Ejercicios EOCG60 Aniv

Introducción a la Dinámica Molecular
Curso corto interactivo
Dr. Edgar Omar Castrejón González
IT-Celaya
19 de abril de 2018
EO Castrejón-González (IT-Celaya) LAMMPS 19 abril 2018 1 / 54

1 Introducción
Dinámica Molecular
2 Ensayo de tensión
3 Flujos Couette y Poiseuille 2D
4 NaCl
5 RDF en fluido LJ
6 Micelas en 2D
7 Micelas 3D
8 Equilibrio Vapor–Lı́quido
9 Viscosidad de corte en Fluidos Complejos
10 Diferentes modelos de agua

Simulación Molecular
Simulación Molecular es una técnica ampliamente empleada en

diversas áreas, como: Fı́sica, Quı́mica, Biologı́a, Alimentos y Ciencia
de Materiales.
El principal objetivo de la Simulación Molecular es resolver
numéricamente los modelos matemáticos que plantea la Mecánica
Estadı́stica sobre un problema real.
Con Simulación Molecular se pueden obtener condiciones que son
difı́ciles de reproducir en un experimento, o entender lo que sucede a
nivel atómico.

Introducción a LAMMPS
LAMMPS es un código paralelizado de simulación por Dinámica

Molecular, recientemente han incluido cálculos por Montecarlo.
Está codificado en C++ y puede ser compilado manualmente como
software independiente o como librerı́a dentro de otro programa
(Ver Manual).
También se puede compilar en GPUs.
Se requiere software adicional para generar las estructuras iniciales y
para procesar los datos generados.

Introducción
Para ejecutar una simulación en LAMMPS se requiere un archivo de

entrada (input) , bastará con ejecutar la siguiente instrucción para
correr el programa: lmp serial.exe < input , donde
lmp serial.exe es el nombre del ejecutable de Lammps.
Dentro del archivo input se pueden invocar otros archivos externos,
como archivos de estructura o de interacción par.
En el archivo input se escriben las instrucciones para calcular
propiedades e imprimir archivos con resultados especı́ficos.
Una vez terminada la simulación, se genera por default un archivo de
salida llamado log.lammps con información de la corrida.

Ensayo de tensión
Se trata de un sistema constituido por esferas Lennard-Jones, cuya

interacción está dada por:
" 6 #
σij 12 σij
U (r) = 4ε − rc ≤ 2.5σ (1)
rij rij
donde ε = 1.0 y σij .

Nombre de la carpeta: crack
Archivos requeridos: a) in.crack
Las interacciones están definidas por los comandos: pair style
lj/cut 2.5 y pair coeff 1 1 1.0 1.0 2.5

¿Cómo funcionan algunos comandos de LAMMPS?
1 fix avetime Nevery Nrepeat Nfreq . For example, if Nevery=2,

Nrepeat=6, and Nfreq=100, then values (6) on timesteps
90,92,94,96,98,100 will be used to compute the final average on
timestep 100.

Instrucciones a seguir
(a) Ejecutar Lammps usando:
lmp serial.exe < in.crack
(b) Visualizar el archivo
dump.lammps usando OVITO.
Se puede observar la propa-

gación de la fractura.

Flujos Couette y Poiseuille en un fluido LJ, en 2D
Nuevamente el sistema es constituido por esferas Lennard-Jones, cuya

interacción está dada por WCA:
" 6 #
σij 12 σij
U (r) = 4ε − rc ≤ 1.12246σ (2)
rij rij

Nombre de la carpeta: 2flow
Archivos requeridos: a) in.flow.couette y b) in.flow.pois
El flujo se genera con los comandos: velocity upper set 3.0 0.0
0.0 para flujo Couette y fix 6 flow addforce 0.5 0.0 0.0
para flujo Poiseuille.

Flujo Couette
lmp serial.exe <
in.flow.couette
(b) Visualizar el archivo dump.flow
usando OVITO.
Se puede observar, en la ani-

mación de Ovito, el perfil lin-
eal de velocidad.

Flujo Couette: Perfil de velocidad
Elabore la gráfica usando xmgrace
Velocity profile in Couette flow

3
2.5
2
velocity
1.5
0.5
0
0 5 10 15 20
y Axis

Flujo Poiseuille
lmp serial.exe <
in.flow.pois
(b) Visualizar el archivo
dump.flowP usando OVITO.
Se puede observar, en la an-

imación de Ovito, el perfil
parabólico de velocidad.

