejemplo, evaluación usando 5C o Hi-C) en este mutante, es posible que
otros factores además de CTCF y cohesina puedan contribuir a la formación
de TAD.
Aunque los TAD se observan ampliamente en muchas espe- cies 60 - 62 , 66 , 87 - 91 , Los
análisis de Hi-C unicelulares indican que pueden no existir como estructuras
constantes en las células individuales, sino que pueden representar un conjunto de
enriquecimiento de la conformación de cromatina en una población celular. 91 , 92 . Por
ejemplo, un análisis de Hi-C de una sola célula en ratones mostró que los dominios
de contacto se encuentran de hecho en células individuales, pero muestran
variación de célula a célula. 93 . Investigaciones recientes que utilizan imágenes de
superresolución revelaron estructuras similares a TAD en Drosophila 94 y en células
humanas individuales 48 , 95 .
En las células humanas, los límites de los dominios difieren de una célula a otra,
pero se localizan preferentemente en los sitios de unión de CTCF y los sitios de
unión de cohesina. 95 . Curiosamente, las estructuras similares a TAD todavía se
pueden ver a nivel de una sola célula después de la depleción de cohesina, aunque
la preferencia de límite por los sitios de unión a CTCF y los sitios de unión a
cohesina se pierde en estas células. No está claro si las estructuras similares a
TAD independientes de cohesina y las TAD dependientes de cohesina son
fundamentalmente diferentes. Por ejemplo, una posibilidad es que los dominios
similares a TAD independientes de cohesina podrían reflejar una organización
intrínseca de la cromatina basada en las características poliméricas de la
cromatina, ya que el modelado polimérico del ADN da como resultado estructuras
globulares que se forman de forma cásticamente a través de interacciones
poliméricas aleatorias. 91 . En general, la naturaleza de los TAD a nivel unicelular aún
espera una mayor investigación.
Regulación de compartimentos y TADs
Los compartimentos de cromatina y los TAD probablemente estén regulados
por distintos mecanismos. 33 , 85 . La creciente evidencia indica que en realidad
pueden antagonizar entre sí 33 , 73 , 80 , 84 , 85 , 90 .
El agotamiento del componente del complejo de cohesina RAD21 en las células
cancerosas humanas o de NIPBL inmice da como resultado la desaparición de los
dominios de bucle y los TAD, pero en la aparición de una compartimentación
mejorada y más fina. 84 , 85 .
Una relación antagónica similar fue confirmada por análisis de
simulación. 33 . En humanos y D. melanogaster,
Hi-C de mayor resolución ha identificado dominios o subcompartimentos
compartimentales mucho más pequeños que
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Superenhancers
Regiones genómicas que comprenden
múltiples potenciadores que están unidos
colectivamente por múltiples factores de
transcripción para impulsar la transcripción de
genes.
Complejo sinaptonemal
Una estructura que se forma entre
cromosomas homólogos.
durante la meiosis y funciones en la
mediación del cromosoma
emparejamiento, sinapsis y
recombinación.
Paquiteno
Una etapa de profase en la meiosis i durante
la cual los cromosomas emparejados se
acortan y
espesar. Homólogo
la recombinación ocurre durante
este escenario.
Cromosoma sexual meiótico
inactivacion
en la espermatogénesis, el
Silenciamiento transcripcional de los
cromosomas X e Y durante el paquiteno
meiótico.
los compartimentos convencionales identificados por Hi-C de menor
resolución 67 , 96 . Estos dominios compartimentales de escala fina se
correlacionan con la actividad de transcripción y el estado de la cromatina. En
células de mamíferos, estos dominios compartimentales de escala fina, no
obstante, se confunden con dominios de bucle mediados por CTCF y
mediados por cohesina, pero se mejoran significativamente cuando los
factores de extrusión de bucles se agotan. 84 , 85 , 90 . Es posible que la
compartimentación pueda facilitar la activación general y la represión de la
transcripción agrupando genes en territorios nucleares que están
enriquecidos o agotados en recursos de transcripción. La extrusión de bucle
puede facilitar las interacciones promotor-potenciador específicas de la región
y proporcionar aislamiento contra el entorno de transcripción global.
Curiosamente, la pérdida de cohesina también causa superenhancers,
incluso aquellos de diferentes cromosomas, para colocalizar
preferentemente espacialmente para formar grupos de dominios de unión al
factor de transcripción 84 . Esta observación tal vez podría explicarse por la
separación de fases mejorada de unidades altamente transcritas en
ausencia de restricción de CTCF y cohesin 97 . Un estudio reciente mostró
que los coactivadores transcripcionales que contienen bromodominio
proteína 4 (BRD4) y la subunidad del complejo mediador 1 (MED1), que
están ambos enriquecidos en superen- hancers, podrían formar puntos
nucleares 98 . Mecánicamente, las regiones intrínsecamente desordenadas de
MED1 participan en una separación de fase líquido-líquido, y tales gotitas
pueden incorporar BRD4 y ARN polimerasa II in vitro. Otros factores de
transcripción, incluidos OCT4 y GCN4, también se pueden incorporar en
gotitas de fases separadas con el complejo mediador. 99 . Estos resultados
ofrecieron nuevos conocimientos sobre la relación entre las organizaciones
de la cromatina y la regulación de la expresión génica. Si los factores de
transcripción específicos del tipo de célula podrían participar en la
separación de fases y regular las arquitecturas del genoma 3D durante el
desarrollo in vivo, queda pendiente de más investigaciones. Tomados en
conjunto, estos resultados indican que el genoma está organizado de
manera jerárquica a través de mecanismos como la extrusión de bucles y la
compartimentación relacionada con la transcripción. Se espera que en el
futuro se sigan desvelando factores adicionales involucrados en este
proceso.
Dinámica del genoma 3D en la gametogénesis
Un ciclo de vida comienza con la fusión de un ovocito y un espermatozoide, que
son células altamente especializadas llamadas gametes. 9 . Estas células haploides
se generan a través de varios procesos elegantemente orquestados,
comenzando con la especificación de PGC. Las PGC se someten a una extensa
reprogramación epigenética antes de entrar en la meiosis, cuando los
cromosomas homólogos se emparejan primero y luego se separan en diferentes
células hijas. 9 . A este evento le sigue una segunda ronda de división celular para
producir gametos haploides. Además de estas características compartidas, los
gametos masculinos y femeninos se someten a un desarrollo específico del sexo
para cumplir sus funciones distintas. 100 . Por ejemplo, en las últimas etapas del
desarrollo, los ovocitos experimentan un rápido crecimiento y expansión de
tamaño para acomodar abundantes ARN y proteínas para el futuro desarrollo
embrionario. 101 . Los espermatozoides, por el contrario, adoptan una cromatina y
una configuración celular muy compactas durante la etapa final de la maduración.
Procesos de desarrollo que son comunes y distintos entre los ovocitos.
y los espermatozoides van acompañados de la drástica reconfiguración de la
organización de la cromatina 91 , 102 - 108 , como se describe y analiza a continuación.
Organización del genoma en la espermatogénesis
En los mamíferos, el genoma del esperma está empaquetado principalmente por
protamina, con solo ~ 1-15% del ADN envuelto por histonas. 11 - 13 . Se informa que el
ADN del esperma está enrollado en toroides de protamina grandes y condensados 109
. De manera consistente, el análisis de Hi-C reveló que los espermatozoides
muestran más interacciones de cromatina de largo alcance que las ESC y los
fibroblastos, lo que probablemente refleja la condensación de la cromatina de los
espermatozoides. 102 , 103 , 105 . Sorprendentemente, a pesar de que los cromosomas
están empaquetados por diferentes conjuntos de proteínas, la posición de los TAD
y la separación del compartimento A y el compartimento B en los espermatozoides
de ratón y en los ESC y las células somáticas son similares. 102 - 105 ( Higo. 2a ). CTCF y
cohesas se unen a loci similares en espermatozoides, espermátidas redondas y
ESC. 104 , 110 . Es posible que Hi-C carezca de la resolución para identificar diferencias
de escala fina entre la cromatina empaquetada por histona y protamina.
Alternativamente, estas diferencias de escala fina pueden diferir entre las células
individuales y perderse en los datos de la población celular.
La organización de la cromatina se somete a una extensa
reprogramación durante la espermatogénesis. 9 , 111 , 112 . Múltiples eventos que
involucran la organización de la cromatina ocurren durante los ciclos
celulares meióticos masculinos, incluido el emparejamiento de cromosomas
homólogos, la formación de un complejo sinaptonemal, recombinación meiótica,
desinapsis, etc. 113 - 115 . Estudios recientes han examinado la organización del
genoma en 3D durante la espermatogénesis en ratones y el mono rhesus. 106 - 108
. Curiosamente, tanto en los ratones como en el mono rhesus, los TAD se
reducen fuertemente en el
paquiteno etapa de profase en la meiosis I, durante la cual los cromosomas
homólogos se aparean para formar el complejo sinaptonemal. Como la
cromatina de paquiteno se transcribe activamente 115 , Estos resultados
muestran que la transcripción puede ser en gran medida independiente de
los TAD en ciertas etapas del desarrollo. En particular, esta idea está en
línea con la noción de que el CTCF es prescindible para el mantenimiento
de los complejos sinaptonémicos y la recombinación homóloga. 116 . La
compartimentación convencional también se debilita (pero aún existe) en la
etapa de paquiteno 106 , 107 .
El compartimento A, en particular, está enriquecido en puntos calientes de
rotura de doble hebra meiótica y sitios de cruce. 108 .
Además, en los espermatocitos de paquiteno del mono rhesus, aparece un
nuevo tipo de compartimento local y se denomina "compartimento A / B
refinado", que alterna entre regiones de transcripción y no transcripción.
Como sugiere su nombre, el compartimento A / B refinado tiene una
resolución más refinada que los compartimentos A y B convencionales. 106 ( Higo.
2a ). También se pueden observar compartimentos A / B refinados en los
espermatocitos de paquiteno de ratón, aunque a un nivel más bajo que en
el mono rhesus. 106 .
En los espermatocitos de paquiteno de ratón, ciertas regiones de transcripción
activa se agrupan espacialmente para formar 'centros' o 'interacciones puntuales' 107
, 108 , que se asemejan a la interacción encontrada entre las regiones A refinadas en
los espermatocitos de paquiteno del mono rhesus 106 . Los compartimentos A / B
refinados y los 'centros' ligados a la transcripción están ausentes de los
cromosomas X en los espermatozoides, que están inactivados
durante inactivación meiótica de los cromosomas sexuales 106 - 108 . Notablemente,
www.nature.com/nrm
 Rev i ews

