Proteínas bacterianas asociadas al nucleoide, estructura del nucleoide y

expresión genética.

Dillon y Dorman, 2010

La mayoría proteínas asociadas al nucleoide (NAPs) se une al DNA y tienen la habilidad de

cambiar la trayectoria del DNA en el espacio tridimensional, pueden afectar la
transcripción de forma positiva o negativa.

Se ha observado una relación entre la transcripción y el número y estabilidad de bucles de

DNA en una región particular.

La actividad transcripcional varía dependiendo del estado fisiológico de la célula, cuando

hay un crecimiento acelerado se transcriben genes que codifican para componentes
ribosomales y demás elementos de traducción, además de haber una gran cantidad de
dominios en bucle de DNA, mientras que en un lento crecimiento estos dominios en bucle
de DNA se encuentran relajados, disminuyendo la actividad transcripcional.

Algunas NAPs pueden actuar como elementos límite, en especial aquellos que forman
puentes, la formación de puentes controla la transcripción, porque los puentes tienen el
potencial de atrapar la RNA polimerasa o excluirla de los promotores, silenciando así los
genes involucrados. Se cree que los puentes de DNA-proteína-DNA reprimen la
transcripción y deben interrumpirse para que comience la expresión génica.

NAPs.

H-NS: genoma guardián y represor universal. Tiene la capacidad de formr puentes DNA-
proteína-DNA

HU: regulador de la flexibilidad del ADN. La proteína HU tiene dos subunidades, Huα y
Huβ, que son 70% idénticas en la secuencia de aminoácidos. En E. coli, Hu existe en forma
de homodímero o heterodímero, dependiendo de la etapa de crecimiento de la bacteria.
Las interacciones HU-DNA parecen inespecíficas, pero la proteína tiene preferencia por
unirse a regiones distorsionadas del DNA. HU influye en la expresión de una amplia gama
de genes en E. coli, incluidos los involucrados en el metabolismo central y la respiración

MukB y mantenimiento estructural cromosómico: E. coli depende de la proteína de

partición cromosómica MukB para la segregación eficiente de sus cromosomas hijos en la
división celular.

Lrp: un barómetro fisiológico. La proteína reguladora sensible a la leucina (Lrp) influye en

la transcripción de ~ 10% de los genes en E. coli y, según el gen objetivo, la leucina puede
potenciar, inhibir o no afectar la actividad de Lrp. Se une al DNA en una secuencia
consenso degenerada y tiene influencia en la trayectoria del DNA.

Fis: Fis ha sido estudiada intensamente desde la perspectiva de la organización del

genoma y la regulación génica. Generalmente se expresa en la fase estacionaria, cuando
se cree que la proteína brinda protección al DNA

Crp: se ha considerado tradicionalmente como un factor de transcripción convencional. Es

activo como un dímero y se une a una secuencia de DNA bien conservada, cuya ubicación
en los promotores objetivo permite que la proteína actúe como un represor o activador
de la transcripción. Requiere un cofactor, AMPc, para unirse al DNA, y esto proporciona un
vínculo entre la actividad de Crp y la fisiología de la célula.

Una de las características de las NAPs que los hace excelentes reguladores de la expresión
génica a nivel mundial es su promiscuidad en sus interacciones con el DNA. Los sitios de
unión a NAPs tienden a ser ricos en AT, que es una característica asociada con los
promotores. Por lo tanto, los NAP son proteínas de unión al DNA con requisitos de unión
que tienden a dirigirlos a los promotores. una vez que se han unido a un promotor
objetivo, sus interacciones posteriores con ese DNA tienen el potencial de determinar el
estado de expresión del gen en cuestión.