Acoplamiento # 1 (Tutorial)

El Acoplamiento Molecular: El inhibidor de Benzamidina acoplado en la Beta Tripsina

En esta guía didáctica usted aprenderá a preparar cálculos de acoplamiento. Usted acoplará el inhibidor de la
benzamidina con la serin-proteasa beta tripsina. Los cálculos de acoplamiento intentan poner a los Ligandos en los
Sitios de Unión. Antes de que usted pueda acoplar una molécula, usted necesita definir primero los átomos que
constituyen el Ligando (el fármaco, el inhibidor, etc.) y el Sitio de Unión en la proteína dónde se une el fármaco.
La estructura que nosotros usaremos proviene de Brookhaven Protein Databank y ya contiene a la benzamidina co-
cristalizada. Nosotros haremos una copia del inhibidor y lo acoplaremos a la proteína y compararemos la estructura
acoplada con la estructura de rayos X.

1. Abriendo el archivo de la estructura.

♦ Abra el archivo del banco de datos de proteínas, 3ptb.ent, localizado en la carpeta Tutorials/Docking/Beta
Trypsin de su instalación de ArgusLab. Éste es un archivo de PDB así que asegúrese de seleccionar el tipo
correcto de archivo en el diálogo abierto.

♦ Asegúrese que la herramienta Molecule Tree View esté visible. Ya sea que seleccione Tools/Molecule Tree

View del menú de opciones o que pulse el botón de la barra de herramientas para abrir la Vista del
Árbol (Tree View).

♦ Extienda la vista del árbol de 3ptb y abra la carpeta de Residues/Misc para mostrar el residuo de Benzamidina.
Usted debe ver algo así:
2. Haga los grupos del Ligando y del Sitio de Unión.
♦ Pulse el botón izquierdo sobre "1 BEN " en la Vista del Árbol para seleccionar el residuo de benzamidina. Este
debe parecer amarillo.

♦ Seleccione la opción de menú Edit/Hide Unselected o use el atajo (Ctrl+U) para esconder todos los átomos que
no se seleccionan. Los únicos átomos que se muestran en la pantalla deben de pertenecer a la molécula de la
benzamidina.

♦ Centre a la benzamidine en la ventana seleccionando la opción de menú View/Center Molecule in Window o el

atajo de "Alt+C ", o apretando el botón en la barra de herramientas.

♦ Mientras la benzamidina está seleccionada, agregue los hidrógenos a ésta sujetando la tecla "Shift " y
apretando el botón en la barra de herramientas. Usted debe ver algo así:

♦ Pulse el botón derecho sobre "1 BEN" en la Vista del Árbol y seleccione la opción “Make a Ligand Group from
this Residue”. ArgusLab construirá un grupo justo debajo de la carpeta Groups con el mismo nombre "1 BEN"
esto es de tipo = Ligando.

♦ Pulse el botón izquierdo o en el residuo "1 BEN " de la carpeta Residues/Misc o en el grupo "1 BEN " de la
carpeta Groups. Cualquier acción seleccionará los átomos del Ligando en la pantalla.
♦ Copie (Ctrl+C) & Pegue (Ctrl+V) el residuo seleccionado. Búsque en la carpeta de Residues/Misc en la
herramienta de Vista de Árbol (Tree View) y usted vea un nuevo residuo resaltado con un nombre como "810
BEN".

♦ Haga a un grupo de Ligando de este nuevo residuo de la misma manera que usted hizo anteriormente. Pulse el
botón derecho sobre "810 Ben" y seleccione "Make a Ligand Group from this Residue". Usted debe tener ahora
dos ligandos en la carpeta de Groups llamados "1 BEN" y "2 BEN".

♦ Renombre los dos grupos de ligando: Pulse el botón derecho en "1 BEN" en la carpeta de los Grupos y
seleccione la opción "Modif. Group...". En el dialogo Modify Group, teclee en un nuevo nombre. Llamémoslo
"ligand-xray". Asegúrese que usted no cambia el tipo de los Grupos. Este debe ser un Ligando. Haga lo mismo
para "2 BEN", pero ahora lo nombrará "ligand".

♦ Para distinguir más fácilmente a los dos ligandos en la ventana de los gráficos, usted puede hacer varias cosas
diferentes. Una sería escoger la opción View/Color By Molecule. Otro sería cambiar el estilo de representación
de uno de los ligandos. Yo generalmente prefiero el último. Pulse el botón derecho en el Grupo nombrado
"ligand", seleccione "Set Render Mode" y escoja la opción "Cylinder med". Notese que, el Grupo pegado
(nombrado "ligand") no necesita estar en un lugar especial en la pantalla. Podría ser en cualquier parte que
usted desee. Este se moverá durante el acoplamiento.