Flujo Poiseuille: Perfil de velocidad
Elabore la gráfica usando xmgrace
Velocity profile in Poiseuille Flow

2
1.5
1.34 1.32 1.34 1.37 1.35
1.1
velocity
0.709
0.5
0 0 0 0 0
0 5 10 15
y Axis

Simulación de NaCl en 3D
El sistema está constituido por dos tipos de átomos Na y Cl, el

potencial de interacción es EIM (embedded-ion method) propuesto
por Zhou.
Para mayor información referente a la forma matemática del
potencial, visitar el siguiente sitio web.
Nombre de la carpeta: 3eim
Archivos requeridos: a) data.eim , b) in.eim y c) ffield.eim
El acomodo inicial aparece en el archivo de estructura data.eim .

NaCl
lmp serial.exe < in.eim
(b) Visualizar el archivo dump.eim
usando OVITO.
Se puede observar, el cambio

en la estructura cristalina.

Cálculo de la Función de Distribución Radial (FDR) en un
sistema LJ a diferentes Temperaturas
Se trata de un sistema en 3D constituido por esferas Lennard-Jones.
Las interacciones están dadas por:

" 6 #
σij 12 σij
U (r) = 4ε − rc ≤ 2.5σ (3)
rij rij

Nombre de la carpeta: 4rdf
Archivos requeridos: a) in.lj
Las interacciones están definidas por los comandos: pair style
lj/cut 2.5 y pair coeff 1 1 1.0 1.0 2.5

Función de Distribución Radial
Es una medida de la Para diferentes estados de agregación:

probabilidad de
encontrar una partı́cula a
una distancia r medida
desde la partı́cula central
de referencia.

RDF-LJ
1 Verificar que la temperatura adimensional sea 0.5: vim in.lj

2 Ejecutar Lammps usando: lmp serial.exe < in.lj
3 Depurar la salida y guardarla en un archivo denominado RDF1.rdf
usando: tail -100 LJ.rdf > RDF1.rdf.
4 Seleccionar las columnas 2 y 3 y guardar el archivo en RDF2.rdf
usando: cut -f 2-3 -d‘‘ ’’ RDF1.rdf > RDF2.rdf.
5 Elaborar la gráfica en xmgrace usando: xmgrace RDF2.rdf.
6 Modificar el archivo de entrada in.LJ, cambiando la Temperatura a
4.0; el archivo donde se guardarán los datos de RDF seguirá siendo
LJ.rdf.

7 Repetir los pasos del 2 al 5 para generar la gráfica de RDF en
xmgrace:
1 lmp serial.exe < in.lj.
2 tail -100 LJ.rdf > RDF3.rdf.
3 cut -f 2-3 -d‘‘ ’’ RDF3.rdf > RDF4.rdf.
4 xmgrace RDF4.rdf.
8 Ejecutar Lammps usando: lmp serial.exe < in.lj
9 Modificar el archivo in.LJ , cambiando T = 7.0 y ρ = 0.1. En el
archivo LJ.rdf se guardarán los datos de RDF.
10 Repetir los pasos del 2 al 5 para generar la gráfica de RDF en
xmgrace:
1 lmp serial.exe < in.lj.
2 tail -100 LJ.rdf > RDF5.rdf.
3 cut -f 2-3 -d‘‘ ’’ RDF5.rdf > RDF6.rdf.
4 xmgrace RDF6.rdf.

Resultados RDF: Sólido
3
g(r)
0
0 0.5 1 1.5 2 2.5 3
distance

Resultados RDF: Lı́quido
Liquid, T = 4.0
2
1.5
g(r)
0.5
0
0 0.5 1 1.5 2 2.5 3
distance

Resultados RDF: Gas
Gas, T = 7.0, density = 0.1
2
1.5
g(r)
0.5
0
0 0.5 1 1.5 2 2.5 3
distance

Micelas en 2D
Se trata de un sistema en 2D constituido por moléculas anfifı́licas en

solución.
Las interacciones entre partı́culas no enlazadas afines está dada por el

potencial L-J 12/6 con rc = 2.5σ.
Las interacciones entre partı́culas no enlazadas que no son afines, se
usa el potencial 12/6 con rc = 1.1228.
El enlace está dado por un potencial armónico de la forma:
E = k (r − r0 )2
Nombre de la carpeta: 5micelle2D
Archivos requeridos: a) in.micelle , b) def.micelle , c)
micelle2d.f