a Espermatogénesis Meiosis I
Mitosis Paquiteno Meiosis II Período haploide

Espermatogonias Espermatocito Redondo Esperma

espermátida

Transcripción

TAD

Compartimento A / B

Refinado A / B

Compartimento A / B Compartimento A / B (débil) Compartimento A / B

TAD No TAD TAD

Refinado A / B Estructura 'eje-bucle' del complejo sinaptonémico

Transcripción

Homólogos

'Hub' o
'interacción puntual'
entre activo
regiones Sinaptonemal
proteínas complejas

B Ovogénesis Mitosis Meiosis I Meiosis II

Diploteno Metafase

NSN GV SN GV Ovocito MII

Transcripción
TAD N/A N/A

Compartimiento N/A N/A

Lazo N/A N/A

Límite de aislamiento de interacción

Fig. 2 | Dinámica de la arquitectura de la cromatina durante el desarrollo de gametos en mamíferos. a | Reprogramación de la organización de la
cromatina durante la espermatogénesis de mamíferos, basada en la sondata del ratón y el mono rhesus. Las etapas de meiosis y espermatogénesis se
indican en la parte superior. Las fortalezas de los dominios de asociación topológica (TAD), el compartimento A y el compartimento B (compartimento A / B)
durante la meiosis y la espermatogénesis están indicadas por el ancho de las barras. Tanto el TAD como el compartimento convencional A / desnudo se
agotan en la etapa de paquiteno, cuando emerge un compartimento local altamente refinado (refinado A / B). Una compartimentación A / B tan refinada no se
basa en otras etapas de la espermatogénesis. La alternancia entre las regiones refinadas A y refinadas B se correlaciona con las alternancias entre las
regiones de transcripción y no transcripción, respectivamente. Ciertas regiones de transcripción muestran fuertes interacciones denominadas 'hubs' o
'interacciones puntuales'. También en la etapa de paquiteno, las formas del complejo sinaptonemal; en este complejo, los cromosomas homólogos (indicados
por un círculo rojo) se alinean en paralelo y se adhieren a un eje protéico, formando una estructura de "eje-bucle". La transcripción es activa a lo largo de la
espermatogénesis, aparte de los espermatozoides inmaduros. b | Dinámica de la cromatinorganización en ovocitos y oocitos de vesícula germinal de ratón
(GV) detenidos en la inmetafase de la meiosis II (ovocitos MII). Las etapas de la meiosis y la oogénesis se indican en la parte superior. Los puntos fuertes de
los TAD, los compartimentos y los bucles se indican mediante el ancho de las barras. Durante la transición de GVoocitos de nucleolo no rodeado (NSN) a
GVoocitos de nucleolo rodeado (SN), las organizaciones de cromatina convencionales tales como TAD, compartimentos y asas están presentes con fuerza
decreciente. Las estructuras de cromatina en interfase se pierden en los ovocitos MII. Las líneas negras discontinuas indican etapas de la ovogénesis para las
cuales no se dispone de información sobre la organización de la cromatina (NA). La transcripción está activa hasta las últimas etapas del crecimiento de los
ovocitos (es decir, en los ovocitos de SNG y en los ovocitos de MII).

la estructura de los cromosomas X inactivos en este caso es distinta de la
del cromosoma X inactivado aleatoriamente en las células somáticas
femeninas, que comprende dos megadominios 117 ( Caja 1 ). Por el contrario,
el cromosoma X masculino silencioso en la meiosis no tiene
megadominios, solo TAD debilitados y compartimentos convencionales.
En espermatocitos mutantes de ratón deficientes en la proteína 2 del
complejo sinaptonemal ( Sycp2) ( un componente estructural del andamio del
complejo sinaptonémico) o en el gen tipo 2 de la subunidad B de la
topoisomerasa 6 del ADN ( Top6bl)
(una ADN topoisomerasa que regula las roturas de doble hebra),
la estructura A / B refinada se debilita y

