Tema1 Aspectos Históricos e Intro Evol Molec PDF

Tema 1: Conceptos básicos de evolución Genómica Evolutiva I, Licenciatura de Ciencias
molecular y filogenética Genómicas - UNAM, México. Semestre 2009-1
Biología Genómica y Evolución IV - Tema I: Breve historia de la biología evolutiva y filogenética

Inferencia Filogenética y Evoluci ón Molecular
Pablo Vinuesa (vinuesa@ccg.unam.mx) Platón (izda.) y Aristóteles (dcha.)
Progama de Ingeniería Genómica, CCG-UNAM, México
http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/index.html
Profesor Asistente: Agustín Avila : aavila@lcg.unam.mx
Tema I: Conceptos b ásicos de evolución molecular y filogen ética
1. Breve introducción histórica del desarrollo de la biología evolutiva y de

1. Antes de Darwin
s u impacto en la sociedad occidental y en nuestra percepción del mundo
• La filosofía y visión occidental del mundo estubieron dominadas durante muchos siglos
2. ¿Porqu é estudiar filogenética y evolución molecular? por las ideas del gran fil ósofo griego Platón (428-348 AC) y s u disc ípulo Aristóteles
3.- Tipos d e datos usados en filogen ética y evoluci ón molecular (348-322 AC).
4.- Protocolo básico para el análisis filogen ético de secuencias moleculares • Uno de los pilares de la filosofía plat ónica es el concepto de la “eidos”, la forma o la
idea, una forma transcendenteideal imitada de manera imperfecta por sus encarnaciones
5.- Tasas de evolución y selecci ón de marcadores
terrenales. En el contexto de esta filosofía esencialistala variaci ón o diversidad
6.- Q ué es un árbol filogen ético y tipos de árboles : una visón del “bosque”
biológica se interpretaba como imperfección accidental. Arist óteles desarroll ó el
7.- Definici ón de homolog ía y tipos de homología concepto plat ónico de inmutabilidad de las esencias proponiendo el concepto de que las
especies tienen propiedades fijas.

8.- Presentación de los tipos de métodos de reconstrucción filogenética
Tema I: Breve historia del desarrollo de la biología evolutiva y filogenética Tema I: Breve historia de la biología evolutiva y filogenética
1. Antes de Darwin • Más tarde los cristianos interpretaron Los naturalistas han tratado de detectar , describir y explicar la diversidad biológica
desde muchos siglos atrás. Este es el objetivo de la sistem ática.
literalmente el Génesis, concluyendo que cada
especie fue creada individualmente “a imagen
y semejanza” del Creador, en la forma en la
que las conocemos hoy. A esta creencia se la
conoce como “creación especial ”.
• En la creencia y filosof ía cristiana se asume En 1758 Carl von Linne (Carolus Linnaeus)
que el orden es un estado superior al formaliz ó un sistema jer árquico de nomen-
desorden y que por lo tanto las creaciones clatura para clasificar a los organismos
divinas siguen un plan: una gradación que va (sistema binomial) en s u Systema Naturae
desde objetos inanimados y formas (1735). Esta jerarquía fue concebida indepen-
“mínimamenteanimadas”, progresandoa dientementede la teoría evolutiva y preten-
traves de plantas e invertebrados hacia día revelar el orden natural o patrón impl ícito
formas cada vez “más elevadas” de vida. en el plan del Creador.
El jardín del Edén, por Jan Breughel (1568-1625).
• Esta scala naturae culmina con el humano, la única criatura con naturaleza dual: física De hecho hasta el S. XVIII el papel d e
y espiritual. las ciencias naturales era catalogar y hacer
• El cristianismo asume que la escala natural es permanentee inmutable, ya que la posibilidad manifiesto el plan del Creador para que
de cambio implicaría la existencia de imperfección en la creación original. pudiéramos apreciar su sabiduría infinita.
© Pablo Vinuesa 2008, vinuesa@ccg.unam.mx;

http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/index.html 1
Tema I: Breve historia de la biología evolutiva y filogenética Tema I: Breve historia de la biología evolutiva y filogenética
La interpretación bíblica literal comenz ó a ser cuestionada y reemplazada En el S. XVIII varios naturalistas y fil ósofos franceses sugirieron que las
cuando en el S. XVII comenzaron a surgir visiónes más materialistas del especies biológicas hab ían surgido por causas naturales.
mundo natural, notablemente con los Principia Mathematica de Isaac Newton
(1643-1727) que describen las leyes de la gravitación universal y las leyes del Evolucionistas tempranos como George Louis Buffon (1753) ya se opon ían al
movimiento, sentandolas bases de la mecánica clásica. Fue el primero en sistema linneano y al esencialismo aristotélico en el que se basaba el orden
demostrar que estas leyes del movimiento y gravitaci ón aplican igual a la natural lineano.
Tierra como al resto del universo. El poder unificador y predictivo de sus leyes
fueron decisivas para permitir la culminación de la Revolución Científica iniciada
en 1543 por Nicolaus Copernicus con su De revolutionibus orbium coelestium,
sentando así pilares fundamentales de la ciencia moderna.
La hipótesis evolutiva pre-darwiniana más significativa fue sin duda
Fueron los descubrimientos en astronom ía y geolog ía hechos en los siglos XVIII la formulada por Chevalier de Lamarck en s u Philosophie Zoologique
y XIX los que sentaron las bases decisivas para el nacimiento de las ideas (1809).
evolutivas. Particularmente importante fue el trabajo del geólogo escoc és
Charles Lyell (1797-1875), quien expuso el principio del uniformitarismo . La teoría lamarckiana proponía que cada especie se originaba por
Este se basa en reconocer que los mismos procesos geol ógicos reconocidos en medio de la generación espontá nea a partir de materia inanimada,
el presente operaban en el pasado, y que por lo tanto las formaciones geológicas comenzando as í en la base de la “ cadena del ser ”. El suponía que
se pueden explicar por causas observadas en el presente. dentro de cada especie actuaba un “ fluido nervioso” que la hacía
progresar ascendiendo la cadena.
Lyell tuvo una gran influencia en el pensamiento de Charles Darwin, quien Asumía que las alteraciones corporales adquiridas durante el lapso de
adoptó el uniformitarismo en s u pensamiento evolutivo. vida de un individuo se heredaban, sentando las bases del principio
conocido como “herencia de caracteres adquiridos”.
Charles Robert Darwin (1809-1882) fue un naturalista inglés que Darwin escribió una serie de ensayos privados en 1844 y en
comenz ó a estudiar medicina y luego la carrera de cl érigo en la Univ. 1856 comenz ó un libro que quer ía titular Natural Selection.
de Cambridge (UK) antes de embarcarse en un viaje alrededor del Nunca lo termin ó y a que en 1858 Darwin (dcha.) recibió un
mundo a bordode la H.S.M. Beagle (1831-36), que la marina británica manuscrito de un joven naturalista, Alfred Russel Wallace
enviaba para cartografiar las costas de Sudam érica. El fue invitado (1823-1913) en el que quedaba claro que había descubierto
como naturalista y acompañ ante del Capitán Fitz Roy. Este viaje no de manera independiente el principio de la selecci ón natural.
sólo cambiaría la vida de Darwin, sino que revolucion ó radicalmente el Esta carta fue la que lo motiv ó a presentar su famosa
Charles Darwin, 1854 pensamiento occidental al presentar evidencia contundente de que las plática ante la Soc. Linneana de Londres en 1858, basada en
especies biológicas han evolucionado a partir de ancestros comunes. partes de sus ensayos y en la carta enviada por Wallace.
Seguidamente pasó a escribir un “resumen o abstract” de
Darwin se convenció de ello durante el viaje del Beagle. Consciente de 490 páginas de s u manuscrito Natural Selection, el cual fue
la importancia y repercusiones de su descrubrimiento , pasó 20 añ os publicado en 1859 en Londres bajo el t ítulo de:
recopilando evidencias antes de hacer públicas sus ideas. On the Origin of Species by Means of Natural Selection,
El 1 de Julio de 1858 Charles Darwin propuso su teor ía de la or the Preservation of Favoured Races in the Struggle
evolución por medio de la selecci ón natural en una reunión de la for Life
Sociedad Lineana de Londres. Su tratado monumental “EL origen de
las especies ” fue publicado un año despu és. El día de s u publicaci ón
El punto más d ébil en la teor ía Darwiniana era su
el libro qued ó agotado.
incapacidad de explicar cómo surgía n y cómo se transfer ían
Su libro no sólo revolucion ó el pensamiento biológico, sino también
los caracteres hereditarios de generaci ón en generación
la política, sociología y la filosofía moral de occidente.

