Aminoácidos, Péptidos y Proteína.

1. Propiedades físico-químicas de los aminoácidos:

1.1. Propiedades generales:

 Clasificación y estructura:
Los ᾳ-aminoácidos son las unidades estructurales de las proteínas.
Constan de un átomo de carbono a covalentemente unido a un átomo de
hidrógeno, un grupo amina, un grupo carboxílico y una cadena lateral, o
grupo R.

Las proteínas naturales contienen hasta 20

diferentes aminoácidos primarios, unidos vía enlaces amida. Las
propiedades físico-químicas, como la carga neta, la solubilidad, la
reactividad química y las posibilidades de establecer enlaces de hidrógeno
de los aminoácidos dependen de la naturaleza química de la cadena lateral.

Los aminoácidos se pueden clasificar tomando en cuenta el grado de

interacción de las cadenas laterales con el agua:

 Hidrófobos: Son aminoácidos que presentan una solubilidad

limitada con el agua, como son los que tienen cadena
alifática (Ala, Ile, Leu, Met, Pro y Val) y aromática (Phe,
Trp y Tyr).
 Hidrófilos: Son aquellos muy solubles en agua y pueden
estar cargados (Arg, Asp, Glu, His y Lys) o no (Ser, Thr,
Asri, Gln y Cys).
Los aminoácidos de acuerdo a la carga que posee su cadena lateral se
pueden diferenciar 2 subgrupos principales:
 Apolares: Son aquellos que su cadena lateral no tiene carga
dentro de estos se encuentran los alifáticos
(Gln,Ala,Val,Leu,Met) que su cadena lateral no cuenta con
enlaces dobles conjugados, y los aromáticos [Fenilalanina
(R=CH2-Benceno), Tirosina (R=CH2-Benceno-OH),
Triptófano (R=C(CH-NH)-Benceno]
  Polares: Los que su cadena lateral posee carga, entre los
cuales están los aminoácidos que carecen de carga, en
principio, pero tienen posibilidades de tener asimetría en
la distribución de las cargas, por la presencia de un átomo
de O ó N, tal es el caso de: la Serina (R=CH2OH) ,
Treonina (R=CH(OH)-CH3),Cisteína(R=CH2-SH),Prolina
(R*=CH2-CH2-CH2-NH2-),Asparagina(R=CH2-
C(NH2)=O), Glutamina (R=CH2-CH2-C(NH2)=O).Por
otro lado están los que poseen carga (son aminoácidos con
un grupo ácido o básico extra en su cadena lateral) entre los
cuales están:

 Aspartato (R=CH2-COO–): Tiene un grupo ácido y a

pH neutro está fuertemente ionizado.
 Glutamato (R=CH2-CH2-COO–): Tiene un grupo
ácido y a pH neutro está fuertemente ionizado. Junto
al Aspartato  actúan en mecanismos de catálisis
ácido/base.
 Lisina (R=CH2-CH2-CH2-CH2-NH3+): Grupo
amino. Captan hidrógenos y se cargan positivamente
a pH neutro (también arginina e histidina)
 Arginina (R=CH2-CH2-CH2-C(NH2)=NH2):
Grupo guanidino.
 Histidina (R=CH2-C(NH-CH=N)-CH): Grupo
imidazol. Por su ph próximo a 7 es el catalizador
ácido-base por excelencia en las enzimas.

 Estereoquímica de los aminoácidos:

Con la excepción de Gly, el átomo de carbono ᾳ de todos los aminoácidos

es asimétrico, lo que quiere decir que son distintos los cuatro grupos a él
unidos. El centro asimétrico así constituido es responsable de que los
aminoácidos exhiban actividad óptica, es decir, de que roten el plano de la
luz linealmente polarizada. Además, también son asimétricos los átomos
de carbono 13 de Ile y Thr, por lo que ambos aminoácidos pueden
hallarse en cuatro formas enantiómeras. Existen 2 estereosomeros
distinguibles: imágenes especulares que no se pueden superponer una de
la otra (enantiomeros o isómeros ópticos) los cuales son L-(constituyentes
de las proteínas) Y D-aminoácido (función biológica), estos se
representan convencionalmente del siguiente modo:
 Propiedades ácido base de los aminoácidos:

Como los aminoácidos contienen un grupo carboxílico (ácido) y un grupo

amina (básico), se comportan como ácidos y como bases; es decir son
anfolitos.
A pHs próximos a la neutralidad, tanto el grupo ᾳ-amino como el ᾳ-
carboxílico están ionizados y la molécula es un ion dipolar o zwitterion.
El pH al que el ion dipolar es eléctricamente neutro se le denomina punto
isoeléctrico (pi). Cuando el zwitterion se titula con un ácido, el grupo
coo- se protona. El pH al que las concentraciones de coo- y COOH son
iguales se le conoce como pKa1 (es decir, el logaritmo negativo de la
constante de disociación Ka1). Del mismo modo, cuando se titula el
zwitterion con una base, el grupo NH3+ se desprotona.

