FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES

LABORATORIO DE BIOQUÍMICA

Alumno: ______________________________________ Código: ___________________

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PRACTICA 1: ÁCIDOS NUCLEICOS: USO DE BASES DE DATOS EN LA SOLUCIÓN

DE CASOS DE ESTUDIO

OBJETIVOS DE APRENDIZAJE:

1. Explorar una de las principales bases de datos públicas que contiene secuencias de
ácidos nucleicos

2. Conocer la nomenclatura y estructura de la base de datos para extraer la información

de interés

3. Reconocer la utilidad e importancia que tienen las bases de datos para resolver
problemas prácticos

1. FUNDAMENTO TEÓRICO

Los ácidos nucleicos tienen como principales funciones la transmisión y expresión de la

información genética. A través de estas funciones determinan no solo la estructura,
también, regulan todos los procesos fisiológicos y metabólicos de los seres vivos. Existen
dos tipos de ácidos nucleicos, denominados ácido desoxirribonucleico (ADN) y ácido
ribonucleico (ARN), los cuales son polímeros de nucleótidos, que a su vez se conforman de
tres moléculas diferentes (azúcar pentosa, base nitrogenada y fosfato).
En las células eucarióticas el ADN se encuentra en el núcleo asociado a proteínas
denominadas histonas formando la cromatina (figura 1). También, puede encontrarse en
organelas como las mitocondrias y los cloroplastos. En procariotas (Ej: bacterias) el ADN
se localiza en el citoplasma ya que estas carecen de membrana nuclear.
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Figura No 1. Niveles de organización del ADN en células eucariotas. Tomado de La

química del genoma en Locos por la biología. Julio 20, 2011. Disponible en la web:
http://locosporlabiologia.wordpress.com/2011/07/20/la-quimica-del-genoma/

El ARN es un tipo de ácido nucleico de menor tamaño que el ADN. Existen varios tipos de
ARN: mensajero (ARNm), ribosomal (ARNr) y de transferencia (ARNt) con diferentes
funciones, todas asociadas con la expresión de la información contenida en el ADN. El ARN
es sintetizado en el núcleo en el proceso de transcripción, y en la mayoría de los casos,
debe ser transportado al citoplasma para que pueda ejercer sus funciones.
El estudio de la estructura y función de los ácidos nucleicos ha permitido entender muchos
procesos biológicos, y de esta forma poder diseñar estrategias para el diagnóstico y
tratamiento de enfermedades genéticas e infecciosas, resistencia a antibióticos, diseño de
vacunas, producción de fármacos, mejoramiento de la calidad nutricional de especies
vegetales y animales, resistencia vegetal a plagas, control de enfermedades parasitarias,
terapia y regulación génica.

Las tecnologías de secuenciación de última generación han acelerado de forma

exponencial el crecimiento de las bases de datos, al reducir el tiempo en la que se pueden
obtener, por ejemplo, la secuenciación de genomas bacterianos completos, en cuestión de
días o incluso horas. Esto hace que la proporción en la que se genera información que
alimenta las bases de datos sea cada vez mayor, y por lo tanto, se requiere de un repositorio
que brinde la posibilidad de acceder a ella de forma clara y organizada, en el que se tenga
un consenso para que las personas puedan publicar sus secuencias y acceder a otras,
permitiendo así la evaluación pública y el aporte al conocimiento. Uno de los repositorios
más usados actualmente es el National Center for Biotechnology Information (NCBI, por
sus siglas en inglés), cuyo propósito es brindar información actualizada acerca de los
avances en ciencia y salud, a partir de la información biomédica y genómica publicada.

El objetivo de esta práctica es explorar el repositorio NCBI, conociendo todo lo que puede
ofrecer esta base de datos, identificando algunas de las anotaciones y códigos que son
importantes para explorar las secuencias reportadas. Para hacer esta exploración, un caso
de estudio que requiere trabajar con información contenida en esta base de datos será la
manera más sencilla de mostrar la utilidad que tienen.

2. PROCEDIMIENTO

Para iniciar la exploración ingrese a la página: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ En ella

encontrará un menú desplegable, como se muestra en la Figura 2.
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Figura 2. Página inicial del NCBI. En la parte superior (A), encerrada en un círculo naranja
se presenta un menú desplegable, que muestra todas las bases de datos que maneja este
repositorio. En B, tal como indica la flecha naranja, al pinchar el menú, se obtiene un listado
de las diferentes bases de datos.

Construya una tabla en la que describa brevemente cuál es el propósito de cada una de las
bases de datos que aparecen en el menú (nombre de la base de datos y descripción).

2.1. Navegación en el repositorio.

Después de la exploración inicial, analice en detalle cuál es la información que se encuentra
disponible para un gen. Para ello, utilice y analice el siguiente link:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html

De acuerdo con la información proporcionada en el link, responda las siguientes preguntas:

a. En locus, ¿qué quiere decir PLN?

En la tabla 1, se presentan tres posibles significados de la abreviatura GSS, identifique la

correcta.

Tabla 1. GenBank Division.

Sigla y significado Respuesta correcta

GSS – genome, single, sequences

GSS - genome survey sequences

GSS – Gene, locus, non-random homology
sequence
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b. ¿A qué se refiere y qué información tiene el ACCESION?

c. ¿Qué información tiene VERSION?
d. ¿Quién publicó esta información? ¿Está publicada en alguna revista científica? ¿En
cuál?
e. ¿Qué quiere decir CDS?
f. En el ejemplo presentado en el link, ¿Encuentran la secuencia de aminoácidos y
nucleótidos? Indique el código de acceso y justifique su elección.

2.2. Caso de estudio.

Una vez terminada esta exploración inicial, usted debe resolver el caso que le ha sido
asignado (consulte con su profesor).

3. BIBLIOGRAFIA

1- Bioquímica de Stryer 7ª edición.

2- Principios de Bioquímica de Lehninger 7ª edición.