REVIEW

Replicación de ADN en procariotas

Fernández, A., Males, S., Macías, H., Medina, C.

Resumen:

Toda célula para poder dividirse debe previamente replicar su ADN, de manera que cada copia hija
tenga su propio material genético. Siendo así, la replicación un proceso esencial previo a la división
celular, el siguiente documento describe específicamente la replicación de la célula procariota (E.
coli), la misma que es una replicación semiconservativa y semidiscontinua conocida como
replicación theta. Tiene tres pasos que son: iniciación, elongación y terminación. La iniciación
implica la participación de enzimas de origen (oriC) en el ADN y una previa apertura de la doble
hélice que dará como resultado una horquilla para el comienzo de la síntesis de la hebra de ADN.
Por otro lado en la elongación participa un complejo de proteínas (replisoma) que están asociadas
a la horquilla formada previamente, una vez que el replisoma se sitúa en la horquilla esta se mueve
a lo largo del DNA. Finalmente la terminación de la replicación involucra la proteína Tus que al unirse
con la helicasa obstruye a la horquilla de replicación impidiendo la misma replicación.

Palabras claves: Replicación, procariota, replicación semiconservativa, fragmentos de okasaki

Introducción: La replicación semiconservativa de divide en:

La replicación es un proceso mediante el cual • La eucariota lineal- solo en eucariotas

