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PROCEDIMIENTO TRÁMITE DE Fecha: Mayo 30 de 2020

INCAPACIDADES Y CONCILIACIÓN
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1. Objetivo
Establecer los lineamientos para el trámite de incapacidades médicas de origen común y laboral, licencias
de maternidad o paternidad, provenientes de las entidades promotoras de salud (EPS), Administradora de
Riesgos Laborales (ARL) y el trámite ante a las Administradoras de Fondo de Pensiones (AFP).

2. Alcance
Aplica para incapacidades médicas de origen común y laboral, licencias de maternidad o paternidad, de los
servidores públicos del Ministerio del Trabajo.

3. Definiciones
Incapacidad temporal. Se entiende por incapacidad temporal, aquella que según el cuadro agudo de la
enfermedad o lesión que presente el afiliado al Sistema General de Riesgos Laborales, le impida desem-
peñar su capacidad laboral por un tiempo determinado. Artículo 2 Ley 776 de 2002 y Ley 1562 de 2012.

Incapacidad Permanente Parcial. Se considera como incapacitado permanente parcial, al afiliado que,
como consecuencia de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, presenta una disminución
definitiva, igual o superior al cinco por ciento 5%, pero inferior al cincuenta por ciento 50% de su capacidad
laboral, para lo cual ha sido contratado o capacitado. (Artículo 5 Ley 776 de 2002).

Estado de Invalidez. Para los efectos del Sistema General de Riesgos Laborales, se considera inválida la
persona que, por causa de origen profesional, no provocada intencionalmente, hubiese perdido el cincuen-
ta por ciento (50%) o más de su capacidad laboral de acuerdo con el Manual Único de Calificación de Inva-
lidez vigente a la fecha de la calificación. (Artículo 9 Ley 776 de 2002).

Por enfermedad general: Consecuencia de una enfermedad o accidente de origen común que no guarda
relación con el desarrollo del trabajo o el medio en el cual el (la), trabajador (a), ejerce sus funciones.

Enfermedad laboral: Es enfermedad laboral la contraída como resultado de la exposición a factores de

riesgo inherentes a la actividad laboral o del medio en el que el trabajador se ha visto obligado a trabajar.
El Gobierno Nacional, determinará, en forma periódica, las enfermedades que se consideran como labora-
les y en los casos en que una enfermedad no figure en la tabla de enfermedades laborales, pero se de-
muestre la relación de causalidad con los factores de riesgo ocupacionales será reconocida como enfer-
medad laboral, conforme lo establecido en las normas legales vigentes.

Accidente de trabajo: Es accidente de trabajo todo suceso repentino que sobrevenga por causa o con
ocasión del trabajo, y que produzca en el trabajador una lesión orgánica, una perturbación funcional o psi-
quiátrica, una invalidez o la muerte.
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Es también accidente de trabajo aquel que se produce durante la ejecución de órdenes del empleador, o
contratante durante la ejecución de una labor bajo su autoridad, aún fuera del lugar y horas de trabajo.

Igualmente, se considera accidente de trabajo el que se produzca durante el traslado de los trabajadores o
contratistas desde su residencia a los lugares de trabajo o viceversa, cuando el transporte lo suministre el
empleador.

También se considerará como accidente de trabajo el ocurrido durante el ejercicio de la función sindical,
aunque el trabajador se encuentre en permiso sindical siempre que el accidente se produzca en cumpli-
miento de dicha función.

De igual forma se considera accidente de trabajo el que se produzca por la ejecución de actividades re-
creativas, deportivas o culturales, cuando se actúe por cuenta o en representación del empleador o de la
empresa usuaria cuando se trate de trabajadores de empresas de servicios temporales que se encuentren
en misión.

Prorroga de Incapacidad temporal: El período durante el cual se reconoce la incapacidad temporal será
hasta por ciento ochenta (180) días calendario, que podrán ser prorrogados hasta por períodos que no
superen otros ciento ochenta (180) días calendario continuos adicionales, cuando esta prórroga se deter-
mine como necesaria para el tratamiento del afiliado, o para culminar su rehabilitación.