En las décadas de 1930-40 Ronald A. Fisher, JBS Haldane y Sewall

Siete años después de la publicaci ón del Origen de las Especies (1866), el
Wright sientan las bases de la teor ía de genética de poblaciones ,
monje agustino austriaco Gregor Mendel describe sus trabajos con cruzas
desarrollando adem ás muchos de los índices estadísticos usados
de arvejas titulado “Versucheüber Pflanzenhybride” , en el que establece la
para estimar la intensidad de fuerzas evolutivas como la deriva,
existencia de “caracteres elementales de la herencia” y describe leyes
selección, mutación y migraci ón. Nace la Síntesis Evolutiva
estadísticas que gobiernan su transmisi ón d e generación en generaci ón.
o Síntesis Moderna . En esencia clarifica que la mutaci ón y selec-
El no sabía si estos caracteres elementales ten ían una base material o
ción natural actúan conjuntamente para causar evoluci ón adaptativa .
meramenterepresentaban “ interacciones vitales”
En 1869, Johann Friedrich Miescher , un qu ímico suizo, descubre una sustan-

cia á cida rica en P en c élulas espermáticas, a la que llamó nucleína. Lleg ó a Entre 1930 y 1950 T. Dobzhansky , G. Simpson, E. Mayr y G. Stebbins fusionan las teor ías
especular sobre su posible relación con la herencia , pero pronto abandonó propias de las disciplinas de gen ética , paleontología, zoolog ía y botá nica bajo la luz de la
esta “ idea absurda”. teoría evolutiva en lo que se vino a conocer como la nueva s íntesis.
Darwin, Mendel y Miescher no pod ían imaginar lo conectados que sus
respectivos descubrimientos estarían 100 años después ...
En 1944 Oswald Averydemuestra que el DNA es el material hereditario

(y no las proteínas como se pensaba). Incluso llega a especular que los
genes están hechos de DNA.
http://profiles.nlm.nih.gov/CC/Views/Exhibit/narrative/biographical.html
Avery , Oswald T., Colin M. MacLeod, and Maclyn McCarty . Theodosius G. Ledyard
Studies on the Chemical Nature of the Substance Inducing George Simpson Ernst Mayr
Dobzhansky Stebbins
Transformation of Pneumococcal Types. J. Exp. Med. 79, 2 ( February 1, 1944): 137-158.
Tema I: Breve historia del desarrollo de la biología evolutiva y filogenética

Desafortunadamente, muy poco de estos La cronología de la creación y otros eventos importantes
avances fundamentales en el desarrollo recopilados en la “historia bíblica” de la Tierra,
moderno de la teor ía evolutiva sali ó a la luz
pública en USA entrelos 1940-60 por la según el Arzobispo anglicano de Armagh ( Irlanda), James Ussher
presión que ejerc ían los “creacionistas” en
sobre los editores de libros de texto, — J. Ussher , The Annals of the World iv (1658)
obligá ndolos a evitar cualquier menci ón de
evolución en libros de biología. Por miedo a
perder negocio, las editoriales cedieron a Fuentes: http://en.wikipedia.org/wiki/Ussher_chronology
estas presiones. http:// www.lhup.edu /~dsimanek/ ussher.htm
Ussher's history of the Earth :

Algunos creacionistas afirman que el
diluvio universal fue el responsable de la 4004 BC - Creation (23 de Octubre, Domingo)
aparición de todos los f ósiles y formaciones 4004 BC – Adam and Eve weredriven from Paradise on Monday 10 November 4004 BC
geológicas sobre la tierra. Afirman que la
2348 BC - Noah's Flood ; the ark touched down on Mt Ararat on 5 May 2348 BC (Wed )
No fue hasta los 60 ´s que se revirtió el tierra se formó en exactamente 6 días
1921 BC - God's call to Abraham
problema. En parte debido al éxito de la ciencia (un 23 de Octubre del 4004 adC , segú n
soviética por el lanzamiento del primer sat élite estimó el obispo James Ussher, SXVII). 1491 BC - The Exodus from Egypt
Sputnik en 1957. Ello creó una oleada de Los geólogos abandonaron esta visión hace 1012 BC - The founding of the Temple in Jerusalem
pánico a través de sectores de la ciencia más de 300 a ños. Se trata de cristianos
586 BC - T h e destruction o f Jerusalem by Babylon
americana , incluída la biología evolutiva. En fundamentalistas que hacen una lectura
literal del Génesis para explicar la historia and the beginning of the Babylonian Captivity
1967, la legislatura del estado de Tennessee
vuelva a permitir la mención de evolución. de la vida en el planeta Tierra. 4 BC - T h e birth of Jesus

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Los primeros intentos de reconstruír

En 1953 Francis Crick y James Watson publican en Nature su la historia filogen ética estaban basados
modelo de la estructua en doble hélice del DNA. en pocos o ningú n criterio objetivo.
Se abre con ello la vía para el nacimiento de la evolución molecular.
Reflejaban las ideas o hip ótesis plausibles
generadas por expertos de grupos
taxonómicos particulares.
La mayor parte de la 1a. mitad

Emile Zuckerkandl fue junto con Linus Pauling uno de los pioneros de la disciplina
del SXX los sistemáticos estaban
de la evolución molecular , al descubrir que las moléculas de DNA y las proteínas
más preocupados por el problema
que codifican son “documentos de la historia evolutiva” dada la relativa constancia
de definir a las especies biológicas,
con la que acumulan variaciones ( mutaciones). Ambos publican un paper histórico
descubrir mecanismos de especiación
en 1965 proponiendo formalmentela existencia de un reloj molecular
y la variación geográfica de las espe-
cies, que en entender su filogenia.
A finales de los 60 ’s el genetista matemático Motoo Kimuracombina los

No fue hasta los 40 ´s y 50’s que los
principios teóricos de la genética de poblaciones con los nuevos conoci- Filogenia y clasificaci ón
esfuerzos de individuos como Walter
mientos de biolog ía molecular para desarrollar la teoría neutral de de la vida tal y como la
Zimmermann y Willi Henning
propuso Ernst von Haeckel
evolución molecular (1968), en la que la deriva gen ética es la principal comenzaron a definir métodos
en 1866
fuerza evolutiva que afecta al cambio en las frecuencias al élicas. objetivos para reconstruir filogenias en
base a caracteres compartidos entre
organismos fósiles y contempor áneos.
En la década de los 60’s estos métodos objetivos para estimar filogenias A la par que se acumulaban nuevas secuencias de proteínas y se desarrollaban métodos es-
se refinan y se desarrollan criterios explícitos como el de la taxonom ía tadísticos para inferir filogenias y patrones de evolución molecular, la biología molecular
numérica (Peter Sneath y Robert R. Sokal, 1963). Desarrollan métodos desarrola métodos cada vez más eficientes de secuenciación de proteínas y ácidos nucl éicos
de agrupamiento basados en matrices de distancias como el UPGMA
Frederick Sanger desarrolla técnicas muy eficientes de secuenciación
Robert R. Sokal
de proteínas (1955) y DNA (dideoxy chain termination, 1975).
Recibedos premios nobel en qu ímica.
Luca Cavalli-Sforza (parado) y Anthony Edwards colaboraron en la década
de los 60’s en la Universidad de Pavia, Italia, para fundar la disciplina
de filogenética numérica, concibi éndola como un problema de inferencia
estadística. Introdujeron los métodos de parsimonia, verosimilitud y de
matrices de distancias para inferir filogenias.

