CICLO 2014-II Módulo: 2

Unidad: II Semana: 4

BIOTECNOLOGÍA AMBIENTAL

Fernando Merino Rafael

METABOLISMO MICROBIANO

Fernando merino rafael

METABOLISMO ENERGETICO
 FUERZA MOTRIZ DE PROTONES
QUIMIOSMOSIS
Mecanismo quimio - MEMBRNA
MITOCONDRIAL
osmótico (elementos) : CITOPLASMA INTERNA
1. La membrana
2. El transporte
exergónico de H+ TRANSPORTADOR
electrones genera un
gradiente de protones
a través de la
membrana ADP + Pi
3. El gradiente de
protones proporciona ATP asa
la energía necesaria
para la producción
ATP + H2O
endergónica de ATP
catalizada por la MATRIZ
ATPasa
TRANSPORTE DE PROTONES ORIGEN DE LA
FUERZA MOTRIZ
TRANSPORTE DE PROTONES ORIGEN DE LA
FUERZA MOTRIZ
FORMACION DE ATP
 ENERGETICA Y FLUJO DEL CARBONO
A) RESPIRACION AEROBICA B) RESPIRACION ANAEROBICA
COMPUESTO ORGANICO CO2
COMPUESTO ORGANICO CO2
FLUJO DE CARBONOS
FUERZA MOTRIZ FLUJO DE FLUJO DE CARBONOS
FLUJO DE
ATP DE PROTONES ELECTRONES
ELECTRONES
FUERZA
BIOSINTESIS
MOTRIZ DE BIOSINTESIS
O2 PROTONES
ATP

NO3 SO4-2 ACEPTORES DE ELECTRONES ORGANICOS

C) METABOLISMO QUIMIOLITOTROFO D) METABOLISMO FOTOTROFICO

LUZ
COMPUESTO INORGANICO CO2 CO2
FLUJO DE
ELECTRONES
FLUJO DE FLUJO DE
ATP FUERZA MOTRIZ FLUJO DE
DE PROTONES ELECTRONES CARBONOS CARBONOS
FUERZA MOTRIZ
DE PROTONES
BIOSINTESIS
BIOSINTESIS
O2

ATP
ORIGEN DE LA VIDA Y
EVOLUCIÓN DEL
METABOLISMO
 Historia

A. I. Oparin (1924) y J.B.S. Haldane (1928)

“Generación progresiva heterótrofa”
Evolución cosmoquímica y biogénesis
 Intentos de reconstruir el origen de la vida
Ascendente (estrategias cosmogeológica y biogeoquímica)
Condiciones específicas
Quimiorganotrofía: Oparin-Haldane (1920), Dyson (1982).
“Sopa prebiótica”.
Quimiolitotrofía: A.G. Cairns-Smith (1985), Wächtershäuser
(1988). “Mundo mineral”.
Quimiorganotrofía/litotrofía: C. de Duve (1991). “Mundo del
tioéster-hierro”.
Sin condiciones específicas
Origen genotípico: Eigen-Schuster (1971-1977). “Hiperciclos”.
Origen fenotípico: Kauffman (1977).“Conjuntos autocatalíticos”
Descendente (estrategia biológica)
Condiciones específicas
Paleobiología precámbrica: S.A. Tyler y E.S. Barhoorn (1954);
J.W. Schopf (1993).
Sin condiciones específicas
Mundo RNA: Woese-Crick-Orgel-Cech (1960-1980): J.W. Szostak
(2001).
Tres posibles hipótesis para la biogénesis
Grandes etapas de la biogénesis

Mundo prebiótico

Mundo del RNA

Mundo del DNA

 ¿Dónde apareció la vida?

• S. Arrhenius (1884) acuño el término panspermia. (esta

relacionada con la eternidad de la vida)
• Anaxágoras (V a.C.) creía en la eternidad de la vida
• F. Hoyle y N.C. Wikramasinghe (1978) y F. Crick (1981) dieron
argumentos a favor de un origen extraterrestre.
• P. Weber y J. M. Greenberg (1985) presentaron pruebas
sobre la viabilidad de esporas de B subtilis sometidas a
condiciones del espacio interstelar.
• La visión más extendida supone que la vida comenzó de
novo en el planeta Tierra.
• M. Eigen, (1989) presenta indicios, basados en el análisis de
las divergencias horizontal y vertical de las secuencias de
los tRNA, que llevan a pensar que la edad del código
genético no es mayor que la del planeta.
 Habitabilidad espacial (V. Smil, 2002)

