Developments in soil microbiology since the

mid 1960s
Desarrollos en microbiología del suelo desde mediados
de los años sesenta
Heribert Insam )
Instituto de Microbiología de la Uni Õ ersidad de Innsbruck,
Technikerstra b E 25, A-6020 Innsbruck, Austria
Recibido el 10 de enero de 2001; recibido en forma revisada el 19 de
febrero de 2001; aceptado el 22 de febrero de 2001
Resumen
Desde la década de 1960, la microbiología del suelo experimentó
cambios importantes en los métodos y enfoques y esta revisión se
centra en los desarrollos en algunos aspectos seleccionados de la
microbiología del suelo. La investigación en el número de células
de grupos bacterianos y fúngicos específicos se reemplazó por un
enfoque en procesos bioquímicos que incluyen actividades de enzimas
del suelo y mediciones de flujo de carbono y nutrientes. Los ecologistas
se centraron en las piscinas microbianas del suelo, mientras que la
biomasa microbiana del suelo es una fuente importante
y sumidero de nutrientes fueron reconocidos en la agricultura. Los
microbiólogos del suelo comenzaron a
usar componentes estructurales como los ácidos grasos fosfolípidos para
la cuantificación de grupos microbianos específicos sin la necesidad de
cultivarlos. En la última década, los enfoques moleculares permitieron
nuevas ideas a través del análisis del ADN del extracto del suelo que
muestra una inesperada diversidad de genomas en el suelo. Al final de
la revisión, se ofrece una breve perspectiva sobre el futuro de la
microbiología del suelo, que abarca desde la identificación in situ de
bacterias hasta los análisis de rutina de las comunidades microbianas
mediante la tecnología de microarrays.
q 2001 Elsevier Science BV Todos los derechos reservados.
Palabras clave: microbiología del suelo; Revisión; Enzimas Biomasa
microbiana; N rotación; Ecologia molecular
1. Introducción
La ecología microbiana, y más específicamente, la microbiología del
suelo es una subdisciplina dinámica y creciente de la ciencia del
suelo. Hay varias revistas nuevas en este campo, pero también las
revistas tradicionales de ciencia del suelo atraen cada vez más los
artículos microbiológicos del suelo. En 1967 se publicó el primer número
de Geoderma. Treinta y cuatro años es un período de tiempo largo en la
mayoría de los campos científicos y durante estos años la microbiología
del suelo se ha desarrollado a partir de un campo de juego de científicos
del suelo, microbiólogos y químicos del suelo a
una subdisciplina propia . Esta revisión sobre microbiología del suelo con
motivo de 100 volúmenes de Geoderma tiene como objetivo presentar a
los científicos del suelo la importancia de los aspectos
microbiológicos del suelo y la nueva visión que ofrecen las nuevas
técnicas. Da una breve historia
Resumen de los desarrollos dentro de la microbiología del suelo, y
algunas reflexiones sobre las perspectivas futuras .
2. Impulsado por métodos
El suelo es muy complejo con diversos nichos ofrecidos a los
microorganismos del suelo. Teniendo que lidiar con fases sólidas,
líquidas y gaseosas, los microbiólogos del suelo
necesitaban métodos adecuados para estudiar su materia desde los
inicios de este campo. 'Ecología de microorganismos del
suelo ' Ž Parkinson et al., 1971 . fue la referencia estándar para los
microbiólogos del suelo hace 30 años y era un folleto relativamente
delgado con 116 páginas. Hoy en día, abundan los libros de métodos en
microbiología del suelo y generalmente superan las 500 páginas Ž , por
ejemplo, Weaver et al., 1994; Alef y Nannipieri, 1995; Schinner et al.,
1996; Van Elsas et al., 1997; Hurst et al., 1997 . . Se están abriendo
nuevas ventanas en el cuadro negro Ž Fig. 1 . . En microbiología del
suelo se dieron cuenta de que los suelos simplemente extraer y
recuento de microorganismos no es suficiente para caracterizar la
microbiota del suelo y su importancia para el funcionamiento de los
suelos Ž por ejemplo, Macura, 1974 . . Los métodos prevalentes de
enumeración celular representan una fracción muy pequeña del número
total de microbios, y no revelan información sobre la actividad del
organismo contado. Ambos métodos de extracción y enumeración están
sujetos a sesgos y las diferencias pueden ser tan grandes como tres
órdenes de magnitud Ž Tabla 1 . . A pesar de esta deficiencia, los
métodos de enumeración celular han sido durante mucho tiempo la
primera opción para que los microbiólogos del suelo obtengan datos
cuantitativos. Los métodos de conteo tienen virtudes en los casos en
que se estudia un organismo específico, pero es aconsejable verificar las
cifras de los números microbianos en relación con la aplicabilidad
del método analítico.  