En 1993 Kary B. Mullis gana el premio Nobel de bioquímica por su

En los 60’s se contaba con unas reducida base de datos de secuencias método de amplificaci ón enzim ática de DNA ( PCR).
de proteínas globulares. Margaret Dayhoff fue la primera en comenzar
a construir una base de datos de secuencias y de inferir propiedades
Los protocolos de PCR disparan la
estadísticas del proceso de sustitución. Describen las matrices PAM.
generaci ón de secuencias
Además introduce métodos computacionales de parsiminoa para calcular
y el desarrolo de nuevas metodolo-
árboles de secuencias de proteínas.
gías, tales como la generación
de fingerprintes genómicos de
diversos tipos, tales como
AFLPs, PCR-RFLPs, RAPDs ...
En 1967 Walter Fitch y Emanuel
Margoliash publican una filogenia Nuevos métodos de secuenciación
Science, 1985 Dec 20, 230(4732):1350-4.
de proteínas de citocromo C se basan en tecnolog ía de PCR.
basada en un método de matrices
de distancias y un algoritmo para
su representaci ón en forma de
un árbol filogen ético usando
el métodos de los mínimos cuadrados.
Walter Fitch
¿Qué estudian la sistemá tica y evolución molecular? : conceptos bá sicos ¿Porqué estudiar filogenética y evolución molecular? : conceptos básicos
- La sistemática y evolución molecular engloban a un conjunto muy amplio de herramientas y
- Buena parte de la bioinform ática y genómica es esencialmentebiolog ía comparada:
modelos bio-estadísticos que nos permiten estudiar la “arqueología molecular” de los
organismos, es decir, el registro evolutivo escrito en el material hereditario (DNA) y en sus predicciones basadas en comparaci ón de motivos, secuencias, genomas y estructuras
productos (proteínas y RNAs estructurales, anatomía etc.), con el fin de poder hacer moleculares
inferencias sobre:
- Los organismos y sus componentes estructurales tienen una historia evolutiva
1. Las relaciones ancestro-decensdiente (filogenéticas) de dominios de prot., genes y organismos.
=> la filogenética yace en el corazón de la biología comparada
Las hipótesis filogenéticas resultantes son la base para hacer predicciones (inferencias) sobre
propiedades biológicas de los grupos revelados por la filogenia mediante el mapeo de caracteres - Comparaciones basadas en filogenias moleculares pueden proporcionar importantes
sobre la topología (hipótesis evolutiva).
descubrimientos difíciles de hacer mediante otras aproximaciones:
- elucidaci ón del árbol (red?) universal
2. Estimar la intensidad y papel de las fuerzas evolutivas (selección, deriva, migración,
- distinción entre ortólogos, par álogos y xenólogos y descubrimiento de funcionali-
recombinación) en el modelaje de la estructura de dominios protéicos, genes, poblaciones y
dades diferenciadas entreellos ; clasificación y anotación de familias (multi)génicas
genomas (evolución molecular).
- guía de alineamientos múltiples de nt y a a;
La sistemática molecular usa marcadores gen éticos para hacer inferencias sobre - guía para modelajes estructurales de RNAs y proteínas
procesos que acontecen en las poblaciones y para reconstruir su filogenia. Así se generan -…
grandes bases de datos de secuencias de genes espec íficos para una gran cantidad de
especies y organismos.
Los estudios de evoluci ón molecular usan estos sets de datos para evaluar tasas , procesos y
constriccioes en el cambio molecular a lo largo del tiempo. Los resultados de estos estudios
de evolución molecular a s u vez proveen de nuevos criterios para la selecci ón más informada
de marcadores moleculares para estudios filogen éticos y de genética de poblaciones .

La relación entre filogenética y evolución molecular: ¿Porqué estudiar filogenética y evolución molecular?
• La filogen ética tiene por objetivo el trazar la relación ancestro descendiente de los Corolario I:
organismos (árbol filogen ético) a diferentes niveles taxonómicos, incluyendo el árbol
universal, haciendo una reconstrucci ón de esta relación en base a diversos caracteres “Nothing in biology makes sense except in the light of evolution ”
hom ólogos (adquiridos por descendencia directa), tanto morfol ógicos como moleculares - Theodosius Dobzhanski, 1973
(The American Biology Teacher 35:125)
• La evolución molecular estudia los mecanismos y procesos que han llevado a la formación
de dichos caracteres, desde el nivel de posiciones de un cod ón hasta la organización y Corolario II:
estructura genómica y anatómica de un organismo , en un marco de biología comparada
en contextos tanto de poblaciones (microevoluci ón) como de linajes. Para ello require de “Nothing in evolutionary biology makes sense except in the light of a phylogeny ”
la hipótesis evolutiva de relaciones entre entidades revelada por una filogenia - Jeff Palmer, Douglas Soltis, Mark Chase, 2004
( American J. Botany 91: 1437-1445)
• Gracias a la cantidad masiva de secuencias disponibles en las bases de datos (inclu-

yendo centenas de genomas completos !) y la disponibilidad de sofisticados modelos de
evolución de secuencias y de su implementaci ón en programas de cómputo muy eficientes,
las filogenias moleculares son indispensables para examinar todo tipo de cuestiones
evolutivas .
• El desarrollo de métodos de simulaci ón de secuencias y rigurosos marcos de filogen ética
estad ística, tanto frecuentistas y Bayesianos, permiten hacer contrastes de hipótesis en
un contexto evolutivo!
Refs:
Huelsenbeck, J.P., Rannala, B., 1997. Phylogenetic methods come of age: testing hypotheses in an evolutionary context.
Science 276, 227-232.
Huelsenbeck, J.P., Ronquist, F., Nielsen, R., Bollback, J.P., 2001. Bayesian inference of phylogeny and its impact on
evolutionary biology. Science 294, 2310-2314
El concepto de filogenia y homología: definiciones básicas El concepto de filogenia y homología: definiciones básicas
“The stream of heredity makes phylogeny; in a sense, it is phylogeny. El proceso evolutivo con sus eventos de especiación ha involucradola sucesiva ramificaci ón
Complete genetic analysis would provide the most priceless data for the y algunas anastomosis de los linajes hereditarios. Los organismos actuales son el producto
mapping of this stream”. G.G. Simpson (1945) de esta historia y repesetan la puntas o nodos terminales del árbol de la vida.
El entendimiento completo de una filogenia requieredel conocimiento del patrón u órden

de ramificación (cladogénesis) y longitudes de cada rama (cambios anagen éticos dentro
de los linajes a lo largo del tiempo).
Eventos de transferencia horizontal de DNA entre ramas del árbol ( evolución reticulada)
son el resultado de hibridaciones interespecíficas mediadas por diversos mecanismos.
El producto de la hibridación puederesultar en genomas 100% híbridos (eucariontes) o
sólo afectar a determinados loci (mosaicos genómicos de los procariontes).
BGA1
FN13r1RC
especie 4
especie 4
especie 2
especie 3
especie 1
BC-P14f1
86 Blup MR1f1 28 13
62 USDA6T AF169582 11y27y3116