1 Ver el archivo in.micelle usando: less in.micelle.
2 El archivo micelle2d.f es un código en Fortran para
generar el archivo de estructura. Se debe compilar
usando: gfortran micelle2d.f -o datagen. con esto se genera
un ejecutable llamado datagen.
3 Correr el ejecutable usando como archivo de entrada def.micelle y
como salida el archivo data.micelle usando: ./datagen <
def.micelle > data.micelle
4 Ejecutar Lammps usando: lmp serial.exe < in.micelle
5 Visualizar en Ovito y generar una pelı́cula.
6 Generar un archivo de estructura con 200 surfactantes de longitud 6
(5 # of tails) en una placa de 40 40 (Modificar el def.micelle
y guardarlo como def.micelle2) .

Resultados: Parte 1
Inicio Fin

Resultados: Parte 2
Inicio Fin

Micelas 3D
Se trata de un sistema en 3D constituido por moléculas anfifı́licas en

solución.
Las interacciones entre partı́culas no enlazadas afines está dada por el

potencial L-J 12/6 con rc = 2.5σ.
Las interacciones entre partı́culas no enlazadas que no son afines, se
usa el potencial 12/6 con rc = 1.1228.
El enlace está dado por un potencial armónico de la forma:
E = k (r − r0 )2
Nombre de la carpeta: 6micelle3D
Archivos requeridos: a) in.micelle3D , b) def.micelle3D , c)
Micelas3DCurso.f

1 El archivo Micelas3DCurso.f es un código en Fortran para

generar el archivo de estructura. Se debe compilar
usando: gfortran Micelas3DCurso.f -o datagen. con esto se
genera un ejecutable llamado datagen3d.
2 Generar un archivo con 10 % aceite, para lo cual se debe modificar el
archivo def.micelle3d usando: vim def.micelle3d.
3 Ejecutar el programa: ./datagen3d < def.micelle3d >
data.micelle3d
4 Ejecutar Lammps usando: lmp serial.exe < in.micelle3d
5 Visualizar en Ovito y generar una pelı́cula.

Resultados
Inicio Fin

Equilibrio Vapor–Lı́quido en un fluido LJ
Se trata de un sistema en 3D constituido por esferas LJ.
Las interacciones están dada por el potencial L-J 12/6 con rc = 2.5σ,
σ = = 1.0.
Nombre de la carpeta: 7evl
Archivos requeridos: a) inLV.LJ
Abrir el archivo inLV.LJ para analizarlo, la temperatura debe ser 0.7.
Ejecutar el programa: lmp serial.exe < inLV.LJ
Visualizar el archivo de salida dump.nvt con Ovito.
Efectuar la gráfica del perfil de densidad usando: tail -504
densityprofx.out > denx.out para depurar el archivo y:
xmgrace -block denx.out -bxy 2:4

Resultados: EVL, T = 0.5
Configuración final
Perfil de densidad

Perfil de densidad

Perfil de densidad

Introducción
Los polı́meros están categorizados dentro de los fluidos no
Newtonianos.
Los homopolı́meros presentan un adelgazamiento de corte
(shear-thinning) al someterse a flujo.
La curva de flujo tı́pica se muestra a continuación:

Desarrollo
El cálculo de la viscosidad de corte está dada por:
hPxy i
η=− (4)
γ̇
Donde η es la viscosidad de corte, hPxy i es un promedio de ensamble

de la componente xy del tensor de presión, calculado por la
Ecuación 5, y γ̇ es la tasa de corte.
 
1 X pki pli 1 X X
Pkl = − + rkij Flij  (5)
V mi 2
i i j>i

Ejercicio
Calcular la viscosidad de corte en LAMMPS [1] para un sistema constituido
por 30 cadenas de 100 sitios de acuerdo al siguiente modelo [2]:

Archivos requeridos: a) def.chain b) chain.f c) in.fene
Generar un archivo de estructura con 100 cadenas, para lo cual es

necesario modificar el def.chain
(a) Compilar el programa chain.f usando: gfortran chain.f
-o chain
(b) Ejecutar el programa: ./chain < def.chain >
data.chain3
(c) Ejecutar Lammps usando: lmp serial.exe < in.fene
hPxy i
(d) Calcular la viscosidad de corte con η = − γ̇ , para
este caso = -(-0.7152/0.03) = 23.84