Los datos en la Tabla 1 muestran que con los métodos de cultivo
tradicionales en placas de agar solo se tiene en cuenta un pequeño
porcentaje de la microflora total, y para el 99% restante falta
información fisiológica y taxonómica. Para la mayoría de los
microbiólogos del suelo, dichos datos no fueron satisfactorios para
comprender el funcionamiento del suelo y la consecuencia fue intentar
medir procesos como las actividades enzimáticas o la fijación y
nitrificación de N, o
procesos más inespecíficos como la evolución de CO o la generación de
calor. 2
3. Enzimas del suelo
Las enzimas en el suelo pueden ser extra o intracelulares. Las enzimas
extracelulares son necesarias para la descomposición de
macromoléculas orgánicas, como celulosa, hemicelulosas o
lignina, mientras que las enzimas intracelulares son responsables de la
descomposición de moléculas más pequeñas como azúcares o
aminoácidos. Enzimas del suelo son predominantemente de origen
microbiano y están estrechamente relacionados con la abundancia
microbiana y r o actividad. Las herramientas bioquímicas que
permitieron la medición rápida de las actividades de las enzimas del
suelo pusieron de moda la enzimología del suelo en el
finales de la década de 1960, y tales herramientas permanecieron
ampliamente utilizadas durante 20 años. Numerosas enzimas han sido
probadas en su idoneidad para investigaciones de suelos; la elección del
método en gran parte dependerá del ciclo geoquímico Ž por ejemplo, C,
N, P o S . bajo investigación. Utilizando bases de datos del Instituto de
Información Científica Ž ISI . se ha intentado cuantificar qué pruebas de
enzimas se usan con mayor frecuencia hoy en día y estas
son ureasa® Tabatabai y Bremner, 1972 . , fosfatasa Ž Hoffmann,
1967 . y deshidrogenasa Ž Trevors, 1984 . , indicando la aceptación de
los métodos en la comunidad científica. Una debilidad importante de las
pruebas enzimáticas es que la actividad microbiana real de un suelo no
está bien reflejada. Además, las pruebas muestran características
"históricas" de enzimas unidas a la materia orgánica del suelo o
minerales arcillosos. Por lo tanto, Visser y
Parkinson Ž 1992 . disputó la idoneidad de los ensayos enzimáticos para
la actividad microbiana y las evaluaciones de calidad del suelo, con
la excepción de la deshidrogenasa porque sus propiedades biológicas
hacen que sea poco probable que esté presente en el suelo en un estado
extracelular Ž Skujins, 1978 . .
Para superar los problemas de interpretación de las pruebas de enzimas
individuales, Beck® 1984 . propuso un índice microbiológico del suelo
calculado a partir de las actividades de biomasa microbiana, reductasa
e hidrolasa. Este índice, sin embargo, nunca se hizo popular. En otro
intento de proponer dicho índice, Trasar-Cepeda et
al. Ž 1998 . encontraron una relación muy estrecha de N total con una
combinación lineal de biomasa obial de suelo C, N mineralizado,
p hosphomonoesterase, b -glucosidase y ureasa. Este conjunto de
pruebas fue propuesto como un índice de calidad del
suelo estrechamente relacionado con la sostenibilidad del suelo. El
problema con los dos Beck's Ž 1984 . A nd Trasar-Cepeda et al.