USDA110 Kazusa
89 99 USDA122
BC.C1 5
25
micro-escala BTA1
macro-escala 89 84 8
BC.P5
97
BC-C2R1 20y32y33y2755
99 BC.MAM1 7y10
1
LMG18230T
filogenia 70 BC.WK1
100BC-MK6f1
99
Filogenia: historia evolutiva del flujo hereditario a distintos niveles evolutivos/temporales,

TAL760ctg1 3
B071T 2y6
desdela geneaología de genes en poblaciones (micro-escala ; dominio de la genética 88 LTMR28cns1 9
Rhodo palustris
de poblaciones) hasta el árbol universal (macro-escala) M. huakuii Kazusa
0.02

El concepto de filogenia y homología: definiciones básicas El concepto de homología: definiciones básicas
Dado que filogenia es “el flujo de la herencia” , sólo los caracteres gen éticos o heredables
son informativos desde una perspectiva genealógica .
Homología: es la relaci ón entre dos caracteres que han descendido, generalmente con
Caracteres y estados de caracter . Los evolucionistas distinguen entrecaracteres, como
modificaci ón, de un ancestro comú n. Estrictamente se refierea ancestría por ejemplo los amino á cidos, y sus estados de caracter, como pueden ser gly o trp.
común inferida. La homología reside en los caracteres , no en sus estados !!!
Analogía: es la relaci ón existente entredos caracteres cuando éstos, aú n siendo similares, El reconocimiento de la condición de homología entre caracteres . La homología no es una
han descendido convergentemente a partir de caracteres ancestrales n o cualidad cuantitativa. Sólo hay dos condiciones posibles: ser o no homólogo. No se es más o
menos hom ólogo. Es como el embarazo. Se está o no se está en dicho estado.
relacionados en t érminos geneal ógicos.
Por tanto, para cuantificar el parecido entreun par de secuencias hom ólogas
se dice que presentan globalmente un 70% y 95% de identidad y similitud, respectivamente.
Cenancestro: del ingl és ( cenancestor), es el ancestro com ún más recientede los taxa bajo (no existe algo como 95% de homolog ía).
consideraci ón.
El concepto de homología es simplemente una abstracción sobre la relación entre
caracteres , sobre s u ascendencia comú n, relación que es indispensable determinar
para poder hacer reconstrucciones filogenéticas que reflejen la historia del
“flujo de la herencia”.
El concepto de homología: definiciones básicas Subtipos de homología: ortología, paralogía y xenología
Subtipos de homología: ortología, paralogía y xenología cenancestro
Evento de especiación #1
cenancestro
a lo largo del tiempo

“flujo hereditario”
Evento de especiación #1 Evento de duplicaci ón #1
a lo largo del tiempo
“flujo hereditario”
Evento de duplicaci ón #1
La naturaleza del subtipo de relación de homolog ía entre nodos terminales depende sól o de si
la secuencia cenancestral está localizada en un punto que correspondea un evento de espe-
ortolog ía: relación entresecuencias en la que la divergencia acontece tras un evento de ciaci ón ( “Y invertida”) o de duplicación (línea horizontal).
especiación. El ancestro com ún es el cenancestro. La filogenia recuperada de
A, B y C corresponden a tres poblaciones ( especies). Existen 2 eventos de especiación (Sp) y
estas secuencias refleja la filogenia de las especies.
dos de duplicaci ón (D p). Dos genes cuya sec. cenancestral está en un nodo correspondiente a
paralog ía: condición evolutiva en la que la divergencia observada acontece tras un evento de una Y invertida son ortólogas. Si dicha sec. correspondea un evento de duplicaci ón, son par á-
duplicación génica. La mezcla de ort ólogos y parálogos en un mismo análisis logas. Así C2 y C3 son pará logas entre ellas pero orólogas con respecto a B2. Ambas son
filogen ético recupera la filogenia correcta de los genes pero no necesariamente parálogas respecto a B1, pero ortólogas respecto a A1.
la de los organismos o taxa. La flecha roja denota un evento de transferencia horizontal entrelas especies A y B.
xenología: relaci ón entre secuencias dada por un evento de transferencia horizontal entre El gen AB es xenólogo con respecto a los otros 6 genes.
linajes. Distorsiona fuertementela filogenia de las especies. Cuando sea posible, hay que usar estos subtipos para definir la relación de homología

Marcadores moleculares usados en filogenética y evoluci ón molecular Marcadores moleculares usados en filogenética y evoluci ón molecular
II) Secuencias moleculares DNA/proteína

Polimorfimos de DNA y proteínas
I) Marcadores dominantes ( ? secuencias )

- RFLPs
- Fingerprints gen ómicos (AFLPs, RAPDs, Rep-PCR, SINEs
SSCPs, NSNPs ...)
- Análisis multilocus de isoenzimas
- etc ...
Los datos moleculares revelan información genética. Sólo caracteres con una base gen ética
son de inter és en filogen ética y evolución. De ahí que los marcadores moleculares son gene-
ralmente los favorecidos para hacer inferencias filogenéticas y evolutivas a distintos niveles • La premisa fundamental en evol. molec. es que en las secuencias de DNA y de sus
taxonómicos. productos se encuentra escrita una buena parte de su historia evolutiva.
Los caracteres fenotípicos muchas veces tienen una base gen ética menos clara y está n
• Secuencias de DNA representan el “ nivel anatómico” más fino de un organismo
gobernados por las interacciones de muchos genes con el ambiente. Muchos fenotipos
presentan gran plasticidad , es decir, que un mismo genotipo puede presentar una gradación
• Buena parte de la biología moderna tiene por objetivo revelar la información contenida en
de fenotipos. Esta variaci ón fenotípica puede confundir las verdaderas relaciones filo-
secuencias moleculares.
genéticas y determinación de parentescos.
El uso de protocolos de PCR permite acceder a todo el mundo biológico para escrutinios Objeticos importantes del curso son:
genéticos , incluyendo a las comunidades de microorganismos no cultivables 1.- mostrar qué información evolutiva es la que se encuentra escrita en las secuencias
de DNA y prot.
Los métodos moleculares permiten una f ácil y robusta distinción entrehomología y analog ía
2.- proporcionar una base t eórica y prá ctica sobre los métodos para recuperarla
y permiten hacer comparaciones de divergencia evolutiva usando métricos universales
Protocolo básico para un análisis filogenético de Selección de marcadores adecuados para hacer inferencias evolutivas
secuencias moleculares a distintos niveles de profundidad filogenética
Colección de secuencias homólogas Restricciones funcionales vs. tasas de sustitución:
• BLAST y FASTA
• Existe gran variabilidad en la tasa de sustitución entre genes y dominios génicos :
Alineamiento múltiple de secuencias
- intrones vs. exones
• Clustal, T -Coffee ...
- regiones codificadoras vs. regiones interg énicas o pseudogenes
Análisis evolutivo del alineamiento y selección del modelo de sustitución más ajustado - residuos catalíticos vs. no catalíticos, dominios estructurales vs. no estructurales
- 3as. posiciones vs. 1as y 2as en codones de secuencias codificadoras,
• homogeneidad composiconal, saturac.
• selección de modelos, ... - asas vs. orquillas en rRNAs y tRNAs ...
Estima filogenética
• Existen genes de evolución muy rá pida o muy lenta:
• NJ, ME, MP, ML, Bayes ...
-fibrinopéptidos evolucionan una tasa x900 > a la de ubiquitina y x20 > citocromo C
-genes de HIV evolucionan a x10 6 veces la tasa de un gen humano promedio!
Pruebas de confiabilidad de la topolog ía inferida
• proporciones de bootstrap
• Tasas de evolución y la teoría neutral de evolución molecular:
probabilidad posterior ...
Interpretación evolutiva y aplicación de las filogenias el reloj molecular, calibración y dataci ón de eventos de especiaci ón/extinción de linajes y
de pandemias ...