Cumplido el período previsto anteriormente y no se hubiese logrado la curación o rehabilitación del afiliado,
se debe iniciar el procedimiento para determinar el estado de incapacidad permanente parcial o de invali-
dez. Hasta tanto no se establezca el grado de incapacidad o invalidez la ARL continuará cancelando el
subsidio por incapacidad temporal (Ley 776 de 2002).

Licencia de paternidad: El esposo o compañero permanente tendrá derecho a ocho (8) días hábiles de
licencia remunerada de paternidad. La licencia remunerada de paternidad opera por los hijos nacidos del
cónyuge o de la compañera.

Licencia de maternidad: Toda trabajadora en estado de embarazo tiene derecho a una licencia de dieci-
ocho (18) semanas en la época de parto remunerada con el salario que devengue al momento de iniciar su
licencia (Ley 1822 de 2017).

Aborto: Interrupción del embarazo por causas naturales o provocadas.

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4. Generalidades del procedimiento

Todo servidor público del Ministerio del Trabajo debe abstenerse de asistir a su lugar o puesto de trabajo
por el periodo de tiempo que haya autorizado el respectivo médico tratante, de conformidad con el certifi-
cado de incapacidad médica.
Por otro lado, y según lo establece el artículo 2 del Decreto 1737 de 2009, el cual señala “El jefe inmediato
deberá reportar al jefe de personal, o a quien haga sus veces, la inasistencia a laborar del personal a su
cargo. La ausencia de este reporte será sancionado de conformidad con lo señalado en la Ley 734 de
2002”.
Grupo Interno de Seguridad Social y Salud en el Trabajo de la Subdirección de Gestión del Talento Hu-
mano
Es responsabilidad del jefe(a) inmediato y del funcionario(a) en el Nivel Central y en las Direcciones Territo-
riales remitir a la Subdirección de Gestión de Talento Humano la incapacidad de forma inmediata, una vez
esta haya sido recibida Artículo 2.2.5.5.11 Decreto 1083 de 2015.
En el caso de detectar la omisión del reporte de las incapacidades médicas, por parte de los funcionarios,
Director Territorial o del Jefe Inmediato en los términos establecidos en la Resolución 3809 de 2019,
se procederá a remitir los casos al Grupo de Nómina para el respectivo descuento y a la Oficina de Control
Interno Disciplinario, o quien haga sus veces, en virtud del numeral 2 del Artículo 36 del Decreto 4108 de
2011.
El Decreto 019 de 2012, consagra en su “Artículo 121. Trámite de reconocimiento de incapacidades y li-
cencias de maternidad y paternidad. El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad
general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud
deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS.
En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho
reconocimiento”.
 Ley 100 de 1993.
 Ley 776 de 2002.
 Ley 1562 de 2012.
 Decreto 1333 de 2018.
 Decreto 1083 de 2015 Artículo 2.2.5.5.11 Decreto 1083 de 2015.
 Decreto 3148 de 1968.
 Decreto 1848 de 1969.
 Decreto 806 de 1998.
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 Decreto 4023 de 2011.

