Basados en proteínas

 Isoenzimas son enzimas que difieren en la secuencia de aminoácidos, pero que

catalizan la misma reacción química

Basados en el ADN
 RFLP (o Polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción)

se refiere a secuencias específicas de nucleótidos en el ADN que son reconocidas y cortadas

por las enzimas de restricción (también llamadas endonucleasas de restricción) y que varían
entre individuos

 AFLP (o Amplified fragment length polymorphism)

son un tipo de marcador molecular que está basado en la restricción del ADN genómico

mediante enzimas de restricción y en la subsecuente amplificación de algunos de esos
fragmentos mediante la reacción en cadena de la polimerasa. 

 RAPD (o Random amplification of polymorphic DNA)

es un tipo de marcador molecular basado en la reacción en cadena de la polimerasa. Los

fragmentos de ADN obtenidos por medio de esta técnica se amplifican en regiones aleatorias
del genoma ya que los iniciadores o cebadores de la reacción son secuencias arbitrarias de
ADN sintético

 VNTR (o Número variable de repeticiones en tándem)

son repeticiones de secuencias de 9 a 100 pares de bases que se utilizan como marcador

molecular. El número de repeticiones es variable pero en general es menor a 1000.

 Microsatélites, SSR o STR

son secuencias de ADN en las que un fragmento (cuyo tamaño va desde dos hasta seis pares
de bases) se repite de manera consecutiva.

 SNP (o Single-nucleotide polymorphism)

es una variación en la secuencia de ADN que afecta a una

sola base (adenina (A), timina (T), citosina (C) o guanina (G)) de una secuencia del genoma

 TRAPs (o Polimorfismos para la amplificación de regiones blanco)

son un tipo de marcador molecular que está basado en la amplificación del ADN genómico

mediante la reacción en cadena de la polimerasa.1
la secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro componentes
básicos químicos, llamados "bases", que forman la molécula de ADN. La secuencia
les informa a los científicos la clase de información genética que se transporta en un
segmento específico de ADN. Por ejemplo, los científicos pueden usar la información
de las secuencias para determinar qué tramos de ADN contienen genes y qué tramos
transportan instrucciones regulatorias, que activan o desactivan genes. Además, y de
manera muy importante, los datos de las secuencias pueden resaltar los cambios en
un gen que pueden causar enfermedades.