De Ž 1998 . El enfoque es que la utilidad de las pruebas de enzimas
utilizadas como componentes de sus índices está en disputa, y aún
faltan pruebas de enzimas universalmente aceptadas .
Recientemente se ha propuesto el uso de sustratos fluorogénicos para
estudiar actividades microbianas . Miller y
col. Ž 1998 . usó 4- metilumbeliferil N- acetil- b - D- glucosaminida, que
, cuando se hidroliza, libera 4-metilumbeliferona que fluoresce y
puede detectarse en concentraciones nanomolares. Esta prueba
determina específicamente las actividades quitinolíticas fúngicas . Los
ensayos que usan sustratos marcados prueban directamente la
degradación del sustrato y pueden realizarse en microplacas, necesitan
tamaños de muestra más pequeños que las pruebas
enzimáticas tradicionales y permiten la medición de muchos paralelos en
un ensayo. Perfil fisiológico a nivel comunitario Ž CLPP . , que es otro
tipo de ' ensayo enzimático ', ha sido propuesto por Garland
y Mills® 1991 . . Con este método, la capacidad de las comunidades
microbianas para degradar un conjunto de hasta 95 sustratos diferentes
se prueba en uno
ensayo único Un indicador redox en las placas de
microtitulación Biolog w indica si el sustrato específico se utiliza como
fuente de energía. Se ha demostrado que los CLPP son indicadores muy
sensibles de las perturbaciones Ž por ejemplo, Mayr et al., 1999; Yan et
al., 2000 . y microplacas Ž EcoPlates . especialmente diseñado para
aplicaciones medioambientales Ž Insam, 1997 . ahora están disponibles
En resumen, los ensayos de enzimas del suelo, incluidos los CLPP, nunca
son parámetros independientes. Son herramientas de monitoreo rápido,
pero no pueden dar respuestas sobre la funcionalidad. Para caracterizar
el suelo, o para comprender las diferencias entre los suelos, métodos
adicionales Ž piscinas de direccionamiento y fundentes . son necesarios
4. Flujos
Las pruebas de enzimas no pueden usarse para estimar los flujos de
materia in situ, ya que son una estimación del potencial para usar un
determinado sustrato en condiciones optimizadas. En ecología,
el trabajo de Odum® 1969 . Ha sido muy influyente. Las piscinas y los
flujos se midieron y calcularon para cuencas hidrográficas y ecosistemas
enteros, y esto hizo que las mediciones directas de flujo se volvieran
importantes para los microbiólogos del suelo. En los años setenta y
ochenta, la evolución del CO respiratorio fue indispensable para el
trabajo microbiológico del suelo en la investigación del ecosistema. 2 La
evolución del dióxido de carbono, un método tradicional desde los
primeros días de la microbiología del suelo sigue siendo el mejor índice
de actividad metabólica bruta de poblaciones microbianas
mixtas Ž Stotzky, 1997 . . Si bien las determinaciones in situ son
preferibles para los estudios de ecosistemas, las pruebas in vitro han
demostrado ser suficientes para otros fines, como los estudios de
descomposición o la caracterización más general del suelo.
Preocupaciones sobre la acidificación del suelo causada por los aportes
atmosféricos de N, NO, movimientos 3 del suelo al agua subterránea, y
la contribución de los gases de N Ž , por ejemplo, NO y NO . a 2 el
cambio climático y la destrucción del ozono han desencadenado una
investigación detallada sobre la transformación de N en los
suelos Ž Myrold, 1997 . . La fijación biológica de nitrógeno se ha
considerado como un factor para aumentar la producción agrícola y
mitigar el hambre en el mundo. Tanto la fijación simbiótica de nitrógeno
y no simbiótica se han estudiado intensamente desde la década de
1970, y la importancia de la fijación de nitrógeno para la producción de
varios cultivos y para la sostenibilidad de los sistemas agrícolas se ha
subrayado en repetidas ocasiones Ž por ejemplo, Paul y
Clark, 1996 . . Hoy en día, los microbiólogos del suelo trabajan en
plantas y microorganismos genéticamente modificados para mejorar aún
más los beneficios de la fijación biológica de nitrógeno.