♦ Construya el sitio de unión para el grupo ligand-xray. La manera fácil es pulsando el botón derecho en el grupo
del ligand-xray en la carpeta de los Grupos y seleccionar la opción de menú "Make a BindingSite Group for this
Group". Esto generará un BindingSite que consiste en todos los residuos que tienen por lo menos un átomo
dentro de 3.5 Ángstrom de cualquier átomo en el grupo del ligand-xray. Esto generalmente da una buena
representación de los residuos importantes en el sitio de unión para una proteína diana. Centre la molécula de
nuevo. Usted debe ver algo así:
3. Acople del ligando al sitio de unión
♦ ¡¡ADVERTENCIA!! Cuando un grupo de Ligand se está acoplando, éste ignorará todos los otros átomos que
pertenecen a cualquier otro grupo de Ligand que esté presente. Así, usted puede acoplar múltiples ligandos
sobre la misma estructura y puede ver los resultados finales superpuestos. Sin embargo, si usted se olvida de
crear un grupo de Ligand de una molécula que ya ocupa el sitio de unión, esto afectará adversamente los
resultados del acoplamiento.

♦ Haga aparecer el dialogo Dock Settings seleccionando la opción de menú Calculation/Dock a Ligand... o

pulsando el botón de la barra de herramientas. Esto es como aparece la caja de dialogo de Dock Settings:

♦ Seleccione el ligando a acoplar de la caja "Ligand" Asegúrese que selecciono el grupo nombrado "ligand" y NO
el grupo "ligand-xray".

♦ Pulse el botón "Calculate Size" y una caja de acoplamiento ajustada al sitio de unión será hecha y mostrada en
la pantalla. Este seguro que "ArgusDock " es la maquinaria de acoplado, el tipo de Cálculo = Dock, y el Ligand
es Flexible.

♦ Pulse el botón "Start" y empezará el cálculo de acoplado.

♦ Ponga atención a los mensajes que aparecen en la línea de situación actual (status) al fondo de la ventana de la
molécula. Usted debe ver primero que ArgusLab genera las mallas usadas durante el acoplamiento (esto debe
tomar aproximadamente 5-10 segundos), luego las varias fases de la búsqueda ocurrirán, y finalmente el
 candidato propuesto debe procesarse y el cálculo se lleva a cabo. Sólo las coordenadas del grupo nombrado
"ligand " deben ser modificadas. La posición de los dos grupos de Ligand deben estar razonablemente juntos.

4. Analizando los resultados

♦ Veamos que tan cerca está la estructura acoplada a la estructura de rayos-x. En la herramienta de Vista de
Árbol, seleccione los grupos ligand y el ligand-xray sujetando la tecla "Ctrl" y pulse el botón izquierdo en ambos
grupos. Ambos grupos deben resaltarse en la pantalla. Ahora, pulse el botón derecho en la carpeta "Groups" en
la Vista del Árbol y seleccione "Calc RMSD position between two similar Groups". Un diálogo de información
aparecerá en la pantalla que da la desviación de raíz cuadrada principal (RMSD) en la diferencia entre las
coordenadas de los dos ligandos. El valor debe ser aproximadamente 0.5 Ángstrom.

♦ Hay dos fuentes de información sobre el cálculo de acoplamiento: El archivo de navegación y la herramienta de
Vista de Árbol. Expanda el cálculo de ArgusDock en la carpeta de Calculations en la Vista del Árbol. Usted verá
una lista de los escenarios de acoplamiento y varias "poses" empezando con la más estable como Pose 1. (Un
pose es meramente el nombre dado a las coordenadas de una estructura acoplada). Cualquier propiedad en un
cálculo de ArgusLab que tiene un icono en forma de mechero Bunsen es una propiedad del desplegable. Pulse
el botón derecho sobre Pose #2 y seleccione la opción de "Display". Las coordenadas de ligando cambiarán a
esta pose y su valor se desplegará en la pantalla. Usted puede probar la diferencia de RMSD entre la
estructura de rayos-x y el ligando acoplado en este punto de la misma manera como usted hizo anteriormente.
La pantalla debe parecerse a esto:
♦ Pulse el botón derecho sobre Pose 2 y seleccione "Hide" o "Hide all Props" para apagar el despliegue de este
pose en particular. El despliegue volverá al desplegado predefinido del pose con la energía más baja (el más
estable).

♦ Para ver el archivo de navegación, seleccione la opción "Edit/Latest output file…" del menú o pulse el botón

de la barra de herramientas. El archivo de navegación en forma de texto aparecerá en el Notepad. Este

archivo da más detalles sobre el tipo de átomo, detalles de la malla, y los mensajes de estado durante el
acoplamiento que pueden ser de algún uso. Este archivo se sobrescribe con cada nuevo cálculo.

♦ Finalmente, si usted quiere guardar todo el trabajo que usted ha hecho, usted necesitará guardar esta molécula
a un archivo *.agl de ArgusLab. Para ello seleccione la opción File/Save As… del menú y escoja el tipo de
archivo de ArgusLab y guárdelo. Los resultados del acoplamiento se guardarán y pueden ser estudiados en
una fecha más tarde si usted gusta.