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Recuadro 1 | organización de la cromatina del cromosoma X inactivo
En la mayoría de las especies de mamíferos, uno de los cromosomas X femeninos se inactiva para lograr una compensación de
la dosis entre las células masculinas y femeninas. 210 , 211 . El cromosoma aleatorio
La inactivación se inicia mediante la sobreregulación de la transcripción específica inactiva de NaX no codificante ( XIST) en
el cromosoma X que está a punto de ser desactivado 212 . reclutamiento
del cromosoma X a la lámina nuclear, que es inducida por XIST, se cree que
ser importante para su inactivación 213 - 215 , aunque este reclutamiento por sí solo puede no ser
suficiente para inducir el silenciamiento de genes 216 . aunque Hi-Canalyses muestra que en el activado
Xcromosoma (ver la figura de la izquierda) ambos dominios asociados topológicamente (representados por
cuadrados a lo largo de la diagonal) y los compartimentos (representados por un patrón de tablero de ajedrez) se observan, los
dominios asociados topológicamente son en gran parte indetectables o atenuados
en el cromosoma X inactivado, excepto en las regiones donde los genes escapan del cromosoma X
inactivacion 61 , 213 , 217 - 219 . en su lugar, se forman dos superdominios en el inactivo
Xcromosoma (ver la figura de la derecha), que están separados por la repetición de microsatélites
elemento DXZ4, que contiene múltiples sitios de unión al factor de unión a CCCtC (CtCF) 48 , 67 , 220 - 222 . la inducción de XIST
expresión puede iniciar la formación de límites de superdominio en DXZ4 ( árbitro. 213 ). Además, se identificaron
superbucles de megabase entre los DXZ4 locus y un elemento repetidor intergénico funcional ( FUEGO; ver la
figura, a la derecha, indicada por los puntos rojos) y algunos otros lugares (no mostrados en la figura) en
humanos y ratones 67 , 221 , 223 , 224 . Noquear DXZ4 de cromosomas X inactivados
da como resultado la pérdida de superdominios y superbucles, pero no tiene un efecto importante en la
transcripción del cromosoma X inactivado 213 , 221 .
Varios estudios recientes han arrojado luz sobre cómo el cromosoma X inactivo está
doblado paso a paso 219 , 225 , 226 . Durante la difusión de XIST a lo largo de
Xcromosoma, los compartimentos convencionales se reorganizan y fusionan en 'S1' y 'S2'
compartimentos. entonces la proteína cohesina no canónica mantenimiento estructural de los cromosomas la
proteína 1 que contiene el dominio bisagra flexible (sMCHD1) se une a
el cromosoma X inactivado y consolida aún más la formación de un
arquitectura de cromatina sin compartimentos. La pérdida de sMCHD1 provoca defectos en XIST
Difusión y silenciamiento génico mediado por heterocromatina. 219 . La forma en que una estructura de cromatina
tan única contribuye a la inactivación del cromosoma X requiere una mayor investigación.
DXZ4 Fuego DXZ4
Chr X (Xa) Chr X (Xi)
Chr, cromosoma; Xa, activo X; Xi, inactivo X.
los compartimentos convencionales y los TAD están parcialmente restaurados 106 . Ambas
mutaciones dan como resultado defectos en la formación del complejo
sinaptonemal y en la detención del ciclo celular antes de que ingrese el paquiteno.
Es probable que un complejo sinaptonémico intacto sea importante para las
características específicas del paquiteno que se observan cuando se usa Hi-C.
De madre a cigótica
transición
Desde el punto de vista mecánico, se desconoce por qué los
La etapa en el desarrollo embrionario
espermatocitos paquitineros muestran una depleción de TAD y la aparición de
temprano cuando el genoma cigótico toma
el control de A / B refinado. Los complejos sinaptonémicos pueden restringir la cromatina
desarrollo desde el de la extrusión libre relacionada con TAD y, por lo tanto, eliminar los TAD. 106 , aunque
genoma materno. Esta
se carece de evidencia directa de esto. Alternativamente, la actividad de la
la transición requiere cigótico
cohesina podría reutilizarse para el ensamblaje de una matriz de bucle de
activación del genoma y degradación
del ARN y proteínas maternos. cromatina estable. 108 . En ambos casos, la
La ausencia de TAD puede ayudar a promover la compartimentación de la
cromatina refinada, como A / B refinado, concentradores e interacciones puntuales. 83
- 85 . Sin embargo, vale la pena señalar que dicha compartimentación refinada
correlacionada con la transcripción
en los espermatocitos de paquiteno es incluso más fuerte que el que se encuentra
en las células con depleción de cohesina 106 .
Además de los TAD y los compartimentos, se ha observado desde hace
mucho tiempo que el complejo sinaptonémico tiene una estructura de
cromatina de bucle análogo, con cromosomas homólogos alineados en
bucles paralelos y simétricos que salen del eje. 114 ( Higo. 2a ). Sin embargo, tales
bucles no son inmediatamente evidentes a partir de los datos de Hi-C de
espermatocitos de paquiteno de ratón y mono. 106 - 108 ; por lo tanto, no está claro
si las estructuras A / B refinadas corresponden a tales bucles. Estos
resultados contrastan con los obtenidos de los análisis de HI-C de Saccharomyces
cerevisiae, que mostró fuertes interacciones de bucle entre los sitios de unión
de cohesinas en todo el genoma durante el paquinema 118 , 119 .
Se sugirió que en los mamíferos las posiciones de dichos bucles pueden
diferir de una célula a otra, por lo que se pierden en los perfiles de
población promedio. 108 . No obstante, al comparar los patrones promedio de
interacción a distancia en los espermatocitos de cigoteno con los de los
espermatocitos de paquiteno, un estudio sugirió que los tamaños de los
bucles de cromatina pueden ser dinámicos y aumentar desde la profase
temprana hasta la tardía. 108 . El análisis de interacciones intercromosómicas
entre cromosomas homólogos parece confirmar que los homólogos en
sinapsis están alineados, con bucles de cada homólogo interdigitados. 108 .
En general, estos datos proporcionan una descripción general temprana de la
dinámica de la cromatina meiótica durante la gametogénesis.
Fuego
Inoogénesis de la organización del genoma
A diferencia del genoma de los espermatozoides maduros, el genoma de los
ovocitos MII de ratón, que se detienen en la metafase de la meiosis II hasta la
fertilización, carece de TAD y compartimentos. 103 , 105 ( Higo. 2b ). El análisis de
Hi-C mostró que, a nivel de población, los ovocitos MII de ratón tienen un
patrón de interacción de cromatina independiente del locus que imita en gran
medida al de las células en la inmetafase. 36 , 88 , 120 . La falta de estructuras de
cromatina en interfase en los ovocitos MII indica que la organización del
genoma materno de la etapa anterior de la ovogénesis se desmonta
ampliamente antes de la fertilización. 103 , 105 . Un proceso muy similar ocurre
durante la mitosis cuando la organización de la cromatina en interfase se
desensambla y vuelve a ensamblar globalmente en la cromatina tótica que se
compone de matrices de bucles comprimidos linealmente. 88 , 120 . Sin embargo,
queda por determinar si las proteínas arquitectónicas o las marcas
epigenéticas continúan asociándose con la cromatina en los ovocitos MII y,
de ser así, si llevan la memoria de los padres durante el período.
transición de la madre al cigótico. Un estudio de HI-C de un solo núcleo
examinó la conformación de la cromatina en ratones adultos
ovocitos de vesículas germinales que se encuentran en la etapa tardía de crecimiento de
tamaño durante un período de detención de la meiosis en la etapa de diploteno,
después del paquiteno de la meiosis I) 91 . Hay dos tipos de ovocitos de vesículas
germinales completamente desarrollados: los que tienen un borde de cromatina
'en forma de anillo' que rodea el nucleolo (conocido como la conformación de
'nucleolo rodeado' o SNoocitos) y los que carecen de esta estructura (conocidos
como los 'no- nucleolo rodeado 'o NSNoocytes) 121 . La transición de NSNoocytes a
SNoocytes se acompaña
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por silenciamiento de la transcripción de todo el genoma y compactación extensa son inusualmente débiles Higo. 3 ). La cromatina también se relaja en D.
Ovocitos de vesículas germinales

Ovocitos en crecimiento o en crecimiento
detenidos en la profase de la meiosis i
antes de la ovulación. La vesícula
germinal se refiere a su núcleo, que es
claramente visible al microscopio.
Pronúcleos
Los núcleos paterno y materno justo
después de la fecundación, cuando aún
están físicamente separados en el
cigoto.
de cromatina 122 . Las organizaciones de cromatina convencionales, como los
bucles, los TAD y los compartimentos, están presentes en los ovocitos de las
vesículas germinales, con variaciones entre las células individuales. 91 . De acuerdo
con su cromatina más compacta, los ovocitos SN muestran interacciones de
cromatina de más largo alcance que los ovocitos NSN y disminuciones notables
en la fuerza del asa, TAD y compartimento. 123 , 124
(Higo. 2b ). En conjunto, estos datos muestran que la cromatina experimenta
transiciones dinámicas a lo largo de la ovogénesis.
Dinámica del genoma 3D en el desarrollo temprano
También se produce una dramática reprogramación de la arquitectura de cromatina
3D después de la fertilización. Un estudio que utilizó imágenes espectroscópicas de
electrones mostró que la cromatina se dispersa en embriones de ratón de 1 celda. 125
. Sin embargo, se produce una compactación sustancial de la cromatina durante la
transición de 1 célula a 2 células, lo que da como resultado la formación de grandes
bloques de cromatina que se acumulan cerca de la envoltura nuclear. Estudios
recientes que utilizan enfoques Hi-Ca de bajos insumos han investigado la
reprogramación de organizaciones de cromatina de orden superior en embriones
de ratón antes de la implantación. 91 , 103 , 105 . De acuerdo con los datos
espectroscópicos de electrones 125 , Estos estudios revelaron que los embriones de
ratón en etapa temprana contienen cromatina con una estructura relajada porque
las organizaciones de cromatina convencionales, como los TAD y los
melanogaster embriones antes de ZGA 126 . Sin embargo, un estudio pudo
identificar bucles y TAD en cigotos de ratón ya en la fase G1 del ciclo
celular utilizando la frecuencia de contacto normalizada por distancia
genómica en el análisis de promedio agregado. 127 . El nocaut condicional
de Rad21 de los ovocitos da como resultado una ausencia casi
completa de TAD y asas en ambos
pronúcleos en cigotos 127 . Por el contrario, los TAD y los bucles en los cigotos se
fortalecieron cuando el tiempo de residencia de la cohesina en la cromatina
aumentó por la eliminación del factor de liberación de cohesina WAPL. 127 . Estos
resultados sugieren que la cohesina contribuye a la regulación de TAD en
embriones tempranos. Sin embargo, el consenso es que los TAD son mucho más
débiles en las primeras etapas de desarrollo que en las etapas posteriores de
desarrollo. 103 , 105 , 127 . Durante el desarrollo previo a la implantación antes de la etapa
de 8 células, el restablecimiento de la estructura de la cromatina de orden
superior se produce a un ritmo más lento. 103 , 105 , 127 que el restablecimiento de las
estructuras de cromatina observadas en otros tipos de células una vez que se
liberan de la metafase mitótica 36 , 88 , 120 . Durante el desarrollo temprano, la
arquitectura del genoma 3D de ambos genomas parentales también se somete a
una reprogramación específica de alelos. En embriones de ratón de una célula, la
compartimentación de la cromatina en el genoma materno parece ser mucho más
débil que la compartimentación de la cromatina en el genoma paterno.