Las mediciones de renovación de nitrógeno son esenciales para
comprender la dinámica del ecosistema y la productividad agrícola, ya
que el N se produce en los suelos, los océanos y la atmósfera, y su ciclo
tiene implicaciones globales. El nitrógeno también es a menudo el factor
limitante para la actividad microbiana. Muchos métodos tradicionales,
como las pruebas de mineralización de N, la nitrificación potencial o el
método de inhibición de acetileno para la desnitrificación, todavía se
usan ampliamente.
Al igual que con los estudios de rotación C, el uso de un isótopo
trazador Ž 15 N . puede dar una idea detallada de la asignación de N
dentro del suelo, o incluso dentro de la comunidad microbiana del
suelo. Sin embargo, está más allá del alcance de esta revisión abordar
todos los diferentes métodos para medir las tasas de transformaciones
del ciclo de N que se pueden encontrar en Weaver et al. Ž 1994 . o Alef
y Nannipieri Ž 1995 . .
La mayoría de las mediciones de flujo de nutrientes no se realizan en el
campo sino en el laboratorio. El problema de las pruebas in vitro y las
investigaciones de parcelas es la extrapolación de
los valores medidos . La heterogeneidad espacial es un problema
considerable en la microbiología del suelo,
pero existen excelentes herramientas geoestadísticas para abordar este
problema Ž Goovaerts, 1998 . . Bruckner y
col. Ž 1999 . estudió parámetros fisicoquímicos y biológicos del
suelo Ž respira-
ción , biomasa microbiana y N-mineralización . y detectó tres escalas
diferentes de variabilidad espacial en un bosque de coníferas
templado: Ž 1 . una escala fina de patrón - 1m debido a la
descomposición retardada de Picea abies ® abeto . basura y falta de
bioturbación por lombrices de tierra, Ž 2 . un patrón de
mesoescala Ž 1.0–1.5 m . , reflejando la influencia
de árboles individuales , y Ž 3 . tendencias de largo
alcance inexplicadas de N y contenido de agua que excede el mínimo
duración transversal del estudio. Los procesos de rotación específicos
ocurren en nichos específicos, por ejemplo, en ciertas clases de tamaño
de agregado solamente Ž Stemmer et al., 1999 . . Rasiah y
Kay Ž 1999 . encontró que los cambios inducidos por el manejo en la
compactación, las características de textura espacialmente variables y la
materia orgánica del suelo tuvieron una fuerte influencia en la biomasa
microbiana N. Este efecto fue más fuerte en los suelos enmendados con
la biomasa del brote del trébol rojo que en
suelos sin enmendar . Stenberg y col. Ž 1998 . demostró que la
variabilidad de la mayoría de los parámetros microbiológicos dentro de
un solo campo agrícola era tan grande como para un conjunto de
26 suelos suecos diferentes.
5. Piscinas
Biomasa Ž , por ejemplo, biomasa de raíces y brotes de plantas,
biomasa de fauna . y otras piscinas orgánicos Ž de arena, materia
orgánica del suelo . son componentes importantes para el
funcionamiento de un ecosistema. Debido a la falta de métodos
adecuados y suficientemente estandarizados en la microbiología del
suelo, el conjunto de biomasa microbiana se descuidó o estimó durante
mucho tiempo en función de los recuentos microbianos . Esto cambió en
gran medida gracias al trabajo de Jenkinson ® 1976 . , quien propuso
un método para la determinación indirecta de la biomasa microbiana
que abarca el pensamiento ecológico y microbiológico. La idea era matar
y lisar las células microbianas en un suelo simple mediante fumigación
con cloroformo. Después de la reinoculación con el suelo, se mide la
respiración durante unos 10 días. En comparación con un control no
fumigado, el simple fumigado muestra una producción mejorada de CO
que se atribuye a la biomasa microbiana C muerta y
posteriormente descompuesta 2. El método se llamó fumigación-
incubación Ž FI .