se duplica el material genético este no solo es
complejo sino que también ayuda al ADN a
cumplir sus funciones hereditarias, en el cual
intervienen varias enzimas y proteínas
(Kaguni, 2011).
Existen diferentes tipos de replicación, por
ejemplo: conservativa, dispersa y cuando pasan por la replicación del circulo
semiconservativa; las cuales pueden tener
diferentes formas ya que varían según la
naturaleza del molde del ADN, esta última
ocurre en procariotas. La replicación
semiconservativa que usan las procariotas es
un mecanismo en el que cada cadena de ADN
sirve como molde para la síntesis de una
nueva molécula. (Lewin, 2012)
• Circulo rodante- virus y plásmidos
• Theta- solo en procariotas
Al referirnos únicamente a las células
procariotas, la replicación tanto theta como la
del circulo rodante ambas son realizadas por
dichas células, con la diferencia de que
rodante, lo realizan únicamente cuando
poseen un ADN plasmidial, lo que quiere decir
que no todas lo realizan. Esta replicación del
circulo rodante es realizada por la bacteria E.
coli solo en el factor F que posee (ADN
extracromosómico que controla el
apareamiento). Dicha replicación consiste en
el corte de las cadenas de nucleótidos que
produce un grupo 3’-OH y un grupo 5’-fosfato,
en donde se agregan nuevos nucleótidos en el
extremo 3’ libre, usándose la cadena que no
se ha cortada en el interior como molde,
mientras que el extremo 5’ se desplaza del
molde. Es entonces en donde el extremo 3’
crece alrededor del círculo dándole así el
nombre que posee al modelo (Pierce, 2010).
Los cromosomas bacterianos tienen un solo
origen de replicación al contrario de las
eucariotas que tienen varios orígenes. La
síntesis de la nueva cadena hija es iniciada en
el origen y procede en dos direcciones o
bidireccionalmente a lo largo cromosoma
bacteriano (Krebs et al., 2012)
Para este proceso tienen que formarse dos
horquillas de replicación que se mueven en
direcciones opuestas fuera del origen. La
horquilla de replicación es el sitio donde las
cadenas de ADN han sido separadas y una
nueva cadena hija ha sido creada (Pierce,
2010).
Requisitos para la replicación:
• 1.- Molde compuesto por ADN
• 2.- Materia prima que se ensamblara
para formar una nueva cadena de
nucleótidos.
• 3.- Enzimas y proteínas “lean” el
molde y ensamblen los sustratos para
formar una nueva molécula de ADN.
La replicación semiconservativa en el
modelo Theta:
Iniciación.-
Este proceso comienza en un sitio específico
llamado oriC. Tres tipos de secuencias son
encontrados en este punto de origen: región
rica en A-T, secuencias de DnaA box y los sitios
metilados GATC (Lewin, 2012).
El inicio se da con las proteinas DnaA cuando
están en su forma de ATP, las cuales se unen
a las 5 secuencias de DnaA box con la ayuda
de otras proteínas accesorias como HU y IHF
lo que permite que el ADN se envuelva
ocasionando la separación de la región rica en
A-T. (Lewin, 2012)
La proteína DnaA con la ayuda de la DnaC
recluta a la proteína DnaB (DNA helicasa) a
este sitio. Dos DNA helicasas comienzan la
separación de las hebras en el punto de
origen oriC, para lo cual utilizan la energía de
la hidrólisis de ATP catalizando la separación
de la doble cadena parental de ADN (Enemark
et al., 2008).
La acción de las DNA helicasas promueve el
movimiento de dos horquillas de replicación
desde el origen oriC en direcciones opuestas,
un suceso denominado replicación
bidireccional (Enemark et al., 2008).
La acción que tiene la DNA helicasa al
momento de abrir la cadena crea un super-
enrollamiento debido al rompimiento de las
cadenas de hidrógeno entre las pares de
bases. Es aquí cuando la topoisomerasa tipo II
se ubica delante de DNA helicasa aliviando el
superenrollamiento (Lewin, 2012).
Con el fin de que no se vuelvan a formar los
puentes de hidrógeno en la cadena de DNA,
las proteínas de unión de cadena simple (SSB),
siglas en inglés, se unen a una sola hebra de
DNA y previene la formación de la estructura
de la doble cadena (Lewin, 2012).
El siguiente paso involucra la síntesis de una
pequeña hebra de RNA llamada RNA-primer
o cebador (con una longitud de 10 a 12
nucleótidos), en donde la primasa cumple la
función de sintetizar por el vínculo que existe
