Durante los siglos XVI y XVII las guerras religiosas de la Reforma y la
Contrarreforma azotaron Europa. La corrupción del Vaticano obstaculizaba el desarrollo de las potencias del norte, mantenía relaciones más estrechas con los reinos de España, Francia, los principados italianos y regiones del sur de Alemania. Ante el olvido del papado de los reinos del norte, en Alemania, Lutero y Melanchton se manifestaron en contra de la Iglesia. Lutero publicó 95 tesis en contra del Papa y la religión con un tono violento, encabezó rebeliones, quemas de símbolos papeles, entre otros actos de la misma índole. Las autoridades persiguieron a Lutero, quien fue condenado a muerte, pero logró escapar. Posteriormente, Melanchton, discípulo de Lutero publicó los principios del protestantismo luterano: derecho del fiel a interpretar la Biblia, sacerdote como guía espiritual no como mediador entre Dios y el fiel, aceptación de la Biblia no del Papa, eliminación del clero regular (sacerdotes, obispos, cardenales, etcétera) y del celibato. Pronto, el protestantismo comenzó a difundirse en los reinos inconformes con el Vaticano, la mayoría de ellos ubicados al norte de Europa. Otro protestante influyente fue Italo Calvino, quien, en un tono aún más radical, expandió la llama de la Reforma por Francia, Holanda e Inglaterra.
El éxito de las rebeliones protestantes y el distanciamiento de los reinos del norte
con el Vaticano propició que estos países adoptaran la Reforma de la iglesia, atendiendo a los preceptos de Lutero, Melanchton y Calvino, principalmente. El cambio religioso trajo consigo grandes transformaciones, pues en estos países se impulsó una cultura con mayores libertades, a diferencia de los territorios sujetos al Vaticano, acostumbrados al seguimiento ciego de la tradición papal.
En respuesta, los reinos que apoyaron al Vaticano lanzaron la Contrarreforma,
mediante el Concilio de Trento, en el que fijaron los principios de la Iglesia, que comenzó a llamarse a sí misma católica: no existe la libre interpretación, el dogma debe ser dictado por el Papa, los sacerdotes tienen poder sobre los fieles y el celibato es obligatorio. Además, la Iglesia católica creó la orden de los jesuitas, que debería estar dedicada a la enseñanza superior y frenar el impacto del protestantismo sobre los reyes y grandes pensadores de todos los reinos. Además, se crearon instituciones policiacas para perseguir a los protestantes, como la Inquisición, que castigaría con dureza a todos los herejes.
El enfrentamiento entre católicos y protestantes originó una serie de guerras civiles
en toda Europa. A final de cuentas, al terminar las guerras religiosas, el Vaticano perdió poder, pero mantuvo su control sobre los reinos católicos, mientras que los países protestantes lograron separarse del Papa. Por otro lado, la libre interpretación en los países protestantes mejoró el desarrollo del pensamiento, debilitando así el desarrollo intelectual de los católicos. De tal suerte, con la interpretación libre se dio un gran paso a la secularización o laicización del Occidente, es decir, la separación de la fe y el conocimiento en el ámbito político, social, económico y cultural.