Método .
Otro enfoque fisiológico fue propuesto por Anderson y
Domsch Ž 1978 . , la llamada respiración inducida por
sustrato Ž SIR . Método . La idea se derivó de estudios de
cultura pura . Los microorganismos responden al suministro con un
sustrato fácilmente disponible, es decir , glucosa, con una respuesta
inmediata en la respiración que se suponía que
estaba correlacionada linealmente con la biomasa C.
Los métodos FI y SIR tienen inconvenientes. El método FI toma 10 días
y generalmente no es adecuado para suelos ácidos. Originalmente, SIR
ha sido calibrado contra FI y se han propuesto varios factores de
calibración diferentes. Por lo tanto, el cálculo de
la biomasa microbiana C a partir de los datos de SIR a menudo se
discute Ž por ejemplo, Sparling, 1995 . . Brookes et al. Han propuesto
una forma más directa de estimar la biomasa microbiana P y N. Ž 1982,
1985 . . Después de la fumigación con cloroformo, se extraen muestras
de suelo Ž fumigación – extracción Ž FE . Método . y la biomasa P o N se
miden directamente. El método también se ha adaptado para
mediciones de C de biomasa Ž Vance et al., 1987 . , y se ha convertido
en el método más utilizado para la determinación de biomasa
microbiana. El método FE requiere factores de corrección para diferentes
suelos y para los diferentes elementos.
analizado . La determinación de estos factores de corrección es laboriosa
para los análisis de rutina. Los diferentes métodos para estimar la
biomasa microbiana se usan con frecuencia como lo revela una encuesta
de publicaciones recientes Ž Fig. 2 . . Aparte de su uso en estudios
científicos, la fumigación-extracción y SIR también han sido adoptadas
por las autoridades nacionales Z , por ejemplo,
en Alemania . para estudios de suelo de rutina. Las ventajas y
desventajas de los métodos se resumen en la Tabla 2.
Uno de los conceptos principales de la teoría de Odum sobre el
desarrollo del ecosistema fue la optimización energética durante la
sucesión Ž Odum, 1969 . . Según Odum, la relación respiración-biomasa
del ecosistema disminuye durante la maduración de un
ecosistema. Dado que todo el C de la producción primaria finalmente
llega a la reserva de C del suelo, este concepto fue adoptado para el
compartimento del suelo de un ecosistema Ž Anderson y Domsch,
1986; Insam
y Haselwandter, 1989 . . Para muchos estudios ambientales, el
llamado cociente metabólico Ž m g CO –C respiró g y 1 C
h y 1 . Ž Anderson y Domsch, 1986 . ha demostrado que 2 mic es más
sensible que la medición de biomasa microbiana o la respiración sola.
Los tamaños de las piscinas microbianas han demostrado ser
indicadores confiables de la calidad del suelo y contribuyen a la
comprensión de la dinámica de los nutrientes, tanto a largo plazo como
temporada por temporada. La biomasa microbiana es un parámetro
robusto que puede rápida y reproduciblemente
ser determinado Permite grandes comparaciones de suelos y refleja
los cambios en el manejo del suelo o el impacto de la
contaminación. Sin embargo, si solo se ven afectadas ciertas funciones o
microorganismos específicos , la biomasa microbiana no es un
parámetro suficientemente sensible. En ese caso, los flujos o la
composición de la comunidad deben investigarse con más detalle.
Tabla 2
Ventajas y desventajas de los métodos más utilizados de determinación
de biomasa microbiana en
suelos
Método Ventajas Desventajas
Fumigación-incubación Directa, medición biológica, Larga duración Ž 10
días .
no se necesitan productos químicos tóxicos
No apto para ácido Ž pH - 6.0 . suelos
Sustrato inducido Buena reproducibilidad Calibración con otro método
respiración necesaria Ž estimación indirecta .
No se necesitan productos químicos tóxicos No es adecuado para suelos
que recibieron
nuevas enmiendas orgánicas
Rápido Ž - 8 h .
