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Examination ES
Examination ES
25/10/2018
Los siguientes ejercicios son para realizarse en casa. Las preguntas están diseñadas para que tengáis más
práctica en lo que hemos visto en clase a la vez que conseguís información útil para vuestra futura investigación
científica. Por lo tanto sois libre de usar cualquier recurso que deséis, disponibles tanto en libros como en la
web pero las respuestas tienen que ser formuladas con vuestras propias palabras, dado que vuestro
objetivo es haber aprendido algo al final de este curso.
Note: Las preguntas (n) y (q) son opcionales y contarán como nota extra.
Una vez hayáis terminado, por favor enviar vuestras respuestas en un documento de Word, PDF o fichero de
texto antes de las 23:59 del día 9 de noviembre de 2018 al campus virtual o vía email a
bioinfoexamgpb@gmail.com
Usando la base de datos apropiada en la web, busca información sobre las versiones humanas de la enzima.
(a) ¿Cuántas isoformas de la SHMT humanas hay y en qué criterio se basa su clasificación? [0.5]
Vamos a obtener ahora información sobre la isoforma mitocondrial de la SHMT humana
(b) ¿Cuál es la reacción química que cataliza esta enzima? [0.5]
(c) ¿En qué contexto biológico ocurre esta reacción? [0.5]
Guarda la secuencia proteica en formato fasta para más adelante.
Búsqueda de homólogos
Usando la secuencia que has guardado, realiza una búsqueda en BLAST de la web del ncbi contra la SHMT2
mitocondrial humana, cambiando el parámetro “database” a "Model Organisms (landmark).
(d) Mirando a los diferentes resultados en términos de identidad de secuencia y tamaño, ¿qué puedes decir
sobre la conservación general de la SHMT en las especies? [0.5]
1
(e) Uno de los resultados (ABC transporter [Streptomyces coelicolor A3(2)]) al final de la lista tiene un
E-value de 1.6, ¿qué significa? [0.5]
De tu resultado en BLAST, selecciona 10 secuencias de las diferentes especies listadas abajo (5 procariotas
y 5 eucariotas) además de las dos primeras secuencias SHMT humanas (por lo que serán 12 secuencias en
total). Puedes elegir cualquier isoforma pero asegúrate de elegir serina hidroximetiltransferasas y no otro
tipo de enzima.
Lista de eucariotas:
• Ratón (Mus musculus)
• Pez zebra (Danio rerio)
• Planta Arabidopsis (Arabidopsis thaliana)
• Gusano (Caenorhabditis elegans)
• Parásito de la malaria (Plasmodium falciparum)
Lista de procariotas:
• Deinococcus radiodurans
• Clostridioides difficile
• Mycobacterium tuberculosis
• Escherichia coli str. K-12
• Streptococcus pmeumoniae
Guarda estas secuencias en formato FASTA para hacer un alineamiento múltiple con T-coffee. No incluyas
secuencias PREDICHAS (PREDICTED).
Abre el fichero de texto que contiene estas secuencias (con un buen editor de texto como Notepad++ para
Windows o Textedit para Mac, los usuario de Linux pueden usar gedit o mousepad). Reemplaza el encabezado
de cada secuencia por una palabra (sin espacios) para que sea más fácil visualizarlo en el alineamiento. Por
ejemplo:
>SMHT1_human
MLYFSLFWAARP. . .
>SMHT2_human
MLYFSLFWAARP. . .
>SMHT1_Mouse
MVSFSLLRTTRP. . . etc
Alinea todas las 12 secuencias juntas (guardando las secuencias humanas como las dos primeras) con T-coffee
simple MSA
(f) Del resultado de T-coffee puedes ver que hay bloques de regiones conservadas separadas por partes mas
variables en secuencias y tamaño, ¿qué puede significar esto en términos de organización tridimensional
de la estructura? [0.5]
(g) ¿Cómo difieren las dos secuencias humanas (SHMT1 and SHMT2)? [0.5]
(h) ¿Cómo difieren las secuencias entre eucariotas y procariotas? [0.5]
(i) Da formato al alineamiento usando el link a ESPript en la página de resultados de T-coffee y envíala
junto a tus respuestas del examen. [0.5]
NOTA: Para que ESPript funcione, tienes que desactivar los bloqueadores de popups de tu navegador. Si no
sabes cómo hacerlo, envíanos un email a bioinfoexamgpb@gmail.com y te explicaremos.
2
Inspección de la estructura en 3D.
3
(q) (opcional) ¿Puedes ver alguna forma de contar el número de cada aminoácido (A, C, G etc) usando un
diccionario? ¿Cómo? [0.5]