Los marcadores bioquímicos incluyen a las proteínas y las isoenzimas o aloenzimas y constituyen la

primera generación de marcadores moleculares. Las proteínas son los productos primarios de los
genes y se forman mediante los procesos de transcripción y traducción, por lo que se ven menos
influidos por el ambiente. Las isoenzimas fueron descubiertas por Hunter y Markert en 1957 y son
diferentes variantes moleculares de una misma enzima presentes en una especie, las cuales
desempeñan la misma actividad pero pueden tener diferentes propiedades.
Entre los marcadores bioquímicos más importantes tenemos:
LAS IZOENZIMAS/ALOENZIMAS
Las isoenzimas fueron originalmente definidas como formas moleculares múltiples de las enzimas
que tienen funciones idénticas o similares y están presentes en el mismo individuo (Market y Moller,
1959). Las isoenzimas pueden presentar varias formas alélicas, conocidas como aloenzimas (Prakash
et al., 1969). En su mayoría son selectivamente neutras y se utilizan como marcadores hereditarios
para cuantificar las frecuencias alélicas y genotípicas de los individuos, que son los estimadores
básicos de la composición genética de una población. En estudios de genética las isoenzimas fueron
usadas desde 1966, cuantificando la variación genética en poblaciones humanas y de Drosophila y un
poco más tarde en estudios de plantas superiores (Harris, 1966; Johnson et al., 1966; Hubby y
Lewontin, 1966.
La aplicación de las isoenzimas está dirigida a la cuantificación de heterocigosis, diversidad genética,
diferenciación genética y otras medidas de variación genética intra e interpoblacional. También han
sido aplicadas exitosamente para evaluar y entender aspectos de biología evolutiva como los sistemas
de reproducción y patrones de fecundación cruzada, relaciones entre fenotipo y ambiente, filogenias,
endemismo, diversidad en plantas clonales y apomícticas e interacciones planta-animal (Pérez-Nasser
y Piñero, 1997) .Por ejemplo, en el estudio de los sistemas reproductivos de plantas las aloenzimas
tienen las siguientes ventajas:
1) son expresadas codominantemente, por lo que los genotipos homócigos y heterócigos pueden ser
distinguidos con mucha precisión, y es poco probable que afecten el comportamiento del polinizador
2) muchos de sus loci son polimórficos, casi cualquier especie presenta al menos uno o dos.
3) probablemente no están sujetas a fuertes fuerzas selectivas, por lo que se consideran buenos
marcadores (Brown et al. 1989)
4) la técnica es barata en comparación con otras.
Las isoenzimas se identifican mediante el proceso denominado “electroforesis”, que consiste en
colocar un extracto proteico del material a analizar en los pocillos de un soporte (papel de celulosa o
un gel hecho de agarosa o poliacrilamida) que se somete a un campo eléctrico durante varias horas
para que se separen las proteínas de acuerdo con su tamaño o carga eléctrica. Una vez concluida la
emigración de las proteínas por medio del frente de corrida denominado Kohlrasusch, el gel es
colocado en una solución que contiene los compuestos químicos necesarios (colorantes) para que se
lleve a cabo una reacción y se puedan observar posteriormente las isoenzimas en forma de bandas de
color en el soporte o gel. Las diferencias en la movilidad electroforética de las isoenzimas son
resultantes de las diferencias en las secuencias del ADN que codifican tales enzimas.
Por otro lado, presentan algunas limitaciones: revelan poca variación y la técnica es muy laboriosa,
requiere de mucho tiempo.
Microsatélites

Los microsatélites o secuencias simples repetidas (SSRs; Litt y Luty, 1989) son secuencias de ADN
formadas de 1 a 4 pares de bases, por ejemplo mononucleótidos (TT)n , dinucleótidos (AT)n , o
tetranucleótidos (AAGG)n . Estos loci se encuentran en regiones codificantes y no codificantes del
ADN y es probable que se formen por eventos de rompimiento que generan polimorfismos con
valores superiores al 90% (Armour et al., 1994; Coltman et al., 1996; Gupta et al., 1996).