compartimentos A / B,

TAD (débil) TAD

Paternal
Compartimento A / B Compartimento A / B
(menos segregado)
TAD

Compartimiento
N/A
Lazo

Fertilización

Cigoto Etapa temprana de 2 células Etapa tardía de 2 células Etapa de 4 celdas Epiblasto de blastocisto en estadio de 8 células
Transcripción

Menor Importante
ZGA ZGA

TAD

Compartimiento
N/A
Lazo
Compartimento A / B
Materno

TAD (débil) TAD

Fig. 3 | Dinámica de la arquitectura de la cromatina durante el desarrollo temprano en mamíferos. Reprogramación de la organización de la cromatina durante la
embriogénesis temprana del ratón. La fuerza de los dominios de asociación topológica (TAD), la compartimentación y los bucles está indicada por el ancho de las barras. La
activación del genoma cigótico menor (ZGA) comienza en la etapa de desarrollo de una célula y la ZGA mayor comienza en la etapa media o tardía de dos células. Los TAD
débiles, bucles y compartimentos comienzan a aparecer en los cigotos y gradualmente se vuelven más fuertes en etapas posteriores del desarrollo. Los compartimentos aparecen
en el genoma paterno tan pronto como en la etapa unicelular (aunque están menos segregados que los que se observan más tarde en el desarrollo) pero son muy débiles o en
gran parte ausentes en el genoma materno en cigotos. La información de bucle no está disponible (NA) para las etapas de blastocisto y ablasto del desarrollo temprano en
mamíferos.