Continuación
(e) Construir una curva de viscosidad de corte vs tasa de corte (γ̇)

(ejercicio grupal).
(f) Construir una curva de Rg vs γ̇ (ejercicio grupal). Valores de tasa de
corte: 0.0001, 0.005, 0.001, 0.01, 0.05, 0.07, 0.1, 0.15, 0.27.
(g) Visualizar las funciones de distribución radial usando:
I tail -100 rdfEq.out > rdf.out
I xmgrace -block rdf.out -bxy 2:3

Resultados:
Configuración final NEMD

Configuración final EMD

Resultados:

Diferentes modelos de agua
SPCE, TIP3P, TIP4P, TIP5P

Ejercicio: Comparar RDF, MSD y densidad de tres modelos
de agua
En la carpeta 9water encontrará 3 carpetas: a) SPCE, b) TIP3P y c)
TIP4P
Instrucciones:
1 Ingresar a la carpeta SPCE
2 Ejecutar LAMMPS usando: lmp serial.exe < input.dat .
3 Elaborar gráfica de RDF:
a) tail -1000 wat.rdf > rdf.out
b) xmgrace -block rdf.out -bxy 2:3
4 Elaborar gráfica de MSD: xmgrace wat.msd y calcular el coeficiente
de difusión. Ans. 0.000782Å/fs = 7.82 × 10−9 cm2 /s
5 Calcular la densidad promediando valores del archivo wat.dens Ans.
1.03g/cm3

Resultados SPCE: Configuraciones
Configuración Inicial Configuración Final

Resultados SPCE: RDF

Resultados SPCE: MSD

Resultados modelo TIP3P
Instrucciones:
1 Ingresar a la carpeta TIP3P
1.07g/cm3

Resultados TIP3P: Configuraciones

Resultados TIP3P: RDF

Resultados TIP3P: MSD

Resultados modelo TIP4P
Instrucciones:
1 Ingresar a la carpeta TIP4P
1.02g/cm3

Resultados TIP4P: Configuraciones

Resultados TIP3P: RDF

Resultados TIP4P: MSD

Referencias
S. J. Plimpton, (1995). J. Comp. Phys. 117, 1.
Castrejón-González O., J. Castillo - Tejas, O. Manero & J. F. J. Alvarado, (2013).

Structure factor and rheology of chain molecules from molecular dynamics, J.
Chem. Phys., 138, 184901-1-11.

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Introducción a la Dinámica Molecular

Curso corto interactivo

Dr. Edgar Omar Castrejón González

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3 Flujos Couette y Poiseuille 2D

9 Viscosidad de corte en Fluidos Complejos

10 Diferentes modelos de agua

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Simulación Molecular es una técnica ampliamente empleada en

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LAMMPS es un código paralelizado de simulación por Dinámica

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Para ejecutar una simulación en LAMMPS se requiere un archivo de

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Se trata de un sistema constituido por esferas Lennard-Jones, cuya

donde ε = 1.0 y σij .

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1 fix avetime Nevery Nrepeat Nfreq . For example, if Nevery=2,

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Se puede observar la propa-

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Nuevamente el sistema es constituido por esferas Lennard-Jones, cuya

donde ε = 1.0 y σij .

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Se puede observar, en la ani-

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Velocity profile in Couette flow

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Se puede observar, en la an-

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Velocity profile in Poiseuille Flow

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El sistema está constituido por dos tipos de átomos Na y Cl, el

EO Castrejón-González (IT-Celaya) LAMMPS 19 abril 2018 14 / 54

Se puede observar, el cambio

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Las interacciones están dadas por:

donde ε = 1.0 y σij .

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Es una medida de la Para diferentes estados de agregación:

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1 Verificar que la temperatura adimensional sea 0.5: vim in.lj

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Se trata de un sistema en 2D constituido por moléculas anfifı́licas en

Las interacciones entre partı́culas no enlazadas afines está dada por el

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Se trata de un sistema en 3D constituido por moléculas anfifı́licas en

Las interacciones entre partı́culas no enlazadas afines está dada por el

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1 El archivo Micelas3DCurso.f es un código en Fortran para

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Se trata de un sistema en 3D constituido por esferas LJ.

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EO Castrejón-González (IT-Celaya) LAMMPS 19 abril 2018 31 / 54

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