entre los ribonuclétidos. La primasa forma un
complejo con la helicasa en la horquilla de
replicación moviéndose a lo largo del molde
de la cadena retrasada, tal vez el complejo
primasa-helicasa presente en el molde de la
cadena retrasada de la horquilla de
replicación sintetice un único cebador
necesario para la cadena líder en el extremo
opuesto de la burbuja de replicación. Esta
pequeña cadena de RNA comienza la
replicación de DNA (Kaguni, 2011).
Elongación.-
La ADN polimerasa no puede actuar desde un
principio, necesita de un pequeño fragmento
en el cual añadir nucleótidos. Este fragmento
es un trozo de 10 nucleotidos de ARN
cebadoro primer que presenta elextremo
3´libre (Pierce, 2010).
La enzima DNA polimerasa es responsable de
la síntesis de DNA en la hebra líder y
retrasada, la polimerasa cataliza la formación
de enlaces covalentes entre nucleótidos
adyacentes creando una nueva hebra hija. En
E. coli cinco proteínas distintas funcionan
como DNA polimerasa designadas como
polimerasa I, II, III, IV, V. El DNA polimerasa II,
IV y V juegan un rol muy importante en la
reparación y replicación de DNA dañado
(Donnell et al., 2013).
La DNA polimerasa III es una de las enzimas
que más que más actúa durante la replicación
del DNA y para que pueda funcionar de
manera eficiente se observan dos
características inusuales. La primera es que
no puede empezar la síntesis sin antes
haberse unido a un cebador, ya que todas
requieren de un nucleótido con un grupo
3’OH libre al que pueda agregarse el
nucleótido nuevo y la segunda característica
que las DNA polimerasa necesita para
funcionar es que cataliza la fijación de los
nucleótidos en dirección 5’-3’ lo que significa
que se ubica en la hebra 3’-5’.
La polimerasa III posee dos actividades
principales: su actividad polimerasa de 5’-3’ le
permite agregar nucleótidos nuevos en
dirección 5’-3’. Por otro lado su actividad de
exonucleasa de 3’-5’ le brinda la capacidad de
eliminar nucleótidos en dirección 3’-5’, esto
posibilita la corrección de errores.
La polimerasa I también cumple funciones de
polimerasa 5’-3’ y de exonucleasa 3’-5’ lo que
le permite sintetizar el DNA y corregir errores,
por otro lado a diferencia del DNA polimerasa
III la DNA polimerasa I también posee
actividad de exonucleasa 5’-3’ que utiliza para
eliminar los cebadores introducidos por la
primasa y remplazarlos por nucleótidos de
DNA (Pierce, 2010).
En la cadena líder la síntesis de ADN es
continua, solo se necesita de un cebador en el
extremo 5’ de la cadena recién sintetizada,
mientras que en la cadena retrasada la
replicación es discontinua aquí se debe
sintetizar un cebador nuevo en el comienzo
de cada fragmento de Okazaki (Pierce,2010).
Los fragmentos de DNA que son sintetizados
de manera discontinua se denominan
fragmentos de Okazaki se forman cuando la
síntesis de DNA se da en la cadena secundaria,
es decir en dirección opuesta a la orquilla de
replicación, los primers de DNA inician la
síntesis de pequeños segmentos de DNA
(Lewin, 2012).
DNA polimerasa III, Mecanismo de
ensamblaje de Holosoma (E.coli):
Las holoenzimas contienen 10 proteínas que
se dividen en 4 subcomplejos, existen al
menos dos copias del centro catalítico, la
subunidad α se encarga de la actividad la
polimeraza , la subunidad ε remueve los
nucleótidos mal apareados en dirección 3´-5
y la subunidad θ estimula a la exonuclasa.
Todas estas subunidades se encuentran en el
centro catalítico (Lewin,2012).
La subunidad dimerizante τ tiene dos copias,
estas se encarga de unir los dos centros
catalíticos (Donnell et al., 2013).
Existen dos copias de la abrazadera
deslizante, la cual se encarga de mantener los
centros catalíticos sobre las cadenas molde,
estas abrazaderas están constituidas de dos
subunidades β, se las conoce como el anillo
β, el cual se adhiere alrededor del DNA y
asegura su avance en el proceso
(Lewin,2012).
El complejo cargador de la abrazadera
deslizante está formado de cinco proteínas, a
este grupo también se lo conoce como
complejo γ, el cual coloca la abrazadera
deslizante sobre el DNA.
Las subunidades β se unen al cebador debido
a que el complejo cargador de la abrazadera
deslizante utiliza la hidrolisis del ATP
(Georgescu et al., 2010).