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Nuclear de células somáticas
transferir
Una técnica para crear un embrión viable
mediante la transferencia de un núcleo donante
de una célula somática a un ovocito enucleado.
genoma 91 , 103 , 105 ( Higo. 3 ). Esta variación puede reflejar el diferencial- estados
iniciales de los gametos como espermatozoides, pero no los ovocitos, tienen
cromatina altamente compartimentada 91 .
Las diferencias alélicas en la estructura de la cromatina se pueden encontrar
incluso en la etapa de 8 células. 103 , y el análisis de interacciones intercromosómicas
reveló que los dos genomas parentales permanecen parcialmente segregados
hasta la etapa de 8 células. 103 . En particular, un estudio reciente mostró que existen
dos husos bipolares en cigotos de ratón, lo que permite que los genomas
parentales permanezcan separados durante la primera división. 128 .
Curiosamente, la reprogramación de la compartimentación de la cromatina
en los embriones tempranos va acompañada de la reprogramación de
modificaciones epigenéticas. Por ejemplo, el ADN de las regiones del
compartimento A se desmetila más rápidamente en los embriones de ratón antes
de la implantación y se remetila más eficazmente en los tejidos extraembrionarios
que el ADN de las regiones del compartimento B 105 , 129 . La diferencia en la
dinámica de metilación del ADN podría deberse a que las regiones del
compartimento A son más accesibles a las metiltransferasas y las desmetilasas
que las regiones del compartimento B, aunque este modelo está pendiente de
ser probado.
No está claro por qué los dominios de cromatina son más débiles en
las primeras etapas del desarrollo del embrión que en las etapas
posteriores del desarrollo y en las células somáticas. En particular, la
adición de ARNm que codifica la desmetilasa H3K9me3 demetilasa lisina
específica 4D (KDM4D), KDM4B o el inhibidor de histona desacetilasa
trichostatinA promovió el desarrollo de ratones y monos.
embriones generados por transferencia nuclear de células somáticas 130 - 133 .
H3K9me3 está involucrado en la formación de heterocromatina 134 , mientras que la
acetilación de histonas promueve la accesibilidad a la cromatina 135 . Por lo tanto,
agregar estos dos factores puede ayudar a promover la relajación de la cromatina y
la reprogramación adecuada en el desarrollo temprano. Es posible que una
organización relajada de la cromatina 3D pueda promover de manera similar el
restablecimiento eficiente de la organización de la cromatina desde los padres
hasta los embriones tempranos. Se necesitan más investigaciones para probar
estas hipótesis.
Un hallazgo sorprendente del análisis Hi-C de embriones de ratón
tempranos es que ZGA ocurre en embriones de 2 células antes de que los
TAD estén bien establecidos. 103 , 105 . Estos hallazgos parecen desacoplar los
TAD y la transcripción en esta etapa embrionaria y plantean la cuestión de
cómo funcionan correctamente los potenciadores y promotores sin la
restricción de TAD; Pueden existir mecanismos adicionales para asegurar la
fidelidad de la transcripción en estas ventanas de desarrollo únicas. En
particular, el agotamiento agudo de cohesina en la línea celular de carcinoma
colorrectal humano HCT-116
(árbitro. 84 ) o de CTCF en CES de ratón 80 da como resultado la pérdida de dominios
de bucle y TAD, pero solo tiene un impacto inmediato moderado sobre la
expresión génica. Por el contrario, la cohesina parece ser crucial para la
activación adecuada de casi el 40% de los genes inducidos por lipopolisacáridos
en macrófagos primarios de ratón. 136 . No está claro si la cohesina está involucrada
en ZGA en embriones tempranos de ratón y si las interacciones
promotor-potenciador están ampliamente presentes en ZGA de ratón. Además, la
consolidación de TAD todavía puede continuar parcialmente cuando ZGA está
bloqueado en embriones de ratón. 103 , 105 y en embriones de mosca 126 . Estos
hallazgos se hicieron eco de un informe reciente que muestra que, en las células
B inmaduras, el establecimiento de dominios de bucle mediados por cohesina no
requiere transcripción. 74 . Por el contrario, artificialmente
la activación de genes endógenos usando Cas9 desactivado por nucleasa mostró
que la transcripción está correlacionada pero no es suficiente para el aislamiento
de cromatina local en los límites de TAD 137 . En particular, aunque se pueden
encontrar TAD débiles iniciales en cigotos G1 antes de la replicación del ADN 91 , 127 , Se
informó que la consolidación gradual de los TAD en embriones de ratón antes de
la implantación requiere la replicación del ADN. 105 .
Sin embargo, este no parece ser el caso de la consolidación de TAD en
células HCT-116. 74 . Vale la pena señalar que estos dos estudios utilizaron
diferentes inhibidores de la replicación del ADN: los embriones de ratón
antes de la implantación se trataron con afidicolina. 105 y las células HCT-116
se trataron con timidina 74 . En resumen, la relación entre los TAD, la
expresión génica y la replicación del ADN puede diferir en los loci
individuales y puede depender del tipo de célula.
Compromiso de diferenciación y linaje
Durante la especificación del linaje y la diferenciación celular, la organización
adecuada de la arquitectura de la cromatina es crucial para muchos eventos
moleculares clave, incluida la regulación espaciotemporal de la transcripción de
genes específicos del tipo celular. Además, la cromatina se reorganiza
ampliamente durante la inactivación del cromosoma X 117 ( Caja 1 ). Aquí, revisamos
brevemente cómo los diferentes niveles de arquitectura de cromatina pueden
contribuir a la regulación de genes durante la diferenciación celular.
Compartimentación de cromatina
Durante la diferenciación celular, los compartimentos de cromatina experimentan
cambios dinámicos a medida que las células hacen la transición entre tipos de
células. Por ejemplo, durante la diferenciación de las ESC humanas, el 36% del
genoma sufre un cambio de compartimento en al menos uno de los cuatro linajes
derivados. sesenta y cinco .
En particular, estos cambios se correlacionan sólo moderadamente con
cambios en la expresión génica; un subconjunto de genes se regula al alza
cuando sus loci cambian del compartimento B al compartimento A, y viceversa.
Sin embargo, la mayoría de los genes no se ven afectados. sesenta y cinco . Esta
observación tal vez no sea sorprendente dados los grandes tamaños de los
compartimentos y los tamaños relativamente pequeños de los genes. Más bien,
se descubrió que la compartimentación genómica se explica mejor por la
densidad de transcripción dentro de un vecindario genómico que por las
actividades de transcripción de genes individuales. 53 . Se necesita una
comprensión más profunda de los compartimentos de cromatina para descifrar
la débil correlación entre el cambio de compartimentos y los cambios en la
expresión génica durante la diferenciación de las ESC.
La diferenciación celular también implica la dinámica del compartimento
global. Por ejemplo, la diferenciación de las ESC de ratón en neuronas corticales
se acompaña de un aumento del tamaño del compartimento, un aumento de las
interacciones entre los compartimentos B y una disminución de las interacciones
dentro de los compartimentos A de las neuronas en comparación con las ESC de
ratón. 137 . Estos cambios pueden estar relacionados con la expansión y
segregación de heterocromatina durante la diferenciación celular. 57 , sesenta y cinco , 138 , 139 .
TADdynamics
Los TAD parecen ser relativamente más estables que los compartimentos
sobre diferenciación celular. Por ejemplo, una gran parte de los límites de TAD
se conservan entre diferentes tipos de células. 60 , sesenta y cinco , 140 , 141 , aunque los
cambios en la cromatina
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Pluripotencia ingenua
en embriones preimplantatorios,
Las células madre pluripotentes del epiblasto
se encuentran en un estado "ingenuo". Se
"preparan" durante el desarrollo posterior al
implante.
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La estructura puede ocurrir dentro de los TAD durante la diferenciación celular.
De hecho, en comparación con las ESC humanas, los tipos de células
diferenciadas contienen cientos de TAD con interacciones intradominio
aumentadas y disminuidas en regiones con modificaciones epigenéticas activas
(y unión de CTCF) y modificaciones de cromatina represivas, respectivamente. sesenta
y cinco .
Se demostró que las topologías de los 'árboles metaTAD', que representan
contactos a gran escala entre los TAD cercanos, experimentan un grado (~ 20%)
de reorganización durante la diferenciación de los ESC de ratón a células
progenitoras neuronales. 141 . Tales reordenamientos de la cromatina están
relacionados con cambios en la expresión génica. Las fortalezas de los dominios
de bucle anclado a CTCF se mejoran cuando salen los ESC del mouse pluripotencia
ingenua 142 . Además, un estudio de la organización de la cromatina en 21 tipos de
células y tejidos humanos reveló regiones genómicas con niveles inusualmente
altos de interacciones locales de cromatina denominadas 'regiones que
interactúan frecuentemente' 140 . En comparación con los TAD, las regiones que
interactúan con frecuencia son más pequeñas, muestran una especificidad tisular
más fuerte en las frecuencias de interacción local y están enriquecidas en
potenciadores activos y supere potenciadores. Estos resultados indican que,
aunque las posiciones de los TAD suelen ser estables durante el desarrollo, la
dinámica de las interacciones de la cromatina en las regiones locales puede
correlacionarse con la regulación transcripcional.
Interacciones entre elementos regulatorios
En comparación con los TAD, las estructuras de la cromatina están quizás
reorganizadas más extensamente a nivel local. Esta reorganización está
ejemplificada por las interacciones específicas del tipo de célula que ocurren entre
genes y cis- elementos regulatorios como potenciadores 2 , 143 . Sin embargo, además
de utilizar conjuntos de datos Hi-C ultraprofundos que contienen miles de millones
de lecturas de contacto,
sigue siendo un desafío para Hi-C detectar el promotor Los bucles promotor-potenciador y la regulación de la
Interacciones potenciadoras debido a su resolución relativamente baja. 67 , 137 . Los
ensayos alternativos de todo el genoma con mayor resolución que Hi-C incluyen
análisis de interacción de cromatina centrados en proteínas o centrados en
regiones, como el análisis de interacción cromatina mediante secuenciación de
etiquetas de extremos emparejados (ChIA-PET) 144 , capturar Hi-C 145 , HiChIP 146 e
inmunoprecipitación y secuenciación de cromatina asistida por ligadura de
proximidad (PLAC-seq) 147 . Un estudio que utilizó el promotor captureHi-C
proporcionó información de interacción de alta resolución cis- elementos
reguladores en 17 tipos de células hematopoyéticas humanas 148 . Estos ricos
recursos también se pueden utilizar para identificar nuevos cis elementos y
vinculan variantes de enfermedades no codificantes a sus genes diana.
Interacciones de bucle promotor-potenciador. Howpromot-
La interacción entre potenciadores y potenciadores se ha investigado
exhaustivamente. Se ha propuesto durante mucho tiempo que los potenciadores
activan los promotores a través de 'bucles' 2 , 149 . Vale la pena señalar que los
"bucles" entre potenciadores y promotores normalmente se refieren a
interacciones locales y son diferentes de los bucles de cromatina de largo
alcance que están mediados por CTCF. Aquí, nos referimos a los bucles
promotor-potenciador como "bucles de interacción", lo que refleja una mayor
interacción entre estos elementos. Sin embargo, los bucles mediados por CTCF
pueden facilitar las interacciones potenciador-promotor, ya sea uniendo
potenciadores y promotores o separando las regiones de cromatina activas y
silenciosas 150 - 152 . Como resultado, la mayoría de las interacciones
promotor-potenciador entre
Rev i ews
Los elementos regulatorios están restringidos dentro de los TAD. 153 , 154 .
Esta restricción está en línea con el modelo de que estas interacciones son
facilitadas por la extrusión de bucle mediada por cohesina, que no puede ir más
allá de las barreras de cromatina que a menudo son creadas por CTCF. 77 - 80 . Además
de los bucles de interacción, las 'franjas' arquitectónicas de cromatina (también
denominadas 'llamas' o 'líneas') se caracterizaron recientemente y se refieren a la
observación de que una región de anclaje interactúa con dominios completos a
alta frecuencia 74 , 77 , 83 . Esta interacción da como resultado una franja en un lado de
los TAD o dominios de contacto. Las franjas se encuentran a menudo en
superenhancers, que están unidos por una gran cantidad de NIPBL. En las
células B, una franja cerca del gen de la cadena pesada de la inmunoglobulina
promueve la recombinación del cambio de clase en esta región y también facilita
la desregulación de oncogén mediada por translocación. 74 .
Aunque CTCF contribuye a los dominios de aislamiento que restringen
las funciones potenciadoras, no media directamente las interacciones
promotor-potenciador. En cambio, se cree que tales funciones las llevan a
cabo mediadores y factores de transcripción como el yin y el yang 1 (YY1). 155
, 156 .
Las funciones de la cohesina parecen diferir entre diferentes pares
promotor-potenciador (ver más adelante). La inmunoprecipitación y
secuenciación de cromatina revelaron que la cohesina y NIPBL se unen
preferentemente a la cromatina en cis- elementos reguladores que también
están ocupados por factores de transcripción clave 66 , 76 , 157 . Sin embargo, otras
interacciones promotor-potenciador pueden estar mediadas por factores de
transcripción independientemente de la cohesina. 158 ( ver más abajo), lo que
sugiere que los factores de transcripción pueden funcionar con o sin proteínas
arquitectónicas como CTCF y cohesina para regular las interacciones
promotor-potenciador.
descripción. Una pregunta fundamental es ¿cuál es la relación causal entre los
bucles promotor-potenciador y la transcripción? Las interacciones
promotor-potenciador específicas de la etapa de desarrollo y del tipo celular
específico se observan ampliamente en el genoma 2 , 137 , 159 . Por ejemplo, durante
la diferenciación de las ESC de ratón a progenitores neurales y luego a
neuronas corticales, los contactos promotor-potenciador a menudo se
establecen de forma concomitante con cambios en la expresión génica. 137 . Dichas
interacciones específicas del tipo de célula incluso se pueden observar para
algunos genes de transcripción amplia, que también pueden asociarse con
diferentes conjuntos de potenciadores en diferentes tipos de células. 160 , 161 ( Higo. 4a
). Quizás uno de los mejores ejemplos de cómo el bucle potenciador-promotor
puede desencadenar la transcripción proviene de estudios del locus de la
β-globina. Este locus contiene varios genes de globina de tipo β, un gran
elemento regulador aguas arriba denominado 'región de control del locus' y
múltiples elementos reguladores adicionales 162 . En los seres humanos, los
genes de γ-globina y β-globina se expresan específicamente en el feto y el
adulto, respectivamente, y estos genes se someten a contactos específicos de
la etapa de desarrollo con la región de control del locus cuando se activan ( Higo. 4b
). La unión artificial de los genes de γ-globina reprimidos a la región de control
del locus en células eritroides humanas adultas activa sustancialmente su
expresión. 163 . Se hicieron observaciones similares en ratones cuando Ldb1 se
dirigió a un promotor del gen de globina similar a β (βh1) embrionario silenciado
en eritroblastos adultos 163 , 164 .
Estos resultados indican que el bucle de cromatina forzado puede
Rev i ews

a Un gen transcrito se asocia B Un potenciador regula varios C 'Estable' y 'ganado'

con di ff e potenciadores de alquiler genes específicos de la etapa interacciones promotor-potenciador

