UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS ESPE

CARRERA DE INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA

MICROBIOLOGÍA II

Nombre: Alfredo Javier González Mateo

Fecha de entrega: 26/08/2020 NRC: 6654
Nombre del docente: Andrés Izquierdo Ph.D.
Consulta Tercer Parcial
Técnicas de secuenciación masiva
En 1975, Sanger y Coulson publicaron el primer método enzimático para
secuenciar el ADN a través de la incorporación de dideoxinucleótidos terminales, y poco
después secuenciaron por primera vez un genoma, el del bacteriófago MS2 o Phi-X174.
Una década más tarde aparecieron los secuenciadores automáticos, que primero
empleaban geles (Applied Biosystems PRISM® 373) y después capilares recubiertos de
polímero (ABI PRISM® 310), y en 1995 se completó la secuencia del primer genoma
bacteriano, el de Haemophilus influenzae. En la actualidad existen casi 120.000 genomas
de especies bacterianas distintas depositados en diversas bases de datos, como PATRIC
(Adserias, 2017).

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A comienzos del siglo XXI surgen nuevos métodos de secuenciación, basados en la

pirosecuenciación y las denominadas plataformas de Next Generation Sequencing (NGS)
que popularizó la compañía Life Sciences-Roche con su equipo 454 GS, comercializado
por primera vez en 2004 (Alikhan, 2011). Hoy en día, es más apropiado hablar de High-
Throughput Sequencing (HTS) o secuenciación masiva, porque han surgido nuevas
generaciones de secuenciadores que aplican otras tecnologías de secuenciación en
paralelo. Entre estas se encuentra la secuenciación por ligación (Sequencing by
Oligonucleotide Ligation and Detection) del equipo SOLiD introducido en el mercado en
2007 por Life Technologies y ya descatalogado, la secuenciación por síntesis y
semiconducción del Ion Torrent tecnología que fue adquirida por Life Technologies, la
secuenciación por síntesis en clusters de la empresa Solexa luego, Illumina, que apareció
en su primer equipo GAII, de 2006, y que es utilizada en los demás secuenciadores que
fueron comercializados posteriormente, como el MiSeq, a partir de 2011 (este es el
secuenciador más adecuado para microbiología, puesto que es el único secuenciador de
mesa de laboratorio con una longitud de hasta 600 pb, con paired end sequencing y
exactitud de lectura de más del 99,9%). Otros secuenciadores basados en esa tecnología
son HiSeq, NextSeq, NovaSeq y MiniSeq (Argimón, 2016). Una tercera generación de
secuenciadores son los que usan la secuenciación de molécula única (single molecule
real-time [SMRT]), como el equipo portátil MinION™ de Oxford Nanopore
Technologies (2014) o el equipo PacBio® de Pacific Biosciences (2010), que permiten
secuenciar moléculas mucho más largas, de hasta 30 kb.

La aplicación de la secuenciación masiva, además de reducir los costes y el tiempo de

análisis, genera una gran cantidad de información, que está cambiando el modo de cómo
se realiza la investigación en microbiología, y demanda, inexorablemente, la aplicación
de la bioinformática en el diagnóstico y el análisis microbiológico. De hecho, en
genómica no se cumple la ley de Moore, ya que se duplica la capacidad de secuenciar
cada 6 a 9 meses (y no cada 2 años, como ocurre con los microprocesadores). La
bioinformática aplica las matemáticas, la estadística y la computación al estudio
biológico, por tanto, requiere de unos conocimientos básicos en lenguajes de
programación (Bash, Perl, Python y R, entre otros) y, preferentemente, también en el uso
de sistemas operativos basados en UNIX®, como Linux y MacOS®. Al ser de licencia y
código libres, Linux se ha convertido en la opción de preferencia para los investigadores.
Las distintas distribuciones de Linux (Ubuntu, CentOS, Mint, etc.) ofrecen interfaces
sencillas para el usuario, que recuerdan a aquellas de los ordenadores de oficina. Sin
embargo, el verdadero poder de estas plataformas reside en el uso de la terminal, que
requiere, a su vez, conocimiento del lenguaje Bash como intérprete de comandos, de tal
forma que se concentre todo el potencial del computador en la tarea que se quiera realizar
(Aziz, 2008).
Referencias bibliográficas:
1. Adserias-Garriga J, Quijada NM, Hernandez M, Rodríguez LázaroD, Steadman D,
Garcia-Gil LJ. Dynamics of the oral microbiotaas a tool to estimate time since
death. Mol Oral Microbiol.2017;32:511-6.
2. Alikhan NF, Petty NK, Ben Zakour NL, Beatson SA. BLAST RingImage Generator
(BRIG): Simple prokaryote genome compari-sons. BMC Genomics.
2011;12:402.
3. Alikhan NF, Zhou Z, Sergeant MJ, Achtman M. A genomic over-view of the
population structure of Salmonella. PLoS Genet.2018;14:e1007261.
4. Argimón S, Abudahab K, Goater R, Fedosejev A, Bhai J, GlasnerC, Feil E, Holden
M, Yeats C, Grundmann H, Spratt B, AanensenD. Microreact: Visualizing and
sharing data for genomic epide-miology and phylogeography. Microb Genom.
2016;2:e000093,http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000093.
5. Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA,Formsma K, Gerdes
S, Glass EM, Kubal M, Meyer F, Olsen GJ,Olson R, Osterman AL, Overbeek
RA, McNeil LK, Paarmann D,Paczian T, Parrello B, Pusch GD, Reich C,
Stevens R, Vassieva O,Vonstein V, Wilke A, Zagnitko O. The RAST Server:
Rapid anno-tations using subsystems technology. BMC Genomics. 2008-