Los puntos isoeléctricos de los aminoácidos pueden calcularse a partir de

sus pKa1, pKa2 y pKa3 utilizando las siguientes expresiones:
Para un aminoácido que no tenga grupos cargados en la cadena lateral,
pi = (pKal + pKa2)/2.
Para los aminoácidos diácidos, pi = (pKa1 + pKa3)/2.
Para los aminoácidos dibásicos, pi = (pKa2 + pKa3)/2.
Los subíndices 1, 2 y 3 se refieren a los grupos a-carboxilo, a-amino y los
ionizables de la cadena lateral, respectivamente.

La carga neta de una determinada proteína, a un determinado pH, puede

hallarse calculando el grado de ionización de los distintos grupos
ionizables, usando la ecuación “Henderson-Hasselbach” y sumando
luego todas las cargas positivas y negativas.

[Base conjugada ] (Ecuación de “Henderson-

pH = pKa + log
[ Acido conjugado ] Hasselbach”)

 Propiedades hidrofóbicas de los aminoácidos:

Uno de los más relevantes factores que afectan a las propiedades físico-
químicas, como la estructura, la solubilidad, la fijación de la grasa, etc.,
de proteínas y péptidos es la hidrofobia de sus aminoácidos constitutivos.
La hidrofobia puede definirse como el exceso de energía libre de un
sóluto disuelto en agua, comparada con la que ofrece en un disolvente
 orgánico en condiciones similares. La forma más directa y más simple de
determinar las hidrofobias relativas de las cadenas laterales de los
aminoácidos implica la obtención experimental de los cambios de energía
libre para la disolución de las cadenas laterales de los aminoácidos en
agua y en un disolvente orgánico, como el etanol.
1.2. Reactividad química de los aminoácidos:

Los aminoácidos reaccionan fácilmente debido a la naturaleza química de su

radical, influyendo en la estabilidad, la reactividad y otras propiedades de las
proteínas. Los derivados de hidrocarburos aromáticos como la alanina, la
valina, la leucina y la isoleucina, son inertes y casi no intervienen en las
reacciones químicas; los aminoácidos con grupos aminos libres son
nucleofílicos como alanina, arginina y la lisina, por lo que favorecen cambios
como el de oscurecimiento o bien la formación de enlaces entrecruzados.

Muchas de estas reacciones se utilizan para modificar la hidrofilia e hidrofobia

y las propiedades funcionales de las proteínas y los péptidos. Algunas de ellas
pueden usarse también para cuantificar los aminoácidos y restos específicos de
las proteínas. Por ejemplo, la reacción de los aminoácidos con la ninhidrina, el
0-ftaldialdehído o la fluorescamina se emplean de ordinario para la
cuantificación de aminoácidos.

2. Estructura de las proteínas:

2.1. Jerarquía estructural de las proteínas:

 Estructura primaria:

Por estructura primaria de una proteína se entiende la secuencia lineal en

que los aminoácidos que la constituyen se unen de forma covalente, a
través de enlaces amida, conocidos también como enlaces peptídicos. El
enlace peptídico es el fruto de la condensación del grupo ᾳ-carboxílico
del aminoácido i y el grupo amina del aminoácido i + 1, con eliminación
de una molécula de agua. En esta secuencia lineal, todos los restos de
aminoácido se encuentran en la configuración L. Una proteína con n
restos de aminoácidos contiene n-1 enlaces peptídicos. Al extremo en el
que se encuentra el grupo a-amina libre se le conoce como N-terminal y a
aquel que tiene el grupo a-COOH libre se le conoce como e-terminal. Por
convención, N representa el comienzo y C el fin de la cadena
polipeptídica.

 Estructura secundaria:
 Es la disposición espacial periódica de los restos de aminoácidos en
ciertos segmentos de la cadena polipeptídica. Las estructuras periódicas
se producen al asumir los consecutivos restos aminoaciditos de un
segmento idénticos valores de sus ángulos de torsión el Ф y ѱ. El giro de
los ángulos el Ф y ѱ viene impuesto por las interacciones no covalentes
de corto alcance, a distancias muy próximas, entre las cadenas laterales de
los aminoácidos que disminuyen la energía libre local. Las estructuras
aperiódicas, o al azar, se dan en aquellas regiones de las cadenas
polipeptídicas en las que los sucesivos restos aminoacídicos tienen
diferentes ángulos de torsión el Ф y ѱ. En general, en las proteínas se
encuentran dos formas de estructuras secundarias periódicas (regulares).
Son las estructuras helicoidales y las estructuras en lámina.

 Estructura terciaria:

Por estructura terciaria se entiende la disposición espacial lograda cuando una

cadena polipeptídica lineal, con segmentos provistos de diversas estructuras
secundarias, se pliega sobre sí misma para adquirir una forma tridimensional
compacta La adquisición por parte de una proteína (inicialmente provista de
una configuración lineal) de una determinada estructura terciaria es un proceso
complejo. A nivel molecular, los detalles estructurales de una proteína están
justificados por su secuencia aminoacídica. Desde un punto de vista energético,
la formación de las estructuras terciarías supone la optimización de diversas
interacciones (hidrofóbicas, electrostáticas y de van der Waals) y enlaces de
hidrógeno entre diversos grupos de la proteína, de manera que se reduzca al
valor mínimo posible la energía libre de la molécula. El aspecto más importante
de la reorganización geométrica, para la reducción de la energía libre durante la
adquisición de la estructura terciaria, es la nueva ubicación de la mayoría de los
restos hidrófobos en el interior de la estructura y la de la mayor parte de los
restos hidrófilos, especialmente los cargados, en la interfase proteína-agua.