Potenciador A Estable
Potenciador B
potenciador
TF Gene B
TF TF
TF
Gene A

Cohesin Gene

TF TF

Ganado
TF TF potenciador

TF

Gen de la pluripotencia Factor de transcripción TF

Gen del desarrollo Proteína P Polycomb
Potenciador

D 2i pluripotencia del estado fundamental Pluripotencia preparada con suero Linaje comprometido

Pluripotencia Pluripotencia
gene gene
Datos no disponibles
TF Pluripotencia
gene

Potenciador
Cúmulo Hox
Cúmulo Hox

Hox
grupo PAG
PÁGINAS
De desarrollo De desarrollo
genes genes

De desarrollo
genes

Fig. 4 | Diferentes modos de interacciones entre elementos reguladores cis en desarrollo. a | Los genes transcritos pueden asociarse con diferentes conjuntos de potenciadores
en diferentes tipos de células. b | Diferentes genes específicos de la etapa (como el β- locus del gen de la globina) puede ser activado por los mismos potenciadores a través de
interacciones promotor-potenciador específicas de la etapa. c | Existen dos tipos de interacción promotor-potenciador en la activación genética de etapa específica: las interacciones
promotor-potenciador 'estables' que preexisten antes de la inducción de genes diana son mediadas preferentemente por cohesina, mientras que las interacciones
promotor-potenciador que se obtienen en la activación de genes diana son típicamente independientes de la cohesina. d | La dinámica de dos grupos de interacción durante el
desarrollo desde la pluripotencia del estado base hasta los linajes comprometidos. Los genes de pluripotencia y los potenciadores se agrupan espacialmente en células madre
primarias embrionarias cultivadas en suero (ESC; arriba), y estas interacciones se pierden cuando las células están comprometidas con un linaje. No hay información disponible sobre
la agrupación espacial de genes de pluripotencia y potenciadores de células de pluripotencia cultivadas en 2i en estado terrestre, como se indica en el cuadro vacío.

(paneles superiores). En las ESC cultivadas en suero, los genes diana de Polycomb se agrupan espacialmente para formar grupos de represión,

con genes Hox que sirven como centros. Tales interacciones no se encuentran en las ESC de pluripotencia en estado fundamental cultivadas con 2i, y una gran parte de estas

interacciones se pierden cuando las células están comprometidas con un linaje (paneles inferiores).

anular el programa de expresión génica endógena, proporcionando un posible
enfoque terapéutico para tratar enfermedades como la anemia de células
falciformes, que es causada por mutaciones en el gen de la β-globina.
Interacciones entre cis- Sin embargo, los elementos reguladores no siempre
desencadenan necesariamente la transcripción. Por ejemplo, las interacciones
las interacciones promotor-potenciador parecen establecerse antes de la
activación génica 165 . Los estudios de los genes Hox (un subconjunto de genes
homeobox) en el desarrollo del ratón indican que los contactos de cromatina
preexistentes pueden ayudar a reclutar los factores de transcripción apropiados
para establecer interacciones promotor-potenciador específicas de tejido 166 , 167 .

potenciador-promotor también pueden preexistir antes de la activación genética. 165 y Los mecanismos que subyacen a cómo las interacciones promotor-potenciador

podría estar asociado con la transcripción en pausa. Muchos potenciadores que pueden ser dinámicas o estables durante la activación de genes fueron aclarados

responden a señales de señalización interactúan con sus genes diana antes de la recientemente. Utilizando un sistema de diferenciación epidérmica, un estudio

activación, lo que presumiblemente permite una activación rápida de la mostró que los potenciadores que interactúan de manera estable con los

transcripción 87 . Del mismo modo, durante la embriogénesis de la mosca, la mayor promotores antes y después de la diferenciación, pero no los potenciadores que