tasas de evolución de tres proteínas Evolución orgánica en tiempo evolutivo

en sustituciones/sitio/MY - La dimensi ón temporal
http://en.wikipedia.org/wiki /List_of_human_evolution_fossils000
“Mira retrospectiva en el tiempo” Historia de la tierra y de la vida
• fibrinop éptidos : 50- 200 MY

Hadésico Arqueozóico Proterozóico Fanerozóico
• hemoglobinas: 200- 800 MY
• citocromo C: 400-1300 MY Prec ámbrico (reducción progresiva de temperatura, de 70 – 20ºC)
atmósfera reductora atmósfera oxidante
20 %
Evolució n precelular (% O2 atmosférico)
(agragados supramacromoleculares) 0%
4.6 4.0 3.0 2.0 1.0 0.0 1x10 9 añ os

(Byr)
1as rocas
Sedimentarias Ediacara,
• Distintas proteínas presenta diferentes tasas de sustitución. As í los fibrinopéptidos presen- enriquecidas en 1 2C 1os estromatolitos Explosió n cámbrica
1os eucariontes
Issua (Groenlandia) Cianobacterias Fósiles de varios
Formaciones de
tan relativamentepocas constricciones , presentando una elevada tasa de sustitución neutral. 3.8 Byr (5 am) Fotosíntesis oxig énica Fe bandeado Phyla animales
Warrawoona, • Homo erectus
Citocromo C, en cambio, presenta mayores constricciones evolutivas y presenta una tasa de 1os microf ósiles Australia
Guntflint , Ontario
0.75. Byr (8 pm) (Kenya)
Warrawoona, Canada
sustitución menor. La hipótesis del reloj molecular dice que esta tasa, para ciertas proteínas , Australia
2.8-3 Byr (9 am )
Extinci ón 1.6 Myr (29.5 seg)
es constante en dis tintos linajes. 3.4 Myr (7 am) 2. 0. Byr (2 pm) dinosaurios • H. sapiens
Vida exclusivamente procariótica por al menos 1.5 Byr! 65 Myr (Dali Fosil, China)
(de Hartl y Clark, 1997. Principles of Population Genetics, Sinauer ) (20 min ) 209 kya; 3.9 segundos
Aplicaciones y predicciones filogenéticas (I) Ciccarelli et al. 2006 Science 311:1283-87 – Toward automatic reconstruction o f a
highly resolved tree of life
- Elucidación del árbol universal, sistemática bacteriana y la identificación/clasificación
de microorganismos ambientales (cultivables y NO CULTIVABLES > 90-99%) • Genomic Tree of life
rrs : un marcador lento (ML JTT+G, 100 boot)
Procariontes: carecen de nú cleo y orgá nulos based on 31 orthologs
from 191 species
with sequenced Caenoharbditis
genomes Drosophila
Danio
Gallus
Homo
γ Ratus
Proteobacteria β
Biología
“clásica”
α
Firmicutes
Bacteria: peptidoglicano; lípidos de membrana son ésteres de glicerol ;

RNA pol . 4 subunidades; formilmetionina como aa de inicio ...
Archaea: pseudo peptidoglicano; lípidos de membrana son éteres de glicerol ; Cyanobacteria
RNA pol . =8 subunidades; metionina como aa de inicio ...
Actinobacteria
Eucariontes: células núcleadas y con orgánulos

39.1 Eric Gaucher et al. 2008

39.1
• El estudio de Gaucher et al. se basa en la
resurrección de proteínas EF-Tu de nodos
sucesivamente más profundos en la filogenia
universal, hasta llegar a LUCA
• EF-Tu es el factor de elongación no-termo-
estable, de distribución universal, y que pre-
54.6 55.7 senta una correlación muy fuerte (0.91) entre
su temp. de desnat. y la temp. Ambiental a la
que viven los organismos de los que se han ais-
lado
• Las proteínas resurrectas de los nodos más
profundos presentan temps. de desnat. muy
superiores a los de nodos m ás recientes.
Scans de Dicroísmo circular representativos de
Proteínas EF-Tu actuales y ancestrales, correspondientes
a proteínas mesófilas (a,c) e hipertermófilas (b,d).
64.8 a) E. coli; b) Thermus; c,d) proteínas ancestrales tempranas y derivadas
73.3
• Esta evidencia molecular correlaciona muy bien con la evidencia geoqu ímica derivada del
análisis de relaciones de is ótopos de 18 O y 30 Si de rocas sedimentarias del Precámbrico
(3,800-542 millones de años atrás) que sugieren un enfriamiento progresivo de unos 70ºC
hace 3,5 Billones de años a tan s ólo 20ºC hace 800 Millones de añ os.
La TGH y la filogenia universal – TGH y demarcación de especies bacterianas

problemas y limitaciones evidenciadas desde la perspectiva genómica
- una perspectiva de genómica comparada
Filogenia genómica – ¿árbol o red?
Filogenia universal
basada en secuencias rrs
(Woese et al., 1991)
El origen evolutivo de los organelos: Doolittle, 1999

un caso clásico de TGH
Problemas e incógnitas de las filogenias profundas:
Se comparan las estructuras genómicas de

• ¿ Cuantos ortólogos son realmente universales?
• Distinción entre ortólogos, parálogos y xenólogos tres cepas de Escherichia coli
• ¿Cuanta señal filogenética queda en las secuencias?
s • ¿Alineamientos confiables?
sto • Métodos de reconstrucción y artefactos E. coli uropathogénica CFT073
opla
clor • Congruencia de señales filogenéticas provinientes
ia s E. coli enterohemorrágica EDL933
ndr de distintos genes
oco
mit • ¿Existió realment un sólo ancestro ? E. coli comensal K12
• ... una larga lista
Doolittle, 1999

tomado de Welch et al. 2002 tomado de Welch et al. 2002
Islands and evidences for their horizontal transfer
-85% (52 out of 61) of island codons have a significantly different codon usage vs. backbone
-EDL and CFTshare only 10% of island genes,

but >98% identity among backbone encoded proteins in the 3-strain comparison
Sólo el 39.2% del set
no redundante de proteínas -CFT and EDL strains conatin 60 and 57 islands >4 kb, most of them at the same relative
de las tres cepas es compartido positions with respec to backbone markers, although island contents are unrelated
entre ellas !!!
- 12 CFT073 and 10 EDL933 islands are closely associated to tRNAgenes
• Inferencias basadas en xenólogos tampoco A. Filogenia Bayesiana de especies de