“La unión al DNA cambia la conformación del
sitio sobre β que se une al complejo cargador
de la abrazadera deslizante, y como resultado
ahora tiene una mayor afinidad por la
polimerasa central .Esto habilita la unión de la
polimerasa central y es el medio por el cual la
polimerasa central es llevada al DNA
(Lewin,2012). ”
La polimerasa central se une a un dimero τ lo
que genera una función de dimerización
gracias a la cual se une una segunda
polimerasa central, asociada con otra
abrazadera deslizante β.
Es asociación permite que se sintetiza al
cadena retrasada con la capacidad de
sintetizar los fragmentos de Okasaki
individuales (Donnell et al., 2013).
Con cada cadena molde de DNA se asocia una
nueva holoenzima (Lewin, 2012).
Coordinación de la cadena de la síntesis de la
cadena retrasada y adelantada.
Ambas cadenas, la adelantada y la retrasada
son sintetizadas por una unidad catalítica
individual, las unidades catalíticas actúan de
diferente manera dependiente en cual
cadena se encuentren, una unidad enzimática
se mueve en la misma dirección en la cual la
horquilla de replicación se desenrollo (cadena
adelantada), mientras que la unidad
enzimática que se encuentra en la cadena
retrasada se mueve hacia atrás sintetizando
los fragmentos de Okasaki, debido a que tiene
que sintetizar en sentido 5´-3´. La unidad
catalítica sintetiza los fragmentos de Okasaki,
después debe separarse de la cadena de DNA
y unirse aproximadamente 2000 nucleótidos
corriente abajo hacia el nuevo primer recién
sintetizado, para sintetizar el siguiente
fragmento de Okasaki (Georgescu et al.,
2010).
La apertura del anillo β de la abrazadera
deslizante para que la polimerasa se libere y
luego se vulva a cerrar corriente abajo es
producida por el complejo cargador de la
abrazadera ϒ, este complejo utiliza hidrolisis
de ATP (Enemark et al., 2008) (Georgescu et
al., 2010).
La helicasa es la encargada de formar la
horquilla de replicación, la cual forma un
anillo hexaédrico en dirección 5´-3´ en la
cadena retrasada. Las dos subunidades
catalíticas del ADN polimerasa (cada una
asociada con un abrazadera deslizante), están
unidas a la helicasa ( Lewin, 2012).
DNA B junto con la DNA G y la Pol III α van a
formar un bucle en la cadena retrasada, la
DNA B crea el punto de desenrrollamiento, es
responsable del movimiento hacia delante de
la horquilla de replicación. Después de la
iniciación de un fragmento de Okasaki, el
complejo del centro de la cadena retrasada se
deshace del molde monocatenario atreves de
la abrazadera deslizante β mientras sintetiza
la nueva cadena.
“La polimeraza del centro y la abrazadera
deslizante β se disocian al completar la
síntesis del fragmento de Okasaki y se
disocian al comienzo” (Lewin,2012).
Los fragmentos de Okasaki son unidos por la
ligasa.
La DNA ligasa
Después de que la DNA polimerasa III une un
nucleótido de DNA al grupo 3’OH presente en
el nucleótido precedente del RNA cebador,
los nucleótidos nuevos que ingresan aportan
el grupo 3’OH necesario para la fijación del
siguiente nucleótido de DNA. La DNA
polimerasa III no tiene la función de
exonucleasa 5´-3´, lo que no le permite
continuar sintetizando cuando entra en
contacto con un primer de RNA, esto hace que
la Pol III deje libre la cadena retrasada.
Cuando la cadena está libre la polimerasa I
ingresa.
La polimerasa I que si tiene la función
exonucleasa 5´- 3´, une el primer nucleótido al
grupo OH en el extremo 3’ del fragmento de
okazaki precedente y luego continua en
dirección 5’-3’ a lo largo de la cadena de
nucleótidos para eliminar y remplazar los
nucleótidos del RNA perteneciente del
cebador. Una vez que la polimerasa I
remplazo el último nucleótido del cebador de
RNA por un nucleótido de DNA queda una
rotura en la estructura de azúcar y fosfato de
la nueva cadena del DNA, la enzima de DNA
ligasa repara esta rotura al catalizar la
formación de una unión fosfodiester sin
agregar otro nucleótido a la cadena (Hartwell
et al., 2011).
Horquilla de replicación
Para que la síntesis de las dos cadenas se
realice en forma simultanea deben existir dos
unidades de DNA polimerasa III en la orquilla
de la replicación, una para cada cadena,
ambas unidades de DNA polimerasa III están
