TAXONOMÍA

Introducción

QFB ANTONIO SÁNCHEZ SÁNCHEZ

MICROBIOLOGÍA GENERAL
 TAXONOMÍA BACTERIANA
La taxonomía: Ciencia que trata de los principios, métodos y fines de la
clasificación biológica.
Agrupa, da nombre y ordena a los organismos de acuerdo con sus
propiedades fenotípicas, estructurales o genéticas de manera
jerarquizada

Comprende tres partes independientes pero relacionadas:

Clasificación: ordena a los seres vivos en grupos o taxones en función

de semejanzas o parentesco evolutivo.

Nomenclatura: asigna los nombres a los grupos taxonómicos de

acuerdo con normas establecidas.

Identificación, proceso para determinar que un aislamiento particular

pertenece a un taxón reconocido. (es el lado práctico de la taxonomía)
 TAXONOMÍA BACTERIANA
• Taxón (del griego ταξις, ordenamiento),
grupo de organismos emparentados (Especie)

Carlos Linneo: Primera clasificación natural

(Padre de la taxonomía)
Los grupos taxonómicos en que se clasifican los distintos
tipos de organismos se denominan Categorías
taxonómicas.
La categoría taxonómica más general es el Dominio. Este se va
dividiendo en Reino, filos (del latín phylum), clases, órdenes,
familias, géneros y especies. Es una clasificación jerárquica.
 CLASIFICACIÓN
♦ SISTEMA DE CLASIFICACIÓN:
Estructuración de los organismos en grupos o taxones en función de
semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo. Ubica a todos los
microorganismos en grupos homogéneos, que a su vez pertenecen a
otro grupo más extenso siguiendo una estructura jerárquica.

♦ Los grupos taxonómicos en que se clasifican los distintos tipos de

organismos se denominan Categorías taxonómicas o TAXONES.

Una categoría de cualquier rango une grupos de nivel inferior en función de

propiedades comunes.
● DOMINIO
● REINO
● FILUM O DIVISIÓN
● CLASE
● ORDEN
● FAMILIA
● GÉNERO
● ESPECIE

El grupo taxonómico básico es la ESPECIE

Sistema de clasificación
 Linaje Taxonómico
(Evolutivo)
• Secuencia de especies que forman una línea
directa de descendencia, siendo cada nueva
especie el resultado directo de la evolución
desde una especie ancestral inmediata.

• Los linajes se visualizan como subconjuntos de

un árbol filogenético. Técnicas de sistemática
molecular.
Información sobre ADN, ARN o secuencias de proteínas.
 DEFINICIONES
Un GÉNERO es un grupo bien definido de una o más especies que tienen
características en común y que está claramente separado de otros géneros.

Cada especie se asigna a un GÉNERO, el siguiente rango de la jerarquía

taxonómica.

En Microbiología

ESPECIE BACTERIANA es una colección de cepas que comparten numerosas

propiedades o características estables y que difieren de forma significativa de
otros grupos de cepas.

Una CEPA es una población de microorganismos que desciende de un único

organismo o de un aislamiento en cultivo puro.
ESTRUCTURACIÓN JERÁRQUICA EN TAXONOMÍA

Rango Nombre taxonómico

Dominio Bacteria
Reino Monera
Phylum Proteobacteria
Clase γ-Proteobacteria
Orden Enterobacteriales
Familia Enterobacteriaceae
Género Shigella
Especie S. dysenteriae
 Jerarquía Taxonómica
(debajo de especie)
Subespecie
Cada uno de los grupos en que se dividen las especies, los
individuos tienen los caracteres de la especie y que
además tienen en común otros caracteres morfológicos por
los cuales se asemejan entre sí y se distinguen de los de
las demás subespecies.

Cepa
una población genéticamente idéntica obtenida a partir de
una sola célula.

Aislado
Un microorganismo aislado (“puro”) en un cultivo
 Jerarquía Taxonómica
(debajo de especie)
• Variedad
Medida de la tendencia de los genotipos de una población a diferenciarse.
Los individuos de una misma especie no son idénticos. Se reconoce
dentro de la especie, pero existen diferencias (su forma, función y
comportamiento). Define el potencial evolutivo de una población
Se origina por mutaciones, recombinaciones y alteraciones

• Tipo (Serotipo, biotipo, genotipo y fagotipo)

• Biovar o biotipo, que son aquellas cepas que tienen características bioquímicas y fisiológicas
especiales.
• Morfovar o morfotipo, con morfología específica.
• Serovar o serotipo, con características antigénicas específicas.
• Patovar o patotipo, con propiedades patógenas para ciertos hospedadores.
• Fagovar o fagotipo, con especificidad para lisar ciertos bacteriófagos
 SISTEMAS DE CLASIFICACIÓN

Las características taxonómicas de los microorganismos se utilizan

para formar un sistema de clasificación.