Corolario: recuperan la filogenia de especies Bradyrhizobium basada en ortólogos
glnII+recA congruentes
A la luz de estos resultados queda evidenciado que ha de ejercerse un gran
bv. glycinearum
B. canariense BC-C2 (Canary Is.)
B. japonicum USDA142
cuidado a la hora de seleccionar genes para la reconstrucción de filogenias de
B. canariense
B. canariense BRE-4 (Canary Is.)
B. japonicum USDA136 1.00/100
B. canariense BC-MAM1 (Morocco)
B. japonicum USDA122 B. canariense BC-MAM5 (Morocco), ISLU16 (Spain)
especies bacterias. 100 B. japonicum USDA110 1.00/78 B. canariense BC-MAM2, BC-MAM6 (Morocco) I
B. japonicum DSMZ30131 B. canariense BC-MAM9 (Morocco)
B. japonicum 97 B. japonicum USDA6T
1.00/97
B. canariense BC- MAM12 (Morocco)
0.99/100
B. elkanii USDA61 D28964.1 1.00/100 B. canariense BC-P22 (Canary Is.)
100 B. elkanii USDA94 D28965.1 B. canariense BC- MAM8 (Morocco)
Loci sinténicos B. canariense BES-1 (Canary Is.)
bv. genistearum
99 B. elkanii USDA46 D28963.1
1.00/100 B. canariense BES-2 (Canary Is.), BC-MAM11 (Morocco)
100 B. canariense BTA1T AJ560653.1 1.00/100 B. japonicum X6-9 (China)
Loci accesorios: ortólogos:
B. japonicum
B. canariense BCO 1 AJ560656.1 0.99/78 B. japonicum DSMZ30131 T (Japan)
Vinuesa et al. (2005). Mol. Phylogenet. Evol . 34:29 -54

100 100 B. japonicum WM9 AF222753 B. japonicum FN13 (Mexico)
Ø especializaci ón ecológica Ø filogenia de especies B.

100japonicum ISLU256 AJ560651.1 1.00/95B. japonicum BGA-1 (Canary Is.)
100 B. japonicum ISLU207 AJ560652.1
79 1.00/84
B. japonicum BC-P14 (Canary Is.) II
B. japonicum X3-1 (China)
Ø genética de poblaciones B. canariense BLUH1 AJ560655.1
Ø frecuentemente cepa-específicos S. meliloti 1021 E006469 1.00/98 B. japonicum Blup-MR1 (Germany)
B. japonicum USDA110 (USA)
R. leguminosarum bv. viciae USDA2478 D28960.1 0.98 1.00/99 B. japonicum USDA122 (USA), Nep1 (Nepal)
R. leguminosarum bv. trifolii USDA2161 D28959.1 *
R. leguminosarum bv. trifolii AF217271.1
Bradyrhizobium genosp . a BC-C1 (Canary Is.) † III, α
0.99/94 Bradyrhizobium genosp . a CIAT3101 (Colombia) †
* 1.00 B. liaoningense Spr3-7 (China) IV
0.1 substitutions/site T
/100 B. liaoningense LMG18230 (China)
Bradyrhizobium genosp . ß BC-P6 (Canary Is.)
0.93/86
B. nodC ML phylogeny (GTR+G) 1.00/100 1.00/100 Bradyrhizobium genosp . ß BRE-1 (Canary Is.) V, β
Al comparar figs. A y B se comprueba Bradyrhizobium genosp . ß BC-MK6 (Morocco)
B.
1.00/93 yuanmingense B070 T (China)
0.99/91
que el locus simbiótico nodC ha 1.00 B. yuanmingense LMTR28 (Peru) VI (B. yuanmingense)
/100
B. yuanmingense TAL760 (Mexico)
sufrido TGH 1.00/100 B. elkanii USDA46 (USA)
1.00/100
Vinuesa et al. (2005). B. elkanii USDA76 T (USA) VII (B. elkanii)
1.00/100
IJSEM 55:569-575 B. elkanii USDA94 (USA)
1.00/100 Bradyrhizobium sp. BTAi1 (USA)
Bradyrhizobium sp. IRBG231 (Philippines)† VIII (photosynthetic)
Bradyrhizobium sp. IRBG127 (Philippines)†
S. meliloti 1021 †
Rho. palustris Pal-1†
0.1
substitutions per site

El pangenoma microbiano: pangenomas abiertos y cerrados Aplicaciones y predicciones filogenéticas (II):

Evidencia molecular de transmisi ón de HIV-1 en un caso criminal usandogenes de evol. r ápida
Estima de tama ños del genoma
Un gastroenter ólogo fue acusado del intento
“núcleo” (core ) y pangenoma de
de asesinato en 2° grado de su novia mediante
Rhizobiaceae simbióticos
inyección de sangre contaminada con HIV-1.
(Vinuesa y Contreras-Moreira,
2007, unpubl.) Este estudio representa el primer caso en el que
reconstrucciones filogenéticas de secuencias
(paciente P, víctima V y controles LA de
portadores en la población) fueron admitidas en
una corte criminal en EUA.
Las filogenias de RT y de env mostraron que las

secuencias de la V compartían ancestría directa en
forma de paralogía con las de una P del
gastroenterólogo.
Ref: Metzker et al. 2002.
Análisis de posiciones de codones de la RT PNAS 99:14292-142976
de la V revelaron genotipos consistentes con
mutaciones que confieren AZTR, similares a
las presentadas en la P.
El establecimiento a priori de la P y V como

posible par de transmisión del HIV-1
Filogenias del gen RT basadas en secuencias de
representó una clara hipótesis para ser la V, la P y LA, obtenidas por dos labs. independientes.
evaluada en marcos de estadística a) Baylor College of Medicine, Houston, TX (BMC)
filogen ética. b) Dpt. Ecology and Evol. Biol., Univ. Michigan (MIC)
Arboles filogenéticos: una introducción al bosque Arboles filogenéticos: una introducción al bosque
(I) terminología y conceptos básicos : anatomía de un árbol (II) enraizamiento de árboles
• Definición: Un árbol filogenético es una estructura matemática usada para representar la historia
evolutiva (relaciones de ancestro-descendiente) entre un grupo de secuencias o organismos.
Dicho patrón de relaciones históricas es la estima hecha de la filogenia o árbol evolutivo.
Humano Gorila
• Anatomía básica de un árbol
A B C D E nodo terminal,
hoja u OTU, grado 1 Chimpancé Orangutan
árbol no enraizado, sin direccionalidad
nodo interno,
vértice, grado 3
rama
nodo raíz,
split ( bipartición) grado 2
(ABC| DE = ***--)
Tres métodos usados para el enraizado de
tiempo
• La mayoría de los mé todos de reconstrucción estiman árboles:

árboles no enraizados, por lo que no disciernen entre a) grupo externo - (invertebado) a grupo
las 5 posibles topologías enraizadas generables a partir interno (vertebrados)
• reconstrucción de caracteres ancestrales de 4 OTUs. b) punto medio – se pone la raíz en el punto
árbol enraizado, con direccionalidad , que • Para enraizar un árbol (decidir cual topología es la intermedio del camino más largo del árbol
• longitud de ramas indica relaciones ancestro-descendiente que refleja el proceso evolutivo ), necesitamos infor- c) duplicación génica – enraizamos en el nodo
• soportede, o confianza en biparticiones (((humano , chimp),gorila), orang) mación biológica adicional que separa a las copias parálogas

(III) terminología y conceptos básicos (IV) terminología y conceptos básicos : tipos de politomías
• Los árboles son como móviles : las ramas pueden rotarse sobre sí mismas sin afectar
a las relaciones entre los OTUs; ((((A,B),C),D),E) se puederepresentar como: • Existen distintos tipos de politomías
A C E politomía dura politomía blanda

B A
=
C
C = B
D
A divergencia simultá nea (incertidumbre)
D B
E E D
• Los árboles presentan distintos grados de resoluci ón ( árboles consenso)

?
topología estrella topología parcialmente topología totalmente
resuelta resuelta
ó ó ...
politomías
(V) terminología y conceptos básicos: tipos de árboles (VI) terminología y conceptos básicos
sin significado
R. galegae • Terminología relacionada con la reconstrucción de la historia de cambios en

