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Todas las algas se consideran protistas según algunos autores (como Lynn Margulis),
no obstante algunas especies son reconocidas además como plantas en una de sus
circunscripciones más modernas (las algas verdes, las algas rojas y las
glaucofitas, que son los grupos de algas más emparentados con las plantas
terrestres). En una época se llamó "algas" a las cianobacterias, que son bacterias
que fotosintetizan (al ser descubiertas fueron llamadas algas verdeazules) pero hoy
en día el término "alga" se utiliza preferentemente para los eucariotas (a veces se
encuentran los términos "algas eucariotas" y "algas procariotas"). En algunos
textos se llama "algas" a los protistas que no fotosintetizan pero están muy
emparentados con protistas que sí lo hacen y probablemente descienden de un
ancestro que lo hacía, como los euglenoideos no fotosintetizantes parientes
cercanos de Euglena, un ejemplo es Astasia que retiene vestigios de lo que parece
haber sido un cloroplasto.