Existen dos formas generales para elaborar un sistema de clasificación:

SISTEMA FENÉTICO Los microorganismos se agrupan en función de

semejanzas en sus características fenotípicas (morfológicas).

Los microorganismos que comparten muchas características forman un

único taxón.

SISTEMA FILOGENÉTICO
Clasificación científica de las especies basada en las similitudes y
diferencias evolutiva entre las diferentes especies (RNAr) (método
cladísta)
Implica desde el origen de la vida en la tierra hasta el día de hoy.
 Tipificación Fenotípica
• Se basa en las características «observables» de las bacterias,
morfología colonial y microscópica, desarrollo y propiedades
bioquímicas y metabólicas.

• El cultivo, es el método diagnóstico de elección; permite el

aislamiento del microorganismo implicado, su identificación, el
estudio de sensibilidad a los antimicrobianos y facilita la aplicación
de marcadores epidemiológicos.

• API (bioMérieux), Enterotube (BBL), Oxi/Ferm Tube (BD), RapID

systems y MicroID (Remel), Biochemical ID systems (Microgen),
etc.

• MicroScan, Vitek, ATB, Pasco, Wider, Phoenix,

ENTEROTUBE BBL
 Tipificación genotípica
• Métodos moleculares
Análisis del ARNr 16S
Espacio intergénico del 16S-23S ARNr (ITS)
Análisis del ARNr 23S
rpoB (subunidad ˇ de la ARN polimerasa)
gyrB (subunidad ß de la ADN girasa)
Análisis de secuencias
 IDENTIFICACIÓN
• La información de los microorganismos obtenida de los métodos,
permite no sólo la clasificación sino también la identificación de los
microorganismos.

• Métodos para la identificación:

• Claves dicotómicas
La identificación se basa en preguntas sucesivas, y cada pregunta
tiene dos respuestas posibles. Después de responder una pregunta,
se dirige al investigador a otra pregunta hasta que el microorganismo
es identificado.
Estas claves a menudo tienen poco que ver con las relaciones
filogenéticas, son de gran valor para la identificación.

• Cladogramas
Son mapas, que muestran relaciones evolutivas entre los
microorganismos, basados principalmente en la secuenciación del
RNA ribosomal.
Cladograma
 Dendograma
Un método sencillo consiste
en ir agrupando pares de
individuos según su similitud.

Se va aumentando el límite de
distancia para hacer grupos.

Esto nos da diferentes

agrupaciones a distintos
niveles, de una manera
jerárquica
 PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS APLICADAS EN TAXONOMÍA BACTERIANA
Forma celular
CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS
Tamaño de las células
CLÁSICAS Morfología de las colonias
Perfil fenotípico Características ultraestructurales
Tinción
GENÉTICAS Cilios y flagelos
Mecanismo de movilidad
Forma y localización de endoesporas
Posibilidad de recombinación por Inclusiones celulares
Conjugación o color
Transformación Perfil fisiológico
Plásmidos Fuentes de C y N
FISIOLOGICAS Y Componentes de la pared celular
METABÓLICAS Fuentes de energía
Productos de fermentación
ECOLÓGICAS Tipo nutricional
Temperatura de crecimiento
Luminiscencia
Mecanismo de conversión de energía
Ciclo vital Movilidad
Relaciones simbióticas Tolerancia osmótica
Patogenicidad Relaciones con el oxígeno
Preferencia de hábitat pH óptimo de crecimiento
Necesidad de temperatura; pH; Pigmentos fotosintéticos
Necesidad de oxígeno Necesidad y tolerancia a la sal
Necesidad de concentración osmótica Metabolitos secundarios
Sensibilidad a antibióticos
Identificación de una bacteria entérica
mediante técnicas microbiológicas
clásicas utilizando exclusivamente criterios
fenotípicos.
La mayoría de los pasos a seguir
requieren que el microorganismo crezca
en cultivo puro.
PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS APLICADAS EN TAXONOMÍA BACTERIANA

COMPOSICIÓN DE ÁCIDOS CARACTERÍSTICAS COMPARACIÓN DE

NUCLÉICOS MOLECULARES PROTEÍNAS
(CONTENIDO EN G+C)

HIBRIDACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS

SECUENCIACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS
 Recomendaciones para la utilización del análisis del ARNr 16S y del gen rpoB
en la identificación bacteriana
Categoría Recomendaciones
Cepas por secuenciar Cepas con escasa descripción
Cepas con baja frecuencia de aislamiento
Cepas con fenotipos atípicos
Cepas de difícil identificación fenotípica
Cepas de crecimiento lento o fastidioso
Nuevos patógenos
Bacterias de difícil cultivo
Análisis del ARNr 16S Mínimo: > 98,5% similitud Ideal: 1.300 a
1.500 pb secuenciadas < 1% posiciones
ambiguas

Criterio para la identificación de Mínimo: > 98,5% similitud

especie Ideal: > 99% similitud
Comparación con la secuencia tipo o cepa
de referencia que posee estudios de
homología de ADN.
Para diferencias < 0,5% a la especie más
cercana, considerar otras propiedades
(fenotipo)

Criterio para la identificación de

género Rango de similitud 95-100%

Criterio para la asignación de familia Similitud < 95%

Análisis retrospectivo de la Morfología de la colonia
identificación fenotípica Tinción Gram
Catalasa/oxidasa
Perfil bioquímico
Requerimientos nutricionales

Análisis del rpoB Fragmento hipervariable 2.300-3.300 pb

Criterio para la identificación de Según tamaño del fragmento secuenciado
especie 300-600 pb: una similitud ≥ 94%
600-825 pb: una similitud ≥ 96%

Criterio la identificación de género Distinto género: una similitud < 85,5%

Criterio de identificación de nueva Nueva especie: una similitud > 97,7%
especie/subespecie bacteriana Nueva subespecies: una similitud 98,2%
 MALDI-TOF MS
(Proteómica)
• La identificación bacteriana basada en el perfil de proteínas obtenido mediante
la espectrometría de masas MALDI-TOF (espectrometría de masas)
• MALDI-TOF se denomina MALDI por sus siglas en inglés Matrix-Assisted
Laser Desorption/Ionization (desorción/ionización por láser asistida por matriz)
y TOF por el analizador Time of Flight (tiempo de vuelo). MS, Espectrometría
de masas.
Se integra típicamente con fuentes de ionización MALDI
• Detección de proteínas ribosómicas S y L (2.000 a 20.000Da).
• 80-90% de las señales del espectro de la bacteria son proteínas ribosomales.
Perfil de secuencia de proteínas
por MALDI-TOF
 Perfil Lipídico por MALDI
• Plataforma metabólica dirigida a una célula Diana que proporciona
un análisis completo de espécies lipídicas dentro de una célula
• Perfíl basado en espectroscopia de masas en tándem de ionización
de electrospray (ESI-MS/MS, Electro Spray Ionization Tandem
Mass Spectrometry) proporciona datos cuantitativos de un análisis
de alto rendimiento
 NOMENCLATURA
☻ En Microbiología se asigna el nombre a los microorganismos de acuerdo
con el SISTEMA BINOMIAL del botánico sueco Carl Von Linneo.
(Primer sistema de clasificación de los microorganismos)

☻ El nombre latinizado y en cursiva consta de dos partes:

El primer nombre, escrito con mayúscula, es el nombre del género.
El segundo nombre, en minúscula, es el nombre de la especie.

Escherichia coli

☻ A menudo se abrevia el nombre del género con una letra mayúscula

E. coli
 NOMENCLATURA
• El GÉNERO, usualmente esta palabra proviene del nombre del
descubridor u otro científico relacionado o describe la morfología del
microorganismo.

• La ESPECIE, se escribe con minúscula, y es usualmente

descriptiva refiriéndose al color, origen, patogenicidad, sitio en
donde se encuentra, enfermedad que produce, etc.
Los nombres científicos de las bacterias deben ser escrito en letra
cursiva (Itálica) o en su defecto cada palabra debe ser subrayada.

• Las reglas y métodos del sistema de Nomenclatura Bacteriana se

encuentran en el Código Internacional de Nomenclatura
Bacteriana.
 RECURSOS Y BASES DE DATOS DE
INTERÉS EN MICROBIOLOGÍA

Páginas web

American Society for Microbiology

https://www.asm.org

https://www.asm.org/Podcasts

https://www.asm.org/Podcasts/Mundo-de-los-
Microbios

https://www.asm.org/Browse-By-
Audience/Undergraduate-Student
 American Society for Microbiology
https://www.asm.org
https://www.asm.org/Podcasts

https://www.asm.org/Podcasts/Mundo-de-los-Microbios
https://www.asm.org/Browse-By-Audience/Undergraduate-
Student
 National Center for Biotechnology Information
https://www.ncbi.nlm.nih.gov

1
2
3

6
4

Bases de datos de NCBI importantes en microbiología. Las búsquedas deben

realizarse en inglés con ayuda de operadores boleanos (“and”, ”or”, ”not”)

1. PubMed. Base de datos de literatura científica publicada en revistas de

prestigio.