Fumigación-extracción Buena reproducibilidad La medición de C requiere
costosos
equipo
Rápido Ž - 24 h .
396 H. Insam r Geoderma 100 (2001) 389–402
6. Desarrollos recientes
A pesar de todos los intentos de medir flujos y piscinas microbianas
gruesas, el suelo y su microbiota seguían siendo una caja negra, con
solo unas pocas ventanas diminutas abiertas para los organismos que
fueron aislados, cultivados e identificados. Los actores que determinan
los flujos de masa y nutrientes eran desconocidos. El cambio en los
enfoques para estudiar la microbiota del suelo se refleja en el cambio de
las palabras clave que se encuentran en los títulos de las
publicaciones Ž Fig. 3 . . Mientras que 'enzima' y 'biomasa microbiana'
se encuentran en bases de datos ISI desde 1991 hasta 2000
en frecuencia constante, 'respiración' y, en primer lugar, 'comunidad
microbiana' ocurren cada vez más desde hace unos años.
Los intentos iniciales en la década de 1970 para abrir la caja negra
fueron la separación de la biomasa bacteriana y fúngica, por ejemplo,
mediante la técnica de inhibición selectiva Ž Anderson y Domsch,
1975 . . En este método, el crecimiento fúngico o bacteriano se inhibió
mediante la adición de antibióticos específicos y el fúngica r relación
bacteriana se calcula a partir del grado de inhibición. Más exitosa fue la
determinación de ergosterol Ž West et al., 1987 . en suelos, que todavía
se usa para cuantificar la biomasa fúngica. El ergosterol es el esterol
principal de la mayoría de los ascomicetos, basidiomicetos y hongos
imperfectos y, por lo tanto, es un indicador de la biomasa fúngica. Esto
fue disputado recientemente por Ruzicka et
al. Ž 2000 . . Ellos encontraron que un factor de conversión universal de
ergosterol contenido de biomasa fúngica sigue siendo difícil de alcanzar
y problemático y no es una medida de la biomasa fúngica, sino más bien
un indicador de la magnitud de las membranas fúngicas en suelos. Aún
así, el ergosterol puede dar una estimación
sobre la extensión de la colonización por hongos de un suelo.
El ácido de Muramic, en contraste con el ergosterol, solo se encuentra
en Prokaryotes y se ha sugerido como un indicador para la biomasa
bacteriana y cianófita Ž Millar y Cassida, 1970 . pero el método no ha
recibido una amplia aceptación debido a los parámetros de
extracción Ž concentración de HCl, tiempo . deben optimizarse para
cada suelo, y debido a la sospecha de que el ácido muramico podría
estar presente principalmente en el material de las células
muertas Ž Zelles y
Alef, 1995 . .
Para el microbiólogo, una diferenciación entre bacterias y hongos no es
suficiente porque dentro de estos dos grupos existen muchos subgrupos
taxonómicos y funcionales que merecen una atención especial. Ciertas
funciones, como la nitrificación, pueden verse afectadas por
algunas medidas de gestión, como el uso de fertilizantes nitrogenados,
herbicidas o pesticidas, mientras que la biomasa bacteriana o fúngica
total no se ve afectada. Un gran avance en el uso de biomarcadores
para la caracterización de la comunidad fueron los ácidos grasos
fosfolípidos Ž PLFA . , que se encuentran en las membranas de todas las
células vivas y pueden usarse para la determinación de la composición
de la comunidad Ž Zelles et al., 1992; Guckert y White, 1986; Petersen
et al., 1997 . . Los grupos bacterianos y los hongos se
pueden caracterizar según su composición lipídica Ž Tabla 3 . .
Todos los biomarcadores tienen en común el problema de la capacidad
de extracción y la estabilidad desconocida en el suelo. Por lo tanto, no
es fácil juzgar si los datos derivados de biomarcadores están
relacionados solo con células vivas, o si también incluyen material de
células muertas. La estabilidad de los biomarcadores en el suelo
depende en gran medida de la temperatura, la humedad y otras
condiciones directamente relacionadas con los procesos de
degradación. Además, el estado fisiológico de los microorganismos a
menudo determina el contenido de diferentes componentes. En
resumen, los biomarcadores eran una herramienta aceptable siempre
que no hubiera mejores alternativas disponibles, pero en el futuro, los
biomarcadores para la caracterización de la comunidad probablemente
sean reemplazados por enfoques moleculares.
