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Arca de levantar un edificio jesuítico para instalar allí el colegio máximo fue emprendida
inicialmente por el arzobispo Bartolomé Lobo Guerrero, poco antes de la llegada de la Compañía
de Jesús a Santafé En 1596, cuando Lobo Guerrero e desempeñaba como inquisidor general en la
Nueva España, fue designado como arzobispo de Santafé, a donde viajo en compañía de los
sacerdotes jesuitas Alonso de Medrano y Esteban Páez, con quienes adelantó gestiones para el
establecimiento de la Orden en la Nueva Granada. En 1600, los dos jesuitas con el apoyo del
arzobispado, adquirieron las casas pertenecientes al arcediano (sacerdote principal de la catedral)
Francisco Porras Mejía y a su hermano, Juan Chacón de Porras. Dichas casas estaban ubicadas
sobre la actual carrera 6, entre las calles 9'y to unas en el costado oriental y otras, en el occidental
Asimismo, cl arzobispado cedió a los jesuitas el lote contiguo a la catedral por el norte el que se
encontraba en la esquina de la calle con la calle Real, con compras posteriores, completaron la
manzana. El general de la Compañía, Claudio Acu aviva, designó al padre Juan Bautista Coluceini
para que diseñara el complejo arquitectónico jesuítico de Santafé. Coluccini, quien llegó a la
ciudad en 16o4, hizo un diseño dividido en tres cuerpos En el lado occidental de la manzana, ubico
un edificio reservado como internado de los sacerdotes, colindante por el oriente con el templo de
la Compañía Junto a la iglesia, por el lado oriental, se encontraba el edificio de las aulas, sede del
colegio máximo. Teniendo en cuenta el plano "iglesia y Colegio de San Ignacio de Bogotá" que se
encuentra hoy en el gabinete de estampas de la Biblioteca Nacional de Francia Coluccini diseñó la
estructura arquitectónica a partir de tres edificios comunicables entre sí, en cuyo centro se
ubicaba el templo, trazado bajo el mismo patrón de la iglesia mayor de la Compañía la iglesia del
Gesù, ubicada en Roma. Según el plano de Coluecini, el edificio Iglesia de los indios'; por el oriente,
a los salones de "Mayores y "Menores" por el sur accesos laterales del templo de San Ignacio de la
Casa de las Aulas se estructuró a partir de un patio central cercado por arcadas en sus cuatro lados
por el norte daban paso a la a los salones de artes y teología, la huerta y el jardín, y por el
occidente daban paso a los El proyecto planteado inicialmente por Coluccini fue ampliado en
1606, debido a la adquisición de las casas del oidor del arzobispo, que se encontraban frente a lo
Casa de las Aulas, calle de por medio Allí, el arquitecto italiano propuso levantar un edificio
complementario a la manzana jesuítica, en el cual funcionaria el colegio seminario de San
Bartolomé, actualmente Palacio de San Carlos, dirigido a la formación del clero local.
Tras la expulsión de los jesuitas, la Casa de las Aulas sirvió, en primera insta depósito de los bienes
incautados a la Compañía. En sus salones se ubicaron los muebles, pinturas, libros y demás
enseres expropiados, en espera de ser inventariados. Allí mismo e situó la oficina del fiscal Antonio
Moreno y Escandón, quien era el encargado de levantar los inventarios y ejecutar la expropiación.
La labor, concluida a finales de 1767, dio como resultado el traspaso de los bienes de la Compañía
al gobierno virreinal. La Casa de las Aulas se mantuvo como depósito de una parte del mobiliario,
así como del conjunto de libros de los jesuitas, compuesto por 4.182 volúmenes. La casa sirvió
como biblioteca privada del virrey y a sus salas acudieron los principales del reino, ya fuera para la
celebración de algún acto público o para leer los volúmenes allí resguardados. En 1776, el virrey
Manuel Guirior decidió trasladar la colección bibliográfica que se hallaba en la Casa de las Aulas al
Palacio de San Carlos, con el fin de abrir allí la primera biblioteca pública de Santafé. Mientras esto
ocurría, la Casa de las Aulas seguía siendo utilizada como depósito de mobiliario y objetos
pertenecientes al palacio virreinal y, en determinados casos, sus salones eran utilizados para
recepciones o actos gubernamentales. La casa se mantuvo así hasta 1811, cuando el
establecimiento de la Junta del 20 de Julio determinó un cambio en el rumbo gubernamental del
reino. A partir de entonces, la Casa de las Aulas fue utilizada como sala alterna de sesiones de la
junta, y a partir de diciembre de 1811, instaló capilla de indios el Colegio Electoral, que confirmó a
Antonio Nariño como presidente titular del Estado de Cundinamarca. Durante la llamada Patria
Boba (1811-1816), que dividió a centralistas y federalistas, Antonio Nariño transformó la Casa de
las Aulas en el cuartel general de sus tropas. Con la entrada del ejército de reconquista a la ciudad,
en mayo de 1816, la Casa de las Aulas fue confiscada y pasó a manos del Tribunal de Pacificación.
A partir de entonces y hasta 1817, sirvió como sede alterna del tribunal. Al menos entre 1817 y
1822, el edificio funcionó como sede de operaciones del Ejército Realista y, posteriormente, como
cuartel de las tropas libertadoras y depósito de pólvora. En 1819, consolidada la independencia, se
borraron todos los escudos españoles de los edificios públicos por orden del Libertador, incluido el
que ostentaba la Casa de las Aulas en su fachada, como registro del fin del dominio español. En
1822, la idea de convertir el Palacio de San Carlos en sede presidencial motivo el traslado de la
biblioteca pública allí ubicada s los salones de la Casa de las Aulas, que por decreto del presidente
Francisco de Pala Santander, se convirtió en la Biblioteca Nacional. Esta biblioteca no solo contaba
con la colección jesuítica, sino también con donaciones de santafereños que se incrementaron
gracias a una serie de decretos que disponían dejar en la biblioteca una copia de toda producción
bibliográfica hecha en el país La capilla de indios siguió siendo utilizada para actos
gubernamentales y como sede de las ceremonias de grado de las universidades lo cual le lego a
este espacio el apelativo de salón de grados. En 1824, nuevamente gracias a un decreto de
Santander, el segundo piso de la casa de las Aulas sirvió como sede del Museo y Escuela de
Ciencias Naturales, célula de la futura Nacional de Colombia, que ocuparía los mismos salones
entre 1845 y 1913.