Los microsatélites de ADN nuclear han sido detectados en múltiples grupos de plantas y animales,
y han sido utilizados fundamentalmente para estudios de variación genética intra e interespecífica
(Edwars et al., 1991; Armour et al., 1993; Devey et al., 1996; Queller et al., 1993; Weight y Bentzen,
1994), análisis de linajes (Queller et al., 1993) y de sistemas reproductivos (Awadalla y Ritland,
1997). Recientemente se han encontrado microsatélites en algunos organelos citoplasmáticos,
como el cloroplasto (SSRc; Powell et al., 1995a, b; Vendramín et al., 1996) y la mitocondria (SSRm;
Soranzo et al., 1998) lo que ha enriquecido la fuente de estudios evolutivos, ya que estos organelos
son heredados uniparentalmente y no están sujetos a recombinación, por lo que los cambios
acumulados que observamos en las poblaciones se deben sólo a los procesos de mutación y
demográficos (Echt et al., 1998). Esto permite contestar preguntas evolutivas muy puntuales
relacionadas con el monitoreo del flujo genético, introgresión (Vendramin et al., 1998), análisis de
paternidad (McCracken et al., 1999), para hacer inferencias de parámetros demográficos y para
determinar patrones evolutivos de los procesos históricos del origen de especies, formas o razas
(Golstein et al., 1996). Los microsatélites han tomado ventaja sobre otros marcadores genéticos
como los AFLPs, RAPDs, RFLPs, debido a que: i) tienen el más alto grado de polimorfismo; ii) segregan
de manera mendeliana y son codominantes; iii) la presencia de un solo locus genético por
microsatélite hace que la lectura de las bandas sea clara y fácil de interpretar y iv) son
selectivamente neutros (Golstein y Pollock, 1994; Vendramin et al., 1996). Además, para trabajar
con SRR es necesario conocer la secuencia de la región a analizar para contar con primers específicos
que amplifiquen la región repetitiva (el microsatélite) responsable de la variación observada, que
además es homóloga para diferentes especies o incluso géneros (Golstein et al., 1996). Esto es, los
microsatélites son específicos para ciertos grupos de especies y Breve revisión de los marcadores
moleculares 549 homólogos entre sí (Vendramin et al., 1996), lo que permite hacer estudios
comparativos entre especies o géneros de un mismo grupo. Por otra parte, se han realizado
estimaciones de las tasas de mutación de estas regiones y se ha llegado a la conclusión de que los
microsatélite del ADN nuclear tienen tasas de mutación de 1x 10 -3 a 1x 10 -6 (Wiessenbach et al.,
1992; Weber y Wong, 1993), más altas que las que se presentan en el ADN de cloroplasto las cuales
según Provan et al. (1999) son de 3.2-7.9 x 10-5. Conocer las tasas de mutación nos brinda una base
importante para realizar análisis robustos de la genealogía de las poblaciones que nos hablen acerca
de la historia evolutiva de las especies, ventaja muy importante sobre otros marcadores genéticos.
Otra ventaja que presenta el uso de microsatélites con relación al uso de secuencias, es que la
mutación es homogénea: en la mayoría de los SSR las mutaciones son de un paso (una unidad
repetitiva) siguiendo el modelo mutacional SSM de Ohta y Kimura (1973).

Sin embargo, el número de mutaciones varía si se trata de diferentes tipos de microsatélites, por
ejemplo, Golstein et al. (1995b) mencionan que las mutaciones de repeticiones formadas por
dinucleótidos o trinucleótidos son de dos pasos o incluso de múltiples pasos, lo que ha sido
confirmado por estudios en trinucleótidos. Por ejemplo, en el humano el microsatélite formado por
las repeticiones CAG − asociado con un desorden neurológico−, puede mutar de pocos a cientos de
alelos (Ashley y Warren 1995). Sin embargo este comportamiento asimétrico del tamaño de las
mutaciones de SSR ha sido raramente reportado. Al ser los microsatélites altamente polimórficos,
pueden ser ventajosos con relación al uso de secuencias, aunque la variación del ADN nuclear debe
analizarse con precaución, ya que pudo haberse generado por duplicaciones o por la presencia de
familias multigénicas (Rieseberg,1991), que generan un alto grado de homogeneidad dentro y entre
especies, proceso conocido como evolución concertada. Estos fenómenos pueden distorsionar la
historia evolutiva de los organismos en estudio y confundir las relaciones filogenéticas (Rieseberg
et al., 1991b). Es decir, se pueden presentar aparentes reticulaciones o escenarios de hibridización
introgresiva. Finalmente, los microsatélites han sido utilizados para hacer reconstrucciones de
árboles de genes con base en la teoría de coalescencia (véase el capítulo 4 de este libro). Los
fragmentos son separados en geles de acrilamida y son visualizados con nitrato de plata o
radioactividad. 550 Las herramientas moleculares ISSRs Es un marcador molecular conocido como
secuencias repetidas intersimples. Esta es una técnica relativamente nueva y es similar a los RAPDs,
excepto que en los ISSRs el primer es un di ó trinucleotido repetido (Culler y Wolfe, 2001 véase el
capítulo 19 de este libro). Los dos métodos que se utilizan en la electroforesis de ISSRs son: a) gel
de agarosa visualizado con bromuro de etidio, y b) geles de acrilamida teñidos con nitrato de plata.
Las bandas que se obtienen con este marcador van de 100 a 2000 pb. La variación alélica en los
ISSRs consiste de la presencia o ausencia de los productos amplificados. Comparada con los primers
de los RAPDs la secuencia de los ISSRs es usualmente larga lo que resulta en una mayor
reproductibilidad de las bandas. Figura 3. Patrones del microsatélite Pt63718 de cloroplasto en Pinus
strobiformis en gel de acrilamida al 6% y tinción con nitrato de plata (foto de Alejandra Moreno
Letelier)

https://www.uv.mx/cienciahombre/revistae/vol18num1/articulos/moleculares/index.htm
http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/530/cap18.pdf