conectadas; el molde de la cadena retresada
gira para quedar en una posición adecuada
para la replicación de 5’-3’ a medida que la
DNA polimerasa se moviliza sobre el DNA. El
complejo de DNA polimerasa III puede llevar
a cabo la replicación 5’-3’ de manera
simultánea en ambos moldes aun cuando los
procesos se realicen en distintas direcciones.
Una vez que se han sintetizado alrededor de
1000 pb de DNA nuevo la DNA polimerasa III
se separa del molde de la cadena retrasada,
creando un bucle nuevo. La primasa sintetiza
un cebador nuevo en la cadena retrasada y la
DNA polimerasa forma un fragmento de
okazaki (Donnell et al., 2013).
Terminación:
En algunas moléculas de ADN la replicación
termina cuando se encuentran dos horquillas
de replicación. El sitio opuesto en el
cromosoma bacteriano de OriC es el par de
secuencias de terminación llamado ter
sequences. Una proteína conocida como
sustancias de utilización en la terminación
(Tus) se une a las sequencias ter, quien se
encarga del bloquear el movimiento de la
helicasa obstruyendo a la horquilla de
replicación e impidiendo la replicación de
ADN (Lewin, 2012).
Existen dos tipos de proteínas Tus. T1
previene el avanze de la horquilla de izquierda
a derecha, pero permite el movimiento de la
otra horquilla. Por otro lado T2 previene el
avance de la horquilla de derecha a izquierda,
pero permite el avance de la otra horquilla. En
otras palabras la replicación del DNA termina
cuando ambas horquillas de replicación se
encuentran. Finalmente la ligasa une
covalentemente las dos hebras hijas creando
dos moléculas circulares de doble cadena
(Donnell et al., 2013; Lewin, 2012 ).
Después de que la replicación se completa se
puede generar un problema. Usualmente la
replicación de ADN resulta en dos moléculas
de ADN entrelazadas conocidas como
catenanes afortunadamente estas solo son
estructuras pasajeras en la replicación.
En E. coli la topoisomerasa II introduce un
corte temporal entre ambas cadenas y luego
las vuelve a rejuntar después de haber sido
desbloqueadas, esto permite a los catenanes
ser separados en moléculas circulares
individuales (Donnell et al., 2013).
Errores de replicación, reparación y •
fidelidad.
La reparación de los errores de apareamiento
corrige las fallas detectadas al momento de
finalizar la replicación, la presencia de
nucleótidos acoplados de manera incorrecta
producen una mala formación en la
estructura secundaria del ADN. Estos errores
suceden 1 de cada 10 millones de nucleótidos.
Parte de la fidelidad de la replicación se debe
a que los enlaces de hidrógeno entre guaninas
y citosinas o entre timinas y adeninas son más
estables que los pares de bases mal
apareados (Lewin, 2012).
Esta gran precisión de replicación también se
debe a las funciones de la exonucleasa 3´-5´
de la polimerasa, que detectan y eliminan los
errores ocasionales que produjo la
polimerasa. Las bases mal emparejadas
causan que la DNA polimerasa se detenga,
dejando a los nucleótidos mal emparejados
cerca del final 3´. El final 3´entra al sitio de la
exonucleasa, donde la hebra es digerida en
dirección 3´- 5´ hasta que el nucleótido
incorrecto sea removido. Este proceso es
conocido como proof reading function de la
DNA polimerasa. Después de que el
nucleótido mal emparejado es removido, la
DNA polimerasa resume las síntesis de DNA
en la dirección 5´ a 3´. Las mutaciones que
provocan la activación de la exonucleasa
correctora de las DNA polimerasas
disminuyen las tasas de mutación de otros
genes (Donnell et al., 2013).
Conclusiones:
• Los procariotas son tienen un punto
de origen de replicación (oriC )al
contrario que las eucariotas que
pueden tener múltiples orígenes de
replicación.
No es un proceso al azar.
 • La replicación es el proceso en el cual
se copia el ADN y a su vez es
semiconservativo y bidireccional
tanto en células procariotas como
eucariotas.
Preguntas:
2. ¿Qué función tienen las proteínas
SSB?
3. ¿Cómo se forman los fragmentos de
Okasaki?
4. ¿Qué factores son necesarios para
que la DNA polimerasa realice su
síntesis?
5. ¿Qué encima separa la cadena de
ADN en dos hebras?

1. ¿Cuántos origenes de replicaión

tiene los procariotes?

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