SATCAFE y control biológico como

alternativa de manejo de
enfermedades del café
Luis C. Mejía

INDICASAT AIP
Las Comunidades de microorganismos
(microbiomas) de plantas son altamente diversas

Los hongos endófitos son particularmente diversos

Patógenos de plantas
 Todo organismo en la naturaleza tiene
un enemigo

Control Biológico:
Uso de un organismo para suprimir la actividades y
poblaciones de otro organismo
 Hongos endófitos limitan daño causado por
patógeno, en campo
70 70

% fruits with M. roreri spores

% fruits with M. roreri spores

A C. rosea B
60
60 control
50
50 b 40
ab
40
ab 30
a
20
30
10
20 0
es a a AL BB RC RL
o rioid o n trol r ose othide
c .
e osp C
B.
d Farm
glo
C.
Treatment
A) Media (ES) % frutas de T. cacao en las que patógeno M. roreri esporuló después de 6-9 aplicaciuones en
4 fincas de Bocas del Toro, Panama. B) Media (ES) %frutas de T. cacao con esporas de M. roreri para el
mismo período
Mejía et al. 2008. Biological Control
Microbioma del café y control biológico de la roya
 Colaboradores
Proyecto: Desarrollando tecnología
de biocontrol para los agricultores
combatir una enfermedad del café
de importancia global Harry Evans,
CoPI, CABI
Robert Barreto.
UFV

• El propósito principal del proyecto es estudiar

comunidades de microbios (microbioma del
café para aislar y probar agentes promisorios
de control biológico del Hemileia vastatrix,
hongo causante de la roya del café,
enfermedad más importante de este cultivo a
nivel local e internacional.
 Microbioma del cafeto: Sitios de muestreo en
Panama

Piedra Candela
Boquete

Comarca Gnobe Bugle

Dos variedades por sitio

Cómo cambian las comunidades de hongos del cafeto en Cinco individuos por variedad
función del tiempo, localidad, fenología y variedad de Hojas, Frutas, Tallo, Raiz, Suelo
café y variables climáticas?
 Métodos
Cultivo de hongos Pruebas de actividad

Pruebas in planta
de actividad
contra roya

Integración de
clima con
Colecta de dinámica de
Limpieza comunidades de
muestras y
superficial de hongos y
cuanttificación
tejidos enfermedades
de daño por
patógenos (Roya del café
y Ojo de Gallo) Caracterización
Extracción de ADN y
taxonómica de
amplificación de ITS
comunidades de hongos
basada en ADN
 SATCAFE

Variables Ecológicas

Indicadores de Microorganismos Benéficos?

 Incidencia de Roya del Café
Finca Flores, Comarca Ngäbe-Buglé
Typica Catuai

Geisha
 Ojo de Gallo
100
90 Finca Flores
80 Comarca Ngäbe-Buglé
70
60
INCIDENCIA (%)

50
40
30
20
10
0
Mayo Junio Julio Agosto Septiembre Octubre Noviembre Diciembre

Catimore Tardío Pache Geisha Typica Catuaí

Año 2016
Evaluación de antagonismo contra
Mycena citricolor
 Primer muestreo masivo de
microorganismos del café en Panamá
Bacterias en suelos de cafetales
> 30 phyla recuperados

Collaboration with Kristin Saltonstall, STRI

 Composición taxonómica de bacterias en suelo asociado a 45 árboles
de café en Panamá
100% k__Bacteria;p__[Caldithrix]
k__Bacteria;p__WS3
k__Bacteria;p__Verrucomicrobia
90% k__Bacteria;p__Thermi
k__Bacteria;p__TM7
k__Bacteria;p__TM6
k__Bacteria;p__Spirochaetes
80%
k__Bacteria;p__Proteobacteria
k__Bacteria;p__Planctomycetes
k__Bacteria;p__PAUC34f
70% k__Bacteria;p__OP3
k__Bacteria;p__Nitrospirae
k__Bacteria;p__NKB19
60% k__Bacteria;p__Lentisphaerae
k__Bacteria;p__Gemmatimonadetes
k__Bacteria;p__GOUTA4
50% k__Bacteria;p__GN04
k__Bacteria;p__GAL15
k__Bacteria;p__Fusobacteria
40% k__Bacteria;p__Firmicutes
k__Bacteria;p__Fibrobacteres
k__Bacteria;p__FCPU426
k__Bacteria;p__Elusimicrobia
30%
k__Bacteria;p__Cyanobacteria
k__Bacteria;p__Chloroflexi
k__Bacteria;p__Chlorobi
20% k__Bacteria;p__Chlamydiae
k__Bacteria;p__Bacteroidetes
k__Bacteria;p__Armatimonadetes
10% k__Bacteria;p__Actinobacteria
k__Bacteria;p__Acidobacteria
k__Bacteria;p__AD3
0% k__Bacteria;Other
k__Archaea;p__Crenarchaeota
k__Archaea;Other
Unclassified;Other

Collaborative work with Kristin Saltonstall (STRI)

 Resultados preliminares: Las
comunidades de bacterias parecen
diferir por sitio
0.2

0.15
PCoA2 19.15% variation explained

0.1

0.05
Boquete
Eleta
0
Comarca
-0.15 -0.1 -0.05 0 0.05 0.1 0.15

-0.05

-0.1

-0.15
PCoA1 26.15% variation explained
Composición taxonómica de comunidades de hongos en hojas de café
Other
Botryosphaeriales
Capnodiales
Myriangiales
Pleosporales
Dothideomycetes; unidentified
Chaetothyriales
Eurotiomycetes; unidentified
Chaetosphaeriales
Diaporthales
Incertae sedis
Sordariales
Xylariales
Sordariomycetes; unidentified
Unidentified
Agaricales
Sporidiobolales
Pucciniales
Tremellales
Unidentified
Unidentified

43 microbiome samples
Piedra Candela Boquete Comarca 51652 reads
Ngäbe-Buglé 3893 fungal OTUs
 Resultados preliminares: Las comunidades de hongos parecen diferir por sitio

Mes 4,
 Resumen
Todos los organismos tienen enemigos naturales

Podemos utilizar microorganismos que son enemigos de plagas y

patógenos de plantas para hacerlas más resistentes y productivas

El control biológico ofrece una alternativa efectiva de manejo de

enfermedades de cultivos agrícolas que es amigable con el
ambiente, las salud de las personas y por lo tanto con gran
potencial de impacto social

Las herramientas de sistema de alerta temprana tienen un

potencial uso para monitoreo de microorganismos benéficos a
través del tiempo, un componente importante para manejo
agroecológico de cultivo de café

FAO
Agradecimientos

INDICASAT AIP

Productores y técnicos de café por acceso a cafetales

-Sr. Roberto Brenes
-Sr. Price Peterson
-Hacienda Café de Eleta
-Hacienda Esmeralda
-Sr. Kelly Hartman
-Sr. Miguel Cervantes

IDIAP: Ing. José Lezcano

MIDA: Despacho Superior, Ing. Harry Pérez, Personal Técnico.
Embajada Británica en Panamá
FAO por la invitación a este evento