• Define este concepto considerando las regiones en las que

es posible la existencia de agua en estado líquido.
• Estas zonas quedan comprendidas entre dos envolturas
esféricas (caliente y fría) centradas en una estrella de
características apropiadas.
• La especificación de la zona habitable del Sistema Solar
(0,95 a 1,37 UA) se basa en lo siguiente:
1. Una radiación solar de 1,1 veces el valor actual (1,4 x 103 W
m-2) provoca la fotolisis del agua, con escape de H.
2. Una baja temperatura promueve la disolución del CO2
troposférico (con formación de carbonato). El pequeño
efecto invernadero no compensa la disminución de
radiación solar.
 Condicionantes para la habitabilidad espacial

Los requisitos para que se de la habitabilidad espacial se

dan por condicionantes planetarios, estelares y galácticos:
1. Los tres determinantes planetarios más importantes son los
parámetros orbitales (traslación, excentricidad, rotación e
inclinación) y la masa y composoción del planeta =
insolación, gravedad y topografía superciciales, presión y
temperatura atmosféricas y flujo geotérmico.
2. La masa y sistema estelares condicionan el tiempo de
permanencia en la secuencia principal, el espectro de
radiación y la estabilidad de las órbitas de los planetas
asociados
3. El ambiente intergaláctico determina:
• Los parámetros orbitales de la estrella
• La ausencia de regiones de alta densidad interestelar
(nebulosas)
 ¿Cuándo apareció la vida?

Las siguientes pruebas permiten delimitar la época

en la que se establecieron los sistemas biológicos
en la Tierra:
1. Marcadores cronológicos (radioisótopos).
2. Geoquímicos (como las formaciones de hierro
bandeadas, BIF).
3. Fraccionamiento isotópico cinético (la preferencia
biológica de los isótopos ligeros)
4. Análisis filogenético molecular.
El precámbrico comprende tres eones y todos los
indicios indican que los primeros sistemas
biológicos emergieron en el Arcaico (Arqueano).
Cronología del Precámbrico
 El enigma sobre el origen de la vida
M.A.Line (2002)

• Ha transcurrido poco tiempo desde la fase de

química prebiótica hasta LUCA (el último antecesor
común de los tres dominios, cenacestro)
• Por tal motivo, el origen de la vida en el planeta
Tierra aparece como un suceso muy improbable.
• Lo cual lleva a pensar en algún tipo de panspermia.
 Datos sobre el origen de la vida

• Las formaciones bandeadas de hierro (BIF) se depositaron durante el

Arcaico.
• Estas bandas de hematites y magnetita se interpretan como el resultado de
la progresiva oxidación del planeta hasta que se agotó el hierro ferroso
soluble oceánico.
• Los depósitos de uraninita y pirita también apoyan la creencia de que hasta
hace unos 2 Ga, los sistemas biológicos sólo podían disponer de trazas de
oxígeno.
• La escasez de oxígeno en la atmósfera implica que el metano sería cien a mil
veces más abundante que en la actualidad.
• También indica ausencia de ozono estratosférico. (intensa fotolisis del
metano y del agua).
• La atmósfera primitiva es probable que no tuviera amoniaco pues es
inestable por encima de 800°C.
• Pero se ha demostrado que el amoniaco puede producirse por reducción
abiótica (con el concurso de hierro ferroso y agua) de dinitrógeno, nitrito o
nitrato.
• El sulfuro de hidrógeno y los sulfuros y el fosfato son buenas fuentes del
azufre y fósforo.
Ecosistemas arcaicos
¿CÓMO APARECIÓ LA VIDA?
 Micromoléculas

• Cuando el planeta condensado se enfrió, perdió todo el

hidrógeno.
• La oxidación fotoquímica del Fe++ pudo producir vastas
cantidades de equivalentes de reducción que enriquecieron
la atmósfera en H2, CH4, NH3, HCN, H2O, H2S y otras
moléculas al tiempo que el Fe++ precipitaba como óxidos y
complejos de Fe+++ que produjeron las primeras BIF.
• Las descargas eléctricas u otro tipo de energía harían
reaccionar los gases atmosféricos para formar
micromoléculas orgánicas.
• Este material orgánico también pudo haber sido traído por
meteoritos o cometas.
• S.L. Miller (1953) realizó los primeros experimentos
modernos de síntesis prebiótica.
 Síntesis prebiótica de micromoléculas significativas

AUTOR CONDICIONES MICROMOLÉCULAS

F. Whöler (1828) Isocianato amónico, calor Urea

A. Strecker (1850) Acetaldehído, HCN, NH3 Alanina

S.L. Miller (1953) Atmósfera reductora, Aminoácidos, ácidos

descargas
J. Oró,A.P.Kimball(1961) Acido cianhídrico, reflujo Purinas

C. Ponnamperuma (1967) Formaldehido,caolinita,c Azúcares

alor
J.P. Ferris (1968) Cianoacetileno, descargas Pirimidinas

D. Ring (1972) Atm. No reductora, Aminoácidos

descargas
W.D. Fuller (1972) Bases nitrogy azúcares, Nucleósidos púricos
calor
R. Lohmann, L.E.Orgel Nucleósidos y nucleótidos
(1976) polifosfatos, calor
 En condiciones no tan reductoras (CO2, N2, H2O)

