Herramientas bioinformáticas

John Alexander Morales-Rivera , Cinthia Paola Sierra-Martínez

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Facultad de Minas, Universidad Nacional de Colombia, Medellín, Colombia. joamoralesri@unal.edu.co
Facultad de Minas, Universidad Nacional de Colombia, Medellín, Colombia.cpsierram@unal.edu.co
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Taxonomía del microorganismo

[Microscopía electrónica de barrido (SEM) de una bacteria Komagataeibacter

xylinus que produce una fibra de celulosa (reimpreso de Hirai et al. 2002 con
permiso de Springer]

En la siguiente tabla se expone la división taxonómica de komagataeibacter xylinum

Dominio Filo o división Clase Orden Familia Género Especie

Bacteria Proteobacteria Alphaproteo- Rhodospirillales Acetobacteraceae Komagataei- Komagataeibacter

bacteria bacter xylinum

Descripción del microorganismo

Las bacterias del ácido acético (BAA) pertenecen a la familia Acetobacteraceae y están
incluidas en el grupo de las α-Proteobacterias. Son microorganismos Gramnegativos o Gram-variables,
de forma elipsoidal o cilíndrica que pueden encontrarse aislados, en parejas o formando cadenas. Su
tamaño oscila entre 0,4 a 1μm de ancho y de 0,8 a 4,5μm de longitud. Son móviles por flagelación polar
o perítrica.Presentan actividad catalasa positiva, oxidasa negativa y no forman endosporas. Poseen
metabolismo aeróbico estricto, con el oxígeno como aceptor final de electrones(Mabel Gerard,2015)
 Es conocida la habilidad de las BAA para oxidar azúcares y alcoholes, obteniéndose como producto
final una acumulación de ácidos orgánicos; La temperatura óptima de crecimiento es de 25-30
ºC(30°C para komagataeibacter) , aunque también pueden desarrollarse a temperaturas más altas;
algunas especies lo hacen a 38–40ºC y otras, a temperaturas más bajas(10ºC),aunque su crecimiento es
muy débil(Joyeux et al. 1984). El pH óptimo de crecimiento está entre 5y6 (ph 5 para
komagataeibacter);sin embargo, la mayoría de las cepas pueden crecer a pH inferiores a 5, incluso a pH
2–2,2,pero la tolerancia a los bajos pH depende de otros parámetros, como la concentración de etanol
y la disponibilidad de oxígeno (Mabel Gerard,2015)

K. xylinum (también llamada Acetobacter xylinum y Gluconacetobacter xylinus) es un microorganismo

aeróbico en forma de bastón, Gram negativo y catalasa positivo.es un mesófilo no patógeno. La bacteria
se encuentra normalmente en vinagres, frutas y verduras. Es capaz de secretar una capa de recubrimiento
gelatinosa gruesa en la superficie del medio líquido que se considera celulosa. K xylinum puede aislarse
de vinagres tradicionales; Las pruebas de detección deben incluir los métodos clásicos y las técnicas
moleculares.(Lavasani, 2017) Esta bacteria habita la carposfera donde interactúa con la fruta a través
de la transferencia bidireccional de fitohormonas.

Temperatura Ph Medio de cultivo Aportes industriales Genomas similares

30 ° C 5 H&S Celulosa bacteriana para Komagataeibacter europeaus

diversas aplicaciones Komagataeibacter medellinenses

La información que encontramos en la base de datos NCBI nos

indica un gran número de fuentes para complementar nuestra
investigación sobre nuestro microorganismo.

Información disponible de K xylinum en

NCBI; tomado de :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/all/?
term=komagataeibacter%20xylinum
 [tomado de (Lavasani, 2017)]

El genoma de Ga. Xylinum E25 consta de un 3.4 Mbp cromosoma y cinco plásmidos con tamaños que
varían de 2.2 a 336,1 kb (Tabla 1). En general, se identificaron 3228 "etiquetas de lugar" en la secuencia
cromosómica, de las cuales 3.156 codifican proteínas,57 códigos para ARNt y 15 genes (organizados
en 5 operones) para rRNA. (Kubiak 2014)

Desde el punto de vista práctico, la característica más importante de la cepa secuenciada es la

producción de BNC. Se identificaron dos operones de celulosa sintasa bacteriana (bcs) en el genoma
analizado, pero solo uno (bcsI) está estructuralmente completo. Este operón consta de 7 genes que
codifican para: endo-1,4-beta-glucanasa (H845 448), un supuesto homólogo de CMCax, endoglucanasa
de beta-glucosidasa (H845 449), supuesto homólogo de cpc, cuatro celulosas sintasas Subunidades
(CS): BcsA, BcsB, BcsC y BcsD (H845 450-3) y betaglucosidasa (H845 454). (Kubiak 2014)
[tomado de (Kubiak 2014)]