 Decreto Ley 019 de 2012.
 Decreto 1352 de 2013.
 Decreto 1281 de 2002.
 Ley 734 de 2002.
 Sentencia T-137 de 2012, Corte Constitucional.
 Resolución 3809 de 2019
 Procedimiento Conciliaciones Pago de Incapacidades
Con el fin de realizar la debida conciliación de los pagos de incapacidades que realiza el Ministerio del
Trabajo a los funcionarios y el reintegro de los pagos que realizan las Entidades Promotoras de Salud –
EPS a este Ministerio, se requiere autorización de módulo de consulta en el Sistema Integrado de Informa-
ción Financiera SIIF Nación a un funcionario(a) del Grupo de Incapacidades con el fin de que realice el
seguimiento con una mayor periodicidad.
La funcionaria(o) del Grupo de Incapacidades realizará mensualmente revisión de los pagos de reintegros
por concepto de incapacidades en las páginas web de las Entidades Promotoras de Salud que tienen habi-
litado el módulo de consulta. En el caso de las Entidades Promotoras de Salud – EPS que no dispongan
de dicho módulo de consulta en sus páginas web, la funcionaria encargada del Grupo de Incapacidades
remitirá mensualmente oficios solicitando los reportes de estos pagos.
Una vez el Grupo de Incapacidades consolide la información mensual del reintegro de pagos correspon-
dientes a las incapacidades autorizadas a los funcionarios del Ministerio del Trabajo realizadas por las
Entidades Promotoras de Salud – EPS, se procederá a la conciliación de dichos pagos con el Grupo de
Tesorería y de Contabilidad. Lo anterior, con el fin de realizar la causación de dichos pagos en los perio-
dos (día, mes y año) en que los funcionarios de este ministerio estuvieron en la situación administrativa
licencia de incapacidad. Reunión con los grupos de tesorería, nómina y contabilidad para definir la conci-
liación de acuerdo con la periodicidad de los reportes de pagos de incapacidad de la Entidades Promoto-
ras de Salud. (Ejemplo cada mes).

5. Descripción de las actividades

Nro. Actividad Responsable Registro /documento

1. El funcionario debe informar inmediatamente al Funcionario(a) del Formato único de

superior jerárquico la novedad y el Jefe(a) debe Ministerio del Trabajo novedades Código:
reportar la novedad al Grupo Interno de Trabajo de Nivel Central y Direc- GTH-PD-03-F-01
Seguridad Social y Salud en el Trabajo el original ciones Territoriales. debidamente radicado
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Nro. Actividad Responsable Registro /documento

del respectivo certificado de incapacidad / licencia y adjuntar el soporte
(Legible), dentro de los tres (3) días siguientes al físico del certificado
Jefe(a) inmediato
inicio de esta. Si el funcionario(a) no cumple con el reportando la nove- original de incapaci-
término de (3) tres días el jefe(a) realizará las ges- dad dad
tiones para el respectivo descuento de nómina.
Notas:
Para el caso de Licencias de Maternidad se debe
adjuntar lo siguiente:
 Copia del nacido vivo de la o él bebé / Regis-
tro civil
 Incapacidad original
Cabe aclarar que si la funcionaria radica la inca-
pacidad debe allegar el soporte de la radicación
para hacer el debido cobro ante la EPS.
Para el caso de las licencias de paternidad se
deberá adjuntar lo siguiente:
 Copia del registro civil.
 Copia de la incapacidad de la madre cuando
sea cotizante.
Para las Direcciones Territoriales corre el mismo
término de reporte de incapacidades.

2. Elaborar y remitir al Grupo de Nómina dentro de En el caso del Nivel Resoluciones

los primeros (10) días la resolución por la cual se Central el Servidor(a) escaneadas
concede la licencia de incapacidad por: público designado del
Grupo Interno de
 Accidente de trabajo, enfermedad laboral.
Seguridad Social y
 Licencia enfermedad común. Salud en el Trabajo.
 Licencias de maternidad o paternidad. En el caso de las
Direcciones Territo-
Nota: Las Direcciones Territoriales tienen la res-
riales será el Servi-
ponsabilidad de elaborar las resoluciones de inca-
dor(a) público desig-
pacidad, licencias de maternidad y paternidad
nado por el direc-
remitiéndolas escaneadas de manera legible por
tor(a) Territorial
correo electrónico al Grupo Interno de Trabajo de
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Seguridad Social y Salud en el Trabajo.