• La síntesis prebiótica de micromoléculas es muy

escasa.
• Es necesario pensar en aportaciones
extraterrestres de material orgánico.
 Moléculas encontradas en las nebulosas

H2 PH3

CO2 HCHO (formaldehído)

N2 HCSH (tioformaldehído)

CO CH3CHO (acetaldehído)

NH3 C2N2 (cianógeno)

CH4 HCN (cianuro de hidrógeno)

H 2O H2NCH (cianamida)
 Macromoléculas

• El mundo prebiótico habría permanecido estéril sin

ayuda energética y catalítica.
• La policondensación en medio acuoso (H2O 55M)
está desfavorecida termodinámicamente ya que la
Keq va de 0,036 (8kJ mol-1de enlace peptídico) a
0,0002 (20kJ mol-1 de enlace fosfodiester)
• M1 + M2 R1 – R2 + H2O
• Entonces hay que eliminar o secuestrar el agua
adsorbiéndola a minerales o acoplando las
deshidratación de los monómeros con la
hidratación de compuestos energéticos.
 Policondensaciones prebióticas
POLIPÉPTIDOS POLINUCLEÓTIDOS
S.W. Fox (1958, 1977) L.E. Orgel (1968, 1973)

S.A. Akabori (1959) J. Oró (1974)

C. Ponnamperuma y E. Peterson (1965) L.E. Orgel (1983, 1986)

|M. Paecht-Horowitz y A. Katchalsky G. Von Kiedrowski (1986)

(1967)
D.H. White y J.C. Erickson (1981)

ÁCIDOS PÉPTIDONUCLEÍCOS POLINUCLEOTIANÁLOGOS

P.E. Nielsen (1991) A. Schenmoser (1992, 1997)

M. Egholm (1993) S. Pitsch (1993)

EVOLUCIÓN DEL
METABOLISMO
 LUCA

• Es el antecesor común más reciente de todos los

organismos vivos.
• Debió ser una entidad compleja.
• Poseía un sistema de fosforilación oxidativa acoplado a una
o varias cadenas respiratorias aerobias y anaerobias junto
con enzimas necesarias como deshidrogenasas e
hidrogenasas.
• Un sistema fijador de nitrógeno y otro desnitrificador (tanto
en Archaea como en Bacteria se encuentran las enzimas
correspondientes).
• No parece que LUCA fuera fotosintético ya que en Archaea
no se han encontrado centros de reacción clorofílicos.
• Respecto a la respiración aeróbica, ésta se pudo llevar a
cabo a muy bajas concentraciones de oxígeno (0,3-0.5%)
producto de la fotolisis del agua por radiación UV
Complejidad mínima de LUCA y árbol filogenético
de la subunidad I de la citocromo oxidasa
 Metanogénesis

• Las arqueobacterias metanógenas son buenos candidatos a

organismos muy primitivos ya que son tanto productores
(quimiolitoautótrofos):
CO2 + 4H2 CH4 + 2H2O
4CO + 2H2O CH4 + 3CO2
• Como consumidores y recicladores (quimiorganótrofos):
CH3OH + H2 CH4 + H2O
4HCCOOH CH4 + 3CO2 + 2H2O
CH3COOH + H2O CH4 + CO3H2
• Los fragmentos monocarbonados se pueden convertir en en acetil-
CoA y, junto con con el NH4 producido por fijación, en las demás
biomoléculas.
• El tiempo de permanencia del metano en las condiciones anóxicas de
la Tierra primitiva sería unas mil veces mayor que la actual,
produciendo un efecto invernadero que disminuiría la debilidad solar.
 Sintrofía

• La fermentación es un buen procedimiento para

producir energía metabólica en condiciones
anaeróbicas.
• No alcanzan para vivir, puede considerarse útil
cuando se acoplan a otras reacciones
• Por ejemplo cuando la fermentación de alcohol a
acetato de algunas especies se acopla a la
metanogénesis de otras especies se puede lograr
una transferencia de hidrógeno interespecífica que
hace viable el consorcio:
2CH3CH2OH + CO2 CH4 + 2CH3COOH
 Respiración

