Facultad de Ciencias Naturales

Biotecnología y Laboratorio

PARCIAL UNIDAD 1. Tecnología del ADN recombinante.

Diseño in silico de un experimento para la clonación o expresión de la enzima Retrotranscriptasa en un

sistema biológico adecuado.

INDICACIONES:
El parcial está dividido en 2 partes:
Parte I: equivale al 80% de la nota final del parcial.
1. El parcial se debe desarrollar y entregar de forma individual. Cualquier indicio de plagio o copia se
califica con cero (0) y se reporta el caso a la dirección correspondiente para abrir el proceso
disciplinario correspondiente.
2. El documento no debe contener más de 5 páginas incluyendo imágenes pero no bibliografía. Tamaño
de letra 12, márgenes minimo 2 cm en todos los lados. Deben guardar el archivo con sus apellidos y
numero de version del parcial (Version 1-CaicedoBurbano).
3. La entrega se debe hacer en Word el lunes 8 de marzo (link en moodle: Unidad 1. Parcial 1ADNr-10-
1p.m ó Parcial 1ADNr- 2-5p.m), hasta las 9 a.m para ambos grupos, mañana y tarde.
4. Use el software Snapgene para el Desarrollo del parcial.
5. Deben evidenciar el desarrollo del ejercicio con imágenes relevantes del paso a paso, arrojadas por el
programa.

Parte II: equivale al 20% de la nota final del parcial.

1. El lunes 8 de marzo a las 9 a.m tendrán en moodle la parte II del parcial (link en moodle: Unidad 1.
Parcial 1-PARTE II ADNr-10-1p.m ó Parcial 1-PARTE II ADNr- 2-5p.m). En este link encontrarán la
consigna con las indicaciones. Tendrán hasta el 9 de marzo hasta las 10 p.m para cargar la segunda
parte en moodle. El tiempo de la clase lo emplearán para desarrollar esta parte del parcial, estaré
disponible durante el horario de clase para resolver dudas de redacción o indicacione más no de
procedimiento.
6.

Introducción: En la actualidad, las enzimas o proteínas recombinantes se emplean ampliamente en diferentes

áreas de la biotecnología, industrial, farmacéutica, médica, ambiental, agricola, entre otras. En Colombia, el
número de industrias que producen este tipo de enzimas es muy reducido a pesar de que contamos con las
capacidades científicas y tecnológicas. Potenciar este tipo de tecnologías en nuestro país, apoyaría el desarrollo
tecno-científico, de capacidades profesionales e impulsaría el desarrollo económico.
Ustedes como profesionales en Biología, Química, Química Farmacéutica o Ingeniería Bioquímica son los
encargados de fortalecer este tipo de industrias a partir de su formación específica y la vez interdisciplinaria. En
esta oportunidad usted es el encargado de diseñar el experimento para lograr la optimización de las actividades
in vitro a partir de la predicción in silico de la contrucción del vector que será empleado para expresar la enzima
lactasa mediante el uso de la tecnología del ADNr, así como también deberá realizar la predicción de los
resultados esperados del ejercicio de clonación molecular en un huesped en particular. La enzima lactasa es
empleada en la fabricación de leche deslactosada y evita la cristalización de leche concentrada.

Aspectos a desarrollar:

Calle 18 No. 122-135

PBX: (57-2) 5552334
Cali-Colombia
www.icesi.edu.co
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Biotecnología y Laboratorio

1. Describa un contexto específico de la proteína o enzima asignada. Usos y/o aplicaciones en la industria del
área de biotecnología específica. No olvidar las referencias (0,5 puntos).
2. Identifique el gen específico que expresa la enzima asignada, para planear y realizar el proceso de clonación
molecular (expresión), en la actualidad encuentran muchas enzimas comerciales que pueden tener como
referencia. Debe adicionar toda la información que considere pertinente (obligatorio el ID) con relación al gen.
El objetivo es producir la enzima recombinante para ser empleada a futuro en una formulación farmacéutica
(0.2).
- (0.15) Mostrar el mapa lineal del gen. Identificar las posibles estructuras del gen de interés.
- (0.15) Cuantas enzimas pueden cortar el fragmento de interés, cuantas tienen un sitio unico de corte.
- (0.1) Seleccione 2 de las enzimas para identificar la región de reconocimiento, el tipo de corte que genera y el
tipo de extremo saliente o protuberante.
3. Según el interés de clonar o expresar, seleccione un huesped adecuado para que la clonación tenga mayor
probabilidad de tener éxito, justifique la razón por la que selecciona ese huesped, en este punto es clave tener en
cuenta la función y características de la enzima asignada (0.2). Ahora, seleccione un vector, bien sea en Addgen
o de una casa comercial, lo importante es contar con la secuencia FASTA. SnapGene también ofrece una amplia
gama de plásmidos para uso en ADNr (0.5) Describir las estructuras del vector de clonación que le permitirá
lograr con éxito la amplificación o expresión del inserto.
4. Seleccione las enzimas de restricción que emplearán para digerir tanto el inserto como el vector para permitir
la ligación.
- Seleccione la (s) enzima (s) que le permita direccionar la expresión del gen (0,2).
- Indicar las enzimas en el mapa de restricción tanto del gen como del vector (0,2).
- Construya el nuevo mapa de restricción con el constructo planeado (inserto+vector) (0,2).
- Del nuevo mapa generado, elimine una de las estructuras que usted considere no es relevante para el
experimento. Justifique la selección (0,2).
- Con apoyo del software, verifique que la proteína expresada coincide con la secuencia del gen
insertada. Porque podría obtener una proteína con uno o más aminoácidos o menos aminoácidos
(0,2).
5. Asuma que llevará a cabo el experimento en el laboratorio, mencione en general sin cantidad de reactivos:
- El paso a paso que llevará a cabo (protocolo experimental) para obtener una placa de petri con bacterias
trasformadas (0,34).
- Un ensayo que le permita verificar la inserción del ADN de interés en el vector mediante PCR, y por lo
tanto en las bacterias transformadas.
 Señale los primers sobre la secuencia de ADN (0.17).
 Genere el gel de agarosa que permita visualizar los resultados esperados del experimento (0.34).
Recuerden describir los resultados adecuadamente en el gel generado.
- Teniendo en cuenta las características del vector generado, diseñe en general un experimento que le
permita seleccionar las células transformadas con un vector recombinante (diferente a la PCR anterior)
Una vez identificadas las bacterias de interés, ¿cual es el siguiente paso? (0.34).
- Un ensayo que le permita aislar la enzima de interés para realizar los análisis posteriores de purificación
y función (0.5).
6. Ahora necesita verificar la expresión de la proteína de interés. Mencione en general,
- Cómo purificaría la proteína expresada (0.15)
- Cómo verificaría que la proteína expresada es la de su interés para usarla en la industria (0.2).
- Teniendo en cuenta las características de la proteína y del huesped seleccionado, usted espera que la
proteína expresada sea funcional? O requerie de modificaciones postraduccionales que conlleven a
procesos extras en el laboratorio? Justifique su respuesta (0,15).

¡Recuerden la capacidad de síntesis y coherencia en la redacción !

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