R. huautlense • Un cladograma : sólo indica las relaciones
S. meliloti de ancestría enter OTUs estados de caracter
M. plurifarium
B. japonicum
sin significado
apomorfía : caracter derivado; estado apom órfico
• Una topolog ía aditiva contiene la informa-
0.05
0.02 R. galegae
plesiomorfía: caract. ancestral; estado plesiom órfico o ancestral
sin significado
0.02 0.06 R. huautlense ci ón sobre longitudes de ramas , que refleja

0.01 0.07 S. meliloti la distancia genética entre OTUs. As í entre
0.09 M. plurifarium
R. galegae y R. huautlense la distancia esti-
0.10 B. japonicum
mada es de: 0.05 + 0.06 = 0.11
0.02 Sust./ sitio
divergencia gen ética
R. galegae • Una topolog ía ultram étrica, dendrograma o

R. huautlense árbol linearizado, representa un tipo espe-
sin significado
S. meliloti cial de árbol aditivo en el que los nodos ter- autapomorfía sinapomorfía homoplasia
M. plurifarium minales son todos equidistantes de la r aíz.
B. japonicum • carácer compartido no
Este tipo de árbol se emplea para represen- • carácer derivado • carácer derivado
400 300 200 100 0 My tar el tiempo evolutivo, expresado bien como único (aut) hom ólogo, es decir , no
compartido (syn)
0.10 0.08 0.06 0.04 0.020.00 Sust./ añ os o cantidad de divergencia medida por heredado directamente
sitio/My un reloj molecular
tiempo del ancestro

(VII) terminología y conceptos básicos (VIII) terminología y conceptos básicos
• Filogenia y clasificación de organismos: monofilia, parafilia y polifilia

• Tipos de homoplasia
grupos monofil éticos • Grupos parafiléticos agrupan • Grupos polifiléticos agrupan
Evolución independiente del Evolución independiente del Reversión a la condición o clados a organismos que comparten a organismos que comparten
mismo estado de caracter a mismo estado de caracter a ancestral caracteres primitivos (plesio- caracteres convergentes
partir de la misma condición partir de una condición mórficos), excluyendo a otros (homoplásicos) pertenecientes
ancestral ancestral diferente del mismo linaje que presentan a distintos linajes
caracteres derivados ( autapo-
mórficos)
“reptiles” “buitres”
grupos no
sa
o
nd
pre
o
s
mu
nd
monofil éticos
rilo
nue itres
as
ñ as
os
mu
tug
od
s d
jo s
art
vo
üe
tre
s
bu
ave
coc
tor
lag
ave
cig
bui
vie
evolución evolución pérdida
paralela convergente secundaria
Parafilia Polifilia
Arboles de genes vs. árboles de especies - Arboles de genes vs. árboles de especies -
el problema de la definici ón de relaciones de homología el problema de la definici ón de relaciones de homología
Al hablar de homología debemos distinguir además entre homolog ía entre genes,

Relaciones de homología entre genes: secuencias y funciones
Ortología – genes presentes en distintos taxa que comparten un ancestro común no duplicado,
y que han sido heredados verticalmente Homología entre genes: la evolución de lisozimas, un ejemplo cl ásico de evolución paralela
Paralogía – genes presentes en distintos taxa o en un mismo genoma resultantes de al menos

una duplicación génica y no de un proceso de especiación • Todas las lisozimas son homólogas al tener un ancestro común
Xenología – la homología se debe a un evento de transferencia lateral desde otro • Las copias en el langur y la vaca son ortólogas al descender
linaje de la misma copia (alelo) ancestral de lisozima
• La filogenia de especies puede ser inferida
erróneamente cuando se reconstruye en base • La historia evolutiva (filogenia) de las lisozimas convencio -
a secuencias parálogas y no se muestrean todas nales y las que ligan Ca2+ se remonta a distintas copias de la
las copias (p. ej. si muestreamos sólo las copias lisozima ancestral, y por tanto son familias parálogas
1, 3 y 5) eq ((fugu,human), mouse) !!!
• La funcionalidad de las lisozimas que ligan Ca2+ del caballo y
• Más compleja aún es la estima de la filogenia de
de la paloma es homóloga dado que la funcionalidad ancestral
especies si ha habido pérdida diferencial de
de estas proteínas era ligar Ca2+
parálogos en los dintos linajes a comparar
• Dado que las funciones digestiva de lisozimas en rumiantes
• Por tanto la inferencia de una filogenia de especies
vs. el ave hoatzin han surgido independientemente en cada
se realizará preferentemente usando genes de copia
uno de estos grupos, esta funcionalidad no es homóloga,
única, lo que hace más probable la condición de
ortología tratándose de un evento de evolución paralela convergente

Inferencia Filogenética – Métodos de reconstrucci ón filogenética

introducci ón – introducci ón
• La inferencia de una filogenia es un proceso de estimación ; se trata de obtener la mejor

• La inferencia de relaciones filogenéticas a partir de secs. moleculares requiere de la estima posible de una historia evolutiva basada en la informaci ón incompleta y con frecuen-
selección de uno de los muchos métodos disponibles cia ruidosa contenida en los datos. Estos, por lo general, son moléculas y especies contem-
poráneas
• Con frecuencia la inferencia filogen ética es considerada como una “caja negra” en la que
“entran las secuencias y salen los árboles” • En principio, sería posible postular escenarios evolutivos ad hoc mediante los cuales
0.05 cualquier filogenia tomada al azar podría haber producido los datos observados ;
R. galegae
?
es esencial por ello contar con un criterio estadísticamente y biológicamenteriguroso
0.02
0.02 0.06 R. huautlense
0.01 0.07 S. meliloti para la selección de una o más topologías de entretodas las posibles
0.09 M. plurifarium
0.10 B. japonicum • Los métodos de inferencia filogenética están dise ñados para este fin siguiendo una de dos
estrategias computacionales :
0.02 Sust./ sitio
1. mediante la definici ón de un algoritmo que determina los pasos a seguir para l a
• Objetivos fundamentales de este curso son:
reconstrucción de la topología
1. desarrollar un marco conceptual para entender los fundamentos teóricos que
2. mediante la definición de un criterio de optimización mediante el cual poder
distinguen a los distintos métodos de inferencia (clasificación de métodos)
decidir cual(es) topología(s) son las mejores (o igualmentefavorecidas)
2. presentar el uso de modelos y suposiciones en filogen ética
3. manejo empírico de diversos paquetes de software para inferencia filogenética bajo

diversos criterios
Métodos de reconstrucci ón filogenética: Inferencia filogenética molecular –

algoritmos vs. criterios de optimizaci ón clasificacón de métodos
• Podemos clasificar a los métodos de reconstrucción filogen ética en base al tipo d e

• Los métodos algorítmicos combinan la inferencia del árbol y la definición del mejor árbol
en una misma operación. Son por ello muy rá pidos datos que emplean (caracteres discretos vs. distancias ) y s i usan un método algorítmico
o un método de búsqueda basado en un criterio de optimización para encontrar
• Aquellos basados en criterios de optimizaci ón (CO) tienen en cambio dos pasos lógicos. la topología óptima bajo el criterio seleccionado
1. definir el criterio de optimizaci ón (descrito formalmente en una función objetiva) Tipo de datos
para evaluar cada posible topología, asignándole una puntuación con la que poder
comparar cuantitativamente el mérito de cada árbol en base al criterio de opti- caracteres
distancias
mización discretos
Método de reconstrucci ón
agrupamiento
algoritmo de
2. en un segundo paso se usan algoritmos de búsqueda específicos para calcular el UPGMA
valor de la función de objetividad y para encontrar el/los árbol(es) con la mejor y
puntuación acordea estecriterio (un valor máximo o mínimo, seg ún el caso) Neighbor
joining
• Los métodos basados en CO desacoplan por lo tanto los supuestos evolutivos hechos en el
primer paso de las t écnicas computacionales del segundo. El precio de esta claridad lógica
es que estos métodos son muchísimo más lentos que los algorítmicos, debido a que tienen Mínimos Máxima
optimización
que hacer búsquedas en el inmenso espacio de topologías para encontrar la(s) mejor(es) criterio de cuadrados parsimonia
topologías y y
Evolución Máxima
• Los métodos algor ítmicos tratan a los datos de diferente manera que los basados en mínima verosimilitud
criterios de optimizaci ón: an álisis de distancias vs. caracteres discretos

