Mirko Zimic Peralta El impacto de la bioinformática
en el mundo y en el Perú
En las últimas décadas, se ha experimentado en día la configuración de clusters computa-
un avance enorme en el desarrollo básico cionales de alto rendimiento, que equiparan y aplicado de las ciencias biomédicas y la y superan la capacidad computacional industria farmacéutica. Este crecimiento de potentes servidores. Cada vez, es más acelerado se ha debido, en gran parte, a la frecuente encontrar grupos de investigación contribución de la bioinformática junto a que ensamblan y configuran sus propios las nuevas tecnologías de secuenciamiento clusters computacionales dedicados y de alto masivo. La bioinformática es una disciplina rendimiento con costos relativamente bajos. dinámica que ha evolucionado desde sus Esto contrasta con la experiencia de veinte orígenes hasta la actualidad. Tras haber nacido años atrás, en que la potencia computacional como una disciplina orientada al manejo de las provenía de grandes y costosos mainframes, grandes bases de datos biológicas, hoy en día accesibles solamente a ciertos centros de inves- comprende diversos campos, en su mayoría tigación de élite a nivel mundial. integrados, los cuales abarcan desde el manejo de información biológica hasta el análisis, Actualmente, el salto hacia la masificación del modelamientos e inferencias predictivas de uso de la bioinformática se ve reforzado por distintos aspectos biológicos. Actualmente, se dos factores fundamentales. El primero es hablan de las llamadas disciplinas “ómicas” que vivimos bajo un nuevo paradigma que es (genómica, transcriptómica, proteómica, asimilado cada vez más por diversos grupos metabolómica, celulómica, farmacogenómica, de investigación biomédicos. En este sentido, vaccinómica, etc.); todas ellas han debido es cada vez más frecuente que los estudios su desarrollo y hoy forman parte del amplio biomédicos clásicos in vitro comiencen con espectro de la diversificación de la bioin- estudios preliminares de análisis y exploración formática. bioinformática in silico. Este inicio in silico funciona como un tamizaje capaz de filtrar y En gran parte, el avance de la bioinformática se reducir opciones y alternativas con baja expec- ha debido al desarrollo de computadores cada tativa de significancia biológica. El segundo vez más potentes y de precios más accesibles, factor es que, actualmente, es cada vez más así como al desarrollo de algoritmos computa- frecuente que los grandes centros de inves- cionales especializados. Asimismo, las técnicas tigación bioinformática extranjeros brinden de computación, paralelas tanto a nivel de acceso a sus capacidades computacionales y múltiples CPU (Central Processing Units) como herramientas bioinformáticas de manera libre GPU (Graphical Processing Units), permiten hoy y gratuita a través de Internet. Estas son las 59
denominadas herramientas bioinformáticas realizan las pruebas in vitro para identificar a
open access u open source. En ese sentido, los los mejores candidatos. grupos bioinformáticos de los países en desa- rrollo, como el Perú, pueden tener acceso a Una disciplina relativamente reciente y con un potentes capacidades computacionales de potencial impacto es la inmunoinformática. manera libre y remota. Adicionalmente, es Con esta herramienta, es posible analizar posible descargar de manera gratuita herra- exhaustivamente el genoma completo de un mientas y software bioinformática para confi- patógeno y predecir epítopes inmunogénicos. gurarlo localmente en servidores propios. Estos pueden ser epítopes conformacionales B, así como epítopes lineales T clase I y clase Si además consideramos que la infor- II. La predicción de estos epítopes puede ser mación biológica es hoy en día de acceso general o específica a determinados alelos libre y gratuito, la bioinformática resulta MHC-I, MHC-II en caso se busque intervenir una disciplina altamente costo-efectiva que alguna población específica. Los epítopes debe aprovecharse y explotarse. Por todo identificados pueden, luego, usarse tanto en esto, montar un laboratorio básico de bioin- inmunodiagnóstico (detección de anticuerpos formática en estos días, solo requiere contar circulantes o detección de respuesta celular), con algunas estaciones de trabajo de baja-me- así como en el desarrollo de vacunas recombi- diana potencia, una conexión a Internet con nantes o multiepitópicas. un ancho de banda “decente” y entusiasmo y buenas ideas. En la Universidad Peruana Cayetano Heredia, el Grupo de Bioinformática de la Facultad de Existen muchos ejemplos que demuestran Ciencias y Filosofía viene trabajando activa- el enorme impacto de la bioinformática. El mente desde el año 1999, fecha desde la cual desarrollo de drogas mediante el uso de herra- de manera ininterrumpida se ha ofrecido cada mientas bioinformáticas (farmacogenómica) año el curso de Bioinformática en el postgrado, puede reducir el tiempo de desarrollo de y más recientemente un curso introductorio una droga de diez a tres años. Esto se logra de Bioinformática en el pregrado. Es notable mediante el análisis del genoma del patógeno, que, cada vez, más grupos de investigación en la identificación de proteínas blanco (aquellas el país decidan incorporar la bioinformática proteínas específicas del patógeno con parti- en sus líneas de investigación. Es importante cipación en múltiples vías metabólicas impor- fortalecer colaboraciones y sinergismos entre tantes), sumado a un screening insilico de una grupos de investigación que puedan verse librería de miles de moléculas inocuas para la favorecidos por la Bioinformática. salud humana. Una vez reducido el número de candidatos de manera significativa, se