3. Cargar en la carpeta compartida de “Novedades Coordinador(a) de Carpeta compartida

Nómina” las resoluciones con el respectivo soporte Grupo Interno de “Novedades Nómina”
de incapacidad, el cual estará disponible para el Trabajo de Seguridad
Grupo de Nómina. Social y Salud en el
Trabajo

4. Se deben imprimir las resoluciones, adjuntar las Funcionario(a) desig- Memorando con los
certificaciones de incapacidad y enviarlas al Grupo nado del Grupo In- soportes.
de Registro y Control para el archivo en las Histo- terno de Trabajo de
rias laborales de los respectivos funcionarios. Seguridad Social y
Salud en el Trabajo

5. Archivar la información de las novedades, resolu- Grupo de Registro y Historias laborales

ciones, incapacidades entre otros documentos en Control
las Historias laborales de los respectivos funciona-
rios.

6. Realizar la respectiva radicación de incapacidades Grupo Interno de Oficios y página web

frente a los protocolos de cada una de las Entida- Trabajo de Seguridad
des Promotoras de Salud (EPS) y ARL. El Grupo Social y Salud en el
de Gestión Documental realiza la radicación pre- Trabajo / Grupo In- Nota: Las radicacio-
sencial de las incapacidades ante las EPS que terno de Gestión nes virtuales son res-
han establecido dicho procedimiento. El Grupo de Documental ponsabilidad exclusiva
Seguridad Social y Salud en el Trabajo entregará del Nivel Central. Sin
En el caso de las embargo, las Direc-
los últimos viernes de cada mes al Grupo de Ges- Direcciones Territo- ciones Territoriales
tión Documental las incapacidades que requieran riales será el Servi- deben remitir al Nivel
radicación presencial. El Grupo de Gestión Docu- dor(a) público desig- Central copia legible
mental entregará al Grupo de Seguridad Social la nado por el direc- del certificado de in-
planilla dentro de los cinco (5) días hábiles si- tor(a) Territorial capacidad y demás
guientes a la entrega de las incapacidades.
soportes para realizar
la radicación.
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Notas:
Los dos primeros días de incapacidad el pago
corresponde al 100% del Ingreso Base de Cotiza-
ción – IBC y será asumido por el Ministerio del
Trabajo.
A partir del tercer día al 90 el pago de dicha inca-
pacidad será del 67% del Ingreso Base de Cotiza-
ción – IBC y será asumido por la Entidad Promoto-
ra de Salud – EPS.
Del día 91 al 180 el pago de dicha incapacidad
será del 50% del IBC y será asumido por la Enti-
dad Promotora de Salud – EPS.
A partir del día 181 le corresponde al funciona-
rio(a) tramitar el reconocimiento de incapacidades
según sea el caso ante el Fondo de Pensión o
EPS.

7. Realizar la consolidación de la información priorita- Servidor(a) público Base de Datos Anual

ria de incapacidades en la matriz de consolidación asignado del Grupo de Consolidación de
anual. de Incapacidades y Incapacidades
Seguridad Social

8. Realizar un reporte mensual de las incapacidades Servidor(a) público Correo electrónico

del periodo que superen los 90, 120, 150 y 180 asignado del Grupo
días al Grupo de Nomina, y a los responsables del de Incapacidades y
SG SST. Seguridad Social

9. Solicitar el concepto de rehabilitación que debe Servidor(a) público Oficio

emitir la EPS, antes de cumplirse el día ciento asignado del Grupo
veinte (120) de incapacidad temporal y el cual de Incapacidades y
debe ser enviarlo antes de cumplirse el día ciento Seguridad Social
cincuenta (150) al AFP.
Nota: En caso de no haberse expedido el concep-
to de rehabilitación, se notificará a la EPS, ARL,
AFP y al trabajador de la situación.