7. Microbiología del suelo y ADN.
En su artículo seminal, Torsvik Ž 1980 . era capaz de obtener ADN de
suelo suficientemente puro para permitir técnicas de hibridación, y en
1990 se mostraron por el ADN r DNA hibridación que 1 g de suelo
contenía más de 4000 genomas diferentes de bacterias Ž Torsvik et al.,
1990 . . La mayor parte de la diversidad se encontró en la fracción que
no podía aislarse y cultivarse mediante técnicas de recubrimiento
estándar y sofisticadas.
Para obtener ADN puro del suelo, se pueden seguir dos
procedimientos: Ž 1 . inicialmente , las células se extraen mediante
repetidos pasos de suspensión-centrifugación y luego las células se lisan
para recuperar el ADN; Ž 2 . El ADN se extrae directamente del suelo
después de la lisis de las células. La ventaja del primer procedimiento es
que el ADN es más puro, mientras que en el segundo procedimiento se
obtiene una extracción más completa que es más probable
que represente a la comunidad total. Actualmente, la mayoría de los
investigadores extraer el ADN directamente de la tierra debido a
procedimientos de purificación mejorados están disponibles que la
inhibición evitar de reacción en cadena de la
polimerasa Ž PCR . de ácidos húmicos.
Varios métodos se utilizan hoy para estudiar el ADN o ARN del
suelo. Los ecólogos moleculares del suelo utilizan la característica única
del ADNr procariota 16S que contiene regiones conservadas y
variables . El 16S rDNA es una cadena de aproximadamente 1500 pb de
longitud. Las regiones conservadas se desvían solo entre grupos
taxonómicamente distantes, mientras que las regiones variables pueden
mostrar diferencias incluso entre diferentes cepas de una sola
especie. El ADN extraído se purifica y amplifica por reacción en cadena
de la polimerasa ® PCR . . Los cebadores determinan la región que se
amplifica, de modo que un análisis puede dar una visión general o
una visión detallada de un grupo específico. Los productos de
amplificación se analizan por electroforesis en gel.
Uno de los enfoques es la electroforesis en gel de gradiente
desnaturalizante Ž Muyzer et al., 1993 . que permite la separación de
amplificados de acuerdo con su contenido G q C. En un gel gradiente
desnaturalizante de formamida Ž DGGE . Ž o, alternativamente, un gel
de gradiente de temperatura , TGGE . Los genes con un
menor contenido de G q C se desnaturalizan antes y no viajan lejos. Los
genes con diferentes contenidos G q C producen bandas distintas. El
patrón de las bandas es diferente en diferentes comunidades. Si se
requiere información más detallada, las bandas pueden cortarse,
clonarse, secuenciarse y compararse con organismos conocidos en
bases de datos. Los resultados de tales investigaciones mostraron que
muchas de las secuencias detectadas no coincidían con ningún aislado
conocido y representan nuevas especies no cultivadas. Un enfoque
similar ha sido propuesto por Schwieger y Tebbe ® 1998 . , utilizando
un método llamado polimorfismo conformacional de cadena sencilla ,
que es superior cuando las secuencias son diferentes pero
los contenidos de G q C son similares entre las especies. Estos métodos
son, sin embargo, cualitativos.
Los métodos cuantitativos de PCR son tediosos y aún deben mejorarse
para aplicaciones ambientales Ž Ogram, 2000 . .