Métodos de reconstrucción filogenética – una clasificación Métodos de reconstrucción filogenética – una clasificación
I.- Tipos de datos: distancias vs. caracteres discretos II. M étodos algor ítmicos vs. criterios de optimización
• Los métodos de distancia primero convierten los alineamientos de secuencias en una • Los métodos algorítmicos o de agrupamiento (clustering) siguen una serie dada de pasos
matriz de distancias gen éticas en base al modelo evolutivo seleccionado, la cual es usada o reglas computacionales previamente definidas ( algoritmo) para reconstruir el árbol.
por el método algorítmico de reconstrucción para recuperar el árbol (UPGMA y NJ) Los métodos más usados son el UPGMA y NJ, basados todos en una matriz de distancias
• Los métodos discretos (MP, ML, Bayesianos) consideran cada sitio del alineamiento
(o una función probabilística para cada sitio) directamente
• Un set de 4 secs. y la matriz de distancias

correspondiente
• Un árbol de parsimonia y uno de distancias

para este set de datos produce topolo-
gías y longitudes de ramas idénticas
• La diferencia radica en que el árbol de

parsimonia identifica qu é sitio del alinea-
miento contribuye cada paso mutacional en
la longitud de cada rama
• Estos métodos son muy rá pidos, pero sensibles a parámetros tales como el orden en que se
van añadiendo OTUs al árbol creciente
• Al no seguir un criterio de optimización, no se puede evaluar la bondad relativa de ajuste
de topologías alternas a un set de datos particular
Métodos de reconstrucción filogenética – una clasificación Métodos de inferencia filogenética: en busca de la topología óptima
II. M étodos algor ítmicos vs. criterios de optimización

III.- Criterios de optimización y el problema del nú mero astron ómico de topolog ías
• Criterios d e optimización : reglas para decidir entre pares de topolog ías cual es mejor
(dados los datos) El nú mero de topologías posibles incrementa exponencialmente con cada nuevo taxon
• Los m étodos de reconstrucci ón de MP y ML utilizan diferentes criterios de optimización o secuencia (S ) que se añ ade al análisis
para seleccionar el/los árbol(es) entre las topolog ías que han de evaluar
No. de árboles no enraizados No. de árboles enraizados
• A cada topología se le asigna una puntuación (score) que es funci ón del ajuste existente
= (2s-5)!/2s-3 (s-3) = (2s-3)!/2s-2 (s-2)
entre la topolog ía y los datos
• Los m étodos de optimización tienen la gran ventaja de requerir una función probabilística
explícita que relaciona los datos con la topolog ía (p. ej. un modelo de sustituci ón). Ello Taxa árboles no enraiz. Árb. Enraiz.
permite evaluar la calidad de cualquier árbol (topología), permitiendo el uso de distintas 4 3 15
técnicas estadísticas para evaluar la significancia con la que las distintas hipótesis 8 10,395 135,135
evolutivas (topologías) en competici ón se ajustan a los datos!!! 10 2,027,025 34,459,425
• Ejemplos de m étodos de b úsqueda de árboles por criterio de optimización son: 22 3x1023 ...
SCORE 50 3x1074 * ...
- MP: máxima parsimonia (menor es mejor)
- ML: máxima verosimilitud (mayor es mejor) * Esto son aprox. 10,000 x el no. de átomos en el universo!!!
- ME: evolución mínima (menor es mejor)
- LS: cuadrados mínimos (menor es mejor) Por tanto se requieren de estrategias heurísticas de búsqueda árboles cuando n > ~12
• La gran limitación de los m étodos de optimización radica en que son computacionalmente para poder implementar métodos basados en criterios de optimización
muy costosos, requiriendo por lo general implementaciones heur ísticas del algoritmo

Criterios de optimización Criterios de optimización

IV. Parsimonia: dados dos árboles, se prefiere el que requiere menos V. M áxima verosimilitud: dadas dos topologías, la que hace los datos observados
cambios en estados de caracter más probables ( “menos sorprendentes ”) es la preferida
• El método de parsimonia (Pars) considera cada sitio filogenéticamente informativo El método de máxima verosimilitud (ML) considera cada sitio variable del alineamiento
(Pi) el alineamiento (al menos 2 pares de secuencias que compartan un polimorfismo). (incluídos singletones). Bajo el criterio de ML se busca la topología que hace más verosímil
Los sitios constantes (C) y los singletones (S) no son considerados. el patrón de sustituciones de un alineamiento dado un modelo evolutivo explícito!
• El supuesto teórico (modelo de evolución) impl ícito al método es que el árbol m ás verosímil Así, para un set de datos D y una hipótesis evolutiva (topología) H, la verosimilitud de dichos
es aquel que requiere el mínimo n úmero de sustituciones para explicar los datos (alinea- datos viene dado por la expresión:
Miento). El criterio de optimizaci ón de la Pars es el de cambio o evoluci ón mínima.
LD =Pr(D|H) que es la probabilidad de obtener D dada H (una probabilidad condicional) !
• Para cada sitio del alineamiento el objetivo es reconstruir su evolución bajo la constricción
de invocar el número m ínimo de pasos evolutivos. El nú mero total de cambios evolutivos Por tanto la topología que hace nuestros datos el resultado evolutivo más probable corresponde
sobre un árbol (longitud en pasos evolutivos del árbol) es simplemente la suma de cambios de a la estima de máxima verosimilitud de la filogenia (likelihood score ó valor de verosimilitud).
estados de caracter (p. ej. sustituciones) en cada sitio Pi de la matriz o alineamiento
k • la probabilidad está relacionada con la

Clases de sitios:
2
Pi= Pars. inform. L= S li “sorpresividad” de los datos
C= Constant i=1
S= Singleton • Estaríamos sorprendidos de obtener este resultado, dada
reconstrucciones su bajísima probabilidad (1/6)20 ó 1 en 3,656,158, 440,062,976!
para el sitio 2
Pi C S • Pero la probabilidad depende del modelo probabilístico asumido
• En filogenética, las distintas topologías representan a los

distintos modelos, y se selecciona aquel modelo que nos hace
sorprendernos menos de los datos que hemos coleccionado
Criterios de optimización: la alteranativa Bayesiana
• Aproximaciones tradicionales (matrices de distancia, ME, ML, MP)
- la búsqueda tiene por objetivo encontrar la topología óptima (estima puntual)
- no pueden establecer el soporte MLE

relativo de las biparticiones a
partir de una única búsqueda LD
LH= Pr(D|H) = Pr(D|τυφ)
tree space (τ i )
• Aproximación Bayesiana
- no busca una solo topología óptima sino una población de árboles muestreados
en función de su probabilidad posterior (algoritmos MCMC)
- la muestra de árboles obtenidos en una sola

sesión de “búsqueda ” es usada para valorar
el soporte de cada split en términos de pP 95%
credibility
propabilidad posterior interval
tree space (τ i )


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