10. Comunicar el concepto de rehabilitación (favora- Servidor(a) Grupo de Oficio

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ble/ desfavorable) al: Incapacidades y Se-
guridad Social
 Grupo de Nomina
 Grupo de Gestión Pensional.
 Responsable del SG SST

11. Realizar la consolidación de las respectivas liqui-
daciones de las incapacidades radicadas y de los
conceptos de rehabilitación remitidos por la enti-
dad promotora de salud (EPS) y la Administradora
de Riesgos Laborales (ARL)
Grupo Interno de Soportes de liquida-
Trabajo de Seguridad ción / conceptos de
Social y Salud en el rehabilitación
Trabajo

Realizar seguimiento frente al estado de la inca- Grupo Interno de Oficios, correos elec-
pacidad (Pagada, devuelta o en trámite, negada), Trabajo de Seguridad trónicos, llamadas
12. teniendo en cuenta los soportes de liquidaciones Social y Salud en el telefónicas, página
de las incapacidades radicadas. Trabajo web

Comunicar a los funcionarios cuya incapacidad Grupo Interno de Memorando

supere los 180 días, de la suspensión del pago de Trabajo de Seguridad
13. la incapacidad por nómina, la cual deberá ser ges- Social y Salud en el
tionada por el mismo funcionario ante el fondo de Trabajo
pensiones.

Ingresar las novedades de incapacidades reporta- Grupo de nomina Software nómina

das por el Grupo Interno de Trabajo de Seguridad
14. Social y Salud en el Trabajo.

Revisar los pagos realizados por las EPS y ARL Grupo de Tesorería / SIIF Nación / Banco
de las incapacidades radicadas por el Ministerio Grupo Interno de de la República / Pá-
15. del Trabajo. Trabajo de Seguridad ginas web de las EPS
Social y Salud en el y correos electrónicos
Trabajo de la ARL

16. Remitir correo electrónico con los valores pagados Grupo de Tesorería SIIF Nación / Banco
por las EPS y la ARL a nombre del Ministerio del de la República
Trabajo

17. Remitir correo electrónico con los valores pagados Grupo Interno de Páginas web de las
por las EPS y la ARL a nombre del Ministerio del Trabajo de Seguridad EPS y correos elec-
Trabajo, informando año, mes, valor, EPS, y C.C.
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de los funcionarios. Social y Salud en el trónicos de la ARL
Trabajo

18. Afectación de la cuenta terceros de los pagos de Grupo de Tesorería SIIF Nación
incapacidades por funcionarios(as) realizadas por
las EPS y la ARL en el año, mes, valor, EPS, y
C.C. de los funcionarios(as) que se les autorizó
incapacidad.

19. Reintegro de los pagos de incapacidades en el

Plan Anualizado de Caja – PAC en la actual vi-
gencia fiscal o en ingresos a nombre del Tesoro Grupo de Tesorería SIIF Nación
Nacional – Ministerio de Hacienda y Crédito Públi-
co si corresponde a vigencias fiscales anteriores.

Conciliación de los pagos de incapacidades reali- Grupo de Seguridad SIIF Nación / Banco
zados por las EPS y la ARL con el periodo en que Social y Salud en el de la República / Pá-
20. los funcionarios(as) se les autorizó la incapacidad Trabajo / Grupo de ginas web de las EPS
y los valores liquidados por nómina. Tesorería / Grupo de y correos electrónicos
Contabilidad / Grupo de la ARL / Software
de Nómina nómina

21. Fin de las actividades.

6. Requerimientos técnicos
Incapacidades
 Módulo de consulta en el software SIIF Nación a un(a) funcionaria(o) del Grupo de Seguridad Social y
Salud en el Trabajo. Autorizado por el Grupo de Presupuesto del Ministerio del Trabajo.
 Punto donde se verifique si son prórrogas y tener en cuenta la trazabilidad con la incapacidad anterior.
 Revisar los pagos realizados por las EPS y ARL de las incapacidades radicadas por el Ministerio del
Trabajo.

7. Anexos.
Formato único de Novedades de Personal Código: GTH-PD-03-F-01