• El análisis filogenético de la superfamilia de la citocromo oxidasa

comprueba la existencia de tres familias distintas.
• Dos de ellas (SoxB y SoxM) se encuentran en Archaea y Bacteria.
• La otra (FixN) es exclusiva de Bacteria y puede usarse como grupo
externo con fines comparativos.
• La NO y NO2 reductasas son homólogas de las subunidades I y II de
las citocromo oxidasas y catalizan reacciones similares:
2NO + 2H+ + 2e- N2O + H2O
N2O + 2H+ + 2e- N2 + H2O
½ O2 + 2H+ + 2e- H2O
• J. Castresana ha propuesto que las citocromo oxidasas de tipo FixN
han evolucionado a partir de la NO reductasa y que la respiración
aeróbica deriva de la desnitrificación.
• El centro Fe-Fe que reduce NO es más antiguo que el Fe-Cu reductor
del oxígeno
• Es probable que la primera cirocromo oxidasa de LUCA usara el NO
como aceptor de electrones
 Respiración

• En la cadena respiratoria aerobia sólo existe un

aceptor terminal pero en la cadena respiratoria
desnitrificadora hay muchos (NO3, NO2, NO y N2O):
2NO3 + 12H+ + 10e- N2 + 6H2O
• Desde una perspectiva filogénetica y geológica
también es probable que LUCA respirara alguno de
los posibles compuestos azufrados (sulfato, sulfito,
tetrationato y azufre):

SO4 + 4H2 S° + 4H2O

Biosíntesis de clorofilas y evolución de la
fotosíntesis
 Fotosíntesis

• S. Granick postuló en 1965 que la clorofila (Chl)

debió preceder a la bacterioclorofila (Bchl) porque
la biosíntesis de la primera requiere un paso menos
de reducción
• D.H. Burke (1993) han aprovechado la circunstancia
de que los genes bchL y bchX tienen una notable
semejanza con nifH, que codifica las ferroproteínas
de la nitrogenasa y, usando la secuencia de éste
como grupo externo, han establecido las relaciones
filogenéticas de las proteínas ferroclorofílicas.
• Esto último pone de manifiesto que Bchl es anterior
a Chl.
Biosíntesis de clorofilas y evolución de la
fotosíntesis
 Fotosíntesis

• Sustancias orgánicas y sulfuro de hidrógeno proporcionarían en

los organismos anaerobios los donadores de electrones:

2H2S + CO2 + hv (CH2O) + H2O + 2S

• Células facultativas, parecidas a algunas cianobacterias actuales,

realizarían fotosíntesis oxigénica:

H2O + CO2 + hv (CH2O) + O2

• Si los estromatolitos del grupo Warrawoona, de -3,5 a -3,2 Ga,

fueron construidos por cianobacterias oxigénicas, el oxígeno
resultante empezaría a oxidar el hierro ferroso del océano
(formándose las BIF) hasta que el agotamiento de éste hizo posible
la progresiva acumulación de oxígeno en la atmósfera.
 Anabolismo

• Lo más probable es que las células primitivas usaran la ruta

del acetil-CoA para sintetizar biomoléculas.
• G. Wächtershäuser (1988) ha indicado que la formación de la
pirita puede impulsar la fijación autocatalítica de CO2
• Posteriormente evolucionaría el ciclo de Calvin.
• R. Fani (2000) ha presentado pruebas filogenéticas que
indican que la fijación biológica de nitrógeno es anterior a -
3,5 Ga y, por tanto, anterior a la divergencia de los tres
dominios.
• Se supone que su función primitiva estaría relacionada con
procesos de detoxificación de cianuros y compuestos
relacionados ya que el NH4 abundaría en la atmósfera.
• Al agotarse por causas físicas (fotolisis) y biológicas, la
nitrogenasa se convertiría en mecanismo fijador antes que la
oxigenación de la atmósfera propiciara el advenimiento de la
nitrificación.
¿POR QUÉ APARECIÓ LA
VIDA?
 Vida

• Fuerza o actividad interna sustancial, mediante la que obra el

ser que la posee. Estado de actividad de los seres orgánicos.
(definición del diccionario)
• Para la mayoría de autores un sistema está vivo si se
autorreplica y está sujeto a la evolución darwiniana, también
que hay muchas clases de vida.
• Para M. Eigen (1992) la vida no es una propiedad inherente de
la materia sino una necesidad histórica.
• Para S.A. Kauffman (1995) la tensión creadora de la vida,
equilibrada entre la sencillez estéril y la complejidad letal, no
está enraizada en el ciego azar sino en la necesidad
matemática.
• La biogénesis ha pasado de ser un misterio insondable a
convertirse en un criptograma descifrable.
 Principales ventajas e inconvenientes de los
modelos de biogénesis
MODELO VENTAJA INCONVENIEN
TE

Sopa prebiótica Facilidad de la Propiedades de

polimerización la membrana

Mundo del Fe – Elegancia, Apoyo

S sencillez experimental

Mundo del RNA Potencia de las ¿Inestabilidad

técnicas del RNA?
GRACIAS