Con la llegada de Dave Navarro a la banda el sonido cambiaría inevitablemente. El grupo
alquiló una casa en Hawái para la composición de su próximo álbum, pero estas sesiones no resultaron muy productivas. La banda entró en The Sound Factory, un estudio de grabación situado en Los Ángeles, para grabar el álbum. El primer concierto con la nueva formación fue el 10 de agosto de 1994, casi un año después, en el pequeño Club Lingerine de Los Ángeles (California), aunque la gran aparición se produjo unos días después en Woodstock 94, donde empezaron su actuación tocando las canciones Grand Pappy Du Plenty y seguidamente de Give It Away vestidos con unas ampollas en forma de bombillas colocadas en la cabeza. También tocaron canciones que saldrían en su próximo álbum One Hot Minute, como Warped o Aeroplane. Antes de finalizar su actuación en Woodstock hicieron una pequeña pausa para vestirse como Jimi Hendrix como homenaje y cantar su última canción "The Power of Equality". Flea, Chad Smith y Dave Navarro entraron al escenario rompiendo unas Fender stratocaster blancas como las que usó Jimi Hendrix en Woodstock 69, a continuación salió al escenario la hija de Flea Clara, a cantar el himno de Estados Unidos, seguidamente los Red Hot Chili Peppers cantaron su última canción mientras el público sostenían velas en memoria de Jimi Hendrix. Cuando habían completado unas pocas canciones, Kiedis comenzó a tener dificultades para cantar, ya que tras cinco años sin drogas volvía a ser un drogodependiente. Posteriormente, Navarro cuestionó los métodos de grabación del grupo, que se preguntaba el porqué de tantas improvisaciones. Kiedis, al no contar con Frusciante, escribió las canciones a un paso muy lento. En compensación, Kiedis y Flea se fueron de vacaciones juntos, para completar el material que ya tenían. Muchas de las canciones fueron escritas en una época en la que Kiedis escondía su reanudada adicción. Escribir One Hot Minute duró casi dos años, y su grabación y producción también fueron procesos problemáticos, ya que Navarro se sentía como un intruso en la banda. El 12 de septiembre de 1995, casi cuatro años después del lanzamiento de Blood Sugar Sex Magik, salió a la venta el irónicamente titulado One Hot Minute. Esta época es considerada como la más alternativa de la banda, llevando a cabo una rara mezcla de diferentes géneros musicales (como el punk, rock psicodélico y funk) y una guitarra mucho más distorsionada llevada a cabo por Navarro, con melodías más pesadas, que se puede ver claramente en canciones como "Coffee Shop" o "Deep Kick". Se editaron tres sencillos: "Warped", "Aeroplane" y My Friends (que llegó a lo más alto de las listas musicales). El disco fue un fracaso en ventas comparado con Blood Sugar Sex Magik, ya que One Hot Minute vendió 8 millones de copias (Blood Sugar Sex Magik tuvo casi el doble de ventas). La crítica que recibió el disco tampoco fue tan buena como la de su predecesor. En esta época también participaron en bandas sonoras y recopilatorios. "I Found Out", una versión de la canción de John Lennon, apareció en el álbum "Working Class Hero: A Tribute to John Lennon". Otra versión, esta vez de los Ohio Players, "Love Rollercoaster", fue incluida en la banda sonora de la película "Beavis and Butthead Do America" y editado en formato sencillo. Se grabó incluso un videoclip, dirigido por Kevin Lofton. Tras una convulsa gira de conciertos entre 1994 y 1997, con numerosas cancelaciones, la banda comienza a dar en mayo de 1997 los primeros pasos en la creación del próximo álbum tras One Hot Minute. La gira de 1997 fue cancelada al completo salvo un único concierto, el último de la banda con Dave Navarro, celebrado el 26 de julio de 1997 en el Fuji Rock Festival bajo una lluvia torrencial. En ese show Anthony tenía inmovilizado el brazo. Flea y Dave Navarro entran al estudio el 15 de septiembre de 1997 para comenzar a trabajar en las dos primeras canciones del próximo álbum.23 Una de esas canciones es "Circle Of The Noose".24 No sin dificultad (Dave y Anthony luchaban en esa época contra su drogodependencia), los Red Hot Chili Peppers vuelven al completo al estudio en diciembre de ese año para comenzar la grabación del nuevo álbum y anuncian su lanzamiento para el año siguiente,25 pero las cosas no funcionaron. Solo se completó una canción, "Circle Of The Noose",26 bajo la producción de Rick Rubin,27 "la mejor canción de estructura pop en la que he participado, [...], tiene esa onda de los 60 hippies pero con las ideas y la tecnología de los 90", en palabras de Dave. La canción se filtró en internet el 3 de febrero de 2016, casi 19 años después de su creación. La banda intentó hablar con Dave para que ingresara en rehabilitación, pero se formó una discusión y Dave tropezó con un amplificador. Anthony, Flea y Chad deciden despedir a Dave, que se lo tomó mal pero posteriormente lo aceptó y la banda estuvo a punto de separarse. Flea comenzó a cuestionarse sobre el futuro de la banda, y pensó que la separación era necesaria, aunque se hizo un último intento de mantener junta la banda, pidiéndole a John Frusciante (Dave fue quien sugirió que llamaran de nuevo a Frusciante), que había completado un programa de rehabilitación por su adicción a la heroína, que volviera a la banda, a lo que John aceptó llorando de alegría, ya que su adicción lo había dejado en la pobreza.