parte de solo interactúan con

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Aislantes
cis- elementos regulatorios que
puede bloquear la función de potenciadores o
la propagación del silenciamiento génico. La
palabra también puede referirse a los
complejos de proteínas que se unen a estos
elementos, como CTCF.
2i pluripotente en estado fundamental
ESC de ratón
Células madre embrionarias de ratón cultivadas en
presencia de inhibidores de MeK e inhibidores de la
glucógeno sintasa quinasa 3 y se cree que se
encuentran en un estado fundamental natural.
Pluripotente de tipo imprimado
Expresar
Células madre embrionarias de ratón
cultivadas en suero que se cree que son
epigenéticamente más restringidas y
preparado para el desarrollo que
2i pluripotente en estado fundamental
células madre embrionarias de ratón y
son similares a las células del epiblasto
posimplante.
Reseñas de la naturaleza | Biología celular molecular
Promotores en la diferenciación, se asocian preferentemente con cohesin 158 . Sin
embargo, la cohesina precargada y las interacciones en las células progenitoras
no están presentes en las ESC humanas. Estos datos sugieren que ciertas
interacciones promotor-potenciador pueden preestablecerse en las células
progenitoras a través de la carga de cohesina ( Higo. 4c ), quizás para proporcionar
una infraestructura reguladora antes de la diferenciación de terminales.
Vale la pena señalar que el modelo convencional de bucle
promotor-potenciador relativamente estable ha sido desafiado en algunos
loci 168 - 170 . En D. melanogaster embriones, las imágenes en vivo revelaron
que los potenciadores controlan una ráfaga dinámica de transcripción 169 . La
frecuencia de estas ráfagas se puede reducir introduciendo aislantes. Estos
resultados indican que la comunicación entre promotores y potenciadores
es vibrante. Otro estudio analizó la relación entre el gen de la
morfogénesis sonic hedgehog ( Shh) y sus potenciadores específicos del
cerebro durante la
diferenciación de ESC a células progenitoras neurales 168 .
Sorprendentemente, durante Shh activación, Shh y sus potenciadores
muestran una mayor distancia espacial y no forman bucles de cromatina
estables. Finalmente, cis- Los elementos reguladores como promotores y
potenciadores dentro del mismo TAD pueden mostrar una mayor movilidad
cuando se activan 170 ; el aumento de la movilidad brinda oportunidades
adicionales para que estos elementos se reúnan e interactúen. Estos
resultados sugieren un modelo de "colisión" que permite comunicaciones más
dinámicas entre promotores y potenciadores dentro de un dominio
descompactado. Sin embargo, como este modelo se ha mostrado solo para
unas pocas regiones, no está claro en qué medida es cierto. Además, lo que
determina las opciones entre colisión y bucle para potenciadores aguarda una
mayor investigación.
Otros tipos de interacción regulatoria. Además de
interactuando con potenciadores, los promotores, especialmente aquellos en un
estado activo, pueden interactuar entre sí en múltiples escalas genómicas 137 . Los
genes con promotores que interactúan tienden a coexpresarse de una manera
específica de tejido. 171 , 172 .
Además, los promotores activos también pueden funcionar como
potenciadores. Un estudio de la longitud de 2 Mb OCT4 locus en las ESC
humanas reveló 17 promotores anotados que pueden funcionar como
potenciadores al interactuar y activar el OCT4 promotor 173 . Inmouse ESC,
promotores de genes clave de pluripotencia como el gen homeobox Nanog
están conectados por un interactoma específico de pluripotencia que incluye
muchos otros genes relacionados con la pluripotencia y sitios de unión de
reguladores clave de pluripotencia 174 - 176
(Higo. 4d ). Los factores de transcripción clave en las ESC, como NANOG y
OCT4, son importantes para la formación de este interactoma 176 . Las
interacciones se pierden tras la diferenciación y pueden restablecerse
gradualmente durante la reprogramación de células madre pluripotentes
inducidas. 174 , 177 . Otras interacciones ancladas al promotor incluyen aquellas
entre genes inactivos y elementos marcados por características represivas
de cromatina, que pueden actuar como silenciadores de largo alcance. 145 , 175 .
Red de contactos de objetivos Polycomb. Grupo Polycomb
proteínas y las modificaciones de histonas que introducen reprimen
genes clave del desarrollo 178 . La evidencia emergente muestra que los
complejos de Polycomb, incluidos
Rev i ews
El complejo represivo Polycomb 1 y el complejo represivo Polycomb 2
contribuyen a las arquitecturas de cromatina tanto locales como de largo
alcance. Las proteínas del grupo Polycomb ayudan a compactar la cromatina
local tanto in vitro como in vivo 179 , 180 .
De hecho, los análisis de 4C y 5C de las regiones ocupadas por Polycomb
revelan que estos loci tienden a formar dominios de auto-interacción aislados,
que son más pequeños que los TAD. 181 , 182 .
Además, estos loci interactúan entre sí en ambos
D. melanogaster y células de mamíferos 177 , 183 - 186 y puede contribuir a la
corepresión de genes del desarrollo 187 ( Higo. 4d ). En particular, estas
interacciones promotoras asociadas a Polycomb se reducen en 2i eSC de
ratón pluripotentes en estado fundamental pero se establecen cuando las células
tránsito a un estado pluripotente de tipo cebado 185 ( Higo. 4d ). Esta
La observación indica que tales interacciones pueden equilibrar los genes
del desarrollo para la actividad transcripcional en la diferenciación celular.
En las ESC de ratón, cuatro grupos de genes Hox y otros genes que
codifican factores de transcripción del desarrollo temprano parecen estar
en el centro de estos grupos de represión. 188 . En la diferenciación de las
ESC a las células neurales, la red de interacción entre los genes diana de
Polycomb se interrumpe progresivamente, mientras que las interacciones
de novo se establecen entre los factores de transcripción neural. 137 . La
dinámica de interacción de los genes diana de Polycomb parece
correlacionarse con la afinidad de unión del componente represivo de
Polycomb 1 componente RING1B para estos sitios en lugar de con la
presencia de H3K27me3, que es una modificación de histona catalizada
por el complejo represivo de Polycomb 2 ( árbitro. 137 ). Las proteínas Polycomb
son necesarias, pero no suficientes, para el establecimiento de las
interacciones de la red Polycomb. La pérdida de Polycomb da como
resultado el agotamiento de dichas interacciones entre los genes diana de
Polycomb sin alterar la organización general del genoma. 177 , 185 o
interacciones promotor-potenciador dentro de la red Polycomb 188 . En
conjunto, estos datos sugieren que las interacciones mediadas por
Polycomb pueden contribuir a la represión de los genes del desarrollo.
Alteración del genoma 3D en enfermedades humanas
Dado que el plegamiento adecuado de la cromatina es crucial para la regulación de
los genes, existe una creciente atención sobre la relación entre las alteraciones en
la estructura de la cromatina y las enfermedades. Las mutaciones en los genes que
codifican CTCF y cohesina se han relacionado con frecuencia con enfermedades
humanas y anomalías del desarrollo. 189 - 191 . En ratones, el agotamiento cardíaco
específico de CTCF puede provocar insuficiencia cardíaca, debido a la
organización aberrante de la cromatina y la mala regulación de los genes que
causan enfermedades. 191 . La alteración de los dominios locales de la cromatina
también puede causar trastornos del desarrollo. 8 , 192 . En muchos casos, los
elementos de los límites alterados pueden dar lugar a interacciones
promotor-potenciador anormales conocidas como "adopción de potenciadores" o
"secuestro de potenciadores". Uno de los casos mejor estudiados es la
malformación de las extremidades causada por alteraciones en la estructura de la
cromatina en el
EPHA4 lugar 193 . En los seres humanos, los síndromes de las extremidades,
incluidos la braquidactilia, el síndrome F y la polisindactilia, son causados por
deleciones, inversiones o duplicaciones cerca de los límites de un TAD. EPHA4
( árbitro. 193 ) ( Higo. 5a ).
Utilizando la edición del genoma CRISPR-Cas9, los investigadores generaron
modelos de ratón con reordenamientos cromosómicos correspondientes a los
observados en humanos con estas extremidades.
Rev i ews

a se encontró que se extendía sobre el límite de la Sox9 TAD, que da como

TAD1
TAD3 resultado la formación de nuevos dominios de cromatina (neo-TAD), la
TAD2
activación ectópica de un gen cercano ( Kcnj2) y malformación de las
extremidades 196 . Además, las anomalías cromosómicas equilibradas pueden
alterar los TAD. Por ejemplo, los puntos de corte de anomalías cromosómicas
Normal
WNT6 IHH Potenciadores EPHA4 PAX3 equilibradas en ocho individuos dieron como resultado la represión de MEF2C, cuya
Perímetro desregulación está estrechamente relacionada con el síndrome de
aislamiento
microdeleción 5q14.3. Estos puntos de interrupción podrían interrumpir un solo
Supresión
Braquidactilia TAD que contenga MEF2C 197 .
PAX3
Inversión
Hasta el 11,8% de las deleciones relacionadas con la enfermedad registradas en la
Síndrome F
base de datos de variación genómica y fenotipo en humanos que utilizan recursos
WNT6
de conjunto ( DESCIFRAR ) podría implicar la adopción de potenciadores 198 . Los

datos de conformación cromosómica en crecimiento proporcionan un recurso

Duplicación
excelente que se puede utilizar para revisar las causas de muchas enfermedades. 8 .
Polidactilia
IHH
Además de los trastornos del desarrollo, las variaciones en la estructura de la
Interacción normal
Interacción ectópica cromatina también pueden conducir a la tumorigénesis. 192 , 199 ; Estas variaciones a
B Inversión genómica menudo se deben a la adopción de potenciadores o al secuestro de potenciadores

por parte de oncogenes. 200 - 202 . Las mutaciones genómicas se encuentran con
TAD2 TAD1 frecuencia en los sitios de unión de CTCF y los sitios de unión de cohesina 203 , 204 y,

lo que es más importante, la perturbación de ciertos sitios de límite de dominio en

células no malignas fue suficiente para regular al alza los protooncogenes. 204 . Por
Normal
IGF2 cognado IGF2 Superenhancers ejemplo, un estudio de 7416 genomas de cáncer en 26 tipos de tumores encontró
potenciadores
que las deleciones de un límite TAD específico están asociadas con la

Duplicación desregulación de IRS4 en sarcoma y cánceres escamosos 205 .

Cáncer colonrectal
IGF2

De novo También en este estudio se observó que las duplicaciones genómicas

TAD2 TAD TAD1
provocaron la formación de un nuevo dominio de cromatina y la
sobreexpresión de IGF2 en cáncer colorrectal

Fig. 5 | Desregulación del genoma 3D en enfermedades humanas. a | Tres tipos de malformaciones de las extremidades (Higo. 5b ). Otro estudio mostró que un solo reordenamiento en el
causadas por alteraciones en la estructura de la cromatina en el EPHA4 lugar. Normalmente, las interacciones de los potenciador del gen del factor de transcripción
potenciadores en el dominio de asociación topológica (TAD) marcado como 'TAD1' están restringidas a EPHA4 dentro de TAD1 GATA2 puede activar ectópicamente EVI1 ( también conocido como
(flecha negra); los otros tres genes vecinos están reprimidos. Una vez eliminado el límite TAD1-TAD3, los potenciadores MECOM o PRDM3) y simultáneamente conferir GATA2
interactúan de forma aberrante con PAX3 ( redarrow), lo que resulta en la activación ectópica de haploinsuficiencia funcional, que contribuyen a la leucemia 200 .