Publicaciones recientes han demostrado que la ciencia del suelo y la
ecología molecular están íntimamente relacionadas. Un ejemplo es la
creciente preocupación por los efectos ambientales y para la salud de los
cultivos genéticamente modificados, particularmente en Europa
occidental. Saxena y Stotzky Ž 2000 . y Saxena et
al. Ž 1999 . demostró que la toxina insecticida en los exudados de
las raíces de las plantas de maíz genéticamente modificadas está
fuertemente unida a los minerales de la arcilla del suelo y puede
persistir durante mucho tiempo. La liberación impredecible de la toxina
puede constituir un peligro para los organismos no objetivo. Parece que
el ADN que codifica esta toxina puede
unirse a minerales expandibles como la montmorillonita Ž Stotzky,
comunicación personal . , y tras su expansión, el ADN se vuelve
susceptible a la absorción por bacterias competentes . No está resuelto
si estos genes, después de una absorción renovada, pueden producir
malezas
resistentes .
8. Perspectivas futuras
Las perspectivas para los microbiólogos del suelo son brillantes porque
las nuevas técnicas , principalmente moleculares , ofrecen una nueva
visión de la caja negra del suelo para que la composición de
la comunidad microbiana y las actividades microbianas puedan
investigarse e incluso localizarse en una microescala. La hibridación in
situ puede mostrar dónde existen bacterias y hongos
Ž por ejemplo, Lu ¨ beck et al., 2000 . , e incluso donde están
activos. De particular interés para el futuro es el estudio de los puntos
calientes microbianos, ya que ocurren en las tripas de la microfauna del
suelo o alrededor de las superficies de las raíces. Se supone que en los
puntos críticos se realiza la mayoría de los procesos de renovación y se
forman bucles microbianos Ž Clarholm, 1994 . . Los lazos microbianos
se conocen desde hace mucho tiempo en aguas marinas. Para suelos, el
bucle microbiano ha sido descrito como la flora de la rizosfera, donde las
bacterias que utilizan carbono root-derivado, se unen nutrientes
inorgánicos transportados a las raíces Z por el flujo de masa y
difusión . . Los protozoos pastan las bacterias, que luego liberan un
tercio del N bacteriano como amonio disponible para la absorción de las
plantas, mientras que dos tercios forman biomasa de protozoos o
se ingieren en formas orgánicas Ž Clarholm, 1994 . y, por lo tanto, se
vuelve inaccesible para la absorción de la planta .
La tecnología de microarrays pronto nos permitirá evaluar la diversidad
comunitaria en los suelos exponiendo directamente e hibridando
oligonucleótidos fijados en membranas Ž Guschin et al., 1997; Ogram,
2000 . . Otro objetivo será relacionar la estructura de la comunidad con
la función de la comunidad mediante el uso de ARN mensajero. Debido a
la corta vida media del ARNm, esto actualmente no es posible, pero
tiene varias ventajas. Si se combina con la amplificación por PCR,
será más sensible que cualquier prueba enzimática, proporciona
información sobre el estado metabólico en el momento de la prueba y, si
se combina con el análisis de ADNr, se puede obtener información muy
detallada sobre la participación de ciertas poblaciones en una actividad
metabólica particular Ž Gottschal et al., 1997 . . El pequeño tamaño de
las muestras Ž en el rango de unos pocos miligramos . permitir una
resolución espacial a muy pequeña escala. El suelo ya no será una caja
negra, pero podremos ver dónde viven los microbios, cuál es su papel
en los procesos del suelo y cómo su abundancia y actividad están
influenciadas por las propiedades físicas y químicas del suelo . Por lo
tanto, hoy, en la microbiología del suelo, se responden preguntas como
quién está activo y dónde se ubican las actividades que se hicieron hace
muchos años. El manejo del suelo puede tener como objetivo establecer
con éxito las poblaciones microbianas
deseadas. Dichos microorganismos pueden ser degradadores de
xenobióticos, fijadores de nitrógeno o antagonistas de patógenos.
En un futuro no muy lejano, una sola clave Ž biológica . El jugador en el
suelo puede ser alterado de la manera deseada, alterando así las
funciones del suelo de una manera beneficiosa para el hombre. Con
suerte, esto aumentará la sostenibilidad de los sistemas agrícolas a
largo plazo, y también nos permitirá remediar con éxito los suelos
contaminados y proteger los ecosistemas naturales.