Documentos de Académico
Documentos de Profesional
Documentos de Cultura
Departamento de Biología
Introducción
Con el desarrollo de esta guía, los estudiantes podrán familiarizarse con la información disponible y su
interpretación en algunas bases de datos y herramientas importantes de bioinformática, las cuales son
de amplio uso en biología molecular.
El link #1, brinda un molde de toda la información disponible y detallada que provee GeneBank de
genes (se pueden ver como DNA o mRNA) o proteínas. Explore toda la información relevante para
cada categoría, por ejemplo, locus name, accesion, version, keywords, reference, author etc.
Ya habiendo revisado esta información, ahora utilice el link #2, el cual contiene una secuencia de ADN
de un organismo eucariota. Integrando la información del link 1 y 2 defina para el gen BPH6:
b. Qué información tiene el “accession”? Es el nombre unico de la secuencia, ningun otro gen lo
puede tener
- Cuál es el “accession”? KX818198
c. Qué información tiene “version”? secuencia que permite identificar al gen en la secuencia de
datos.
-Cuál es la “version”? KX818198.1
1. Elegir una proteína o gen de interés para desarrollar el taller práctico (ejemplo: proteína P53)
2. Es importante conocer el nombre de la proteína en inglés para realizar la búsqueda en las bases de
datos disponibles para tal fin. También es fundamental conocer el “accession number”
3. Ingresar a la página del NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, digitar el nombre de la proteína que
han seleccionado en la barra de búsqueda y seleccionar “protein” de las bases de datos:
4. En los resultados obtenidos, hacer clic sobre el nombre de la proteína seleccionada. Obtenga la
secuencia FASTA (secuencia de aminoácidos) de la proteína P53 de humanos o la que seleccionó y
buscar secuencias homólogas con la herramienta para alineamientos BLAST.
Ejecutar BLAST con los parámetros ofrecidos por la herramienta y dar click en BLAST
- Alinea, y comienza a comparar con el resto de las bases de datos.
- (que es id vlaue)
- (En blast solo se puede comparar solo nucleotidos)
Falso Verdadero
Una herramienta bioinformática usada para buscar secuencias
similares
Herramienta para buscar secuencias similares solo de proteínas
Herramienta que provee significancia estadística a los
alineamientos (e-value: número de resultados con la misma o
mejor puntuación o ‘score’, que lo que se espera al azar)
b. ¿Qué resultados se obtienen con esta herramienta? Hay proteínas P53 homologas a la de humano?
c. ¿Qué es el “query” y el “subject” en los alineamientos que usted está analizando
En la parte superior de la página de resultados, encontrará una serie de pestañas que aportan mayor
información acerca de la molécula:
a. Presiones el enlace "Download files", a lado derecho de la página. Encontrará una serie de enlaces
de archivos para descargar. De estos los más conocidos son los que contienen formato PDB. Este archivo
Como podrá notarlo este archivo contiene bastante información y entenderla, por lo menos globalmente,
resulta importante. Para mayor información acerca de este formato, revise la siguiente guía explicativa
que ofrece el sitio web de PDB: http://www.wwpdb.org/documentation/file-format. Descargue la
última versión en formato PDF