PAX3 y braquidactilia. En otros casos, puede ocurrir una inversión genómica que mueva estos potenciadores fuera de
Los dominios de la cromatina también pueden verse afectados a través
TAD1 y los reposicione cerca WNT6. Este reposicionamiento da como resultado la activación ectópica de WNT6 pero evita
de mecanismos epigenéticos que no alteran los
la expresión de EPHA4, causando el síndrome F. Por último, después de la duplicación agenómica, los potenciadores se
Motivos CTCF. Por ejemplo, mutaciones de ganancia de función Las proteínas
colocan junto al gen de hedgehog indio duplicado ( IHH), resultando en la formación de una interacción anectópica con la
expresión aberrante de IHH y polidactilia. b | Cmo la duplicacin a nmica causa la formacin de un nuevo TAD y, por lo en IDH1 y IDH2 iniciar varias clases de glioma 206 .
tanto, la sobreexpresin de IGF2 en cáncer colorrectal. Los superenhancers dentro de TAD1 normalmente están aislados isocitrato deshidrogenasa mutante interrumpen la

de IGF2 en TAD2. los
La duplicación da como resultado la formación de adenovoTAD (triángulo verde), que contiene
el superenhancer y duplicado IGF2 gen, lo que lleva a la interacción entre el superenhancer y IGF2 ( redarrow)
la pérdida de aislamiento entre los TAD y la regulación positiva aberrante
y la activación ectópica de IGF2.
condiciones. En ratones, los análisis de 4C revelaron que en presencia de estos
reordenamientos, un grupo de potenciadores específicos de las extremidades
que normalmente se asocian con
Epha4 estaban espacialmente fuera de lugar y aberrantemente activados
genes vecinos, incluyendo Pax3, Wnt6 y Ihh 193 .
Interrupción de los límites de TAD que conduce a interacciones ectópicas
entre tres potenciadores y el promotor de LMNB1 ( que codifica lamin B1)
también se identificó como un camino hacia la leucodistrofia desmielinizante
autosómica dominante de inicio en el adulto 194 . En otro caso, la duplicación de
una región aguas arriba del gen que codifica el factor de transcripción SOX9
en humanos (denominada 'región RevSex') provoca la reversión del sexo de
función adecuada de diez a once proteínas de translocación metilcitosina
dioxigenasa (TET) y, por lo tanto, causa hipermetilación en los sitios de
unión a CTCF. La reducción resultante en la unión de CTCF se asocia con
de un oncogén de glioma prominente, que codifica el receptor A del factor
de crecimiento derivado de plaquetas. 206 .
Perspectivas futuras
Se sabe desde hace mucho tiempo que el genoma eucariota está
empaquetado jerárquicamente dentro del núcleo. Durante las últimas
décadas, los principios clave del plegado de la cromatina y sus funciones se
han desvelado progresivamente. No obstante, como en muchos campos en
rápido desarrollo, estos estudios han planteado más preguntas de las que
han respondido.
Primero, para revelar la estructura de la cromatina a escala fina, los análisis

mujer a hombre. 195 . Una variante estructural más grande con duplicaciones que actuales de Hi-C requieren una secuenciación extremadamente profunda. Esta

incluyen la región RevSex profundidad de datos es prácticamente un desafío cuando se trabaja con un

número limitado de células y / o un laboratorio limitado.

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 Rev i ews

presupuesto. En muchas circunstancias, las interacciones de
bucle entre potenciadores y promotores son difíciles de detectar.
Para agravar el problema de los datos de baja resolución está el
hecho de que la mayoría de las interacciones de cromatina
detectadas pueden provenir de interacciones constitutivas de
cromatina, lo que hace que las relacionadas con la regulación de
genes espacio-temporales sean raras en estos conjuntos de
datos. Por lo tanto, cómo se puede probar la arquitectura de
cromatina con mayor detalle a alta resolución espacio-temporal es
un desafío importante en el campo. Otros métodos para todo el
genoma, como la captura de Hi-C, ChIA-PET, HiChIP y PLAC-seq,
pueden alcanzar una alta resolución con profundidades de
secuenciación razonables aunque, en la actualidad, estos ensayos
suelen requerir grandes cantidades de células.
En segundo lugar, a pesar de los grandes éxitos de las tecnologías C,
las observaciones realizadas con ellas deben complementarse con los
resultados de los ensayos ortogonales. Estos enfoques independientes son
cruciales no solo para validar los resultados obtenidos por las tecnologías C,
sino también para observar directamente la organización de la cromatina
dentro del núcleo. Recientemente, se lograron avances alentadores en el
desarrollo de tecnologías FISH 23 . El análisis de ADN FISH utilizando sondas
derivadas de oligobibliotecas sintetizadas en matriz (Oligopaint FISH) permite
obtener imágenes de regiones de hasta megabases de tamaño 207 . A menudo
combinado con microscopía de súper resolución, FISH ha validado
estructuras de cromatina, como TAD y compartimentos, que se detectaron
inicialmente en Hi-Cmaps 48 , 94 , 95 . Un reciente
Un estudio que utilizó ARN FISH que interrogó a los intrones de las
transcripciones nacientes mostró que los genes activos tienden a
localizarse en la superficie de los territorios cromosómicos y que su
organización nuclear es muy variable entre las células individuales. 39 . Con el
avance de la tecnología CRISPR-Cas, ahora se pueden lograr imágenes
sólidas de elementos repetitivos y regiones genómicas no repetitivas en
células vivas. 208 , con múltiples loci cromosómicos que se controlan
simultáneamente 209 . Sin embargo, independiente
Se necesitan ensayos con una resolución aún mayor y una mayor cobertura del
genoma para diseccionar mejor la arquitectura de la cromatina.
En tercer lugar, aunque se ha logrado un progreso notable en la
comprensión de los mecanismos que subrayan cómo se forman las
arquitecturas de cromatina, sus funciones están lejos de ser claras. Aunque
CTCF y los dominios de bucle y TAD dependientes de cohesina tienen
papeles cruciales en la expresión de genes individuales inducibles, el
agotamiento de cohesina o CTCF no parece tener un impacto importante
inmediato en la transcripción en estado estacionario 80 , 84 , 85 . Finalmente, en
ciertas etapas del desarrollo (como en los embriones tempranos y en los
espermatocitos de paquiteno), la transcripción ocurre en ausencia de TADs
fuertes y bucles de cromatina mediados por CTCF. 103 , 105 , 106 , 126 . Sería
interesante descifrar cómo se regula la transcripción en estas etapas de
desarrollo únicas. Desentrañar estos misterios puede depender de la
continua invención de nuevas tecnologías. Creemos que este es solo el
comienzo de una era emocionante para comprender la naturaleza de los
procesos biológicos en tres dimensiones.

Publicado en línea xx xx xxxx

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grupos de interacción mediada por policombustión y mostró que
tales interacciones pueden contribuir a la correpresión de los genes
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Agradecimientos
Los autores agradecen a B. Ren y J. Xu por la lectura cuidadosa del manuscrito.
Los autores agradecen a Z. Du, Y. Wang, Y. Zhang y otros miembros del
laboratorio Xie por sus valiosos comentarios. Esta revisión incluyó solo estudios
seleccionados como una ilustración del progreso reciente de nuestra
comprensión del genoma 3D en desarrollo; los autores se disculpan con los
investigadores cuyos estudios no pudieron citarse debido a limitaciones de
espacio. El trabajo fue apoyado por el Programa Nacional de Investigación y
Desarrollo Clave de China (2016YFC0900300 a WX), el Programa Nacional de
Investigación Básica de China (2015CB856201 a WX), la Fundación Nacional de
Ciencias Naturales de China (31725018 y 31830047 a WX), la Ciencia Municipal
de Beijing & Technology Commission (Z181100001318006 a WX), el Centro
THU – PKU para Ciencias de la Vida y el Centro de Innovación Avanzada de
Beijing para Biología Estructural (WX). HZ cuenta con el apoyo de una beca
postdoctoral del Centro de Ciencias de la Vida THU – PKU. WX recibió el premio
HHMI International Research Scholar.
Contribuciones de autor
Ambos autores contribuyeron igualmente a la investigación de datos para el
artículo, la discusión del contenido, la redacción del manuscrito y su edición antes
de su envío.
Conflicto de intereses
Nota del editor
Springer Nature permanece neutral con respecto a los reclamos jurisdiccionales en
mapas publicados y afiliaciones institucionales.
Información del revisor
Nature Reviews Biología celular molecular agradece a P. Fraser ya los otros
revisores anónimos por su contribución a la revisión por pares de este trabajo.
Enlaces relacionados
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www.nature.com/nrm