import java.util.

ArrayList;

public class Grafo {

public int[][] g = {{2, 1, 0, 1, 0},

{1, 2, 1, 0, 0},
{0, 1, 2, 1, 0},
{1, 0, 1, 2, 1},
{0, 0, 0, 1, 2}};
private boolean[] visitiadoAnchura = new boolean[5];
private boolean[] visitiadoProfunidad = new boolean[5];

public Grafo() {
}

public int[][] getG() {

return g;
}

public ArrayList<Integer> recorridoAnchura(int nodoI) {

//Lista donde guardo los nodos recorridos
ArrayList<Integer> recorridos = new ArrayList<Integer>();
//El nodo inicial ya está visitado
visitiadoAnchura[nodoI] = true;
//Cola de visitas de los nodos adyacentes
ArrayList<Integer> cola = new ArrayList<Integer>();
//Se lista el nodo como ya recorrido
recorridos.add(nodoI);
//Se agrega el nodo a la cola de visitas
cola.add(nodoI);
//Hasta que visite todos los nodos
while (!cola.isEmpty()) {
int j = cola.remove(0); //Se saca el primero nodo de la cola
//Se busca en la matriz que representa el grafo los nodos adyacentes
for (int i = 0; i < g.length; i++) {
//Si es un nodo adyacente y no está visitado entonces
if (g[j][i] == 1 && !visitiadoAnchura[i]) {
cola.add(i);//Se agrega a la cola de visitas
recorridos.add(i);//Se marca como recorrido
visitiadoAnchura[i] = true;//Se marca como visitado
}
}
}
return recorridos;//Devuelvo el recorrido del grafo en anchura
}

public ArrayList<Integer> recorridoProfunidad(int nodoI) {

//Lista donde guardo los nodos recorridos
ArrayList<Integer> recorridos = new ArrayList<Integer>();
visitiadoProfunidad[nodoI] = true;//El nodo inicial ya está visitado
//Cola de visitas de los nodos adyacentes
ArrayList<Integer> cola = new ArrayList<Integer>();
recorridos.add(nodoI);//Listo el nodo como ya recorrido
cola.add(nodoI);//Se agrega el nodo a la cola de visitas
while (!cola.isEmpty()) {//Hasta que visite todos los nodos
int j = cola.remove(0);//Se saca el primer nodo de la cola
//Se busca en la matriz que representa el grafo los nodos adyacentes
for (int i = 0; i < g.length; i++) {
//Si es un nodo adyacente y no está visitado entonces
if (g[j][i] == 1 && !visitiadoProfunidad[i]) {
cola.add(i);//Se agrega a la cola de visita
//Se recorren los hijos del nodo actual de visita y se agrega el recorrido al la lista
recorridos.addAll(recorridoProfunidad(i));
visitiadoProfunidad[i] = true;//Se marca como visitado
}
}
}
return recorridos;//Se devuelve el recorrido del grafo en profundidad
}
}

// Para probar los métodos se ejecuta el siguiente código:

public class Prueba {

/**
* @param args the command line arguments
*/
public static void main(String[] args) {
// TODO code application logic here
Grafo g=new Grafo();
ArrayList<Integer> enAnchura=g.recorridoAnchura(0);//Nodo inicial 0
System.out.println("Recorrido en anchura de un grafo representado como matriz: ");
for(int i=0;i<enAnchura.size();i++){
System.out.print(""+enAnchura.get(i)+" ");
}
ArrayList<Integer> enProfundidad=g.recorridoProfunidad(0);//Nodo inicial 0
System.out.println("");
System.out.println("Recorrido en profundidad de un grafo representado como matriz:
");
for(int i=0;i<enProfundidad.size();i++){
 System.out.print(""+enProfundidad.get(i)+" ");
}
}

Referencia:
http://programandoandojs.blogspot.com/2013/08/recorrido-en-anchura-y-en-profundidad.html