2. Bookshelf. Colección de libros científicos, incluye algunos de Microbiología

3. Documentos variados de docencia, tutoriales y apoyo a la docencia

4. Literature. Varios recursos de información, incluye a Bookshelf y otros.

5. Taxonomy. Base de datos del linaje de los organismos celulares formalmente

descritos. Se vincula con muchas otras ases de datos de secuencias
nucleotídicas y aminoacídicas, así como con genomas completos (6).

6. Proyectos genoma de organismos celulares (bacterias, arqueas y eucariotes)

y virus.
 PubMed: Búsqueda
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Barra para realizar la búsqueda

1. Usar palabras clave en inglés y operadores boleanos
2. La estrategia tiene que ser lo más específica posible
3. Por ejemplo : Streptomyces coelicolor and antibiotic
 PubMed: Resultado

Resultados

Teclear para ir al resumen

PubMed: Resumen de artículo

Teclear para ir a la página

del editor y obtener el
artículo completo
Artículo desde la web del editor de la revista

* Algunos artículos son de acceso abierto

(open access), pero muchos otros, sólo
están disponibles desde terminal (URL o
dirección) del IPN. Otros requieren
suscripción.
 Taxonomy
National Center for Biotechnology Information
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Taxonomy: Búsqueda

Taxonomy: Resultado

Linaje taxonómico
Taxonomy: Resultado
 Taxonomy: Resultado de la especie

2
3

Bases de datos de nucleótidos (1), Proteínas

deducidas (2), Genoma completo (3) y Genes
anotados (4).
 Genoma

Vínculos al genoma y representación gráfica

Genoma: cromosoma y plásmidos

Genoma. Representación gráfica

Genes
Facebooks de microbiología
FILOGENIA MOLECULAR DE
LOS SERES VIVOS
TRES DOMINIOS DE
CARL WOESE
 FILOGENÉTICA
• Parte de la biología evolutiva que se ocupa de
determinar la filogenia

• Estudia las relaciones evolutivas entre diferentes grupos

de organismos a partir de la distribución de los
caracteres primitivos y derivados en cada taxón.

• Utilizando matrices de información de moléculas de ADN

y de morfología
TRES DOMINIOS
 Sistema de los Tres Dominios
• Propuesto por Carl Woese

• Modelo evolutivo de clasificación basado en:

A) Diferencias en las secuencias de nucleótidos

del (gen) RNAr y RNAt de la célula,
B) La estructura de los lípidos de la membrana,
C) La sensibilidad a los antibióticos.
Carl Woese
 Sistema de los Tres Dominios
• Propone en 1977, la existencia de las
arqueobacterias.

• Propone en 1990 la clasificación de “Los

tres dominios”
- Bacteria
- Archaea
- Eucarya
 Estructura secundaria del ARNr 16/18 S de los tres Dominios

Bacteria Archaea Eucarya

☺ Los puntos rojos señalan posiciones en las que arqueas y bacterias suelen diferir
Diversidad Microbiana
Etapas para estimar la
diversidad de una
comunidad microbiana a
través de genotecas
ambientales y los problemas
asociados a las mismas que
influyen en la estimación de
la diversidad microbiana.
Diversidad Microbiana
Diseño de dos
genotecas del
16S rRNA
(control y
modificada) a
partir
de una misma
comunidad
microbiana
marina
utilizando
distintos
protocolos
de amplificación
de la PCR.
Los eucariotas como un grupo dentro
de las arqueas
Los eucariotas como un grupo dentro
de las arqueas
Teoría de la Endosimbiosis

Lynn Margulis
 Mitocondrias y Cloroplastos
• Teoría del Origen endosimbiótico
• Lynn Margulis
Varios organismos procariotes independientes se
unieron entre si, primero de manera casual y
después de manera estable.

Dio origen a los organelos característicos de las

células eucarióticas: mitocondrias y cloroplastos.

Este conjunto hizo surgir la primera célula eucariótica

endosimbiosis
ENDOSIMBIOSIS
 VIRUS
• Definición
Palabra de origen latino que significa Veneno o
toxina
Elemento genético que contiene RNA o DNA y
que solo se replica en las células por no tener
maquinaria metabólica propia, pero que se
caracteriza por poseer un estado extracelular