 Estructura cuaternaria:

Es la disposición espacial adoptada por una proteína que contiene más de

una cadena polipeptídica. Numerosas proteínas biológicamente
importantes son dímeros, trímeros, tetrámeros, etc. Cualquiera de estos
complejos cuaternarios (también denominados oligómeros) puede estar
formado por subunidades (monómeros) idénticas (homogéneas) o
distintas (heterogéneas).
La formación de las estructuras oligoméricas es debida a interacciones
específicas proteína-proteína. Se trata fundamentalmente de interacciones
no covalentes, como puentes de hidrógeno, interacciones hidrófobas e
interacciones electrostáticas. La riqueza en aminoácidos hidrófobos
parece influir en la tendencia a la formación de proteínas oligoméricas.
2.2. Fuerzas Implicadas en la estabilidad de la estructura de las
proteínas:

La estructura de las proteínas está estabilizada por distintos tipos de enlaces,

como enlaces covalentes (enlace peptídico, enlace por puentes disulfuro),
enlaces por puentes de hidrógeno (interacciones dipolo-dipolo), interacciones
hidrofóbicas, enlaces salinos (interacciones electrostáticas) o las fuerzas de los
contactos de Van der Waals. Todos estos tipos de enlaces juegan un importante 
papel en la estabilización de la estructura tridimensional de las proteínas. 

 Enlaces por puente disulfuro: Este tipo de enlaces se establece al

oxidarse dos cisteínas para formar una cistina, unión de los dos azufres. 
 Enlaces salinos: Al poderse encontrar en el esqueleto polipeptídico
aminoácidos ácidos (Glu y Asp) que presentan carga negativa; y
aminoácidos básicos (His, Lys, Arg) que presentan carga positiva; hay
distintas regiones de las proteínas con carga opuesta que se atraen por
fuerzas electrostáticas, interacciones que se conoce con el nombre de
enlace salino.
 Puentes de hidrogeno: Para que un puente de hidrógeno se forme se
requiere de una molécula que posea un hidrógeno unido a un átomo de
elevada electronegatividad y otra molécula que posea otro átomo
electronegativo con alta densidad electrónica (es decir carga parcial
negativa). Cuando ambas moléculas se aproximan por el hidrógeno, se
genera un enlace débil denominado puente de hidrógeno. En un puente
de hidrógeno la molécula que posee el hidrógeno que participa en el
puente se denomina donadora y aquella que porta el átomo
electronegativo complementario se denomina aceptora. Una misma
molécula puede actuar como donadora y aceptora formando dos o más
puentes de hidrógeno simultáneamente.
 Interacciones hidrofóbicas: Se dan entre las cadenas laterales de los
aminoácidos hidrofóbico, estos aminoácidos suelen disponerse en el
interior de la proteína, evitando de esta manera las interacciones con el
agua. Este tipo de fuerzas hidrofóbicas intervienen en el correcto
plegamiento de la proteína.
 Fuerzas de Van der Waals: Estas fuerzas son el resultado de las fuerzas
atractivas y repulsivas que se establecen al acercarse los átomos, de
manera que existe una distancia en que la atracción es máxima. Esta
distancia se encuentra en lo que se conoce con el nombre de radios de
Van der Waals. Estas fuerzas se deben a que cada átomo posee una nube
electrónica que puede fluctuar, creando de esta manera dipolos
temporales. El dipolo transitorio en un enlace puede inducir un dipolo
complementario en otro enlace, provocando que dos átomos de los
diferentes enlaces se mantengan juntos. Estos dipolos transitorios
provocan una atracción electrostática débil: las fuerzas de Van der
Waals.
2.3. Estabilidad conformacional y adaptabilidad de las proteínas:

Todas las interacciones no covalentes ya tratadas, excepto las interacciones

electrostáticas repulsivas contribuyen a estabilizar la estructura nativa de las
proteínas. La influencia estabilizante de la estructura nativa que tiene los cambios de
energía libre total atribuidos a estas interacciones suponen cientos de kilojulios por
mol. Sin embargo, el △GD (Diferencial de energía libre) de la mayoría de las proteínas
se halla entre 20 y 85 kJ/mol

La principal fuerza desestabilizadora de la estructura nativa es la entropía

conformacional de la cadena polipeptídica.

Las proteínas no están diseñadas como moléculas rígidas. Son muy flexibles; su estado
nativo es· metaestable y la ruptura de uno a tres enlaces de hidrógeno, o unas pocas
interacciones hidrofóbicas, puede modificar fácilmente la conformación de las
proteínas. La adaptabilidad conformacional al cambiar las condiciones de la disolución
en que se encuentran les permite a las proteínas llevar a cabo funciones biológicas
críticas.