Enzima

Las celulosa sintasas son unas enzimas que catalizan la reacción de adición de una molécula glucosa a
una cadena de celulosa en formación; pertenecen a la familia de glicosiltransferasas , que son proteínas
implicadas en la biosíntesis y la hidrólisis de la mayor parte de la biomasa de la tierra. La celulosa es
sintetizada por grandes complejos de celulosa sintasa (CSC), que consisten en proteínas sintasa
isoformas (CESA) que están dispuestas en una estructura hexagonal único conocido como un “roseta
partícula” 50 nm de ancho y 30-35 nm de altura. Hay más de 20 de estos de longitud completa proteínas
integrales de membrana , cada uno de los cuales es de alrededor de 1000 aminoácidos de largo(Méndez
Ortiz 2004)

Se ha demostrado que CESA están en la superficie de una célula de la planta y son alargadas monómeros
con dos catalíticos dominios que se fusionan juntos en dímeros . El centro de los dímeros es el punto
principal de la actividad catalítica. (Méndez Ortiz 2004)
• Comparación de enzimas

• Celulosa sintasa en komagataeibacter xylinum

• Celulosa sintasa en komagataeibacter medellinenses
• Celulosa sintasa en komagataeibacter europeaus

Para realizar esta comparación, tomamos 3 cepas diferentes del género komagataeibacter; Los
3 trabajan con la enzima similar; tomamos la secuencia de nucleótidos brindados por la
plataforma NCBI de cada uno y se analizaron las similitudes entre dichas enzimas en los
diferentes microorganismos por medio del software BioEdit con los siguientes resultados :

Celulosa sintasa comparada en Celulosa sintasa comparada en Celulosa sintasa comparada en

K. medellinenses y K. europaeus K. xylinum y K. europaeus K. medellinenses y K. xylinum

• Estructura enzima

Se uso la página PDB para realizar una búsqueda de las posibles estructuras de la celulosa sintasa.
Donde se encontró la estructura de la celulasa sintasa y su sitio activo.

Estructura: 4I86

Estructura celulosa sintasa

 • Zonas hidrofóbicas e hidrofílicas

visualización en PDB

De color rojo las partes hidrofílicas de la enzima ; de verde las partes hidrofóbicas de la enzima.

Se utiliza la escala de hidrofobicidad determinada experimentalmente basada en energías libres de

residuos enteros de transferencia ΔG (kcal / mol) del agua a la interfaz POPC según lo informado por
(Wimley,1996)

Visualización herramienta chimera

Las partes de color blanco son miscibles con el agua y representan las zonas más hidrofílicas de la
enzima y las rojas son las zonas más hidrofóbicas, las que no son miscibles en el agua.
 • Sitio activo

Visualización de sitio activo en chimera y Pymol

Tipo de
cepa
Komagataeibacter xylinus cepa NCIM2526

Secuencia ATGCCAGAGGTTCGGTCGTCAACGCAGTCAGAGTCAGGAATGTCACAGTGGATGGGGAAA
De ATTCTTTCCATTCGCGGTGCTGGGCTGACTATTGGTGTTTTTGGCCTGTGTGCGCTGATT
nucleotidos GCGGCTACGTCCGTGACCCTGCCGCCAGAACAGCAGTTGATTGTGGCATTTGTATGTGTC
GTGATCTTTTTTATTGTCGGTCATAAGCCCAGCCGTCGGTCCCAGATTTTCCTTGAAGTG
GenBank
CAA38487.1

Longitud
111 aminoacidos

Secuencia MPEVRSSTQS ESGMSQWMGK ILSIRGAGLT IGVFGLCALI AATSVTLPPE

de QQLIVAFVCV VIFFIVGHKP SRRSQIFLEV LSGLVSLRYL TWRLTETLSF
aminoacidos DTWLQGLLGT MLLVAELYAL MMLFLSYFQT IAPLHRAPLP LPPNPDEWPT
VDIFVPTYNE ELSIVRLTVL GSLGIDWPPE KVRVHILDDG RRPEFAAFAA
Referencias

Mabel Gerard, L (2015) caracterización de bacterias del ácido acético destinadas a la producción de
vinagres de frutas, Departamento de Tecnología de Alimentos

Lavasani, P. S., Motevaseli, E., Shirzad, M., & Modarressi, M. H (2017) Isolation and identification of
Komagataeibacter xylinus from Iranian traditional vinegars and molecular analyses. Iranian journal
of microbiology

Kubiak K, (2014) Secuencia completa del genoma de la cepa Gluconacetobacter xylinus E25: productor
valioso y eficaz de nanocelulosa bacteriana . Revista de biotecnología

Méndez Ortiz, Micaela Marcela, & Membrillo Hernández, Jorge. (2004) Mecanismos moleculares de
la síntesis de celulosa en bacterias. Tip Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas,

W Wimley y SH White. Escala de hidrofobicidad determinada experimentalmente para proteínas en

interfaces de membrana. Nature Structural Biology, 1996

Iguchi, M., Yamanaka, S., & Budhiono, A. (2000). Bacterial cellulose - a masterpiece of nature's arts.
Journal of Materials Science